在圣安奴号上的小雨一行人由于没有及时逃出去跟随圣安奴号沉没到了海底。小雨醒了过来找到了小霞跟小刚。并且找到了小智。小刚叫小智，小智你醒了啊。小雨说小智你没有问题吧。小只说对了你们不要紧吧，你们是倒过来的耶。小雨说倒过来的是你耶。这到底是怎么一回事啊？你看看外面的情况就晓得了。小智跑到窗子前说有鱼，该不会这艘船正在下沉吧。小雨一行人走到了楼梯那里，发现水己经漫进来了。小智说海水己经漫进来了耶，怎么办啊？小霞这时说，小智你是男生不要慌张，这里有空气，海水不会进来的，小刚说是没有错。但是这里迟早也不保的。小雨说该往上还是往下啊？船是翻过来的，所以上面是下面，下面是上面。小霞说现在甲板在下方，往上走的话到船底就没有路了。小智说那往下走往下走好了。小雨跟小刚同口回答如果往下走的话要是没有出路的话那我们就完蛋了。小智说该怎么办啊？这时小霞说了一句话包在我身上，去吧角金鱼。小霞说角金鱼你帮我去看下面的情况，如果可以出去的话就把海里面的东西给我。哥达鸭、大舌贝你们也去帮忙。过来了一会儿，小霞说角金鱼他们怎么这么慢啊，看来是不行啊。这是角金鱼他们浮上来了。并且将火箭队们救上来了，小智一行人出现了惊慌的表情，小智问火箭队这是怎么一回事，武藏回答小智，你问我怎么回事那我就回答你，得救了。火箭队起来说看样子还真是冤家路窄啊，小刚和小智拿出了神奇宝贝球，小刚说可恶，你们竟然追到这个地方来了。武藏他们放出了瓦斯弹和阿柏蛇。小智放出杰尼龟、小火龙、妙蛙种子。小刚放出来小拳石，这是船不稳定向着一边倒的形式，小霞跟小雨叫他们进行休战。小智说现在收回神奇宝贝的话我们会被他们收拾掉的，小智说得对。小雨说现在不是争斗的时候，听我的话，赶快收起来。小雨说得对。
小智和小刚收回了神奇宝贝球中，可是杰尼龟却不想进神奇宝贝球中，而是跑到了小雨的怀抱里。小雨跟小智说没有关系，这孩子是不是在一个小镇上收服的？小智回答小雨是的，那这只杰尼龟是不是杰尼龟军团的老大了？是的，小雨你怎么知道啊?那是当然的啊，因为这只杰尼龟是我收服起来的。交给君莎小姐训练成为消防队的。既然杰尼龟跟着你，那你可要好好的对待杰尼龟。小智答应了小雨，小雨跟武藏说你们赶快也收回神奇宝贝吧。武藏跟小次郎也收回了神奇宝贝。小霞说你们听好了，现在不是打架的时候。大家要合作啊，不要吵架了。握握手吧。武藏说这只是暂时的休战而已，并不代表跟你们和谈，彼此彼此。武藏说好了现在我们己经和谈了现在该怎么办啊？该怎么样我们才能逃出去了？小霞说包在我身上。我曾经乘过圣安奴号哦。小智一行人跟武藏小次郎惊讶了起来。小霞说是模型啊。小智他们失望了起来。小霞说可是我了解里面的结构哦。因为去甲板的路被封死了。所以我们能在船底开个洞逃出去对不对啊。小智说问题是怎么上去了？小雨看到了上面有一个像是楼梯的东西，就叫小刚将大岩蛇放出来当楼梯，小刚放出来大岩蛇，你来当楼梯。好了，大家快点上来吧。小雨一行到了上面的一层楼的时候，小雨说真伤脑筋什么都看不见。小智说交给我吧，小火龙就决定是你了。走了一段路之后，小智问小霞，这条路是走去哪里的？小霞告诉小智一直走下去就会走到动力室。走到动力室之后那里的甲板比效薄，我们就可以逃出去了。走进房间发现里面己经着火了，而且楼梯也断了。小雨叫小智放出妙蛙种子用藤鞭我们就可以过去了。小智听了小雨的话收回了小火龙放出来妙蛙种子。妙蛙种子使用藤鞭。把藤鞭延伸到对面去，好了。小刚说这么一来我们就可以到达对面了。好了走吧。小雨一行人用了大约十分钟的时间到达了对面。小霞说走把我们没时间了。小火龙就决定是你了。小火龙你有火焰燃烧掉天花板上的铁板吧。快点，小雨叫小霞放出水系神奇宝贝。说着，小雨放出来哥达鸭，而小霞放出了宝石海星跟海星星，小智理所当然的放出了杰尼龟，小雨对这火箭队的人说你们也赶快放出水系神奇宝贝逃生吧，眼看就要烧完了。小雨叫小智收回小火龙，水进来的时候。小雨率先冲出了圣安奴号，小智一行人则是紧跟其后。
等到海面上不见火箭队的人浮上来。小雨问小智有没有带飞行系的神奇宝贝，故事还有一个叫洛亚的人他是看到一只鸽子叼了一根树枝回来而找到了陆地，小智说原来如此，这个主意太好了。我也要学习他，比比鸟就决定是你了。比比鸟看到东西就咬过来。等了一会儿了。比比鸟飞回来了。咬着火箭队回来了。小霞说他们己经死了，看到他们这样也觉得他们也真可怜。小刚说是啊，同样是海中遇难的人，我看我们就给他们办一个水葬吧，小智说的也是，虽然他们是敌人死了还是尊重点好，这是武藏他们醒了过来。小雨就这样子在木板上和火箭队呆了一天。
