夺情风波，不论是在个人的性格上，还是在对国家的改革政策上，对张居正的影响都非常大，不仅没有延缓对国事的改革，反而更激进了。就在夺情前后，他提出三件大政。
第一件是河漕合并，河道与漕运在明朝原来是分开的两个部门，张居正此时将它们合二为一，并将这两个部门交给他之前支持治河的吴桂芳。由于张居正的支持，吴桂芳起先的治河很有一些成就，但是后来吴桂芳开通草湾的结果却造成更大的麻烦。此时潘季驯提出他治河的主张，束淮河的清水，冲击黄河的泥沙，两河并流，这样黄河出海口以及草湾的问题就会同时都得到解决了。万历六年初，吴桂芳病死，张居正立即改弦更张，全力支持潘季驯治河，到万历七年秋，潘季驯根据他自己的主张，治河取得了巨大的成功。由于得到张居正的大力支持，潘季驯本人甚至上疏奏请张居正为治河首功。张居正诚恳的拒绝了，将功劳归于潘季驯。在用人上如此宽大的胸怀，正是一代卓越政治家的过人之处。潘季驯感激这种知遇之恩，就算是后来张居正遭到清算的时候，另可拼上自己的身家性命，也要保存张居正的名声，虽然这种努力最后并不成功。
张居正提出的另一件事情，就是进行全国性的田亩清丈，这是一个更大的政策，也是全面施行一条鞭法的基础。朱元璋最初定的天下税亩，是超过8.5亿亩【1】。但是到了弘治年间清核天下田土，只剩下6.2亿亩。【2】这中间，虽然会有一些土地被抛荒，分封给诸王或者收归官田、学田，但是这仅仅是占天下税亩极小的一部分。明朝建国以来，国家休养生息了二百余年，并没有多少土地流失的理由。大量的土地被拓荒，仅朱元璋之后，就对贵州整省的开发。国家的税田，应该大量的增加才对，怎么反而少两亿多亩呢？土地兼并！越来越多的土地，不断从中低产小民手里被侵占，掠夺，收买等各种手段归并到大地主豪强的手里。历经两百余年，土地被兼并十分严重。大量的土地归并以后，地主豪强为了达到逃税的目的，又通过各种手段隐瞒土地数额，致使明朝账面上的税亩大量减损。另外，不仅仅是税亩，朱元璋还定了天下军屯田四亿多亩，这些土地，不包括在当地官员征税的黄册之内，到了晚明，这些土地也被侵占的所剩无多。粗略的估计，明朝此时至少有一半的土地没有征收到应有的税。清丈土地，就是把这些隐瞒的土地清查丈量出来，以增加国家的收入。这是要跟整个天下，跟封建社会中最强大的群体作对，没有谁会因为国家的利益把自己的即得利益老老实实的吐出来的。历史上，多少伟大的人这样为国家谋福祉，其结果，几乎都没有善终。以张居正的智慧，他又如何不知。然而，“苟利社稷，死生以之”【3】，张居正以此为座右铭，也是这样希冀他的同僚和下属的。这是一场几乎不可能取胜的战争，是一个超卓的政治家改革的决心，是面对天下蠹虫抬棺决战的战书。清丈田亩的施行，最大的敌人却不是反对的声浪，而是官员们对清丈田亩在政治意义上的认识不足。有的官员为了增加田亩数为功，多报清丈数据，以尺寸较小的丈量仪器，或者征收其它的田亩来充当虚粮；有的出于“爱民”的理由，则尽量的少报田亩数，或者降低土地的质量，以减轻百姓的负担。地方官爱不爱民，由谁书写？当然是当地拥有土地的地主阶级，他们才有钱读书，他们才有权替百姓代言。真正底层的民，又有谁来爱？不论是为政绩多报，或为名声少报，对于官员们个人来说，政绩和名声才是最终为他们个人换来权与利的。为什么海瑞没有被重新起用？海瑞很能做事，而且做事很务实，张居正改革，他也表现的很积极，希望复出为官，为民谋福利。但是海瑞的名声更盛，在当时的环境，他的名声会更加成为官员的榜样，而不是他的务实。因此，张居正很诚恳的写信把海瑞摁在家里，不让他当官。这种苦心，恐怕就是我们今天的人，也很难理解。从万历六年初到八年未，时经三年，核天下田亩7.2亿亩【4】，比起弘治年间，仅增长了一亿多亩。很显然，这个成果离实际还相差甚远。如果有机会，张居正肯定会进行第二次，第三次清丈田土，但是历史，并没有给他更多的机会。
与清丈田亩同时进行的，是之后在万历六年十月，张居正上《请裁定宗藩事例疏》，开始解决宗藩问题。朱元璋的时候，他的儿子孙子们加一起才58人，到了永乐年，就有127人了。注意哦，这个数字仅仅是直系的有血缘的亲属，配偶眷属和其它的一切附带人员并不算在内的。这其实还都很正常，不正常的是这个数字是倍增的，年份越久，人数越多，几乎是每三十年就翻一倍。二百余年下来，数字已经相当惊人。到了嘉靖八年（1529年），玉牒所载宗室人口达8203人；嘉靖三十二年，17661人；到了隆庆三年（1569年）就更多了，达到18492人。这些宗室人员，最高的岁禄是亲王一万石，郡王两千石，以下递减至最低是奉国中尉两百石。嘉靖四十一年的统计，各王府的岁禄开支就达853万石【5】。全天下的税收标准一共才两千多万石，其中四百万石从漕运到北京，另外四百万石转换成一百万两金花银供应皇宫使用。除去这两块大项，那剩下的税收总值，了不起就是一千来石粮食的标准。这些剩下的税收，很大一部分还是实物税收，仍然运往京师供应内宫的使用。剩下的，才是要供应政府的开支、官员的薪俸、地方的赈济，灾荒的蠲免等等等等。最要命的是，本来军队是不需要从税收里划拨的，但是随着军屯制被彻底的破坏，越来越多的军需要从地方税收里扣抵，甚至征收到京的粮食或者银子也要大量的运往九边。如果遇到战争呢，国家费用还会毫无节制的增加。这个账一算，我们就知道，为什么明朝的财政多年以来一直是缺钱缺钱，还是缺钱。宗藩问题是朝廷节流首当其冲的一个大项，也越来越引起朝廷的重视。嘉靖四十四年，出台《宗藩条例》对宗藩进行一次大清理，但这是一个矫枉过正条例，因为削减太多终致无法执行。很显然，这不仅是一个长期，而且是艰难的工作，张居正对此提出九条处理建议。然而，张居正不知道，这个政策在他有生之年是完不成了，而且永远也没有完成。
在开始执行以上三项政策的期间，万历六年二月，张居正在北京主持朱翊钧的婚礼。古时候的人对婚礼这种事情特别讲究，就算是平民也希望婚礼的主持人是一个有福气的人，而张居正当时，正值大丧之期。让这样一个“无福”之人主持婚礼，可见两宫皇太后和皇帝朱翊钧对张居正的支持和信任。在主持完皇帝的大婚以后，张居正踏上了回乡葬父的归路。与个人的声名上，张居正也表现的与夺情之前大相径庭，之前严格控制驿乘，反对铺张的张居正，这一次离京，并没有拒绝百官相送的排场，而且一路坐着三十二抬的大轿，还有戚继光派来的军队沿途护送。他确实已经不在乎别人对于他个人品行的评价了。
在路过新郑的时候，张居正专门去看望了高拱，两位多年的知交好友，政治上的夙敌，此时都已经两鬓斑白。张居正早半年派儿子探望的时候就听说高拱有病，但实在不知道此时高拱已经病的说不出话了。天下间如果有一个人能理解张居正，那可能也只有高拱了，然而两人相见，只是对面痛哭。等张居正葬父回京，再次路过新郑的时候，两人又见了这一生中的最后一面，商谈了关于高拱立嗣和恤典的事情。张居正没有忘记多年的交情，尽力为高拱主持。而高拱的心里，却最终没有真正的原谅张居正。
在江陵老家，张居正举行了盛大的葬礼，反正死人的事情是做给活人看的。不是都要求孝吗？那我张居正就孝给你们大家看，葬礼越风光，当然就显得越孝顺。这是对世人眼光的一种嘲笑，却也是一种无奈。
张居正刚离开北京不久，朱翊钧就受不了了，天天掰着手指数日子，真是一天也离不开张先生，不断下诏催他回京。本来说好葬礼完了，张居正要带母亲一起进京的，因为天气太热，不能成行，张居正希望拖一阵子到了秋天再走。那朱翊钧哪等得及，张先生还是先回北京吧，至于母亲进京的事，把随行的太监们留下，让他们随后护送张母进京。就这样，张居正在匆匆办完丧葬以后，就回到了北京。
北京，朝廷还真就出事了。
辽东的一个蒙古小部落，因为受不了土蛮的胁迫，率众投降明朝，一群人大概有七八百，带着牛羊成群结队而来。辽东副总兵陶成喾不问清情由，直接率兵追杀，当场砍死了大半，然后上奏朝廷称辽东大捷。辽东大捷的消息把朱翊钧高兴坏了，屁巅巅的就告郊庙，谢天地和祖宗的保祐，同时大行赏赐。等张居正到了北京，才查出来，这些鞑靼人是真投降，那，这一仗陶成喾其实是杀降冒功。张居正一改往日的作风，对此事处理的相当严厉，所有因为这次“胜利”得到的恩赏全部追回。被追回封赏的人包括他在内阁的同事，还有同朝的政治盟友，也有地方上的大员以及他自己一手提拔的门生故旧。当然，还欠缺顾及到皇帝本人的面子。为了国家的利益，张居正已经没有自己的私人关系了。
万历七年正月以后，为了阻止不成熟的政治批判，张居正对江南的各大书院进行了强有力的弹压，全国六十多所书院被迫关闭。甚至连有敕额的白鹿洞书院，也对学田做了限制，仅留下了祭祀用的三百亩。这是张居正又一次促使自己“众叛亲离”的举动。学生们的思想总是激进的，尤其是明朝的科举，考的策论就是针对时政的，但是身为学生，比起在朝的官员，政治主张更不成熟。被压制言论的学生们，在随后的成长中，对张居正的主张进行了更加激进的反扑。这一次被弹压的书院里，有一个很有名的书院叫龙城书院，龙城书院当时有一个学生叫顾宪成。多年以后，在这个顾宪成的主导下，成立了一个民间团体，这个团体始终影响甚至左右朝局，最终酝酿发展成为遍布朝野的极大的团伙——东林党。
万历八年正月，张居正提出归政，朱翊钧已然大婚，此时虚龄十八，正是个跃跃欲试的年纪。可惜发生了一件事情，使得本来不太可能达成的归政中断了。朱翊钧晚上在宫里饮酒胡闹，随意吩咐小太监唱曲儿，小太监不会，实在没学过。什么，你胆敢违抗圣命，斩了。当然不是真的斩首，而是割了头发。这显然是一个玩笑，事情不大，却显得皇帝实在不够成熟。亲妈李太后气坏了，扬言要废了他的皇帝，让他的弟弟朱翊镠liú来当皇帝，并把小皇帝胡闹的事情交给张居正处理，张居正当然也恭恭敬敬的写了认错的奏疏，代替皇帝罪已。朱翊钧当然也吓得不轻，当时就装孙子，两个胡闹的太监在张居正的处理意见上进一步要求流配。至于归政嘛，老妈说了，要归政，等朕三十岁以后再谈，张先生还得继续为国家砥柱中流。到了万历九年，张居正再一次提请归政，言辞比之前更加恳切。但是照例，还是被朱翊钧断然拒绝了。如果说是之前，张居正也确实象言官们说的贪恋权位，张居正自己也承认。但是现在，他是真心的想归政。可是这个时候，清丈田亩还没结束，接下来要执行的全国一条鞭法还没的提出来。很多要做的事情都正在进行之中，而且正是紧要关头，为什么要这么操切的要把权力交出去呢？原因可能有很多。其一，考成法是以压制言官为体制的，言官从来都是独立的系统，这个体制创立之初，就没打算一直这样执行下去，而是有朝一日，终归要回到皇帝的手里的。张居正当权是以阁权钳制言官，归政以后当然是皇权来压制言路，那谁也不能说不合理了吧，这样言路的压力相对会少很多，接下来的事情也会顺利一些。其二，一般的说法，明朝的阁臣也称为相，但是张居正也觉得自己的情况比较特殊，“吾非相，乃摄也。”【6】事实上他也真不是所谓的相，而是摄政。历史上的摄政，从来没有好下场。张居正当然不想做王莽、曹操之类的人，但是形势却逼迫着他象诸葛亮一样，不断的为国家鞠躬尽瘁，死而后已。还有一个原因，就是张居正自己的身体。多年来一直病体缠身，他知道自己可能干不了几年了，此时交权归政，倒可以带皇帝几年，如果再不放权，恐怕就来不及了。实际上，放眼望去，也没有哪个能接过张居正的棒子，能有他这样的政治手腕和能力继续摄政下去，他的后继人，也只有把权力交还给皇帝本人，国家才能继续兴盛下去。
【1】《明史》◎食货一·户口·田制(屯田庄田)：“（洪武）二十六年核天下土田，总八百五十万七千六百二十三顷，盖骎骎无弃土矣。”《春明梦余录》孙承泽撰，卷三十五·田土户口：“……洪武年间田土官民共八百五十万七千六百二十三顷六十八亩零。”《明通鉴》洪武二十六年十二月：“是岁，核天下土田，凡八百五十万七千六百二十三顷，及夏税，秋粮之实数。”
【2】《春明梦余录》孙承泽撰，卷三十五·田土户口：万历八年十一月。（接【1】上句）“据防典载弘治年间田土官民共六百二十二万八千五十八顷八十一亩零。”《明通鉴》及《明史·食货志》都有“至是勘实，总计天下田数七百一万三千九百七十六顷，视弘治时赢三百万顷。”字条，但笔者更倾向朱东润先生在《张成正大传》中的主张，六百多万顷才是实际上数字，比弘治年间（四百多万顷）多三百万顷是数字上的错误。
【3】张居正给下属同僚的信件中经常提到这样的字句：苟利社稷，死生以之，《张居正集·答福建巡抚耿楚侗谈王霸之辩》；苟利於國。死生以之。《議處宗藩事宜疏》[宗藩事宜]。
【4】《春明梦余录》孙承泽撰，卷三十五·田土户口：（接【2】上句）万歴年间田土官民共七百一万三千九百七十六顷二十八亩零。
【5】嘉靖四十一年，御史林润说：“天下岁供京师粮四百万石，而诸府禄米凡八百五十三万石”。
【6】[明]沈德符《万历野获编》●卷九○内阁。
