“真正让我们感到恐惧的，只是恐惧本身。”——富兰克林?罗斯福（1882-1945）
在一个汹涌波涛，风雨交加的大海上。一艘渔船在海上向未知的方向驶去。船上的人员一方面继续驾驶渔船驶进，另一方面在搜寻海里面的生物。
由于狂风暴雨席卷了整个大海，渔船濒临翻船，大部分船员被海水冲走。有个船员要求船长“立刻返航，否则我们都得死。”
但船长执意要求“各船员驾驶渔船向前行驶，不打捞所有鱼绝不罢休。”而就在这个时候，又有一部分的船员被海水冲走，有些船员向下水逃跑，但被船长严肃的阻止：“你们怕死吗！是男人都得留在这艘船上！”。
忽然，海内的地脉发生裂动。一些地脉被缓缓地直接升出海平面上。眼前的船员都惊呆了。随后不久，由于海底地震的影响，一座不可思议的海岛出现在了汹涌的大海上。
船长不敢相信眼前这一事实：“没人知道这意味了什么？”。
白天，RB的某市区。一个突如袭来的袭击打破了这市区的平静。变身成光之美少女柠檬水的春日野丽在某家餐室被打倒在地，眼前袭击是一群会超能力的暴力学生。
春日野丽质问他们“你们是如何得到这些难以想象的超能力的”，有个暴学认为“获得超能力乃是上天所赐，我们就是上天派来的救世主。”
春日野丽随即使出“光之美少女棱镜锁链”攻击暴学，所有的暴学趁机躲避春日野丽的攻击，随后一个脸上带有疤痕的暴学用劈腿将春日野丽打飞在地。
春日野丽无奈飞到空中，各暴学也随即飞去。
春日野丽在空中与所有的暴学打在一起，最后不敌被肥胖的暴学用双手打在春日野丽的头上，春日野丽被打在地上昏迷不醒。随后变身成光之美少女口红的夏木铃也飞了过来看见昏倒在地的春日野丽，愤怒地发出“光之美少女火球突击”攻击暴学，肥胖的暴学被火球击飞在建筑上，带墨镜的暴学随即用意念力让夏木铃直接飞在了一座大厦楼顶。
夏木铃一怒之下召唤：“火焰花剑，热情之光！”随后火焰花剑出现在夏木铃的手上。
夏木铃手持火焰花剑与所有的暴学打在一起。这时暴学的头目趁乱也拿出一把激光剑与夏木铃对打，夏木铃由于先前的足球比赛中被足球摔了一跤腿上留下了疤痕疼痛难忍，结果被暴学头目抢占先机用激光剑上的闪电击中了夏木铃，夏木铃昏倒在地。
另一方面，变身成光之美少女的清水及薄荷的水无月香恋和秋元小町迅速飞到了圣克路米艾露学院上，此时圣克路米艾露已经暴学弄得满目苍夷。哭泣的秋元小町悔恨自责“我要是早来一步，恐怕这里已经不再是那样了。”
水无月香恋认为“这不是小町的错，我们还有机会。”
就在这时，女暴学及带RB刀的暴学出现在了两人的面前。水无月香恋当着秋元小町批评暴学“你们无视他人死活，只想着在这世界大搞破坏。”
而女暴学却认为“这是天意。如果光之美少女再来搅局的话，那我们就会叫你们有去无回！”
水无月香恋忍无可忍的召唤：“龙卷花剑，知性之光”花卷花剑出现在水无月香恋的手上。秋元小町也随即召唤：“守****静谧之光！”守***出现在秋元小町的手上。
两人分别手持花卷花剑及闪耀花剑对付女暴学及带RB刀的暴学。女暴学拿出锁链将水无月香恋捆绑起来，水无月香恋便使出“光之美少女深蓝飞箭”解脱出来对着女暴学射出多个水箭。秋元小町手持守***与手持RB刀的暴学打在一起。不料，手持RB刀的暴学看出破绽用RB刀上的幽魂双手将秋元小町狠狠地抓住，随后幽魂在秋元小町的身上制造毒气使秋元小町无法忍受毒气的折磨，最后体力不支被幽魂放开落了下去。
女暴学也趁机使出绝招“雷霆”将天上的雷电砸落在水无月香恋身上，水无月香恋被击中万分痛苦。
最后水无月香恋被秋元小町砸中一并落了下去。这时带弓箭的暴学对着两人射出带有气垫的箭接住她们，水无月香恋和秋元小町昏倒在气垫上。
手持RB刀的暴学想要杀了她们，但却被女暴学制止，说“因为还有一位光之美少女需要帮头目的忙......”
由于暴学所造成的混乱，街上的平民开始慌忙逃跑。梦原希急忙赶过去去找同伴，美美野来未也赶了过来找到了梦原希。梦原希觉得“我非常担心同伴的安危，如果不赶快过去支援她们该怎么办？”
美美野来未认为“所有的暴学可能会集结在公园的喷泉广场，GOGO与杏仁已经过去支援他们了。”
为了以防万一，两人变身成光之美少女之梦及光之美少女之玫瑰合力赶往公园找到暴学。
此时所有的暴学已经在公园内的喷泉广场集合，将夏木铃、春日野丽、秋元小町、水无月香恋四人合绑在一个巨大的定时炸弹上。这个定时炸弹链接了市区地下所有的炸弹，待暴学头目手中的引爆器一按整个市区将会爆炸。
刀疤暴学很兴奋的说“我会看到下个报刊的标题《光之美少女失败：数十万平民送往极乐世界》。”而暴学头目认为“火候不够，引爆炸弹关键在于梦原希她心爱的人身上......”
变身成光之美少女的梦原希和美美野来未赶到了公园的喷泉广场与暴学碰面。
梦原希要求暴学头目“放开我的同伴！”，暴学头目不肯，说“因为我与光之美少女的事还没做完。”
梦原希欲从暴学手上夺走引爆器被美美野来未制止。暴学头目告诉梦原希“如果要我放了同伴，必须得保证光之美少女在这个世界上永远消失，并且要你们打赢一个人才收场。”
美美野来未代梦原希答应了暴学头目的要求，但必须也得保证同伴的安全。
暴学头目突然让两个恐怖天使出现在她们两人的面前要两人合力攻击它们。
梦原希只好召唤“水晶花剑，希望之光”水晶花剑出现在梦原希的手上。梦原希手持水晶花剑与恐怖天使打在一起，美美野来未也和另一个恐怖天使打在一起。两人分别使出“光之美少女流星攻击”及“妙奇露丝玫瑰金属风暴”将两个恐怖天使打倒在地。
而就在梦原希准备了结它们性命的时候，两个恐怖天使由于面具落了下来变回原貌。
梦原希和美美野来未才发现两个恐怖天使就是变成精灵的GOGO和杏仁。
梦原希悲哀地走到GOGO身边抱着奄奄一息的GOGO，美美野来未则抱着奄奄一息的杏仁。
这时两人顿时才发现GOGO和杏仁已经断气了。梦原希大哭一场，随后盛怒之下去找暴学算账被美美野来未及时制止。
不料暴学头目食言要按引爆器的按钮，认为“光之美少女这种东西去死也好，见鬼也罢！”
梦原希想要阻止暴学头目按下引爆器，美美野来未想去阻止梦原希送命。绑在一起的夏木铃、春日野丽、秋元小町、水无月香恋四人不断提醒梦原希赶快离开。
但最后暴学头目还是按下了引爆器的按钮。定时炸弹及地下所有的炸弹爆炸，夏木铃、春日野丽、秋元小町、水无月香恋四人被炸死，成千上万的市民也在爆炸中丧命，市区也被炸成灰烬.......
好在多亏美美野来未的能力，两人在爆炸的烈火中幸免遇难。梦原希看着四周残废的市区，家、学校、同伴、爱人......一瞬间都灰飞烟灭了。
梦原希跪在地上看着已经被烧毁的和同伴在一起的照片悲哀的大哭。美美野来未在一旁为梦原希难过。梦原希跪在地上嚎啕哭泣，因为她失去了一切......
