7月6日，马歇尔交给前苏联驻美大使一份照会，宣称：“美国毫不含糊地断言，在柏林拥有占领地段，并在那里自由出入，这是由于德国被击败并投降而产生的既定权利，而且是经几个主要盟国之间的正式协定确定的。美国还宣布，它决不会由于威胁、压力或其他行动而放弃上述权利，希望前苏联政府在这一点上不要抱任何幻想。”照会态度的强硬，非同一般。
在美国军政要员中，只有驻前苏联大使史密斯主张采取让步的政策。他认为从根本上讲，西方是迟早要撤离柏林的，要维持这样一块飞地，对美国来说，非常不合算，美国当初进驻柏林就是一个错误，但现在撤出还为时不晚。
史密斯的建议，没有得到国务院和行政当局的采纳。
双方在柏林剑拔弩张，战争有一触即发之势。一旦战争在柏林打响，美国是否应该在前苏联使用原子弹？9月10日，海军部长向马歇尔提出，应该就此问题作出一个决定。马歇尔回答说，此事要由杜鲁门总统作决定。13日，国防部长向杜鲁门提出了原子弹使用问题，杜鲁门说，他向上帝祈祷勿使他非做此决定不可，但如到了必要的时候，他们无疑一定知道他会做出什么决定。杜鲁门的回答是十分明了的，即如有必要，就会毫不犹豫地使用。
14日晚上，《华盛顿邮报》的发行人邀请其他19家大报的发行人到马歇尔家里听取国务院、参谋长联席会议关于战争一旦爆发是否使用原子弹的座谈，座谈中，大多数人认为“美国人民赞成”使用原子弹，整个全美的反苏情绪大幅度增长。马歇尔使用杜勒斯的话说：“你要是不使用原子弹，美国人民会把你钉在十字架上。”
对于当时的紧张形势和是否使用原子弹的问题，马歇尔实际上也还是有些把握不住，马歇尔于是拜访了老友伯纳德·巴鲁克。巴鲁克是美国当时最年高德劭的政治家，也是丘吉尔和罗斯福的密友，马歇尔开门见山地说：“俄国军队在俄国、波兰和德国边境地区调动，搞得我六神无主，我不知道这些调动要出什么事？”接着他说美国有能力摧毁前苏联从黑海到波罗的海的所有目标。
巴鲁克对马歇尔讲的话颇感惊讶，他认为华盛顿正在策划打一场预防性的战争，他告诉马歇尔，前苏联人存在自卑感，对谁都不相信，这是实在的，但是，他们未必真正准备打一场同美国的战争。如果美国贸然发动对前苏联的预防性战争，那也将是一件可怕的事，使用原子弹的话，那后果会更为严重。不久，巴鲁克应马歇尔之邀，赴华盛顿参加一次马歇尔的所谓“智囊”会议，巴鲁克再一次表示了他对美国将打一场所谓预防性战争的担心。
柏林危机发生以后，美、苏之间都没有把谈判的大门关死。从8月初起，双方开始断断续续的谈判，危机持续了一年多的时间，美国的空运直到1949年9月结束。这一事件具有双重的意义：一是表明美国人致力于在欧洲前哨保持一个基地的决心；一是柏林事实上已经分裂，德国变为了两个政治实体，西方国家在军事、经济方面组成了统一性的集团。
与德国问题同时存在的还有所谓巴勒斯坦问题，此事非常棘手。美国国内不易取得一致意见，在总统与国务院之间也出现了明显的分歧。美国态度反复无常、无所适从。
1947年，联合国大会的大部分时间里，都在讨论巴勒斯坦问题。这一问题由来久远，背景复杂，牵涉面十分广泛。
古代犹太人的家园在地中海的巴勒斯坦。公元2世纪，罗马帝国将犹太人逐出巴勒斯坦，犹太人流落于世界各地，遭受到种种迫害和歧视。随着阿拉伯帝国的兴起，信奉伊斯兰教的居民移居到了巴勒斯坦地区。16世纪初期，地中海东岸被奥斯曼土耳其人征服。
新航路开辟以后，西欧各国在世界各地进行殖民活动，并率先进入资本主义社会，中、近东成为列强争夺的重要场所。第一次世界大战中，英国人以帮助摆脱土耳其人控制为条件，在一些阿拉伯人的支持下对土耳其军队作战。战争结束以后，国联以委任统治的形式把巴勒斯坦交由英国人管理。1917年，战争尚未结束，当时担任英国外交大臣的贝尔福发表宣言，允诺在巴勒斯坦地区建立犹太人家园。这样，迁居巴勒斯坦的犹太移民不断增加。英国政策的自相矛盾性导致了阿拉伯人和犹太人在巴勒斯坦地区相互残杀。1936年5～9月，要求犹太人停止向巴勒斯坦移居的巴勒斯坦人，发动了全面的起义，造成大规模的流血冲突。阿拉伯人的起义使英国人意识到了事情的严重性，于是在1940年，断然采取了限制犹太人移民的政策。
第二次世界大战对在巴勒斯坦问题上对立的犹太人和阿拉伯人都产生了巨大影响。针对战时纳粹对犹太人的屠杀，救济犹太人作为一个国际问题被提了出来，犹太复国主义中心由欧洲转移到美国。犹太人反对英国限制移民的斗争愈演愈烈，美国政府也施加压力，1946年，犹太教赎罪日前夕，杜鲁门总统发表演说。要求英国取消对犹太人前往巴勒斯坦的限制，这使英国进退两难。1947年春天，英国政府宣布将于1948年夏退出托管，把巴勒斯坦问题交给联合国处理。
马歇尔在担任国务卿之前，对巴勒斯坦问题的了解是零散的。担任国务卿以后，有关巴勒斯坦问题的材料不断送来，国务院的有关官员也向他介绍了情况，马歇尔了解到，从国会到总统，似乎都是支持犹太人在巴勒斯坦地区建立独立的犹太国的，但这导致了阿拉伯国家的激烈反对。
1947年2月中旬，贝文要求联合国召开特别会议，为巴勒斯坦问题提出建议，以供9月联合国大会讨论。特别会议于4月28日召开，在美国的提议下，由中立国家组成一个调查委员会，提出处理巴勒斯坦问题的建议。
有人要求马歇尔拿出美国自己处理巴勒斯坦问题的方案，但马歇尔感到左右为难，不好决断，犹太人在美国的力量不小，杜鲁门的立场倾向十分明显，而阿拉伯人则有着大量的石油资源，中东地区地理和战略位置十分重要，美国无论采取偏向哪一方的立场，总会导致其中一方的反对。但同时，马歇尔又担心前苏联趁此机会向中东地区渗透。这样一种困难的境地，使马歇尔决定不采取主动的行动，，不搞所谓的“美国计划”，马歇尔的意思是看大多数国家的态度而定。
联合国巴勒斯坦调查委员会经过调查提出报告，建议把巴勒斯坦分为犹太人国家和阿拉伯人国家，从1947年9月1日起。经过两年过渡期后完全独立。
1947年11月25日，联合国就调查委员会的报告进行表决，结果是多数票赞成分治，美国和前苏联都投了赞成票。
联合国表决在阿拉伯世界产生了强烈反响，不少阿拉伯国家对美国提出了激烈批评，巴勒斯坦地区犹太人和阿拉伯人的仇杀愈演愈烈，英国人表示不愿参加执行不为双方接受的决定，他们准备于1948年5月结束托管，让联合国去应付这一局面。美国弄得比较尴尬。国务院、五角大楼都倾向于对11月份的表决进行重新考虑，杜鲁门总统的态度左右摇摆不定。但到1948年3月，他已同意了在巴勒斯坦地区先实现双方停火，暂停实行分治的计划。
犹太人的抗议信件潮水般地涌入白宫。犹太复国主义者领袖不断做杜鲁门的工作，并且表示，他们甘冒发生大规模武装冲突的风险，在英国宣布结束托管之际，就宣布建立犹太人国家，要求杜鲁门总统予以承认。5月13日，杜鲁门答应了犹太人的要求，14日下午，美国第一个承认以色列。
但此时马歇尔还蒙在鼓里，根本不知道杜鲁门改变了主意。美国驻联合国的代表团正在发言，阐述美国暂停实行分治的立场，结果引起了一场混乱，不少国家纷纷批评美国这种相互冲突的作法，一些准备看美国态度而行动的国家感到上当受骗了，美国在联合国的威信降到最低点。马歇尔的一些朋友劝他向杜鲁门辞职，据说马歇尔回答说：总统根据宪法有权作出决定，不能因为总统作了一个决定就辞职。没有迹象表明此事影响了杜鲁门与马歇尔之间的关系。
