其实，刘基虽然已经辞官，但是他的儿子刘琏仍然在朝中做官。对于朝廷中的事情刘基都是早有预见。只是无能为力啊！当刘基听说常遇春、顾风、康茂龙已亡，徐达镇守北平，李善长辞官，而胡惟庸、曹靖安掌握朝中大权之时，就有一种不祥的预兆。
洪武八年，刘基虽然已经返回青田，但仍然要和所有在京官员一样，参加元旦的早朝，随后在奉天殿做了一首《乙卯岁早朝》，这虽属于歌功颁德的应酬文字，但诗中仍可以看见刘基的心情。正月中旬，宋濂的门人刘刚来到刘基的住处，商请刘伯温将宋濂一百多卷的作品，择取精华部分编辑成书，以便诵读，也请刘基为新书写一篇序文。他毫不犹豫的答应了。这个时候，胡惟庸与曹靖安已经准备下手除掉刘基。而此时的朱元璋也并非不知晓，其实这朱元璋才是真正的幕后受益者，事情的一切都在他的掌控之中。只能共患难，不能共享福，这才是历代君王的真实面目。
正月下旬，刘基感染了风寒，朱元璋知道了之后，派曹靖安带了御医去探望。御医开了药方，他照单抓药回来煎服用，觉得肚子里好像有一些不平整的石块挤压在一起，让他十分痛苦。 二月中，刘基抱病觐见朱元璋，婉转的向他禀告曹靖安带着御医来探病，以及服食御医所开的药之后更加不适的情形。朱元璋听了之后，只是轻描淡写的说了一些要他宽心养病的安慰话，这使刘基相当的心寒。
三月下旬，已经无法自由活动的刘伯温，由刘琏陪伴，在朱元璋的特遣人员的护送下，自京师动身返乡。回家后，拒绝亲人和乡里为他找来的一切药石，只是尽可能的维持正常的饮食。
几天之后，刘基自知来日无多，找来两个儿子交代后事。刘基对他的两个儿子刘琏和刘璟说道：“琏儿、璟儿，为父命不久矣，所以有些事情我要告诉你们，你们一定要切记。为父有今天的命数都是天意，就因为为父手中有一本经书《阴符经》。”于是刘基将全部事情告诉了刘琏、刘璟。
“而那朝廷中曾经救过皇上性命的曹靖安就是为父的克星啊！从我第一眼看见他就觉有一种不祥的预兆，因为他的额头就有一个夜叉深痕，但为父仍心存侥幸，希望等皇上登基完成大业就退出朝廷，不过没有想到今日仍然没有逃脱厄运。你们要切记，《阴符经》绝对不能被曹靖安拿到，否则天下大乱，大明江山不保啊！为父去世之后，你们就去到我的好朋友铁冠道人，那里才保平安，一切都听他们做主。”
刘基咳嗽了几下，接着说道：“我写了一篇详细的遗表，向皇上贡献我最后的心意与所学，但胡惟庸和曹靖安还在，写了也是枉然。不过，等胡惟庸、曹靖安败了，新任储君必定会想起我，会向你们询问我临终的遗言，那时你们再将我这番话向新君密奏吧！”说罢，刘基便咽了气，刘琏和刘璟高呼父亲，但已没有任何用了。刘基于四月十六卒于故里，享年六十五岁。六月，葬于乡中夏中之原。之后，刘琏和刘璟便遵照父亲的遗言，连夜赶往铁冠道人所住的铁冠山。
洪武十年，由于汪广洋在相位浮沈禄位，无所建白，而那胡惟庸狡黠善谀，渐得朱元璋的宠任。于是在胡惟庸的进言后，朱元璋遂罢汪广洋之职，之后这汪广洋与杨宪都被诬陷后处死。而胡惟庸进丞相，位居百官之首。此时，朝中大权真正为胡惟庸、曹靖安所掌握。
随着胡惟庸权势的不断增大，胡惟庸日益骄横跋扈，擅自决定官员人等的生杀升降，先阅内外诸司奏章，对己不利者，辄匿不上报。各地喜好钻营热衷仕进之徒与功臣武夫失职者，争走其门，馈送金帛、名马、古董不可胜数。学士吴伯宗曾因弹劾他而险遭大祸；他得知大将军徐达对他不满，曾在朱元璋处奏其奸行时，竟诱使徐达家的守门人福寿谋害徐达。但因福寿揭发，未能得逞。胡惟庸还千方百计地拉拢因犯法受朱元璋谴责的吉安侯陆仲亨、平凉侯费聚，令其在外收集军马，以图谋反。此外，他还勾结中丞涂节、御史大夫陈宁等，令陈宁坐中书省阅天下兵马籍。这一切引起朱元璋的极大注意。朱元璋从元亡的教训中，深感臣下权力太大，会导致元末“宰相专权”、“臣操威福”的局面重演。早在洪武九年，即对各省权力机构进行改革，十一年，又令六部奏事不得关白中书省，进一步削弱了中书省权力。而此时的曹靖安也一直在监视胡惟庸的动向，原来靖安也并不愿意委屈在胡惟庸之下，也在伺机将其除掉而后快，这样，靖安就能做到一人之下、万人之上了，其实胡惟庸也是一样想利用曹靖安来达到他自己一人之下万人之上的目的，真可谓二虎相争矣，而朱元璋才是最后的赢家。所以作为朱元璋的钦军护卫中，朱元璋经常询问曹靖安最近朝廷中的大臣的动向。并且靖安也加派蒋献、宗璞等人日夜监视朝廷中的各个大臣，使得朝廷中人人岌岌可危，家家设置了密室，以防锦衣卫的窥探，整个朝廷一种压抑的感觉，使得无人敢在朝中说话，各个明哲保身。
洪武十三年正月，在曹靖安的计划安排之下，使安排于胡惟庸府中的内使云奇伺机监视、告发。一日，惟庸入奏，诡言京宅中井出醴泉，邀朱元璋临幸。朱元璋信以为真，还是梦梦。驾出西华门，内使云奇在曹靖安的安排之下，突冲跸道，勒马言状，气逆言结，几不成声。朱元璋以为不敬，叱令左右，挝棰乱下。云奇右臂将折，势且垂毙，尚手指惟庸宅第。朱元璋乃悟，忙返驾登城，遥望惟庸宅中，饶有兵气，知系谋逆，立发曹靖安与羽林军掩捕。涂节得知此信，也觉祸事临头，意图脱罪，急奔告朱元璋，说是惟庸妄谋劫主。道言未绝，羽林军已将惟庸缚至，由朱元璋亲自讯究。惟庸尚不肯承，经涂节质证，不能图赖，乃将惟庸牵出，寸磔市曹。朱元璋遂以“枉法诬贤”、“蠹害政治”等罪名，将胡惟庸和涂节、陈宁等处死。
胡惟庸死后，其谋反“罪状”陆续被揭发，如派林贤下海招倭；派封绩称臣于元嗣君，请出兵为外应；令李存义、杨文裕说李善长谋逆；毒死刘基；收纳亡命等事连韩国公李善长、吉安侯陆仲亨、平凉侯费聚、延安侯唐胜宗等。朱元璋大怒，为肃清“逆党”，命曹靖安株连杀戮者达三万余人。前后延续达十年之久，朱元璋并做《昭示奸党录》布告天下。“胡党”而受株连至死或已死而追夺爵除的开国功臣有李善长、南雄侯赵庸、荥阳侯郑遇春、永嘉侯朱亮祖、靖宁侯等一公、二十一侯。胡惟庸被杀后，朱元璋遂罢丞相，革中书省，并严格规定嗣君不得再立丞相；臣下敢有奏请说立者，处以重刑。丞相废除后，其事由六部分理，皇帝拥有至高无上的权力，中央集权得到进一步加强。
而且为了监控整个朝中大小官吏和民众，朱元璋又将当年所设的御用拱卫司改的大内亲军都督府再次改为锦衣卫，设立了真正的皇帝御用特务政治机构——锦衣卫。特令其掌管刑狱，赋予巡察缉捕之权，下设镇抚司，从事侦查、逮捕、审问活动，且不经司法部门，成为朱元璋的耳目爪牙，监视和督察。此时的曹靖安已经是一人之下、万人之上。事态的发展一切都在他的掌控之中。
此事之后，朱元璋颁布圣旨，命其九个儿子各地封王，驻守城池。原来当年朱元璋称帝之时就已深意，拟惩宋、元孤立的弊端，欲仿行封建制度，元初亦分封诸王，朱元璋宁未闻之？乃审择名城大都，预王诸子，待他年长，一律遣就藩封，作为屏蔽。当时曾封子九人，从孙一人，俱为王爵，列表如下：
第二皇子樉为秦王，封西安。第三皇子棢为晋王，封太原。第四皇子棣即成祖。为燕王，封北平。第五皇子橚为吴王，后改周王。封开封。第六皇子桢为楚王，封武昌。第七皇子榑为齐王，封青州。第八皇子梓为潭王，封长沙。第九子早殇。第十皇子檀为鲁王，封兖州。从孙守谦朱元璋兄子，文正子。为靖江王，封桂林。
此时，大明王朝已经人人岌岌可危，开国功勋已经几乎都被诛杀，朱元璋九子已经各地封王；徐达驻守北平多年不得回京；朝中只剩下曹靖安独揽大权，他独领锦衣卫，为所欲为，比之当年的胡惟庸有过之而无不及！而朱元璋却对之视而不见。整个朝廷势要面临一场腥风血雨！
