五年后
凌晨，某国市区郊外的树丛中。全身武装拿着MG4机枪的喜羊羊静静地站着，等待一个人的出现......
突然，有一个黑影瞪着喜羊羊，喜羊羊便对着那个黑影开火，黑影迅速的躲开。喜羊羊不断的扫射整个树林，黑影则是持续地闪开。很快，黑影从背后袭击喜羊羊，喜羊羊迅速转过身对其开火。黑影躲开后显出了原形——一个金头发的女孩阿尔托莉雅。
喜羊羊继续对阿尔托莉雅开火，阿尔托莉雅不断地躲开并最终手持匕首欲攻击喜羊羊，喜羊羊迅速用MG4挡住阿尔托莉雅的致命一击。阿尔托莉雅喘气呼呼地说道：“来吧！我要为我的家人报仇！”。
两人互相攻击对方。阿尔托莉雅先踢开喜羊羊，拿出温彻斯特散弹枪对喜羊羊开火，喜羊羊迅速闪开并拿出美式火箭筒对阿尔托莉雅发射火箭，阿尔托莉雅赶紧用防暴盾将火箭击开，火箭最后被飞到树木上爆炸了。两人边打边走出树林来到小溪河流，不久喜羊羊拿着火箭筒指着阿尔托莉雅的脸，阿尔托莉雅也拿着温彻斯特指着喜羊羊，两人互相对持下来。几分钟后，满头是汗的喜羊羊说道：“你在找死吗？”
突然，两人的对持还未进入结束的状态就互相大笑起来。阿尔托莉雅说喜羊羊：“你一个青青草原最聪明的羊怎么可能会因为一句‘找死吗？’而跟自己打在一块，”而喜羊羊也说：“阿尔托莉雅你一个雄伟的亚瑟王居然会说出‘为家人报仇！’这种让人耻笑不止的笑话！”
喜羊羊认为：“阿尔托莉雅，既然我和你成为“永远的搭档”理应与我并肩作战，出生入死，然后再帮我收拾家里的烂摊子。”
阿尔托莉雅毅然答应，说：“不过得必须把你炸毁的树木恢复原样。”说完，两人又大笑起来。
喜羊羊与阿尔托莉雅在山林里露营烧烤。由于这是两人成为搭档后第一次进行户外训练，有点不适应这样的生活的喜羊羊只好煮个烤肉来和阿尔托莉雅一起吃。不料由于由于其厨艺太差，结果喜羊羊只在火炉翻了几个烤肉就被喷出来的火焰烧黑了，阿尔托莉雅笑了起来，她说喜羊羊：“你其实并非是‘聪明’的羊。”
喜羊羊恼怒了一番后，阿尔托莉雅便到河流抓鱼吃，刚抓到鱼突然摔了一跤“扑通”地浑身湿透。喜羊羊大笑，说阿尔托莉雅：“你也并非真正的‘亚瑟王’。”
阿尔托莉雅大怒，向喜羊羊横冲过去，喜羊羊装装样子吓得撒腿就跑。这时，一个黑影突然在树木后边看着在河流你追我赶的两人......
在阳光明媚的SH市，星空美幸走在前往世纪公园的道路上。自从这位带来笑容的光之美少女在与其他光之美少女合力打败邪恶的恶之皇帝皮耶罗后重新过上了普通人的生活，但星空美幸还是无法感受到这个世界真的充满了笑容。他以前在RB接连遇到了让所有人都无法继续笑容下去的事：某市区被炸成废墟，以及太平洋上的一座不明岛屿诞生......
但既然如此，就表明了她身为光之美少女不到关键时刻就绝不会放弃的信心。她很快与她并肩作战的伙伴们得到转学SH的邀请。而现在，她在暑假期间要去世纪公园与小伙伴会合。躲在星空美幸的背包的糖糖很开心地说这是赶走了悲剧结局以来第一次与小伙伴一起到外地游玩。谁料，由于来得不及时，星空美幸误了坐开往世纪公园的班车，只好步行前去......
某市区地下，下水道深处的一座漆黑的秘密基地内。斯普林特坐在地上将一个蜡烛放在自己的手心等待自己的徒弟过来扑灭。多纳泰罗、米开朗琪罗、拉斐尔想趁机过去扑灭，但都无果。最后还是达芬奇从上面手持两把武士刀将斯普林特手中的蜡烛砍断。
拉斐尔一直在质疑自己：“我虽然是忍者，却为什么不比达芬奇做得更好？”
斯普林特告诉拉斐尔：“身为忍者，不但只是要在阴暗的角落中前行，还要在狡猾的敌人面前保持冷静。”
米开朗琪罗很开玩笑的羞辱拉斐尔一下，被拉斐尔揍了一记老拳。
多纳泰罗回到监控室从多个显示器上看着SH市每一条街道。没有了劲敌施莱德的骚扰，四只乌龟现在要面对的是来自黑暗势力的蠢蠢欲动。
达芬奇很不理解地说：“我们忍者到底是为了什么而战斗？”
斯普林特很温和的告诉达芬奇：“不管忍者是哪一面，正义和邪恶，终究会改变世界原来的规律。”
听了斯普林特的这番话，达芬奇顿时明白了。
SH海平面上，一艘小型潜艇正慢慢的缓缓升起，里面出来了乌贼娘和茵蒂克丝。
乌贼娘很幸运地自己已经逃脱了“海之家”的魔掌，被荣子同意去SH游玩。茵蒂克丝也很开心地来到SH这座国际大都市参观。虽然互素不相识两人只是在因缘道上站在一起。但乌贼娘还是坚持一个人去SH浦东看看。
茵蒂克丝也想同去，无奈两人决意猜拳做决定。乌贼娘因为分心让茵蒂克丝赢了一次，只好陪她一起去浦东看看。
卡卡罗特孙悟空来到某国国防部中心，亲自与当时年迈的国防部长握手。
国防部长提醒悟空：“五年前的事件造成了很多犯罪分子逍遥法外。我希望悟空你以超级警察的身份，借助超级赛亚人的力量捉拿他们。”
悟空答应了这一项要求。
喜羊羊和阿尔托莉雅乘坐悍马回SH在开车的路上喜羊羊告诉阿尔托莉雅说：“我在青青草原是如何三番五次地打败倒霉的灰太狼大王。记得那个时候我还给灰太狼喝过水呢......”
阿尔托莉雅听了喜羊羊的话，很是不裞地说：“我亲眼目睹一个叫“冬木市”的城市如何在我眼前消失的。我还看见一个同伴的死亡......”
喜羊羊转喜为忧。她同情无家可归的阿尔托莉雅。阿尔托莉雅认为：“这已经没关系了，我只想和一位最聪明的“羊”合作，匡扶正义打败所有的坏人。因为，我只想有个“正义”的伙伴。”喜羊羊也暂时遵从了阿尔托莉雅的意见......
世纪公园的门口，柯南等人乘坐毛利小五郎的轿车过来。园子觉得：“我来到了梦寐以求的乐园，要是级真在也好了。”
元太、步美、光彦三人想进去玩，唯独柯南和灰原保持沉默。毛利小五郎认为：“这是本人放开侦探的工作，到里面与可爱的姑娘会聚在一起的好机会。”
小兰对此表示无语。园子对小兰幸灾乐祸的说：“要是新一知道了你在SH他会不会也跟着过来和你碰面？”
听了园子的话，小兰顿时脸红。但是她知道那么多的案件新一绝对抽不开的。
而这个时候柯南依旧保持沉默，说：“这不是休息之人该来的地方。”灰原却告诉柯南：“虽然看上去差不多，但这个世纪公园却还是被恐惧所笼罩着......”
柯南等人进入世纪公园。碰巧小樱、知世、莓铃三人也来到了此地。
柯南与小兰等人告别后走过去与小樱等人会面。莓铃一看知道柯南就是那个大名鼎鼎的“沉睡的小五郎”身边的少年，她想问柯南：“那个小五郎到底在哪？”
柯南认为：“此事还是算了，我想找小樱有事。”
小樱与知世和莓铃告别后带着柯南走到秋园。从小樱的腰包出来的小可飞出来想知道柯南找小樱干什么？
柯南提醒小樱：“我们来可不是为了游玩来着。虽然这庞大的世纪公园没有什么事件可以发生，但......仍有一个不安的心理让我顾虑重重。”
小樱知晓：“可能世纪公园又要发生什么惊天的大事，但现在最主要的事情就是得先在世纪公园好好休息一番，然后再考虑之后的事情。”
听了小樱的话，柯南顿时明白。
忽然，他发现有个黑影注视这两人，那个黑影又再度消失不见了。小可感知事情不妙，它先让柯南回去，然后观望事态。
知道世纪公园有不祥之兆的柯南和小樱接受小可的建议。
此时的世纪公园门口，日野茜、黄濑弥生、绿川直、青木丽华四人在等待星空美幸。
在悲剧结局消失后的几个岁月，日野茜成为排球部的先锋，黄濑弥生也不再爱哭，绿川直成为足球部的队长，青木丽华也在弓箭比赛接连夺得了多次冠军。
然而时至今日，她们仍不知道如果没有了悲剧结局，世界真的会一直这样持续安全下去？而就在四人等星空美幸来的时候，一辆货车突然在门口停了下来......
过了几个分钟后，星空美幸跑过来了。日野茜抱怨星空美幸迟到，称她：“你还和以前一样迟钝。”
星空美幸一脸无辜地说：“我跑太晚了。”三人却在一旁笑了起来，因为星空美幸还是以前的老样子不变。
忽然，门口居然有人投放手榴弹。手榴弹随即在门口爆炸，众人赶紧趴下。由于突如其来的爆炸让周围的平民陷入混乱。而里面的柯南等人和小樱等人也听到了门口的爆炸声......
喜羊羊和阿尔托莉雅乘坐悍马驶到SH的某条马路上。阿尔托莉雅说：“我不习惯在SH的生活，因为庞大的国际化都市不能让我好好的专心训练。”
喜羊羊认为：“SH这城市虽然不是你的修炼地，但却是个吸引万人瞩目的圣地。即使你不喜欢，我也能接受的下去。然而隐藏在SH市区的黑暗还是无法让我安静下来，你也是如此。”
忽然，前方冒出来一条浓浓的黑烟。两人发觉大事不妙，便驾驶悍马迅速的开过去看个究竟。
门口爆炸过后不久，货车内突然跑出了几个武装匪徒袭击混乱的民众。星空美幸等人见状，立刻变身成光之美少女对付匪徒。
乐天使星空美幸使出“快乐洗礼”解决了12个匪徒，晴天使日野茜使出“晴空火焰”打败了13个匪徒。和天使黄濑弥生使出“和平闪电”解决了19个匪徒。进天使绿川直使出“前进射门”踢晕了20个匪徒。丽天使青木丽华使出“美丽暴雪”击败了30个匪徒。
四个光之美少女与一伙匪徒打在一起，终于勉强将匪徒全部击败。而一部分的匪徒则直接进入世纪公园，四人马上追进去。
而在地下的秘密基地。达芬奇和拉斐尔在斯普林特的指导下继续练习踩木桩。拉斐尔想在这个时候踢倒达芬奇，不料却和达芬奇被稀里糊涂的米开朗基罗弄倒了。
拉斐尔怒诉米开朗基罗撞倒了自己被达芬奇制止，认为这不是米开朗基罗的错。
斯普林特赞成达芬奇的意见，并教导拉斐尔：“忍者是不需要毫无事情可做的时候被人给利用的。”
就在这时，多纳泰罗跑了过来告诉众人：世纪公园出事了！斯普林特和三只乌龟惊呆了。
达芬奇说：“又一场战斗要开始了！”
喜羊羊与阿尔托莉雅从悍马下来看见眼前的世纪公园门口狼藉一片。喜羊羊知道这事不能再推卸了，便与阿尔托莉雅进入世纪公园。
世纪公园内的游乐场。柯南等人与小樱等人遭到袭击。毛利小五郎、知世、园子、元太、步美、光彦被匪徒追赶，莓铃和小兰则是和几个匪徒打在一起。小樱和柯南却被多个匪徒重重包围。
柯南趁机打开强力增加鞋的按钮，从足球腰带出来一个足球用强力增加鞋踢了过去。一个匪徒被足球打晕。小樱也召唤了星之杖，用星之杖召唤了“斗”牌与匪徒打在一起，最后将所有的匪徒一举击败。这时，有个匪徒却突然绑架了灰原，但最后却被柯南用手表麻醉枪麻醉了匪徒。然灰原却说：“你有够怠慢的。”
四个光之美少女来到了匪徒袭击的音乐广场。日野茜说道：“我想这一天，永远不会到来。”
说完，四人与匪徒打在一起。最后四人用新饰物的绝招迅速击败了多个匪徒。不料，一个巨大的匪徒打算从背后袭击光之美少女。好在斯普林特和四个忍者神龟及时赶到，巨大的匪徒才被达芬奇制服。
星空美幸惊讶的发现这四个乌龟居然会变成人，而且就连糖糖也不知道他们身边居然还有会说话的老鼠。
但不管怎么说，由于他们的出手相救，光之美少女与忍者神龟便很快成了莫逆之交。
喜羊羊与阿尔托莉雅来到音乐喷泉。这时阿尔托莉雅突然惊奇的说：“我感觉有个非常让人感到恐惧的气息在移动。”，喜羊羊表示：“我也有同感，因为他已经在向我们这过来。”
而在这个时候黑影再次出现——原来他就是吉尔伽美什！喜羊羊和阿尔托莉雅看见后大惊。
孙悟空在国防部中心的显示屏看见世纪公园遭到袭击的报道，知晓一定是那个“人”在作怪，便在国防部长的授意下变成超级赛亚人出发了。
游乐场的小樱等人和柯南等人在警察到来后将收复的匪徒交给了警察，之后星空美幸等人与忍者神龟也走了过来。
小樱和柯南虽并不认识这几个带有超能力的美少女及四个乌龟，但却相信他们也是正义之人。糖糖却感应到世博会有不稳定因素。
柯南和小樱随后让剩余的人留下，与光之美少女及忍者神龟去世博会看看。
在音乐喷泉，阿尔托莉雅怒诉吉尔伽美什：“既然你已经在冬木市消失了，为何还会出现在此。”
吉尔伽美什却说：“我早已对那件事不感兴趣了，我现在只热衷于对世界破坏的欲望。更何况，还有一位随我来的人估计也已经在浦东那边了。”
这时喜羊羊惊讶的想起了一个人——灰太狼！
乌贼娘与茵蒂克丝来到市区的某馆游玩。茵蒂克丝看到了这里雄伟的建筑后惊呆了，她怎么想也想不起来为什么这样的建筑会吸引那么多人参观呢？
乌贼娘却认为：“这只是人类对自己的重新认识罢了。”
“不一定吧？”一个诡异的声音让信心满满的乌贼娘和茵蒂克丝疑惑了起来。很快，两人的眼前出现了一个人：青青草原的狼族大王灰太狼！
音乐喷泉的两人听了吉尔伽美什关于要在整个SH进行毁灭的话，阿尔托莉雅大发雷霆，欲攻击吉尔伽美什，却被吉尔伽美什用意念力将阿尔托莉雅弄飞在地。
喜羊羊无奈用火箭筒对着吉尔伽美什发射火箭，吉尔伽美什被火箭炸到却毫发无损，他说：“因为我已经得到了洗礼。”喜羊羊连续发射了几万支火箭终究无果被吉尔伽美什击倒在地，无奈召唤“圣龙盔甲”圣龙盔甲出现并穿在喜羊羊身上，喜羊羊手持龙枪与吉尔伽美什打在一起，但最后却被吉尔伽美什击败。
不久，超级赛亚人孙悟空赶了过来与吉尔伽美什打在一起，终于用“龟派气功”制服了吉尔伽美什，吉尔伽美什却笑着说：“你们已经来不及了，他就要实现我的愿望了！”
喜羊羊和阿尔托莉雅非常感激孙悟空的相助，喜羊羊说：“眼下必须赶往浦东阻止灰太狼的阴谋得逞。”
光之美少女在空中飞速前进，忍者神龟则在建筑物上跳来跳去，随后下海往目的地游去。小樱则载着柯南骑着变成翅膀的星之杖飞去，喜羊羊与阿尔托莉雅驾驶悍马在与飞在空中的孙悟空分别后进入隧道。
某国馆中，乌贼娘和茵蒂克丝面对灰太狼。灰太狼要求两人马上离开，不然他会给你们一点小看。
乌贼娘却不以为然，说道：“你这样的大王只会是失败者。”
灰太狼见她根本没把自己放在眼里，就打算把这两人用武力赶出去。于是他召唤了“特制盔甲”特制盔甲出现并穿在灰太狼身上，灰太狼手持狼盾牌欲攻击乌贼娘，茵蒂克丝见状跑在乌贼娘面前被灰太狼的狼盾牌击飞在地，乌贼娘一怒之下用10只海蓝色触手与灰太狼打在一起，最后不敌被灰太狼打败。
灰太狼打算给乌贼娘喷个笑脸涂漆，突然两支火箭将灰太狼击飞。原来是喜羊羊和阿尔托莉雅抢在众人之前赶到了中国馆。
灰太狼很不耐烦的说：“我讨厌喜羊羊在本大王即将完成计划之前搅局，并且还带了一个不知名的欧巴桑！”阿尔托莉雅顿时恼火。
喜羊羊警告灰太狼：“不准再继续做恶，这样对这里的人没有好处的。”灰太狼听不进去，说：“我本来还指望做完这件事回到我老婆身边，既然逃不掉那么本大王要和你再跳最后一场舞。”
两人与灰太狼打在一起。不过灰太狼由于上次的战斗力量不足被两人合力打败。喜羊羊欲要把灰太狼带到安全的地方，灰太狼却将喜羊羊踢开，阿尔托莉雅接住喜羊羊。这时，四位光之美少女、四个忍者神龟，小樱、柯南及孙悟空赶到了世博会看见了喜羊羊和阿尔托莉雅。
就在事情陷入僵局的时候，馆内突然出现了一个巨大的光球将喜羊羊、阿尔托莉雅、灰太狼、乌贼娘、茵蒂克丝等人罩住。众人也欲前去帮忙进入光球内。结果，所有人被馆内的光球一并消失了。糖糖和小可被落下，孙悟空实在不明白那个东西到底带他们去哪里了？
