洪武十八年（公元1385年），有人控告李存义父子实际是胡党分子，应该处死。由于李善长的关系，太祖下诏免李存义父子的死罪，只是将他们安置到崇明一带。李善长却没到太祖那里谢恩，明太祖很不高兴。洪武二十三年（公元1390年），李善长已是一位77岁高龄的老翁了，他想要建造豪华府第，就从信国公汤和那儿借来三百名士兵。汤和暗中告诉了太祖，太祖有疑虑，不知李善长要那么多士兵搞什么名堂。四月，丁斌犯罪要发配边疆，他与李善长有亲戚关系，李善长就多次向太祖为丁斌求情。太祖执法如山，对李善长看重私情的做法也很反感。
后来，又有人向太祖告李善长的状，说：“大将军蓝玉有一次到边塞戍守，来到捕鱼儿海那个地方，偶然间截获了一份情报，原来胡惟庸私通元朝残余势力，企图合兵谋叛。蓝玉迅速将详情呈报给李善长。李善长和胡惟庸有密切的交情，又有亲戚关系，所以李善长就把胡惟庸私通谋叛一事匿而不报。连万岁您都不知道，他的确犯有欺君之罪啊！”御史台的官员也趁机纷纷上奏，揭发李善长的罪状。就连李善长的家奴卢仲谦等，也状告李善长和胡惟庸相互贿赂，并常在一起暗中议事，有图谋不轨的迹象。太祖对李善长的不满转变为嫉恨，便萌发了杀他的念头。太祖认为，李善长既是开国功臣，又是皇帝国戚，却对胡惟庸的谋反企图遮遮掩掩，真是对自己不忠不义。
不久，有大臣面奏太祖，说近期星相大变，经占卜知道，将有大灾降临，须杀掉一些大臣来消灾，不然，国家会有大难。太祖会意，知道这是在请求杀掉李善长。于是，太祖以李善长同胡党一道，暗地勾结北元企图谋叛的罪名，逮捕了李善长。洪武二十三年（公元1390年）五月的一天，李善长被赐自缢而死。犯谋逆罪当连坐，因而李善长的妻女弟侄家口七十余人也被株连斩杀。李善长死时，已是一位白发苍苍、行走不便的老翁了，他怎能有精力谋叛？而且家口七十余人也因此惨遭杀戮，岂不太冤了？值得庆幸的是，李善长还算是后继有人。他的儿子李祺是皇上的驸马，因而未被株连进去。李祺夫妻迁居江浦一带，不久也死去了。而他们的两个儿子李芳、李茂，因母亲贵为公主，保全了性命，而且还做了官。李芳任留守中卫指挥，李茂任旗手卫镇抚。这也算是李善长一家不幸之中的万幸了。
时人奏谏冤案渐明
明太祖朱元璋是一位马上皇帝，他的许多文武官员都曾随他长期征战沙场，立下赫赫战功。这些开国功勋自然会萌生居功自傲的情绪，有不少公侯将相还曾是太祖早年时的故旧，也常做出违法的事情来。这都对太祖的皇权造成了威胁，这是太祖所无法容忍的。朱元璋是一位权力欲极强的皇帝，从建立明王朝以来，他就注意加强皇权，巩固自己的朱氏王朝。当他感到宰相胡惟庸有谋逆企图时，就坚决地镇压了这次未遂叛乱，并将与胡惟庸稍有关联的人都一律划为“胡党”，加以无情的诛灭。
明太祖是在艰苦的战争环境中成长的，养成了他嗜杀的习性。他主张以猛治国，运用特务机构和酷刑来威慑臣民。他的皇太子朱标生活在太平环境中，长期受儒家教育的影响，为人忠厚，主张仁恕之道。太祖深知，凭朱标的性格能力，难以应付文武功臣骄横不法的局面。所以他要在有生之年，杀尽所有对朱标的统治可能构成威胁的朝臣。
据载，有一次，皇太子朱标劝谏太祖：“父皇您杀人太多了，弄得人人自危，恐怕不合适吧？”太祖只是瞪了他两眼，未作声就拂袖离去。到了第二天，太祖把朱标喊到身边，故意将一条棘杖放在地上，叫朱标拿起来。朱标面有难色，不知如何是好。太祖于是严肃地教训他：“怎么样？你怕有刺扎手，是吧？我现在要把这些刺都给去掉，然后再交给你，不就很容易地拾起来了吗？我所杀掉的都是天下有刺的坏人，只有除掉他们，你才能顺利地当这个家。”皇太子朱标却反驳道：“上有像尧舜一样贤明的国君，下才有像尧舜一样有德行的臣民啊！”太祖听后十分恼火，认为儿子在讽刺他无尧舜之德，就拿起身边的椅子，要砸朱标，朱标只好逃走。此事尽管未必真实，但从侧面反映了太祖为了太子将来能坐稳皇帝宝座，企图将这些功臣都斩尽杀绝，不给太子留一点“刺”。李善长等人就是这些可能会危及太子皇位的“刺”，因此，他们的死就并非偶然了。
明初洪武时期的文武大臣，多依附于某一派系集团，各派系斗争十分激烈。其中淮西派占据优势，太祖朱元璋和徐达、李善长、胡惟庸、汤和等都是淮西人。浙东派官僚则以刘基为代表，在各政治派系中属于少数派。淮西派与浙东派官僚间结怨甚深，而淮西派内部也有一些矛盾。同时，还有其他官僚集团与淮西派间的矛盾。在各派政治派系之上，皇帝牢牢控制着国家的大权，他便利用各派系间的矛盾，重用淮人，又用非淮人来监视淮人，加强和巩固皇权。
李善长就生活在这种复杂的派系纷争之中。可他却未能恰当地处理好各种矛盾，以至于树敌太多，引起皇帝怀疑，造成了个人悲剧。有一次，太祖到汴梁（今河南开封）大会诸将，李善长和御史中丞刘基在南京留守，李善长的亲信李彬犯法，李善长向刘基求情，刘基置之不理，请示太祖恩准后，就杀掉了李彬。浙东地主集团本来是淮西集团的眼中钉，再加上这件事，结怨就更深了。
李善长与淮西派同僚也未能团结一致。早在太祖还做吴王时，李善长和徐达分别任右相国和左相国，他们因争议出兵吴地一事而争执不下，结果太祖听从了徐达的策略，出师大捷。自此，两人便不能和睦相处。汤和同李善长关系也不融洽。李善长有次借了汤和的士卒营建府邸，被汤和告了密状，使太祖对李善长更加不放心了。当有人状告李善长对胡惟庸私通北元一事匿而不报时，不少大臣纷纷上书，弹劾李善长，这更加快了李善长被杀的进程。可以说，李善长的冤死，也是明初各官僚集团间斗争的结果。
由此可见，李善长之死并不是偶然的。但是，李善长的死毕竟是冤枉的。因为，尽管他被以勾结胡党谋逆之罪受诛，但却无足够的证据来证实这一罪名。距胡惟庸党案发生已十年了，早已白发苍苍的李善长，怎么有精力再去谋叛朝廷？他难道不愿和家人一起过太平生活吗？可最终太祖却以杀大臣弭灾为借口处死了他，真是荒唐透顶！况且，李善长家口七十余人都随着被杀，岂不是太冤枉了吗？从李善长冤死一案，就可以很清楚地看到，明初的政治斗争是何等的残酷！
许多正直的大臣深知李善长之冤。其中一位名叫王国用的人，为人刚正不阿，直言敢谏。当时他官任虞部郎中，他分条陈述了李善长冤死的理由，并由明初名臣解缙代笔誊写了一份奏折，呈给了太祖，诉说了李善长一案的冤情。
奏折的大意是说：“人们喜爱自己的儿子，一定比喜爱其兄弟的孩子更深，这是人之常情。李善长与胡惟庸的关系，不过是侄子那辈的亲戚。假使李善长辅佐胡惟庸谋成大业，也不过是开国第一大功臣而已，能当上太师或国公。他家的男人不过能娶公主为妻，女人也不过被封为妃子罢了。况且李善长又怎么不知道不可以侥幸心理谋求成功的道理？当年元朝鼎盛之时，想要谋求大业的人多得无法计算，可结果呢，没有一个不被斩尽杀绝的。这些事情都是李善长经常看到的。人要是年纪大了，精力自然赶不上从前了，谁不想生活得安逸一些呢？苟且偷生，得过且过的想法，李善长是有的。他怎么会被那些亡命之徒诱惑呢？况且，他的儿子还在侍奉陛下您，陛下您想，凡是做这种反叛朝廷事情的人，必定与您有深仇大恨，或是因形势突变所致，都是迫不得已而为之。假若李善长父子去谋叛您，以求脱逃灾祸，那么他们必定不会像往常一样起居自若。谁都没有发觉他们有丝毫的行为不轨的迹象，若说他们有意背叛陛下您，是很难让臣民信服的。如果说天象显示出发生变乱，朝中大臣须应灾，这种以杀人应验天象的说法，怎么能认为是上天的意思呢！如今李善长已不幸被杀身亡，臣在这里恳求陛下您能明察此事，愿您能在将来再处置这种事情时，以李善长的事作为借鉴。李善长被冤杀了，天下谁不这样说：‘为国家立下汗马功劳的李善长，他最后的下场又怎样呢？’我担心天下会大乱，中国将陷入四分五裂的境地。愿陛下您能多为大明的江山社稷想想啊！”
这份奏折呈上后，一直未有回音。其实，太祖心里清楚，李善长不会谋反的，杀他的确没有充足的理由。太祖杀李善长只是出于当时政治上的考虑，说李善长私通胡党谋叛只是借口罢了。可是，太祖对王国用也找不出充足的理由指责他，再说人家讲得句句在理，也是为了大明的江山社稷着想。因而，太祖就装着什么都不知道，没再给王国用任何答复。这份奏折也就被一直扣压在宫中了。从此以后，这桩震惊朝野的大冤案就再也无人提起了。
成名欲隐退诬陷去官俸
——刘基之冤在明朝的开国功臣当中，有所谓“明初四先生”之称，其中最著名的是刘基和宋濂。宋濂以文章博知著称于世，刘基则以谋略出众为历代所传颂。明朝的开国皇帝朱元璋将刘基称之为自己的张子房（张良）。仅此一点即可看出，刘基在朱元璋众谋士中的地位是何等之高。刘基功成身退，欲求自保。但是，他却受到诬陷，被削去官俸，忧郁而死，其子也被逼跳井身亡。
生逢元末孤臣忠心
刘基刘基（公元1311—1375年）浙江青田人，字伯温。刘基家是当地望族，他的曾祖父名刘濠，在宋朝末年任翰林掌书。宋朝被元灭亡后，青田人林融起兵反元，浙江的许多士大夫参与其事。这次起义被元军镇压下去以后，元廷遣官穷查余党，当地许多士大夫受到株连。元朝使者带着被株连者的名单，准备大肆诛杀。这个使者在刘濠家借宿，刘濠对使者盛宴款待，令其喝得酩酊大醉。半夜时，刘濠放火烧了房子，使者所携带的名单也随之被大火烧掉。于是，名单上被株连的人都因此而幸免于难。
刘基自幼聪明过人，他的塾师曾对他父亲说：“你祖上积德深厚，所以神灵让你家生了这么个聪明的孩子。这个孩子日后的前程不可限量，一定会为你家光耀门庭。”刘基的父亲自然十分高兴，更加留意对刘基的培养，总是聘请最有学识的人充任刘基的塾师。
元末至顺年间，刘基举进士，授官高安县丞。他为官清正廉洁，颇有政声，不久就被提升为江浙儒学副提举。一个御史失职，刘基上疏弹劾。由于这个御史的同党暗中阻挠，刘基的奏疏如石沉大海。刘基极为气愤，便又上一疏，再次对那个御史进行弹劾，但仍和上次一样，未产生任何作用。不仅如此，这个御史的同党还对刘基进行威胁利诱。这件事对刘基的刺激很大，使他认识到了官场的黑暗。他本来打算尽心为元朝效力，但此事对他无异于当头一棒，使他感到事不可为，没必要再为腐朽的元王朝卖命。于是，他毅然辞去官职，回到青田老家。他利用家居的这段闲暇，博览群书，不仅精读儒家经典，而且对天文术数之学无不精通。
元末天下动荡，农民起义此起彼伏，元王朝处于风雨飘摇之中。刘基一面在家读书，一面时刻关心着天下大事，与友人谈话时，总是侃侃而论，见解精辟，令人倾倒。西蜀大名士赵天泽在说起江左人才时，首推刘基，认为刘基是一个可以和诸葛亮并列的人物。
元顺帝至正八年（公元1348年），浙东人方国珍趁天下大乱，亦起兵反元，在濒海各州县大加劫掠。元军对方国珍屡加征讨，而方国珍的势力却越来越大。元朝官府鉴于刘基的声望，遂征聘刘基为浙东行省都事，要他协助剿除方国珍。刘基建议，加固庆元等城池，然后派出精锐伺机攻杀。浙东行省按照刘基的建议重新布署，使方国珍很快陷于被动，屡次被官军打败，损失惨重。迫不得已，方国珍遂上书请降。那些当政的官员大都暗中接受了方国珍的贿赂，所以都主张接受方国珍的投降。
刘基虽然是方国珍的同乡，但却力主拒降，认为方国珍投降是假，日后仍旧会危及地方。刘基一再力请，惹得当局大怒，认为刘基越权言事，竟将刘基羁押于绍兴。当时，方国珍得知刘基反对受降后，也曾派人以重金向刘基行贿，但被刘基严辞拒绝。方国珍最后终于如愿以偿，使元廷接受了他的投降，他名义上虽投降了元廷，但实际上仍拥兵自雄，并不服从元廷调遣。后来果不出刘基所料，方国珍不久又叛乱。
方国珍投降不久，其他小股农民起义不断出现。在屡剿不效的情况下，浙东行省便又重新起用刘基，与另一个官员协力防守处州。在刘基的精心谋划下，处州的防务大为加强，起义军数次进攻都被击退。为此，经略使向元廷上报刘基守城功高，请予升赏。但因刘基曾反对招降方国珍一事，当局并未按功行赏，而只是授给刘基一个总管府判的小官，且不能参与兵事。刘基感到这是对自己的污辱，遂辞官还籍。他在这段家居期间，写成了《郁离子》一书，在书中表达了他的豪迈志向。这表明，他并不安于这种家居生活，而是在等待时机，以求一展宏图。
出谋划策翦灭群雄
刘基生活的元末明初是个急剧动荡的时代，天下纷纷扰扰，战乱不止。至正十一年（公元1351年），刘福通等人以“重开大宋之天”相号召，在河南发动了大规模起义，各地的白莲教徒纷纷起兵响应。明太祖朱元璋原是个游方僧，他看到天下大乱，便丢弃了僧人的衣钵，投身到郭子兴的起义军中。郭子兴看他才略出众，就把自己的养女马氏嫁给他，这就是以贤惠著称的马皇后。至正十五年（公元1355年），郭子兴病死，朱元璋就成了这支队伍的统帅。他率军渡过长江，并于第二年攻占集庆（今南京），改名应天府，作为自己的根据地。朱元璋的力量一天天壮大起来，成了逐鹿中原的一支劲旅。
这时，除了北边的元政权以外，对朱元璋威胁最大的是陈友谅和张士诚。
陈友谅原是徐寿辉的部下。徐寿辉是长江中上游的红巾军首领，国号“天完”，年号“治平”。后来，陈友谅把徐寿辉杀掉，自称皇帝，国号“汉”，年号“大义”。他拥众数十万，与朱元璋展开激烈的争战。
张士诚以平江（今苏州）为都城，自称诚王，国号“周”，年号“天佑”。他不属红巾军系统，对元政权时降时叛。另外，浙东还有一个方国珍割据政权，也有相当势力。在四川，明玉珍还建立了一个大夏政权，年号“天统”，定都重庆。这些割据势力你争我夺，都想取元政权而代之。朱元璋被夹在陈友谅和张士诚两大集团中间，时刻面临着来自两边的攻击。陈友谅和张士诚还不断暗中联系，企图联合灭掉朱元璋。
