三人在甲板上吹着海风。“终于要到红莲岛了！”小智说道。“可不是吗！要不是有阿桔先生的船票，我们恐怕害的等上一阵呢！”小刚说到。小霞没说话，她只是在静静的吹着海风，不过看她的表情，还是很舒服，很开心的。
“诶？小智！”一个熟悉的声音从背后传来。“恩？小茂？！”小智扭过头来，看到了他。“你也去红莲岛啊？！”“是啊，我去挑战道馆，你呢？”“道馆，这里有道馆？这里不是早就被开发成了旅游区了吗？！”“那你肯定不是为了旅游才来的吧？”“当然不是！”小茂顿了顿，“我是来训练的！”小茂的话令小智吃了一惊。“这里虽然没有道馆，但是来这里训练还是挺不错的！好了……如果没别的事，我就先走了！”小茂说完就扭头离开了。
“没想到……他变了那么多……”小智感叹了一句。“看来你也得努力哦！”小霞调皮的朝小智眨了眨眼睛，笑嘻嘻的说。“那当然！”
很快，航行了两天的船靠岸了。小智三人下了船。“幸好预先订好了旅馆！”小智叹了口气。“是啊！没想到这里的旅游业居然发展的这么好！”小刚也说道。“恩！我一定要好好晒一晒日光浴！”小霞一脸幸福。“与其说这些，倒不如先住到旅馆里！”小智说完，就拉着小霞走了，小刚赶紧跟了上去。
住进旅馆后，小智就先去了一趟神奇宝贝中心，拿自己的那些奖励。当然还背了一个大包。到了神奇宝贝中心，小智就找到乔伊小姐，然后就是签字又是办手续，终于在折腾一个小时后拿到了自己的奖励。接着，就马不停蹄的赶回了旅馆。
“哇哦~~！这些都是难得一见的神奇宝贝球啊！”小刚感叹道，拿着宝贝球不停地看。“好了，我来分配一下……”接着，跟水有关的宝贝球和进化工具就全都给了小霞；然后，又把两个快速球、等级球和友好球，一个金属涂层给了小刚，还给了小刚升级卡片和怪异补丁（有扔垃圾的嫌疑）。剩下的就全给了自己……
第二天，小智就打算给自己的神奇宝贝们来个大进化。首先是呆呆兽和大舌贝的进化，小智放出了呆呆兽和大舌贝。“看来你们两个在我不在的时候练得还是蛮起劲儿的嘛！是时候让你们进化了。”说着，就将望着信物套到了呆呆兽头上，而大舌贝却不知是出于兴奋还是好奇，居然就自觉的一跳，夹住了呆呆兽的脑袋，一阵白光闪过后，呆呆兽和大舌贝进化成了河马王。
接着就是海刺龙，小智把它放到海边，然后拿出了龙之鳞片，“海刺龙，准备好了吗？要进化了！”海刺龙高兴地点点头。小智将龙之鳞片放到海刺龙的头上。海刺龙也发出白光，然后，进化成了刺龙王。
接着就是铁甲暴龙了。小智放出了铁甲暴龙。“铁甲暴龙，准备好进化吧！”铁甲暴龙也点点头。接着，小智拿出保护甲给铁甲暴龙带上。然后，铁甲暴龙也是浑身发光，慢慢地，越来越高，越来越大，最终，一只2.3米的超铁暴龙出现了。
小智要进化的神奇宝贝就这三只，接着，他更换了一下神奇宝贝，现在他的队伍是皮卡丘、电击怪、火恐龙、卡咪龟、妙蛙种子、河马王、刺龙王、超铁暴龙、鬼斯通。
而小霞那边，也将自己的皮皮进化成了皮可西，然后整理了一下阵容，现在她的队伍是宝石海星、海星星、走路草、小海狮、可达鸭、蚊香蝌蚪。
小刚那边，则是将大岩蛇换了过来，进化成了大钢蛇；然后又将六尾进化成了九尾。然后也顺便调整了一下自己的阵容，现在他的队伍是大钢蛇、小拳石、九尾、小磁怪、喇叭芽、超音蝠。不过他们三个的大进化引来了大批的人关注，于是他们不得不赶紧离开。虽然现在还是晚上，但肯定还是会惹来点儿麻烦。
“小智，你什么时候去挑战道馆啊？”小刚躺在床上问道。“小霞，你看那颗星星……”小智这时正站在窗户旁陪小霞看星星，压根儿没注意到小刚这大灯泡……
“小智！！！！”小刚大吼了一句，明显有些不爽。“啊？！哦，对不起啦！小刚……”小智尴尬的一笑，“你刚才问什么来着？”小智又问道。“我问你什么时候去挑战道馆。”小刚的语气明显带着一丝无奈，不过仍然笑着问。“这个嘛……我看不急！在岛上玩……哦不，训练几天再说好了。”“是吗？我也正好想去帮乔伊小姐搭把手呢……”说到这里又不住的开始YY了……
第二天，小智就跑到了红莲岛研究所，找到了这里的科研人员。“您好！我来复活化石了！”小智一进门就嚷嚷道。这时所有人都转过头来盯着他，每个人脸上都是一中不可思议的表情，看上去很欠扁……
“喂！”小智有点不爽，“我说我来复活化石神奇宝贝！怎么了？”小智说道。“呃……没什么……不知道你要复活哪一种化石呢？”一位大叔站了起来和蔼的说道，一看就知道他是是好人的那种……“就是这个化石，头盖龙！”小智掏出化石，递给了大叔。“恩，神奥地方的特产化石啊……没想到你居然会有。不过这种化石复活起来非常麻烦，如果可以的话，小弟弟你就先等几天吧！”“那什么时候来拿呢？”“顺利的话，四天后就能来拿了。”“好吧，四天后见，拜拜！”小智打了个招呼就跑了出去。
“没想到我们研究化石这么多年，居然能亲眼看到这种珍贵的化石，很幸运嘛……好了，交给你了……”大叔将化石交给了一个戴眼镜的研究员。研究员就走进了研究所的化石复活舱。
再说小智离开研究所后，第一件事就是找到了等在海滩边的小霞（小刚去调戏乔伊了）。“嗨！久等了！”小智打了个招呼。
“来啦？！”小霞也朝小智招呼了一声。接着，开始两人他们的训练。
“超铁暴龙，冲浪！卡咪龟，刺龙王，用水炮破掉浪头！”小智站在岸上，朝着两边的PM下达指令。“鬼斯通，火焰拳，急冻拳，雷光掌交替使用！电击怪，你也用相同的招数进行对抗！”然后又是鬼斯通和电击怪这一组。“河马王，对这块地用急冻光线！妙蛙种子，用飞叶快刀将冰面整平！火恐龙，你去砍几个凹槽出来！皮卡丘，你就利用高速练习伏特攻击！诀窍你都记住了，不过要注意，要急停的话，就用凹槽作的停脚的地方。”小智又开始为皮卡丘做伏特攻击的练习。
然后小智又换了一下分组——电击怪配和皮卡丘练伏特攻击，做沙包用，目的是为了提高抗击力。河马王和鬼斯通一组，具体怎么练，由他们两个自己商量。然后火恐龙靠妙蛙种子的飞叶快刀练习技能的准确度，妙蛙种子靠火恐龙对草系的抗性练习攻击威力。其他三个不变。
小霞这边，在训练中，走路草进化为了臭臭花，小海狮也进化成了白海狮，其他几只都是学会了新技能和增强了技能威力，就只有可达鸭一副呆头呆脑的样子，什么都不懂……
接下来的两天，小智又交换着训练了神奇宝贝，所有的神奇宝贝都有很大进步。尼多朗进化成了尼多力诺，然后又用月只是进化成了尼多王，喵喵也有了进化的迹象，小磁怪也进化为了三合一磁怪。不过小智嫌五个字的名称太麻烦，就干脆给三合一磁起了个名字叫‘铁磁’，这也是他目前唯一起了名字的神奇宝贝。
小霞这边也有进步，臭臭花进化成了美丽花；尼多兰进化成了尼多娜，再进化成了尼多后；墨海马不喜欢训练，小霞也由得它，没有逼迫它。结果，只有可达鸭和墨海马没有进展。
第四天，小智不再训练，而是跑到海滩边找人进行对战练习。第一个对手是一个海员。对方派出的是快泳蛙，小智派出的是超铁暴龙。因为超铁暴龙的坚石特性，快泳蛙的格斗攻击基本无效，而水系的攻击又被超铁暴龙守住和攻击招式挡下来，最终，快泳蛙败在了超铁暴龙的集中猛击下。
接着，又过了几个回合。小茂出现了。“哟！小智啊！看来，你训练的还不错嘛！就让我来挑战你吧！”“好啊！看你的了，火爆猴！”“上吧！沙瓦郎！”沙瓦郎和火爆猴交手数回合，都未能分出胜负，都累得精疲力尽，最后，火爆猴突然新学会了超级冲击，接着，一招击败了沙瓦郎。“看来你变得很强了！我还不够呢！”小茂收回沙瓦郎后，微微一笑后，就离开了众人的视线。“这个家伙，以前臭屁的要命，没想到……看来，我还得比他跟努力才行！”小智暗想道。
这时候，真司突然出现在小智面前……
