朱棣的大运河工程分两个阶段进行。北段的疏浚和修复工作在宋礼的监督下开始于公元1411年7月，这项工作包括疏浚河渠209千米和建造38座船闸。这项工程使用了30万名服徭役100天的劳工。从黄河到长江的南段在公元1415年7月开放。陈瑄在淮安之西建造了四座船闸，以提供通向淮河的入口。运河体系这时能从长江下游流域直通北京，它成了南北之间商业的主要动脉。
公元1415年，当运河体系已经完成通向北京的工程时，3000多艘平底船建成，以把税粮通过运河北运至北京，于是运至北方的粮食显著增加。它从公元1416年的280万石增至公元1417年的500万石和公元1418年的460万石。
供应北方朝廷粮食的这些持久的要求当然使人民背上沉重的负担。田赋是国家最大的单项收入。洪武年间全国已定下了税收定额，公元1393年全国各地的定额总计为2940万石。
在整个永乐年间，国家每年所收田赋的粮食在3100万至3400万石之间，平均每年定额超过3200万石，因此至少比朱元璋时期的定额高10％。这使人民背上了沉重的负担，特别是在洪武年间每年已经缴纳特高比例的田赋的江南10个府的纳税者更是如此。
其实，洪武、建文时，鉴于江南官田赋重，几次下令裁减。靖难之役后，明成祖打着恢复祖宗旧制的旗号，又加增江南官田赋税。对苏州和松江两地的搜刮最为厉害，它们几乎缴纳了全部田赋的14％。
朱棣几经征战，北方边患暂时消除，这只是暂时的。加之官僚体制变革，为后来者留下诸多隐患。
首先是财政供养的人员大量增加，主要包括文官、吏员、武官、廪膳生员、太监和宗藩。
明初官员的数量很少。公元1371年，地方官员仅为5488名。到了公元1455年，京师任职的文官为1520名。朱棣之后，财政供养人数大量增加。
宦官集团的崛起。洪武年间，明太祖在宫内镌铁牌，严禁内臣干政。靖难之役，宦官多有军功。朱棣以为家奴可靠，称帝后，不仅对宦官委以出使、专征、监军、分镇等军政大权，而且还设立东厂特务机构，由亲信太监掌管。东厂和锦衣卫一样，只对皇帝负责，不必经司法机关批准，可随意监督、缉拿臣民，开了宦官干政之端。有材料估计，宦官由明初的数百人发展到明末的近七万人。
文官和武官数量，据明朝嘉靖年间，兵部给事中刘体乾说：“历代官制，汉七千五百员，唐万八千员，宋极冗至三万四千人。本朝从成化五年武职已逾八万，合文职盖十余万。”
在明代官僚体制中，还有大量的吏员。吏员是指服务于各级政府部门的低级行政办事人员，包括专门经办各类文书的人员、处理具体事务的技术性工作人员以及从事其他杂务的各类人员。《西园闻见录》记载，“16世纪整个帝国吏员总数达51000名，但既包括供职于文职衙门的吏，又包括供职军队的吏”。
廪膳生员，在洪武二十六年（公元1393年），监生人数达到8100人；永乐二十年（公元1422年），仅南京的国子监就有监生9900人。据记载，明朝正德以后，廪膳生员为35800多。
宗室人员。据王世贞的《弁山堂别集》记载，“隆万（1566—1620），除去未封、未名和高墙庶人外，领岁禄的郡王二百五十一人，三将军七千一百人，三中尉八千九百五十一人，郡主以下至县君七千零七十三人，庶人六百二十人，共计二万三千九百九十五人”。隆庆五年（公元1571年）礼部给事中张国彦说：“玉牒内见存者共二万八千九百二十四人。”
其次是军费开支浩大。北边，蒙古人始终威胁着北京的安全，最严重时甚至还两度包围北京。北边边防是明朝政府的头等大事。供应边军需求的边镇粮饷，就成为最受重视的财政项目，而为支出的最大宗。台湾清华大学经济史教授赖建诚的《边镇粮饷——明代中后期的边防经费与国家财政危机（1531—1602）》估算，从嘉靖十年（公元1531年）到万历三十年（公元1602年）间，十三边镇的主兵官军数，从37.1万（嘉靖十年）增到61.9万（嘉靖十八年）再到68.6万（万历十年）；每年所编列的银两数，从嘉靖十年的336万余两，暴增到万历十年的827万余两。这827万两的边镇军费，是万历六年太仓银库（国库）每年收入367万余两的2.25倍！
所以，从《梁方仲经济史论文集补编》第71页至72页表中可以看出，嘉靖二十八年（公元1549年）财政收入中银3952700余两，支出4078200余两，赤字125500余两。支出中只有防秋银是用于防治秋季洪水泛滥，竹囤修船银用于潜运，共计900000余两，其他3000000两的花费均与生产无关。嘉万时期财政分配数字还表明，在公共消费中，军事消费、宫廷消费和宗室消费比例过大。宫廷消费每年800000余两，相当于300余万石本色粮，宗室禄米800万石，军粮在300万石至800万石，三者合计1400万石至1900万石，占全年田赋收入的68%以上。
张居正的土地制度变革
张居正（1525—1582），字叔大，号太岳，湖北江陵人，明朝著名的地主阶级政治家，历嘉靖、隆庆、万历三朝。他自小才智过人，12岁成为秀才，16岁中举，23岁中进士，从此走上为官的道路。隆庆间，高拱为内阁首辅时，张居正已是内阁大学士，万历初年担任内阁首辅。
隆庆六年（公元1572年）六月，神宗（万历皇帝）即位，张居正在明神宗登基前，已经为帝师，并在万历皇帝登基后，成为首辅大臣。张居正独掌大权十年，显示了杰出的政治才能。
在此期间，他进行了历史上有名的张居正改革。其改革的内容，涉及政治、军事等方面，如为整顿吏治，张居正推行“考成法”。这里主要介绍他的土地制度变革措施。
张居正土地制度变革的主要内容包括以下几点。
一、清丈全国土地
当初，明太祖治乱世，刑用重典，执法严苛，人们多数不敢以身试法，都如实申报、登记，欺隐田土的现象尚不十分普遍。
明中叶以后，由于法制日趋松废，鱼鳞图册已是名存实亡，田土多被欺隐，见籍纳税者日为减少。
嘉靖八年（公元1529年）六月癸酉，詹事霍韬等奏曰：“臣等奉命修《大明会典》，各该衙门未见送到册籍。未及编纂，臣等先于私家将旧典各书翻阅。窃见洪武初年，天下田土八百四十九万六千顷有奇。弘治十五年，存额四百二十二万八千顷有奇，失额四百二十六万八千顷有奇。是宇内额田，存者半，失者半也。则赋税何从出，国计何从足耶？臣等备查天下额数，若湖广额田二百二十万，今存额二十三万，失额一百九十七万。河南额田一百四十四万，今存额四十一万，失额一百三万。此失额极多者，非拨给于藩府，则欺隐于猾民，或册文之讹误，不然何致此极也？若广东额田二十三万，今存额七万，失额十六万，又不知何故致此也？盖广东无藩府拨给，而疆里如旧，非荒据于寇贼，则欺隐于猾民也。由洪武迄弘治，百四十年耳，天下额田已减强半。再数百年，减失不知又何如也。乞敕户部考求洪武初年额田原数，备查弘治十五年失田额数，及今日额田实数，送馆稽纂。仍乞特诏户部尚书询之。洪武初年，甫脱战争，人庶鲜少，田野多荒，田额宜少也，乃犹垦辟八百万顷。今奕世承平，人渐生聚，田野尽辟，田额宜多也，乃失额四百万顷。总国计者，可不究心乎？天下有司，受猾民赃利，为之欺隐额田，蠹国害民，弊无纪极。”
霍韬的这份奏疏列举了明中叶以后“田土失额”的严重情况，分析了失额的原因和危害，历来为研究明代经济史的学者所重视。
嘉靖以后，某些有识之士怀抱忧患意识，纷纷上书请求核实田亩，丈地之议由此兴起。江南、江西、河南等处的地方官，首先身体力行，履亩丈量，均平赋役。但是，由于“法未详具，人多疑惮”，一些豪民大户亦乘势而起，攻击他们是变乱祖宗成法，结果不少是“虽有均田之名，殊无平赋之实”，不了了之。稍后，福建各州县又掀起一股丈地浪潮，同时编造经、纬二册，登记土地和户口。其法虽详，而“率以地为主，田多者犹得上下其手”，丈地工作遂告失败。自此全国各地欺隐田土的现象有增无减。
隆庆元年（公元1567年），巡按御史董尧封奏言：“查出苏、松、常、镇四府投献、诡寄田土共计一百九十九万五千四百七十亩，花分田三百三十一万五千六百亩。”这一事实再次说明田土确实需要非清丈不可了。
万历六年（公元1578年），张居正以福建为试点，清丈田地，结果“闽人以为便”。于是在万历八年（公元1580年），张居正上疏并获准在全国陆续展开清丈土地。
为了确保清丈的质量，户部根据张居正的建议，拟定《清丈条例》，经皇帝批准执行。其内容如下。
（1）明清丈之例，谓额失者丈，全者免。
（2）议应委之官，以各布政使总领之，分守兵备分领之，府州县官则专管本境。
（3）复坐派之额，谓田有官民屯数等，粮有上、中、下数则，宜逐一查勘，使不得诡混。
（4）复本征之粮，如军种屯地即纳屯粮，军种民地者即纳民粮。
（5）严欺隐之律，有自首历年诡占及开垦未报者免罪，首报不实者连坐，豪右隐占者发遣重处。
（6）定清丈之期。
（7）行丈量磨算之法。
（8）处纸札供应之费。
张居正抱定“苟利社稷，死生以之”的决心，坚定地将清丈运动开展下去。他一面写信给各地巡抚，鼓励他们放手去干，“清丈事实百年旷举，宜及仆在位，务为一了百当。若但草草了事，可惜此时徒为虚文耳。已嘱该部科，有违限者，俱不查考，使诸公得便宜从事”。一面严惩阻碍清丈的勋贵豪强和清丈不力的官员。奉国将军俊槨等人阻挠清丈，张居正建议明神宗下诏废俊槨为庶人，其余人等削夺宗禄，同时宣谕各处抚按：“丈田均粮，但有执违阻挠，不分宗室、官宦、军民，据法奏来重处。”万历九年（公元1581年）七月，河南获嘉知县张一心以旧册数字报充清丈数字，被连降两级。同年十二月，松江知府阎邦宁、池州知府郭四维、安庆知府叶梦雄、徽州掌印同知李好问“以清丈亩怠缓”，“各住俸戴罪管事”。
为了推动丈田，张居正以身作则，率先垂范，主动按照清丈要求，清查自家隐漏田亩。他写信给在江陵老家的儿子张嗣修，命其严格查核自家有无诡寄影射田亩。在核查中发现，张家原有田土不过粮七十余石，而在该县赋役册中却写着“内阁张优免六百四十余石”，这多出的五百七十余石，“有族人倚借名号一体优免者，有家僮混将私田概行优免者，有奸豪贿赂该吏，窜名户下巧为规避者，有子弟族仆私庇新故公行寄受而逸者，是以十分之中，论本宅仅其一，余皆他人包免”。查清之后，张嗣修按其父要求不仅将诡寄于自家的五百七十石田粮上交国家，而且表示主动放弃优免待遇，“本宅田粮七十四石例得优免者，尽数与小民一体当差”。
张居正大权在握，正己肃下，在他的亲自策划和督促下，全国绝大部分州县认真执行《清丈条例》，如河南杞县知县段绍先让业主自报田亩数额及方圆四至，然后亲自检查，“验田认粮，遂得一县田清和税均”。
在清丈土地的基础上，各地还编制了新的鱼鳞图册，这次的鱼鳞图册“盖一准国初鱼鳞之旧而益核之”，内容较之洪武时期更加精密完备。如常州府武进县，“是年（万历十年）丈量，尝造鱼鳞图册。闻之每鄙实费四金，推求缮写，不止再三，总而藏之于官”。鱼鳞图册每乡都以四境为界，境内田土划分为坵，坵与坵紧接相挨，绘于图册，如鱼鳞之相比，次以字号。田地分官民、高圩、腴瘠、山荡，一一注明，其后写有业主姓名、年月，买卖则有开注，比较如实地反映了清丈后的土地占有状况。正因为如此，清入关后摊派钱粮所用的《赋役全书》就是依据万历清丈后的图册编纂而成：“顺治三年，谕户部稽核钱粮原额，汇为《赋役全书》，悉复明万历间之旧。”万历九年，顺天八府州县和南京锦衣卫屯田，山东、江西先后报告丈量完毕；万历十年，保定、大同、蓟辽、山西、广西、应天、宣府、浙江、贵州、淮安、扬州、徐州、河南、延绥、湖广、四川、陕西、两广等陆续报告清丈完毕；万历十一年，宁夏、甘肃、云南亦报告清丈事竣。至此，历时两年多的全国范围内普遍开展的“丈田亩、清浮粮”运动方告结束。
这次清丈达到了预期的成功。仅据北京、山东、河南统计，清出隐占田亩就达五十余万顷。由于扩大了摊派税粮的负担面，初步做到“粮不增加，而轻重适均”。
当然，在清丈中也发生了一些弊病，如改用小弓，溢额求功。有司为了溢额求功，往往改用小弓（弓为丈量单位，明五尺为一弓，即一步，二百四十步为一亩）以求田多。但总地看来其积极作用是主要的。张居正不仅当时受到人们的赞誉，而且在其死后若干年还有人追述他“核地亩”的功绩。
二、实行“一条鞭法”
清丈田亩工作的完成，为全面改革赋役制度创造了条件。原先赋和役是分开的，赋是对田亩之征派，役是对人户之征派。万历九年（公元1581年），张居正下令在全国推行一条鞭法。
其实，明中叶以来，赋役改革的尝试已在局部地区进行。嘉靖九年、十年之间，大学士桂萼等人提出了“一条鞭法”，并在宁国府、徽州府一带实行。嘉靖后期，江南、江西、山东都在进行一条鞭法的改革尝试。万历九年，张居正下令在全国推广从嘉靖以来在某些地区试行并取得成效的一条鞭法。其内容见《明史》卷七十八《食货二》：
一条鞭法者，总括一州县之赋役，量地计丁，丁粮毕输于官。一岁之役，官为佥募。力差，则计其工食之费，量为增减；银差，则计其交纳之费，加以增耗。凡额办、派办、京库岁需与存留、供亿诸费，以及土贡方物，悉并为一条，皆计亩征银，折办于官，故谓之一条鞭。
由上可见，它的内容包括四点。（1）赋役合并：田赋和徭役合并征收，将部分丁役负担摊入田亩，按丁数和田粮摊派；（2）官募徭役：取消力役，由官府雇人应役；（3）官收官解：地方官统一征收解运赋役银，改变了原来民征民解之法；（4）田赋征银：除了平色米麦外，其余实物政府改为以银折纳。
张居正改革得以推行的缘由
改革能否推行，除了改革方案本身能否适应形势的需要之外，还必须具备诸多条件。与此前历史上的一些改革（如王安石变法）相比，张居正的改革准备非常充足。
一是与冯保联手，驱逐内阁首辅高拱。张居正成为首辅，内阁大权揽于一人，其他阁臣皆无实权。
隆庆六年（1572年），穆宗病危，内阁大学士高拱、张居正、高仪被召入宫，穆宗将年仅10岁的太子朱翊钧托孤给三人，称“三辅臣”。
按照穆宗的临终布置，高拱是“三辅臣”中位列最前的，但是他与小皇帝在宫中最为依赖的司礼监掌印太监冯保不和，遂与张居正等密谋除掉冯保，把权力收归内阁。
