转过年来，苏辙再次向宋神宗上书，极力反对均输法及市易法。由于言辞过于激烈，宋神宗将奏折扔到了一边，并未理会苏辙的“胡言乱语”。
苏辙不死心，致书王安石，更加激烈的指责新法。王安石大怒，要加罪于苏辙，多亏陈升之劝阻，王安石才平息了怒气。
苏辙被撵出了汴京，任河南府留守推官。半年后，张方平因与王安石政见不合，请求出任陈州知州。宋神宗对张方平很是推崇，对其极力挽留，怎奈张方平去意已决，宋神宗只好遂其所愿。
张方平刚刚抵达陈州，便征召苏辙为陈州教授（古时设置在地方官学中的学官）。在张方平的保护下，苏辙暂时远离了朝政是非。
此时的形势已经很明朗，改革派暂时占了上风。就在这个当口，不识时务的苏东坡毅然决然地加入了保守派阵营，与王安石唱起了对台戏。
苏东坡之所以与王安石对着来，不能归咎于苏东坡没事找抽，也不能归咎于王安石性格太倔，最主要的原因是青苗法在实施过程中出现了事与愿违的情况。
青苗法在理论上能够站住脚，却不大容易推行，因为需要借高利贷的都是穷苦雇农。贫苦雇农无力偿还高额利息，又没有值钱的东西作抵押，因此无法办理借贷手续。
这就出现了问题，急需借钱的穷人官府不敢借，官府想要借给钱的富户用不着借钱，上级把完成贷款的数额作为官员的政绩，下级官员无法层层落实，便强迫穷人贷款，再往后，干脆瞒着上级弄虚作假。
报喜不报忧，是下级蒙骗上级的常用伎俩，上级都喜欢听自己想听的，没人愿意对着一摊子破事焦头烂额。王安石像多数上级领导一样，有喜报尽快奏来，有忧报最好别说。就这样，报告实际情况的连同不太听话的御史又被摘掉了一批。
官卑职小的苏东坡愤怒了，再也管不住自己的笔锋，连续越级给宋神宗上了两封奏折。这两封奏折写得很好，洋洋洒洒数千言，雄辩滔滔，直言无讳，将青苗法的过失全部引向了皇帝本人。
“百姓足，君孰与不足？……臣不知陛下所谓富者富民铁？抑富国铁？是以不论尊卑，不计强弱，理之所在则成，理所不在则不成，可必也。今陛下使农民举息而与商贾争利，岂理也哉，而怪其不成乎？”
“……青苗之政，助役之法，均输之策，并军搜卒之令，卒然轻发；今陛下春秋鼎盛，天赐勇智，此万世一时也。而臣君不能济之以慎重，养之以敦朴。譬如乘轻车、驭骏马，贸然夜行，而仆夫又从后鞭之，岂不殆哉。”
“今朝廷可谓不和矣。其咎安在？陛下不反求其本，而欲以力胜之。力之不能胜众者久矣。……欲洱众言，不过斥逐异议之臣，而更用人尔，必未忍行亡秦偶语之禁，起东汉党锢之狱。多士何畏而不言哉？”
“今天下有心者怒，有口者谤。……古语曰‘百人之众，未有不公而说’，况天下乎？今天下非之，而陛下不白，臣不知所说驾矣。诗曰：譬彼舟流，不知所届。心之忧矣，不逞假寐。区区之忠，惟陛下察之，臣谨昧死。”
这下可不得了，苏东坡是谁，官职虽小，名气却大。平心而论，苏东坡的上书坦白直率，逾乎寻常，既有善意的规劝，又有苛酷的批评，此文一出，立刻在汴京引起轰动。
王安石正式出任宰相，在工作岗位上刚刚站住脚，苏东坡在这个时候出来捣乱，当真是活得不耐烦了。奇怪的是，王安石并没有追究苏东坡越级上书的责任，而且默许苏东坡得到宋神宗的召见。
由此可见，王安石还是比较惜才的，对苏东坡给予了格外关照。这要是换了别人，恐怕还没见到皇帝就已经歇菜了。
就在苏东坡以为自己躲过一劫时，王安石又颁布了一条变法科目：三舍法。
“三舍法”全称“太学三舍法”，即把太学分为外舍、内舍、上舍三等，规定：上等以官，中等免礼部试，下等免解。
“三舍法”以学校教育取代科举考试，上舍生定员一百人，内舍生定员二百人，外舍生刚开始不定员，后来定员七百人。
学生初入学时为外舍生，由教师每月进行一次“私试”，并记录学生平时的学业和品行表现。学校每年举行一次“公试”，只有成绩合格，平时品行良好的，才可以递补为内舍生。朝廷每两年派专员会同学校举行“上舍试”，成绩合格者按次序递补为上舍生，这大概就是最原始的年级教学。
上舍生里的优等生视为科举及第，可以直接做官。次一等的可以直接参加殿试，略去乡试和省试的中间环节。其它上舍生，加上部分优秀的内舍生，都有参加科举考试的资格。
这一改革措施，将太学变成了科举的一个层次，将学校变成了选官制度的组成部分。宋哲宗时，曾一度废除科举，专以“三舍法”选官取士。
“三舍法”属于选拔式的升级，与做官的前程挂钩，从而有利于强化学校教学活动，提高学生在校学习的积极性。
“三舍法”虽然具有一定的进步意义，却在施行过程中出现了致命的偏差。为了达到服务于政治的目的，“三舍法”废除了原来的诗词学业，代之以实事策论，对于宋代文学来说，这无疑是个悲剧。
苏东坡对此极力反对，再次越级给宋神宗上了一封名叫《议学校贡举状》的奏折。
“……得人之道，在于知人，知人之法，在于责实。使君相有知人之明，朝廷有责实之政，则胥吏、皂隶，未尝无人，虽用今之法，臣以为有余；使无知人之明，无责实之政，则公卿、侍从，常患无人，况学校贡举乎？虽复古之制，臣以为不足矣。”
“……陛下必欲求德行道艺之士，责九年大成之业，则将变今之礼，易今之俗，又当发民力以治宫室，敛民财以食游士，百里之内，置官立师，狱讼听于是，军旅谋于是，又当以时简不率教者，屏之远方，终身不齿，则无乃徒为纷乱，以患苦天下耶？”
“……使天下之士，能如庄周齐死生，一毁誉，轻富贵，安贫贱，则人主之名器爵禄，所以砺世摩钝者，废矣。……臣愿陛下明敕有司，试之以法言，取之以实学。博通经术者，虽朴不废；稍涉浮诞者，虽工必黜。则风俗稍厚，学术近正，庶几得忠实之士，不至蹈衰季之风，则天下幸甚。”
尽管苏东坡受到了宋神宗的亲自接见，尽管苏东坡的分析得到了宋神宗的高度认可，但是没有用，变法派与保守派已经水火不容，变法派已经占了上风，所有反对新法的朝廷重臣几乎全部被贬，有关新法的斗争大局已定。
苏东坡心里明白，这封奏折必然会惹来麻烦，即使自己不遭大祸，丢官罢职已在预料之中。俗话说：发昏当不了死。苏东坡该上书还是上书，无论关禁闭还是蹲号子，爱咋咋的。
苏东坡的所有上书均如泥牛入海，新法照样推行。青苗法的强力推行，再次激起了民愤，苏东坡再次上书，请求朝廷废黜青苗法。
宋神宗实在欣赏苏东坡的才华，非但没有怪罪，反而将其委派为“权开封府推官”。在开封府推官任期内，苏东坡出了一道乡试考题《论独断》（全题是：晋武平吴，以独断而亡；齐小白专任管仲而罢；燕专任子之而败。事同而功异，何也？）
王安石认为，苏东坡借考试之名，指桑骂槐，诋毁新法，不给他点颜色瞧瞧，看来是不行了。王安石弟弟王安礼的大舅哥谢景温是变法派的主力，这位爷无中生有，诬告苏轼、苏辙兄弟运送苏洵灵柩回乡时，曾滥用官家的兵卒，并且有可能贩卖私盐。
尽管有司马光这样的重臣说情，但苏东坡被撵出汴京已经不可避免了。为了争取主动，苏东坡干脆主动请求外调，王安石也有此意，正好就坡下驴。
宋神宗亲自下旨任命苏东坡为颍州太守，圣旨在王安石和谢景温那里遇到了阻力，任命书呈报皇帝御批时，苏东坡的官职由太守降成了通判。宋神宗觉得苏东坡人才难得，不能因为这事委屈了他，便亲笔将颍州通判改成了杭州通判。
