五年，沙辘番乱。沙辊自遭兵后，势微弱，而地腴，汉人争购之。土目嘎即谓其众曰：『祖宗遗此尺寸土，为子孙可耕可猎、可供衣食、输课饷。今若尽售汉人，必受欺侮，我将无以自存』。遂杀人以叛。彰化知县张缟请兵讨。嗣从通事之请，许降。当是时，淡水同知王汧以番地日被侵垦，或以贱价售人，番无得食，日就穷困，致起争杀。上书御史尹秦，奏定社田。大社留给水旱之地五百甲，中四百甲，小三百甲，以为耕猎之地，各立界碑，永远保之。其余草地悉令召垦，并限三年升科。六年冬，山猪毛番乱，杀汉人二十有三人。翌年春二月，总督高其倬檄总兵王郡、巡道孙国玺会办。以游击靳光瀚、同知刘浴率兵讨，调诸罗知县刘良璧堵后山，发内攸社番要击之。北路营参将何勉亦入楠梓仙山。军至邦尉，番降。十一年，始以南路营兵三百戍山猪毛，自是番不敢出。九年，大甲西社番林武力潜谋作乱，结朴仔篱等八社，以十二月起事，恣焚杀。淡水同知张宏章走免，居民多被戕，北路汹汹。总兵吕瑞麟适北巡，至淡水。闻变，回及猫盂，被围。瑞麟力战，奔彰化，征兵府中，累战不克。十年五月，林武力复结沙辘、吞霄等十余社齐反，围彰化县治，居民逃避，号哭于道。宏章率乡勇巡庄，道经阿束社，番伏击，众溃。有粤人锄田者十八人见之，制梃以救，宏章获免，皆战死。彰人塟之，谓之十八义民。六月，总督郝玉麟调瑞麟回府，檄新授福建陆路提督王郡讨之。七月，郡偕巡台御史觉罗柏修军至鹿港，遣参将李荫越、游击黄黄林彩、株荣茂、守备蔡彬等，合兵攻阿束社。番不能拒，潜窜于山。郡以参将靳光瀚、游击黄林彩、守备林世正等各率兵扼隘。八月，渡大甲溪，复遣将分击。林武力之去也，踞险自守，官军追之。过大安，登大坪，直抵番界。谍报林武力走南日内山，复追之，攀缘而上。番踞高崖，下矢石，官军发炮攻，声震山谷。番却，捣其巢，遂缚林武力以降，戮之。是役捕虏千余人，或杀或放。十二月，乃班师归，建镇番亭于彰化，改大甲社为德化，牛骂社为感恩、沙辘社为迁善，而汉人多耕其地矣。十三年，眉加腊番乱，讨之。眉加腊为彰化野番，未内附。频年以来，辄出没于柳树楠、丁台各庄附近，焚杀居民。十月，北路副将靳光瀚、淡水同知赵奇芳合兵讨，获其数人，戮之，遂于柳树楠设隘以守。台中之设隘始于此。
乾隆二年，诏减熟番丁税，着照民丁之例，每丁征银二钱，余悉裁减。巡台御史白起图奏言：『嗣后汉民不得擅娶番妇，番妇亦不得牵手汉民，违者则行离异。汉民照民苗结亲例，杖一百。士官通事照民苗结亲媒人减一等例，各杖九十。地方官照失察民苗结亲例，降一级调用。其从前巳娶生有子嗣者，则行安置为民，不许往来番社，以杜煽惑生事之端』。诏可。先是大学士鄂尔泰等以台湾居民已数十万，开垦承佃，各谋其生，而禁止携眷，未有家室，别娶番妇，恐滋扰害，奏请解禁；许之。于是闽粤之人至者更多，争垦番地，播稻植蔗。米糖之利，挹注他省，岁入各百数十万金，商务以兴，家富人给。莫不各立久远，为子孙计。乃未几而越界之禁又出矣。
三年，总督郝玉麟奏言：『台湾熟番与汉人所耕地界，饬令查明。其已有契可凭、输粮已久者，立界管业。此后不准人民侵入番界，贌买番业。应令地方官督同土官，划界立石，以垂永久。顾越界之令虽颁，而官庄之开愈大。官庄之制，略如郑氏屯田。文武官各备资本，召佃垦荒，以为己业，而其地多在番界。九年，下诏禁止。十七年，更立石番界，禁出入；而台湾之垦务一阻。
当是时，归化熟番渐从汉俗，乃令薙发，锡姓，以遵国制。自是以来，民番杂处，各安畎亩。然交涉之事愈多。三十一年，奏设南北理番同知，以北路驻彰化，南路驻府治，管理民番交涉事务。时两路熟番九十三社，归化生番二百数十社，输饷课，听约束，有事调遣，奉命维谨。及林爽文之役，大将军福康安视师台湾，诸番争效命，建功多。五十三年，康安奏仿四川屯练之制，设置屯防，大屯四，小屯八，语在军备志。又以未垦荒地五千四百四十一甲，抄封田园二千三百八十余甲，分给屯丁，为自耕自给之计，语在田赋志。然屯番未谙农事，多募汉人耕之，所入不供衣食。嗣以抄封田园拨充班兵之饷。五十五年，清丈，查出侵垦番界田园三千七百三十四甲余，悉没之。贌佃耕作，以其租为屯饷，而开垦番地又日进矣。
蛤仔难在淡水北东，或日甲子兰，番语也。背山面海，土地广漠，溪流交错。西班牙人曾至，为番所杀。乾隆三十三年，淡水林汉生入垦，亦为番害。自是无有至者。漳浦人吴沙居三貂岭，任侠，通番市。以嘉庆元年，募三籍流氓千数百人，率乡勇二百余前进。九月，至鸟石港，筑土堡以居，则头围也。二年，沙赴淡水厅给照，与以义首之印，随山刊木，立乡约，设隘寮，至者愈多，拓地至二围。沙死，侄化代领其众，遂进至五围。蔡牵之乱，朱濆谋踞苏澳，化败之，请以地入版图。知府杨廷理会师至此，谂其形势，亦以为言。而大吏以险远难治，虑有变，不许。嘉义县学教谕谢金銮撰蛤仔难纪略六篇而论之曰：『古之善筹边者，却敌而已。开疆辟土，利其有者，非圣主所欲为。顾是说也，在昔日不可以施于台湾，在今日复不可以施于蛤仔难。其故何也？势不同也。台湾与古之边土异，故筹台湾者，不可以彼说而施于此也。夫古之所谓筹边，其边土有部落，有君长，自为治之。其土非中国之土，其民非中国之民，远不相涉。偶为侵害，则慎防之而已。必欲抚而有之，有其土而吾民不能居也，徒为争杀之祸，故圣王不顾为，而为之者过也。若台湾之在昔日，则自郑氏以前，荷人据之，海寇处之。及郑氏之世，内地之人居之，田庐辟，沟潧治，树畜饶，漳泉之人利其肥沃而住者日相继也。其民既为我国之民，其地即为我国之地。故郑氏既平，施靖海上言以为不当弃，遂立郡县。岂利其土哉，顺天地之自然而不能违也。夫台湾之在当日，与内地远隔重洋，黑水风涛沙汕之险，非人迹所到，然犹不可弃，弃则以为非便。若夫今日之蛤仔难，较为密迩矣。水陆毗运，非有辽远之势；而吾民居者众已数万，垦田不可胜计，乃咨嗟太息，思为盛世之民而不可得，岂情也哉？况杨太守入山，遮道攀辕，如赤子之觌父母，而民情大可见也。为官长者弃此数万民，使率其父母子弟永为逋租逃税、私贩偷运之人而不问也；此其不可者一。弃此数百里膏腴之地，田庐畜产、以为天家租税所不及也；此其不可者二。民生有欲，不能无争。居其间者，漳泉异情、闽粤异性，使其自斗自杀自生自死若下闻也；此其不可者三。且此数万人之中，有一雄黠材智桀骛不靖之人出而驭其众，深根固蒂，而不知以为我疆我土之患也；此其不可者四。蔡牵窥伺，朱濆钻求，一有所合，则藉兵于寇也；此其不可者五。且就其形势观之，南趋淡水、艋舺为甚便，西渡五虎、闽安为甚捷，伐木扼塞以自固则甚险。倘为贼所有，是台湾有患，而患则及于内地；此其不可者六。今者官虽未辟，而民则已开，水陆往来，刊木通道，而独为政令所不及，奸宄凶人以为逋逃之薮，诛求弗至；此其不可者七。凡此七者，仁者虑之，用其不忍之心；智者谋之，以为先几之哲。其要归于弃地弃民之非计也。或曰：「台湾虽内属，而官辖之外，皆为番境，则还诸番可矣。必欲争而有之，以滋地方之事，斯为非宜」。不知今之占地而耕于蛤仔难者已数万众，必当尽收之，使归于内地，禁海寇勿复往焉，而后可谓之还番，而后可谓之无事。否则官欲安于无事，而民与寇皆不能也。非民之好生事也，户口日繁，有膏腴之地而不往耕，势不能也。亦非寇之好生事也，我有弃地，寇将取之，我有弃民，寇将劫之。故使今之蛤仔难可弃，则昔之台湾亦可弃。昔之所以留台者，固谓郡县既立，使吾民充实其中，吾兵捍防其外，番得所依，寇矢所据。所谓安于无事者此也。今之蛤仔难亦犹是矣。或又曰：「蛤仔难之民，久远王化，其心不测。骤欲驭之，惧生祸端」。信哉是言也！夫君子之居官，仁与智二者而已。智者之虑事，不在一日而在百年。仁者之用心，不在一己之便安，而求益于民生国计。倘敬事以爱民，蛤仔难之民，即尧舜之民也，何祸端之有？杨太守之入也，欢声动地；驱为义勇，则率以从；索其凶人，则缚以献。安在其久违王化哉？苟其图利于身，弗达时务，抑或委用非人，土豪奸吏杷持行私乎其间，则其启祸也必矣。故此事非才德出众者，不可与谋也。一方之辟，必有能者筹度乎其间。其见诸事者；蔚为功业矣。或徒见诸言，而其时不能用，后卒不易其言焉，则皆此邦之文献也。自施靖海以后，善筹台事者，莫如陈少林、蓝鹿洲二公，可谓筹台之宗匠矣。当康熙时，彰化、淡水未会设官，政令巡防，北至斗六门而止，或至半线、牛骂头，要不越诸罗辖内二百余里之地。自半线以北，至于鸡笼，七、八百里悉荒弃之，亦委于番。即台邑之罗汉门，凤山之琅囗〈王乔〉，皆摈弗治。当事者逡巡畏缩，志存苟安，屡为画地自守之计，唯云禁民勿侵番地，实则藏奸矣。故少林作诸罗县志，慷慨着论。鹿洲呈巡使黄玉圃之诗亦言之。其所陈利弊，又皆与今日相类，是皆先事之师也。且夫制治之方，视民而已。民之所趋，不可弃也。沃足以容众，险足以藏奸，台湾之地大概如此。有类乎蛤仔难者，尚当以渐致之。其事非止于蛤仔难也。然而自昔以来，苟安者众，焦头烂额之事，乃使后人当之。岂所以为民为国也哉』？
十三年春，福州将军赛冲阿奏设屯防并免升科，部议不准。十月，少詹事梁上国奏言：『台湾淡水厅属之蛤仔难，田土平旷丰饶，每为海盗觊觎。从前蔡牵、朱濆皆欲占耕；俱为官兵击退。若收入版图，不特可绝洋匪窥伺之端，且可获海疆无穷之利』。诏命福建督抚议复。总督阿林保委署台湾知府徐汝澜诣勘，亦主设屯，未复奏。十四年春正月，诏以『阿林保等查勘蛤仔难地势番情另行酌办一折，蛤仔难北境居民，现已聚至六万余人。且于盗贼窥伺之时，复能协力备御，帮同杀贼，深明大义，自应收入版图，岂可置之化外？况地又膏腴，若不官为经理，妥协防守，设为贼匪占踞，讵不成其巢穴，更为台湾肘腋之患乎？着该督抚等熟筹定议，应如何设官经理，安立厅县，或用文职，或驻武营，随宜斟酌，以期经久尽善』。十五年，总督方维甸以漳泉械斗，奉旨查办。行次艋舺，土目包阿里等率督社番丁，叩辕求见，请入版图，业户何绘等亦请照则升科。维甸据以入奏，历言收入之利。命杨廷理偕巡检胡桂等入查，分划地界，以为设官之计。当是时，移垦之民，漳人四万二千五百余，泉人二百五十余，粤人一百四十余，均属丁男。而熟番五社九百九十余丁，归化生番三十三社四千五百五十余丁。其地东西宽约二、三十里，南北长约六、七十里，泱泱乎可为大邑也。廷理既至，筹办三月，首废业户，具陈省宪。而司道以事难悬拟，请交台湾镇道议复。总督汪志伊初莅任，郎檄台湾道张志绪覆勘。十六年，督抚会奏，命大学士会同各部议复。十七年八月，始收其地，设噶玛兰厅，置抚民理番通判，则今之宜兰也。当是时荒土尚多，而番愚且惰，不能耕。通判翟淦乃议大社加留余埔周回二里，小社一里，给与熟番树艺。西势一带，永为番业。东势十六社之地，给与三籍开垦，而征其租。自是以来，移民麇至，治沟塍，兴水利，险阻集，物土方，而噶玛兰为乐国矣。
