位于伊贺之北有一处名叫甲贺的地方，两边仅一山之隔。同样的生存环境，使得甲贺地区也形成了与伊贺一样的忍者聚落，这里的居民也属于“渡来人（中国和朝鲜移民）”的后裔。相传数百年前，甲贺流忍术是由伊贺流的一个分支发展而来的。之所以后来分成两支，是因为在伊贺有一次两个实力相当的师兄弟之间争夺头领人选，结果失败的一方被迫离开伊贺，来到一山之隔的甲贺创立了新流派---甲贺流忍术。
当然，两者虽然联系紧密，在各方面还是有很大的不同之处。
首先最基本的区别是表现在组织形态上的。虽然甲贺也和伊贺一样，由各个村子相互联结形成一个统一的自治共同体。但是在甲贺，没有处于核心决策地位的上忍，而是由五十三家分散的忍者家族共治，通过投票表决来决策和管理甲贺内部的大小事务。每一个忍者家族处于领导地位的是一位中忍，单独接受委托和行动。其结构有点类似于“邦联制”国家。
由于甲贺具有这种特殊的组织形态特点，其忍术修习上也和伊贺有很大区别。在伊贺，由上忍集中接受其它势力的委托，然后分发给中忍和下忍执行。因此伊贺的忍者经常要被上忍单独指派去执行任务。他们的修炼也十分重视个体的修行，强调独立行动能力，并且喜欢修炼各种武器武技；而在甲贺，则是由五十三家的中忍分别接受其他势力的委托，一般是一个家族或多个家族集体出动执行任务，因此甲贺忍者更重视相互之间的协作。他们在忍术修炼中也十分注重个体之间的默契配合。甲贺的忍者都十分擅长药物的使用，而对于武器的使用，他们只注重最实用的剑道。由于长期的剑术修行，甲贺忍者的手臂十分粗壮。
此外，甲贺虽然表面上和伊贺一样是一个独立集团，不从属于任何大名，但是实际上却和近畿的霸主六角家有千丝万缕的联系。
甲贺流从成立开始，就不停的伊贺作对，据说是当年创立甲贺的第一代忍者流传下来的遗令，希望后代能为自己报这一箭之仇。然而更深层次的原因是双发因为争夺土地、大名的委托而激发的矛盾。
数百年来甲贺忍者的实力逐渐壮大，并被认为可以和伊贺忍者实力相当。尤其是在长享元年发生的‘钩之役’中甲贺忍者的表现让其名声大噪。
长享元年（公元1487年），日本处于室町幕府中期。当时的幕府将军足利义尚攻打反抗幕府的近江领主六角氏，把六角家当主六角高赖赶到了南边的甲贺地区。当年甲贺还只属于南近江的一个郡，理论上属于六角高赖的领地。为了获得对甲贺郡的自治权，甲贺的五十三家中忍应六角高赖的要求，用游击战术在甲贺的群山密林之中与幕府将军的军队周旋。
甲贺的忍者有时埋伏在幕府军队的必经之路上对其进行伏击，有时乘着夜色袭击幕府军队的营地，烧毁其物资。当幕府组织军队反击时，甲贺的忍者立刻撤退，并利用高山、丛林隐蔽起来。幕府的军队虽然数量庞大，却无法对甲贺的忍者造成伤害，反而让自己疲惫不堪，夜不能寐。甲贺的忍者还伺机对幕府军的指挥中心发动夜袭，甚至还砍伤了将军。甲贺忍者就是凭借这种战术和数十倍于己的幕府军周旋了两年之久，直至足利义尚病死，幕府军队不得不撤退，史称“钩之役”。
甲贺众帮助六角高赖打退幕府军队后，做为回报，六角高赖如约承认了甲贺众对甲贺郡的所有权和独立地位。六角高赖还挑选出了五十三家中表现最出色的二十一家，授予了感谢状，并和甲贺五十三家中忍建立了长期的雇佣关系，以获取其军事帮助。之后，幕府军第二次征讨六角家时，六角高赖又跑到了甲贺，得到了甲贺五十三家的保护。由于六角家和甲贺忍者长期合作，数个忍者家族直接被六角家延揽为家臣而为其效忠的。
从此，甲贺的影响力逐渐盖过了伊贺。甲贺与伊贺争夺土地、人口和大名的委托。
同一时间，伊贺却因为得不到大名的委托，为了土地和甲贺混战而逐渐衰落。有许多人由于饥荒而被活活饿死或者背井离乡，逃荒至别处讨生活。就连当时伊贺的上忍服部正成也带领服部一族离开了伊贺，来到三河侍奉松平家。
然而甲贺并没有如愿吞并伊贺，因为百地三太夫成为了伊贺的上忍。在他的领导下，伊贺一改往日忍者只为武士服务的传统，开始与有势力的商人合作，扩大了接收委托的范围，逐渐恢复了影响力。而甲贺也并没有放弃吞并伊贺的计划。
甲贺的忍者屋敷内，五十三家的中忍聚集在这里就此事进行商议。甲贺的五十三位中忍名义上地位平等，但自从六角家在‘钩之役’中为甲贺众所救后，立刻认识到了这群甲贺忍者的价值，而将势力延伸到甲贺。由于六角家的介入，名义上平等的甲贺五十三家忍者之间的地位立刻有了差别。这种差别从他们进行会议时的座位排列就可以看出端倪。
坐在屋敷内的五十三位甲贺中忍分成两批，相向而坐。坐在上首的二十一家是在“钩之役”中因战功被六角高赖授予感谢状并重用，世代侍奉六角家的忍者家族的中忍，他们又分别分成“柏木三家”、“北山九家”、“南山六家”、“庄园内三家”四组坐好。而坐在最上首的中央位置的是一位嘴角上扬，但是眼神却十分阴郁的老者。
这为老者名叫望月吉栋，是甲贺影响力最大的忍者家族望月一族的族长，甲贺的这间忍者屋敷就属于望月一族。望月吉栋十三岁那第一次作为忍者参加了‘钩之役’，因为作战英勇而被六角高赖授予感谢状并收为家臣。六角高赖死，望月吉栋带领望月一族继续侍奉六角高赖之子六角定赖，并帮助其降伏北近江的浅井氏，从此控制京都，称霸近畿，威震日本。
望月吉栋也从此威名远播，为世人所知，并领导望月一族一跃成为甲贺最具影响力的忍者家族，成为了‘甲贺五十三家’中的霸主。忍界曾流传有‘望月甲贺，服部伊贺’的说法，说明望月一族在甲贺的影响力和当时支配伊贺的上忍家族服部一族在伊贺的影响力一样强大。
而以望月吉栋为首的‘甲贺上首二十一家’凭借自己侍奉的大名六角家的支持，逐渐掌控了整个甲贺。六角家则借此在甲贺扶持了‘亲六角家’势力，逐步加大了对甲贺的控制。获得六角家支持的甲贺对伊贺的态度变得更加激进，他们强烈要求向伊贺扩张，夺取更多资源。
而其余的三十二家，以在甲贺拥有领地最多的多罗尾光俊，则坐在下首。他们对伊贺的态度相对温和派，但是仍被胁迫着对伊贺执行各种激进措施。
望月吉栋对众人说道：“听闻伊贺百地三太夫秘密派遣他的三名弟子在北九州找到了用于勘合贸易的文书，并成功躲避外闻忍者众的追击回到了伊贺。据说这三名忍者连‘下忍’都不是，看来伊贺众的实力越来越强了！”
这时从‘柏木三家’中走出一位年轻忍者说道：“伊贺众搜集勘合文书，不大可能是自己用来使用，很有可能是受堺港商人的委托。若真是这样，说明百地三太夫已经和堺港开始相互勾结，以后就更难对付了。我们必须要马上采取措施！”
望月吉栋摇摇头，说道：
“俊好，稍安勿躁!忍者要等待最佳时机才出手！”
