西历2002年7月，去往南极的科考船上。
“你的组织好像是叫Seele来着吧？听说外界对它的风评不太好哦，用权力来对联合国理事会施加压力这一点，我不太能认同。”
“冬月教授您还是和以前一样，有洁癖主义。干净的组织在现在这种时代是无法生存的。”
“关于这次联合国发起的对第二次冲击的正式调查一事???要是调查队的人员全部都是Seele的人的话，事情会变得很麻烦。我们的合作也就是为了要应付这件事，对吧？碇源渡。”
西历2003年2月，日本箱根，人工进化研究所本部。
“为什么你要隐藏巨人存在的事实？你们不是知道第二次冲击的事吗？知道那一天会发生那样的事。你之前说你是因为运气好在事发前一天回到日本的吧？将所有资料一并送回日本，这你也敢说是幸运？”
“没想到这种东西还没被处理掉真是令我太意外了。”
“关于你的资产我已经做过了调查，尽管养育小孩需要花很多钱，但在你名下的金钱实在是太多了。”
“真不愧是冬月教授，您可以改去教经济系了。”
“我会将你隐藏在第二次冲击背后的一切，包括Seele和死海文书一起公开发表出去的，我绝不会原谅引发那件事的人。”
“爱怎么做随便你，不过在此之前我想先让你看一样东西。”
西历2004年11月，GEHIRUN地下第二实验场。
“为什么这里会有小孩子？”
“他是碇所长的儿子。”
“碇，这里可不是托儿所耶，今天可是重要的日子。”
“冬月老师，真是抱歉，是我把小孩子带来的。”
“小唯，今天可是你进行实验的日子耶。”
“真是因为如此我才会带他来。我想???让他看看光明的未来。”
真是抱歉啊，程杰，要把这么重的担子压在你一个人身上了。不过，我的过去，现在，未来，都交给你了，程杰??????
一周后。
“你这些日子都去哪里了？伤心归伤心，但你要知道你的身体并不是自己一个人的。”
“我知道。冬月，今天起要推广进行新计划，计划的进行已经由基路议长大力支持过了。”
“你指的???莫非是那个计划？”
“没错，就是那个过去未曾有人完成的神话‘人类补完计划’。”
西历2005年11月，日本箱根。
“在地底空洞上方直接修建综合性战斗要塞城市第三新东京市的申请被委员会批准了？”
“是的，三天内由日本政府资助的建筑队就会到达，联合国维和部队也将在这里驻扎部队。来自Seele的特殊保密建筑团队将在后天抵达，协助建设地下基地和开始防护层的设计。”
“直接让他们进入地下实验室没问题吗，毕竟在那里有???那个人。”
“放心吧，已经完成了，绫波，来见见冬月教授，冬月，这是绫波，绫波丽。”
“??????你好。”
西历2006年4月，洋底实验中心。
“人工进化研究所上传的傀儡技术验证完成了吗？”
“已经经过中央电脑推演，理论上完全可行。”
“好的，那么‘三体’计划正式步入第三阶段，在开始之前，一切准备工作都完成了吗？”
“呃，抱歉，是什么???准备措施？”
“奶粉，纸尿布，婴儿车，幼教，人生导师???我是说，诸如此类，我们好像要迎来三个小生命不是吗？”
“??????您真的有好好看过傀儡技术的报告吗？”
西历2006年12月，洋底实验中心。
“看起来你的新身体还不错，不过程杰，这就是你原来的样子吗？看起来和唯姐说的有些不一样呢。”
“呼——呼——肖？！你怎么会来这里，万一???”
“放心，我现在也算是Seele的高级人员了，总算摆脱了苦逼的D级人员称号，出现在这里也不会引起谁的怀疑。至于监控你更不必担心，我已经解决了，20分钟内所有监控都会显示你一个人在跑步，而我则在会议室喝茶。”
“那就好。身体吗自然不会是原来那套了，不说年龄对不上，体质也无法满足我的要求。所以干脆就任由他们塑型了，不过由于灵魂的记忆原因这张脸还是有点像我14岁的时候的。不过身体条件就要好的多了，因为‘三体’计划的要求，我将在2015年成为适格者之一，所以Seele的那些人将我的身体锁定为现在这个样子，防止它随时间而变化。不过也有好处，这具身体的素质远比我之前那个好得多了，听他们说是直接按照特种部队精英成员的素质设计的，当然目前来看除了体力好的不像话还没有别的什么。你呢，这些年怎么样？”
“也就那样吧，唯姐出了那件事后，我就一直在暗中继续着她遗留下来的关系网络，没想到顺便也立了几次功，也算是意外之得吧。唯姐她，是知道自己会出事的吧。”
“???没错，我曾经想劝她，不过???”
“唯姐她就是这样的人啊，如果你真能让她改变主意才叫奇怪呢。不过，她走之前似乎给你留了言，放在哪里我也不是很清楚，她说只要告诉你有留言这回事就好了。”
“是这样么，我知道了，多谢！”
西历2008年11月，人工进化研究所本部。
——妈，恭喜你完成了MAGI基础理论。当然，庆祝的不仅是这件事，还要庆祝我正式被选入GEHILN了，下月开始参与‘E’计划。——
“什么人？”
“我是技术开发部的赤木律子，这是我的ID。听说发令所已经完成的差不多了，所以我过来看看，这里简直是迷宫。”
“所长跟赤木已经在发令所里了。”
——妈妈???碇所长???——
西历2010年1月，人工进化研究所发令所。
“丽酱，有什么事吗？”
“我迷路了。”
“哦，是吗。那跟我一起走好了。”
“不必了。”
“可是你一个人不会回去吧。”
“你太啰嗦了，老太婆。”
“呃???什么？”
“我自己会回去的，不用你这个老太婆管。”
“怎么可以随便喊别人老太婆呢，呵，呵呵???”
“但你就是老太婆，不是吗。”
“我要生气了，得叫碇所长好好管教你才行！”
“所长也是这样说你的。”
“怎么???”
“他常说你很缠人，又说你已经没有利用价值了。”
——你已经没有利用价值了???你已经没有利用价值了???你已经???没有利用价值了！——
“???直子???一切都在按计划进行。冬月，启动MAGI。从今天起，人工进化研究所GEHIRUN正式解散。全部研究人员编制转移至名义上直属国联的新特务机关NERV，现由我担任总司令官，实际最高领导权归属人类补完委员会。同时，位于美国的第一、第二支部，位于德国的第三支部将领导权移交至第三新东京市NERV本部，各支部自由进行‘E’计划及其研究。”
西历2013年4月，Seele德国第四支部。
“你就是，程杰？原初适格者，‘E’计划成熟后建造的第一台拥有完整战力的evangelion‘盘古’的驾驶人？比我想象的要年轻呢。”
“你也是啊，加持良治，比我记忆中的年轻得多。”
“记忆？”
“呵，开个玩笑，初次见面，以后还请你多关照了，加持先生。嗯——申请出来可不是什么简单的事情，第一次来德国，我可不想把时间耗在这个基地里。怎么样，加持先生，有没有兴趣陪我出去逛逛？我这儿可能有些你不知道的???秘密哦。”
——奇怪的家伙，不过这种说话的方式有点熟悉，是???峰不二子？！尽管她熟人不少，可这也太过分了吧。等等，峰不二子，碇唯，原初适格者???——
“等我五分钟。”
“当然没问题。”
西历2015年6月，NERV本部第二实验场。
“启动开始。”
“进行主电路回路接续???主电源接续完成。启动用系统开始工作。”
“启动电压，离临界点还有0.5,0.2，突破！”
“启动系统移行至第二阶段，驾驶员进入接合状态。第二系统开始。”
“所有回路正常，初期接触没有异常。”
“准备第三阶段，离绝对临界线还有0.9,0.7,0.5，0.4,0.3???发生异常！”
“中央神经组织自主断开连接！”
吼！！
“信号无法连接，紧急停止命令拒绝。零号机，失去控制！”
“实验终止，切掉电源。”
吼！！轰！轰轰！
“弹射系统启动了！”
“不好，丽！！”
“司令，不能进去！特殊硬化树脂，快点！”
嘶————
西历2015年6月，日本。
“真嗣，快来，有你的信，是你爸爸寄来的呢！快拆开看看吧。”
“爸爸的???信，这么多年来第一次收到。”
“老师！老师！”
“啊，抱歉了真嗣，你好好看看你爸爸的信吧，老师要到那边去一下。”
“??????什么啊，三年没见，只有‘过来’这样一句话么，这是，照片？至真嗣君，我会去接你的，要等我哟。奇怪的女人，这是爸爸的同事么？”
西历2015年6月。
NERV本部所在的第三新东京市，受到来历不明的巨大生物体的攻击，此时，在已封锁的街道上，有一位彷徨的少年??????
