李如松率领的明朝东征大军于1593年1月6日，到达平壤城下。次日拂晓，明军使用上百门的弗朗机炮、大将军炮、霹雳炮等大口径火器对平壤城开始炮击。连续十几轮的炮击把日本守军炸的是血肉横飞、惨不忍睹。李如松一声令下，攻城部队呐喊着踏过了结成坚冰的护城河扑向城下，喊杀声犹如天塌地裂，枪林弹雨中数百架攻城梯架上城头，一时间明军士卒密如蚁聚，争相攀登，平壤各门顿时陷入了激烈交战。正午时分，参战的戚家军士兵率先夺取了城南的芦门，插上了明军的军旗。其余门的日军守将顿时慌了手脚，小西行长更是吓得脸色惨白，率领人马退回内城，以铁炮队为掩护坚守不出。
李如松和其弟副将李如柏率军攻入内城，但日军铁炮威力强劲，如松坐骑中弹，只能换马。如柏的头盔也被流弹打中，险些丧命。如松计上心来，围城三面，只留南面不设防让日军逃走，再半路设伏。如松遂派使者传言给小西行长：“日军败局已定，只要你率军退出平壤，我们将不予阻拦。”小西行长半信半疑，但迫于形势只能答应，以便突围和其他日军汇合。天黑之后，日军向南面撤退，没走多久就来到了大同江。此时，江面已经结冰，日军先头骑兵渡江而去，发现没有埋伏，其余部队便争先恐后的开始渡江。就在此时，早已在大同江附近隐蔽的明军火炮开始齐射，雨点般的炮弹纷纷砸在了结冰的江面上，冰层上被炸出了一个个大坑。日军顿时慌作一团，加上马踏人踩，冰面崩塌，许多士兵掉入了冰冷刺骨的江水里。侥幸逃到南岸的士兵，也被早就埋伏好了明军骑兵逮个正着。小西行长吓得面无血色、失魂落魄，仅带一队轻骑逃走。之后又连遭朝鲜官军、义军的截杀，身在黄州的大友义统见死不救独自撤兵，多亏黄海道的黑田长政派兵前来接应，小西行长才得以活命。此战日军死亡12000余人，明军死亡800人。
日军急忙在汉城召开紧急军事会议，首先决定放弃开城。石田三成建议在汉城死守，小早川隆景则提议出兵迎击。最后由于兵粮的问题，还是决定出兵迎击。1月18日明军进入开城。由于日军迅速败退，李如松误以为已经将日方主力消灭，遂将步兵和火炮留置在开城。仅命将军查大受率3000辽东铁骑继续向南追赶日军。1月24日，明军发现了日方加藤光泰、前野长康的侦查部队，并发动攻击，日军大败。得知这一消息的小早川隆景认为这是绝好的机会，派出了第三队、第六队、第九队准备包围歼灭这3000人。然而这3000辽东铁骑是明军精英中的精英，各个身经百战且装备精良，配备了三眼神铳。
25日清晨6时左右，日军立花宗茂、高桥统増兄弟两人率领先锋2000人开始诱敌作战，在碧蹄馆南面的砺石岭布阵。查大受见日军旗帜不多，想全歼立功，追击立花队杀入了越川峠。越川峠地势狭长，立花军分为内田统续500人、小野镇幸700人、立花宗茂700交替与明军对战。两军展开激战，李如松五弟李如梅使用毒箭连连射中日方大将，人数不占优势的日军渐渐败退。立花宗茂、高桥统増率兵退到越川峠北方右侧暂歇，眼见查大受追兵已至，万事休矣。就在此时，日军小早川隆景队的先锋赶到，击退了明军的追击。得知前锋交战，李如松率领1000骑兵前来增援，并命副将杨元率1000火器部队稍后出发。
上午10时左右，明军在高阳原分左、中、右三路展开。日军先锋部队在碧蹄馆南面的望客砚埋伏，并商定立花兄弟和吉川广家从左边、毛利秀包和宇喜多秀家从右边迂回到明军背后，小早川隆景坐镇中央。上午11时，在正面遭到明军三面同时进攻的粟屋景雄队，顺利的将明军引入了包围圈。不久，迂回到明军背后的小早川隆景部将井上景贞队发动了进攻，明军顿时大乱。小早川隆景抓住机会，下令迂回部队开始左右夹击，同时自己和户川达安也从正面反击，明军前卫部队大败。小早川隆景顺势向在碧蹄馆北面的李如松本阵发动进攻，李如松奋力抵抗。
立花家大将安东长久身穿金甲一马当先，与李如松展开单挑，大战了50多个回合，李如松失重落马。危险之际，李如梅一箭射死安东救了如松一命。李如松亲卫部队死伤80余人，贴身侍卫李有声战死。危机时刻，杨元率1000火器部队赶到，对日军实施火炮压制。之后两军拼死血战，明军前后参战6000余人，日军却有2万之众，到了下午1点，胜负已经很明显了。李如松于下午2点率领部队逃往碧蹄馆北方的惠隐岭躲避追击。立功心切的宇喜多秀家和立花宗茂想继续深追，被小早川隆景阻止道：“立花殿下，看看你自己的战马吧。”这时立花宗茂才发现自己的白马坐骑已经完全被染成了红色，马鞍两边上放着4身换下来的盔甲，手中的日本刀也已经变弯，根本插不回刀鞘了。最终碧蹄馆一战以日军的勉强胜利而告终。日军撤退后，李如松战意锐减，率军退回了临津江北岸。而日军准备对附近的幸州山城发动攻击。
朝鲜国王得知明军拿下平壤后，命大将权粟率领4000人呼应南进，夺回了幸州山城。2月11日，权粟派遣去汉城的侦查部队遭遇日军，被全歼。12日，日军从西北开始向幸州山城发动进攻。日军经过碧蹄馆一战七队已经合流，分成三波向幸州山城发动攻击。朝鲜军使用火炮、弓箭、投石等战术坚守城池。在日军第二波攻势中，黑田长政使用火攻，夺取了外城。权粟带领人马退回内城继续抵抗，从上午6点到下午4点，日军的三波攻势都被朝军打退。眼看城内的弹药和弓箭就要耗尽，朝鲜水师的丁杰率领船从水路带来了补给。原来经过李舜臣的奋战，朝鲜水军已经完全压制了日本水军，夺取了制海权。而且曾于1592年8月29日对日军登陆的据点釜山发动进攻，日军虽然防御成功但也损失惨重。之后，朝鲜水军就开始了四处协助陆军作战，不久40艘朝鲜战船也开到了幸州山城助战，城内守军士气大振。日军见势不妙只能退回汉城。
1593年3月，明、朝联军直逼汉城，与日军对峙。李如松很快就查到了日军在朝鲜之前的国库粮仓龙山屯粮，遂命查大受和李如梅率领700敢死队展开夜袭。十三座大仓，数十万石粮食，一夜间被烧的干干净净。日军顿时陷入被动，希望与大明讲和。明朝派沈惟敬为使者，与小西行长、加藤清正商谈具体条件：1、日军归还朝鲜王子2、日军撤退至釜山3、明军撤退至开城4、明朝派遣使者访日。
沈惟敬与宋应昌合谋让手下谢用梓和徐一贯冒充皇帝勅使前往日本。4月18日，明朝使者团和朝鲜两个王子和日军一同退到釜山。5月8日，小西行长、石田三成、增田长盛、大谷吉继带领大家一起渡海前往日本。5月15日，众人来到九州的名护屋城会见丰臣秀吉，秀吉狮子大张口，开出了七个条件，让在场的众人都惊呆了：1、要明朝的公主嫁给天皇2、恢复海上贸易3、日本和明朝通过双方大臣交换誓书4、将朝鲜八道中南部的四道割让给日本，汉城和其他四道返还5、朝鲜王子或家老1-2人送到日本为人质6、朝鲜王子通过沈惟敬返还朝鲜7、朝鲜重臣不可以违背日本。
