在日本靠近京都的近畿地区，有一座美丽的琵琶湖。而在这个湖的南面则是连绵不绝的群山和密林，一个叫伊贺的地方便隐蔽在这群山和密林之间的一片盆地里面。这个叫做‘伊贺’的地区被认为是日本忍者和忍术的发源地。
400万年前的琵琶湖原本并不在它现在所处的位置，而是在现在的伊贺地区附近，后来由于地壳运动经过400万年才缓缓移动到了目前的位置。但是堆积在琵琶湖底的青粘土层，依旧留存在伊贺，成为了伊贺的耕土层。然而青粘土的土质粘性太大，十分不适合农作物生长。生活在伊贺山林中的居民能从耕地获取的微末收成根本无法支持自己生存，他们必依靠为日本各地建造寺社等建筑提供木材，以换取生活必需品勉强度日。
早期伊贺地区的居民大都是‘渡来人’，就是指来自中国大陆和朝鲜半岛的移民。籍《日本书纪》中记载，从中国殷商时代开始，中国北方的百姓很多东逃朝鲜以躲避战乱，其中也有很大一部分直接或间接逃往日本。这些移民将中原的各种农业、工业、手工业、军事谋略乃至佛教等文化技术传入日本。为了便于学习其文化技术，也为了监视其动向，同时也为了利用其先进的生产技术垦荒，大和的朝廷让这些移民居住在近畿地区，其中就包括被视为穷山恶水的伊贺地区。
日本的武士势力崛起于镰仓时代，他们在各地建立了私人军队，并依靠这些私人武装瓜分着日本的土地和钱粮。在这个“武家崛起”的时代，伊贺居民生活困苦不堪，没落的寺社势力再也无法向从前那样因兴建寺庙和神社而向伊贺大规模的采购木材，伊贺人为了生存而必须另谋出路。
也许是因为伊贺地区的收成太低，没有一个强有力的大名愿意支配它作为领地。无法成为大名领地的伊贺因此也没有地区军队的武装威慑而盗贼蜂起，各个村落只能自己组建民兵进行抵抗，由此又衍生出了大大小小的许多地方武装村落。这些武装力量不但攻击盗贼，也相互攻伐以争夺极为有限的生存资源。
微末的收成，木材交易的衰败，为了在兵连祸结的乱世中生存下去，伊贺人索性成为了雇佣军。渡来人将中国古代传统的战争艺术传播到伊贺后，伊贺人以此为基础并结合战斗实践逐渐发展出了一套在战争中非常有效的非常规战法，这种战法被称为“忍术”，使用这种战法的雇佣军则被称为“忍者”。
在伊贺北边毗邻着的甲贺地区，情况和伊贺大体相似。公元1487年，室町幕府中期，甲贺的忍者帮助近江领主六角氏对幕府将军足利义尚的总部发动夜袭，甚至还砍伤了将军，部分伊贺的忍者也参与其中，史称“钩之阵”。这场战争让甲贺和伊贺的忍者名扬天下，忍者的使用也开始被各国大名重视起来，他们争相雇佣忍者用于政治和战争，忍者进入到了历史上的全盛时期。
战国乱世中的伊贺是一个很独特的存在，它有三万人口，其中忍者一千名。伊贺不是任何一个大名的领地，而是各个村落联合起来组成的自治共同体“伊贺惣国一揆”。整个伊贺忍者集团的大小事务，完全由被称为“上忍三家”的三个最有实力的忍者家族服部、百地、藤林的意见进行决策。另外还有被称为“伊贺十二人众”的十二个伊贺豪强的家族协助上忍处理具体事务。伊贺的忍者受各国大名雇佣完成各种任务，也有部分忍者成为了大名的私属，但是“伊贺众”自古以来就不从属于任何一个固定的大名，而大名们也并不愿意为了支配土地较为贫瘠的伊贺之地，与整个伊贺忍者军团为敌。
藤林长门守即是伊贺“上忍三家”之一的藤林一族的族长。藤林家即使是在伊贺内部也是一个神秘的家族。藤林长门守保丰长年在外奔波，负责伊贺与其他势力的具体交涉。他每次出现都戴着能乐面具，穿着绣有苍龙的长衫，至今没有人见过他的真面目。藤林长门守至今膝下无子，也不近女色，所以有传言说他在执行一次任务时，男根被砍伤了。
“上忍三家”里剩下的两家，服部家族早已举家迁出伊贺，来到三河侍奉松平家。所以实际上整个伊贺的具体事务全权由伊贺的上忍百地三太夫负责。然而外界只知道伊贺有藤林长门守，伊贺实际的掌权者百地三太夫却鲜有人知。
百地丹波守三太夫，是公认的日本战国时代伊贺流忍术的始祖，他出生于名张，表面上是伊贺当地的豪族，而真实身份则是与服部家、藤林家同称为伊贺“上忍三家”的百地家家督。
百地三太夫从小就对忍术展现出过人的天赋，以及对形势深刻的洞察力，15岁就被推举为伊贺的上忍，并马上在治理和统辖方面展现出十分出众的能力。正是在他的领导下，作为自治体不受其他大名的支配和庇护的伊贺进入了全盛期。他在伊贺主持修筑十分先进和完善的设施，又根据战争需求革新了忍者训练方式，大大提高了伊贺忍者的素质。百地三太夫领导下的伊贺俨然就是一个忍者国家。
