然而他们的努力至少发展了戴学的片面；他们的缺陷也都可以供我们后人的参考，使我们格外了解戴学的真意义与真价值。他们努力的新方面更使我们明了戴学确然有建立新理学，恢复中国学者的哲学兴趣的大功。
所以我们可以说：从戴震到阮元是清朝思想史上的一个新时期；这个时期，我们可以叫做“新理学时期”。
但是，激烈的反动不久就起来了。阮元是清代朴学的大护法：他从经学起家，做了几十年的总督，门生故吏遍于国中；他又在浙江设诂经精舍、在广州设学海堂，汇刻清代经师的经解，造成了一种伟大的学风。
故这个时期可算是清学最时髦的时期。清学是反理学的；从颜元到阮元，都是反理学的。理学家本来早已愤怒，要谋大举反抗了；程晋芳、姚鼐等早已提起抗议了。
到阮元得意的时候，“汉学”越得势，“宋学”也就更妒忌，更愤恨。于是姚鼐的同乡弟子方东树愤愤地起来提出最激烈的反革命。
方东树，桐城人，字植之，生于1772，死于1851。他是一个老秀才，曾跟着姚鼐学古文；读书很勤苦，著有《书林扬觯》《昭昧詹言》《仪卫轩文集》《汉学商兑》等书。他家贫，在外面客游五十年，做过许多处的书院山长，死在祁门的东山书院。他的门人苏惇元作他的传，说：
乾嘉间学者崇尚考证，专求训诂名物之微，名曰汉学；穿凿破碎，有害大道；名为治经，实足以乱经；又复肆言攻诋朱子。道光初，其焰尤炽。先生忧之，乃著《汉学商兑》，辨析其非。书出，遂渐熄。（《仪卫轩文集》附录）
“道光初，其焰尤炽”，正是阮元最得志的时代。朴学的声势到了此时确有风靡全国的样子。《汉学商兑》即出于此时。此书原序作于道光六年（1826）。
苏氏说“书出，遂渐熄”，这未免太恭维方东树了。但“汉学”家攻击宋学，历一百年之久，可算是没有遇着有力的反攻击。直到《汉学商兑》出来，方才有一种比较有统系的驳论。
方东树搜集材料颇勤，列举各人的议论，逐条驳辩；他这种方法颇能引起人家的注意，又颇能使一般无学识的人赞叹他的博学与雄辩。他的态度是很诚恳的，他的卫道的热心也是很明显的。
所以他的《汉学商兑》至少可算是理学末流对于“汉学”的一种最激烈的反动。阮元死于1849，方东树死于1851；方东树死的一年，即是洪秀全称太平天国天王的一年。
从此以后，十几年之中，东南的财富之区，学校的中心，都遭兵燹，公私的藏书多被烧毁；学者奔走避兵，学问之事遂衰歇了。乱平之后，曾国藩一班人也颇想提倡朴学。但残破困穷的基础之上已建立不起学术文化的盛业了。故咸丰以后“汉学”之焰确然“渐熄”；但此中的功和罪，与其归到方东树的《汉学商兑》，不如归到洪秀全和杨秀清的长发军了。
《汉学商兑》共有三篇自序。第一篇序说：
近世有为汉学考证者，著书以辟宋儒，攻朱子为本，首以言心、言性、言理为厉禁。……驰骋笔舌，贯穿百家。……上援通贤，下詟流俗。众口一舌，不出于训诂小学，名物制度。弃本逐末，违戾诋诬；于圣人躬行求仁，修齐治平之教，一切抹杀。名为治经，实足乱经；名为卫道，实则畔道。
这是他心目中的“汉学”。他为什么深恶汉学呢？因为汉学诋毁宋儒，而宋儒是万不可诋毁的。他说：
窃以孔子没后千五百余岁，经义学脉，至宋儒讲辨，始得圣人之真。……今诸人边见颠倒，利本之颠，必欲寻汉人纷歧旧说，复汩乱而晦蚀之，致使人失其是非之心。其有害于世教学术，百倍于禅与心学。
他在第二篇序里说：
经者，良苗也。汉儒者，农夫之勤苗畬者也，耕而耘之，以殖其禾稼。宋儒者，获而舂之，蒸而食之，以资其性命，养其躯体，益其精神也。非汉儒耕之，则宋儒不得食；宋儒不舂而食，则禾稼蔽亩，弃于无用，而群生无以资其性命。今之为汉学者，则取其遗秉滞穗而复殖之，因此笑舂食者之非，日夜不息，曰：“吾将以助农夫之耕耘也。”卒其所殖不能用以置五升之饭；先生不得饱，弟子长饥。以此教人，导之为愚也；以此自力，固不获益。……其生也勤，其死也虚；其求在外；使人狂，使人昏，荡天下之心而不得其所本。
他说宋儒“得圣人之真”，这是他的一种成见。他又不了解清学除了惠氏一派之外并非“汉学”。他说宋儒是“舂而食之”，殊不知清儒如颜元、戴震、阮元一班人，也正是要“舂而食之”，不过舂食的方法与宋儒不同罢了。
方东树著书的动机全是一种盲目的成见。他在第二序里说了一个譬喻：
周，固天下之共主也。及至末孙赧王，不幸贫弱负责，无以归之，逃之洛阳南宫囗台。当是时，士庶人有十金之产者，因自豪，遂欲以问周京之鼎。……后世之学者，不幸不见天地之纯，古今之大，全赖程朱出而明之。乃复以其囗闻驳辨，出死力以诋而毁訾之。是何异匹夫负十金之产而欲问周鼎者也？是恶知此天下诸侯所莫敢犯也哉？
他承认程朱为“天下诸侯所莫敢犯”，这是何等盲目的成见！要明白他的成见的来源，我们须读他的第三序（他的第三序不载于本书，仅见于他的《书林扬觯》的末卷）。他说：
余平生观书，不喜异说。少时亦尝泛滥百家；惟于朱子之言有独契。觉其言言当于人心，无毫发不合，直与孔曾思孟无二。以观他家，则皆不能无疑滞焉。故见后人著书凡与朱子为难者，辄恚恨，以为人性何以若是其蔽也。……
周栎园《书影》言：
昔有鹦武飞集陀山。乃山中大火。鹦武遥见，入水濡羽，飞而洒之。天神言：“尔虽有志意，何足云也？”对曰：“尝侨居是山，不忍见耳。”天神嘉感，即为灭火。
余著此书，亦鹦武翼间水耳。（《书林扬觯》，下，4四七）
他觉得朱子的话“言言当于人心，无毫发不合，直与孔曾思孟无二”，所以他那样崇拜朱子，所以他“不忍见”朱子受人攻击。懂得了这段故事，我们方可完全了解他的《汉学商兑》。
《汉学商兑》本止一卷，因篇页较多，分为三卷：“首溯其畔道罔说之源；次辨其依附经义，似是而非者；次为总论，辨其诋诬唐宋儒先，而非事实者。”（《序例》）上卷有一段说：
顾（炎武）、黄（宗羲）诸君虽崇尚实学，尚未专标汉帜。专标汉帜则自惠氏始。惠氏虽标汉帜，尚未厉禁言理。厉禁言理则自戴氏始。自是宗旨祖述，邪诐大肆，遂举唐宋诸儒已定不易之案，至精不易之论，必欲一一尽翻之，以张其门户。（朱氏《槐庐丛书》本）
这段话有是有非。惠氏专标汉帜，但惠氏的家学是要“六经尊服郑，百行法程朱”的，所以惠氏不是有力的反理学派。戴氏明目张胆地攻击理学，尤其攻击朱子。但戴氏并不是像方氏说的“厉禁言理”；戴氏攻击那“得于天而具于心”的理，而主张那在事物之中的条理；这是厉禁言理吗？方东树论汉学有六蔽：
其一，力破“理”字，首以穷理为厉禁，此最悖道害教。
其二，考之不实，谓程朱空言穷理，启后学空疏之陋。
其三，则由于忌程朱“理学”之名，及《宋史》“道学”之传。
其四，则畏程朱检身，动绳以理法；不若汉儒不修小节，不矜细行，得以宽便其私。故曰，“宋儒以理杀人，如商韩之用法。浸浸乎舍法而论理。死矣！更无可救矣！”所谓不欲明镜之见疵也。
其五，则奈何不下腹中数卷书，及其新知小辨。不知是为驳杂细碎，迂晦不安，乃大懦所弃余而不屑有之者也。
其六，则见世科举俗士空疏者众，贪于难能可贵之名，欲以加少为多，临深为高也。
这六项之中，其实方氏最注重的是两件事：一是治经的方法，一是对于理学的态度。这两件可以总括他说的“六蔽”。
关于治经的方法，方氏在《汉学商兑》“卷中之下”里说的最详细。他引钱大昕、戴震的话，自下驳论道：
夫谓义理即存乎训诂，是也。然训诂多有不得真者，非义理何以审之？……
信乎朱子有言：解经一在以其左证之异同而证之，一在以其义理之是非而衷之。二者相须，不可缺，庶几得之。今汉学者全舍义理而求之左验，以专门训诂为尽得圣道之传，所以蔽也。
这是方氏的主旨。戴震曾说：“夫使义理可以舍经而求，将人人凿空得之，奚取于经乎？……古今县隔，遗文垂绝，然后求之训诂。训诂明则古经明，古经明而我心同然之义理乃因之以明。”方东树痛驳这段话，其大意如下：
1.古今学问，大抵二端；一小学，一大学。训诂名物制度只是小学内事。《大学》直从明新说起，《中庸》从性道说起，此程朱之教所主，为其已成就向上，非初学之比。……汉学家昧于小学大学之分，混小学于大学，以为不当歧而二之，非也。
2.“本训诂以求古经，古经明而我心同然之义理以明”，此确论也。然训诂不得义理之真，致误解古经，实多有之。若不以义理为之主，则彼所谓训诂者安可恃以无差谬也？……即以郑氏、许氏言之，其乖违失真者已多矣，而况其下焉者乎？
总而言之，主义理者断无有舍经废训诂之事。主训诂者实不能皆当于义理。何以明之？盖义理有时实有在语言文字之外者。故孟子曰以意逆志，不以文害辞，辞害意也。
汉学家专泥训诂，如高子说《诗》，所以多不可通。……故义理原不出训诂之外（适按，此言与上文“义理有时实有在语言文字之外者”一句正相矛盾），而必非汉学家所守之训诂能尽得义理之真也。
方氏的话也不是完全不能成立的。小学大学之分自是误从朱子，李塨的《大学辨业》与《圣门学规纂》已有很明快的驳论了。汉儒说经实多谬误；但此言只可用来打倒惠氏一派的真正汉学，而不能打倒戴氏以下的清学。
戴学本不拘守汉儒；他的大弟子王念孙、段玉裁等都能打破汉儒的束缚。方东树也曾说高邮王氏《经义述闻》“实足令郑朱俯首，自汉唐以来未有其比也”。
清学的大师重在方法的精密；他们的训诂考证固然未必“能尽得义理之真”，但治古书终不能不用这种方法。若因为汉儒有谬误，而就完全抹杀清儒采用的方法，而就妄想求古书的义理于语言文字之外，那就是根本上错误了。
清儒治经确有太拘泥汉儒之弊，也确有过信《说文》之弊。方东树指出迷信《说文》的十五谬都是不错的。但这也不足以攻诋戴学。
戴震、段玉裁、王念孙诸人对于《说文》，都不过把《说文》当作一部最重要的古辞典，与《广雅》《释名》等书同有参考佐证的价值。阮元纂辑《经籍纂诂》，更把一切古训诂都搜集排列，看作有同等的参考作用。
搜集古训诂来作治古书的根据，这是清儒的一个基本方法。迷信《说文》固是可笑；但轻视古训诂而空谈义理，更是可笑了。方东树最爱谈义理，但他自己实在不曾明白他所谓“义理”是什么东西。义理应该分两层说：一是古经的意义，一是后人的见解。
清代学者略有点历史的眼光，故能指出宋儒用主观见解来说古经的毛病。我们也应该认清楚：治古书是要依据古训诂的；古训诂有不完全之处，我们应该用精密的归纳比较，求出古书的意义。
我们不可认后人的主观见解为古书的义理。方东树的根本毛病即在于误认宋儒的义理为“直与孔曾思孟无二”。这种完全缺乏历史眼光的成见是不配批评清儒的方法的。
其实，方东树最痛恨的还是清儒（尤其是戴学）对于理学的态度。清学反抗宋明的“心学”“理学”；顾炎武在《日知录》里屡引戴震的话，排斥传心之学；阎若璩在《古文尚书疏证》里指出“人心惟危道心惟微”的话是出于“道经”，更动摇了心学的根据与权威。方东树大抱不平，发为驳论道：
夫所恶于禅学即心是道者，谓其专事明心，断知见，绝义理，用心如墙壁，以徼幸于一旦之洒然证悟。若夫圣人之教，兢业以持心，又精择明善以要于执中，尚有何病？……愚尝反复究思之，无论伪古文足信与否，……只此二语即出于巷说里谚，亦当平心审谛，断然信其精粹无疵，不诡于道，足以质古圣而无疑。
这是何等坚强的信仰！这样盲目的信仰往往能阻碍他对于反对派的了解。例如他说：
大抵考证家用心尚粗粗，故不喜言心，言性，言理，言道。又会有禅学心学之歧，为其藉口。此中是非杂糅，如油著面，本不易明。戴氏（震）、顾氏（炎武）以言心为堕禅，论虽灭裂，犹实有其害。近汉学家以致知穷理为堕禅，则直是乱道。不知禅之失政在不求心穷理，而禅之妙亦政在不许求心穷理。才一求心穷理，便非禅。……今汉学家咎程朱以言心言理堕禅，岂知程朱是深知禅之害在不致知穷理，故以致知穷理破彼学而正吾学之趋耶？
说考证家“用心尚粗粗，故不喜言心”，这真是冤枉。考证家最肯用心而不高兴言心；普通的理学家却是天天言心而不肯用心。方氏又说汉学家以致知穷理为堕禅，这话也有点冤枉。
汉学家不但不反对致知穷理，并且正是实行致知穷理。不过他们要致的不是那不学而知的良知，要穷的也不是那得于天而具于心的理。
最冤枉的是方东树说“汉学家厉禁言理”。这几乎是无的放矢的议论。戴震的《孟子字义疏证》说“理”字最多，何尝厉禁言理？不过戴氏谈的理不合方氏的脾胃，故方氏说此书“囗囗乖违，毫无当处”（中之上，二十四）。
