万历二十年，倭犯朝鲜。二十五年，增设澎湖游兵。四十五年，倭犯龙门港，增冲锋游兵。其地环衍可二百余里，地斥卤、水咸涩，常燠多风，稼樯差艰。峙正中者，曰娘宫屿。从西屿入，二十里为茶盘，又十里即娘宫屿矣。波平浪息，无淜奔激射之势。其状如湖，因曰澎湖；宽可泊船。面为案山、右为西安，各置小城；列铳为守，名曰铳城。又左为风柜山，高七、八尺；红毛凹其中，上垒土若雉堞。今毁其城，仍分军戍守，与案山、西安相犄角。东为莳上澳、猪母落水，最当南之冲；由陆趋娘宫，三十余里。旧有舟师戍守，今更筑铳城以防横突。又东南向，为锁管港、林投仔、龙门、青螺诸澳。龙门有原泉，旧为居民聚落。万历三十五年，倭突犯，泊此屿。西为西屿头；有果叶澳，泉甚冽可饮。稍北，为竹篙湾。又西，为囗〈虫咠〉仔湾。又西北，为丁字门、水吼门，今皆有兵戍守。屿北，为北山墩。又北太武稍卑，为赤嵌。循港而进，为镇海港；垒城于此。又西北，为吉贝屿。又北太武与中墩，称两太武；俱最高，便于瞭望。娘宫稍后二里有稳澳山；颇平坦。自万历三十七年，红毛一舟阑入澎湖，久之乃去；天启二年，高文律乘戍兵单弱，以十余船突掳澎岛。遂因山为城、环海为池，破浪长驱，肆毒漳、泉。总兵俞咨皋移红毛于北港（即台湾），乃复澎湖。议于稳澳山开筑城基，大石垒砌，高丈有七、厚丈有八，东西南留三门、北设铳台一座；内盖衙宇营房，凿井一口。戍守于此，以控制娘宫（「方舆纪要」）。
澎湖出洋巡哨，由妈宫澳开驾，向西至西屿头，经内堑、外堑，复收泊西屿头内大果叶登岸。大果叶二里，左为缉马湾、右为小果叶。南四里，至内堑。按季轮拨千、把各一员；澳口炮台一、东山顶烽台三。内堑西南三里，左为堑澳口；炮台一、西山顶烽台三。再北，经缉马湾、小果叶，八里至小池角。西北四里，至大池角；十五里，至小门。炮台一、烽台一。四里，至鸽界头横礁；三里，至竹篙湾，仍回至大果叶。十里，登舟，由内港驾至北山瓦硐港寄泊。登岸四里，至通梁；三里，至后寮；二里，至大北山。山顶瞭望，北为吉贝屿、姑婆屿、土地公屿、铁砧屿、目屿、白沙仔屿、险礁，东为湾目屿蓝笨仔屿、鸟屿、鸡膳屿、碇齿屿。欲赴吉贝各屿，须出吼门往北；若逆流逆风，未可驾驶。瓦硐港四里，至大赤嵌社。南有塘汛，按季轮拨千、把各一员。一里，革小赤嵌；三里，至港仔；东二里，即崎头；东南二里，至镇海；三里，至港尾；二里，至城前，仍至瓦硐港。登舟从吼门出洋，哨巡由西屿头外收入内埯寄泊，回妈祖宫澳。再，妈祖宫澳开船出哨，由西往南，经鸡笼屿、四角仔、桶盘屿、虎井，直抵八罩金鸡澳，入挽门汛（南、北风可泊五、六船）。按季轮拨千、把各一员；汛后山顶炮台一。由塘口往西南一里，至网埯。南为半坪屿、头巾礁、铁砧屿、磘仔屿，西南为大屿，西北为花屿、猫屿、草屿。西北半里，至瓮菜堀；北四里，至花宅。四里，至水埯；埯口北炮台一（南风时可泊船）。复回挽门汛。东隔半里，为将军澳；与挽门汛对峙（立冬后可泊四、五船）。东临海，有石山，名船帆屿；山顶炮台一。向北，为金鸡屿（南、北风俱可泊船），在将军澳后；北有马鞍屿。由挽门登舟出金鸡屿口往东南，至东吉、西吉、锄头精屿，至文良港。驾回，经过锁管港、猪母落水、虎井、嵵里、风柜尾、鸡笼屿、四角仔，回妈祖宫澳。陆巡由妈祖宫澳四里，至暗澳；有巡检司。三里，至东卫。五里，至大城。北三里，至隘门仔。一里，至林头仔、埯南、香炉屿、鼓架礁。四里，至尖山仔。一里，至文良港、东鼻头，烽台一，可望阳屿、阴屿。北五里，至果叶仔。二里，至奎璧港。北三里，即奎璧港山。西三里，白湾坑。二里，至湖东。二里，至湖西。五里，至红罗罩。北三里，至青螺仔。红罗罩半里，至西溪仔。南三里，至太武仔。西三里，至港底。北一里，至东石。六里，至沙港头。南三里，至鼎湾。西北三里，至中墩屿；潮退可通。西南二里，至潭边。南二里，至港仔尾。三里，至蚱脚屿。二里，至东卫。四里，至西卫。三里，至后堀潭。四里，至妈租宫澳。再，陆巡用大杉板往嵵里山后登岸，嵵里澳口炮台一、山顶烽台一。五里，至风柜尾；澳口炮台一、烽台一。东二里，至井子埯。东南四里，猪母落水。东北二里，锁管港。西北一里，鸡母坞。北三里，至铁线尾。八里，至乌嵌。五里，至双头挂，与大城北相对。三里，至菜园。三里，至暗澳，回妈祖宫澳（「赤嵌笔谈」）。
澎湖远在海外，内澳可容千艘。周遭平山为障，止一隘口进，不得方舟。令贼得先据，所谓「一夫守险，千人不能过」者也。矧山水多礁、风信不常。吾之战舰难久泊矣；而曰可以攻者否也。往民居恃险为不轨，乃徙而虚其地；今不可以民实之，明矣。若分兵以守，则兵分为弱、远输为贫。且绝岛孤悬，混茫万顷，脱输不足而援后时，是委军以予敌也；而曰可以守者，否也。亦尝测其水势，沈舟则不尽其深、输石则难扞其急；而曰可以塞者，亦非也。惟峻接济之防，而敷陈整旅以需其至，则贼既失其所恃，讵能为久顿谋哉（「图书编」）？
南路自大冈山以下，至下淡水琅峤社；北路自木冈山以上，至上淡水鸡笼城。其间如凤山、傀儡山、诸罗山、半线山，皆扼野番之冲，为陆汛所必防；如下淡水、硫磺溪、大线头、鹿仔港，皆当入海之道，为水汛所必守。至鸡笼、淡水，乃台湾极北之岛，突处海中，毗连番社。后垄一游，与南日对峙（即兴化港口也）；后垄而上，一百二十里为竹堑社，对海坛镇；竹堑而上，一百五十里为南嵌社，对峙关囗〈山童〉（即福州闽安港口）。自南嵌至上淡水七十里，对北胶；淡水至鸡笼三百里，对沙埕烽火门：皆浙江省界也。大洋之外，红夷出入之路，而又远隔郡城，港道四达往来，一帆直上，伪郑设重兵于彼；虽曰远御红夷，实恐我师从福、兴分出以袭其后也。鸡笼至闽安不过七、八更水程，若闽安、兴化等港听商人往来贸易，非止利源通裕；万一意外之警，则厦门、澎湖之师以应其前，福、泉、兴化之船以应其后，首尾呼应，缓急可恃（「东宁政事集」）。
台湾环海依山，欲内安必先守山，欲外宁必重守水。守山之法劳而易，守海之法逸而难。盖陆地之防，惟在严斥堠、慎盘诘，实心卫民，勿以扰民，不过得其人以任之而已。水地之防，必资于船；多设船，则有篷、桅、缆、碇修葺之工费，岁需不赀，是在主计者之持策也。盖台湾善后之计，莫急于增兵；增兵，自不得不增饷。若仅驻镇于郡、驳协于安平，南北两路兵单汛薄，恐未雨之忧不在鹿耳而在海港山社之间矣（「诸罗杂识」）。
台湾水陆制兵盈万，费綦重矣。乃澎湖、安平之兵居其半，水师汛重，不容以核减；台湾之兵居其半，陆路汛广，又不得不议增。然有可节省之道、至便之术，亦持筹者所必讲也。台湾原有官庄，即可为屯田，其佃即可为屯兵；不过加以训练，明其节制。或仿古者耕七调三，或立在要地屯守，寓兵于农之中；非特兵无跋涉，岁免度支巳也。历观名臣奏议，所用守边之众，多取土著。以土著宜于水土、明于地势，而又欲自保其身家，则守御必周。且闻名将用兵，有取农人，号为生力兵；则以性质椎鲁、手足强健，虽风雨奔驰，可无倦乏耳。今议：旧设制兵仍用内地更代、增设之兵就台另立屯田，可以相资；则兵力愈强，而巡防弥周矣（「理台末议」）。
陆师重马力、水师重舟力，战阵之时，务争上风。而运转不灵，不能占居上风；压持不重，或反退居下风。此虽人力，全在良舟。然匠人为舟固守绳尺，及驾中流，而快利迟钝之用乃见。
同时发棹，而前后入港之日顿殊者，何也？盖木之本质不类（如盐木为柁，遇波涛乃不摇动；余则否），轻重亦异（木老则坚而重，否则轻）。必得良材轻重配合，如人一身筋骨相配，然后善于运动也。故水师必讲于造舟者，此其一也。水师之湾泊，犹陆师之安营。凡水师不能于外洋觅战，皆于近港交锋；所以湾泊之处，即是战争之场。我舟先至，利在居要以争上风；然风信难凭，透发之后往往转变，先要泊稳。倘一澳中有南风澳、北风澳不同，则宁泊南风澳以待。此又老将之持重，不可执一而论也。故水师必明于湾泊者，此其一也。水师之入港，犹陆师之克城。凡港门为贼所守，而险隘尤为贼所持。兵法有「挟制其险而攻其虚」之说，以险处多虚，故险可制而虚可攻耳。故水师必详于入港者，此其一也。此水师之大概也。而其要在机，曰扼要、曰伺隙、曰察变、曰虚中四者。夫扼要则握其权矣，伺隙则分其力矣，察变则夺其守矣，虚中则避其害矣；此所以能于衽席之上以过我师，克期取敌无疑也。要而言之，师之用在舟，舟之用在水，水之用在风。舟与师相习、风与水相遭，其用在于变而通之以尽利；神而明之，存乎其人（同上）。
营署
镇守台澎挂印总兵官：在府治镇北坊，西南向。由大门入，仪门、大堂、二堂、西廊厢房、东为花厅，又东为箭道，有箭亭。大门外，栅栏、辕门、皷亭俱备。较场在北门外。中军中营游击：在府治永康里。中军守备：在中营署右。左营游击：在府治镇北坊。中军守备：在镇北坊。右营游击：在府治东安坊。中军守备：在府城东门内。乾隆元年新建。
台湾城守营参将：在府城北门内。左军守备：在冈山。右军守备：在下茄冬。
南路营参将：在凤山县兴隆庄县治之后。都司：在下淡水。中军守备：在参将署后。较场在北门外。
北路营副将：在彰化县治。中军都司：在猫雾拺。较场，在南门外。左营守备：在诸罗县治。较场在西门外。右营守备：在竹堑。较场在南门内。
淡水都司：在八里坌。
台湾水师副将：在安平镇，北向。头门内，大堂、二堂；门外，皷亭、辕门俱备。乾隆五年，协镇王清建右畔花厅一座；七年，协镇林荣茂改为二座。中营游击：在安平镇。中军守备：在本营内。左营游击；在安平镇。中军守备：在本营内。右营游击：在安平镇。中军守备：在安平镇。
澎湖水师副将：在澎湖大山屿妈宫澳。左营游击：在妈宫澳。中军守备：在游击署东。右营游击：在妈宫澳。中军守备：在妈宫东。
恤赏
雍正八年，台澎总镇王郡奏准：恩给营中恤赏银两。台、澎二处领到本银，概就台郡购置田园、糖廍、鱼塭等业，各协营遴员经理，于冬成征收租谷、糖斤、税银。其应纳各县正课，仍依民间则例交纳。所获租息，以六分存留营中，赏给兵丁游巡及有病革退并兵弁拾骸扶榇等盘费；以四分解交台湾府划兑藩库，备赏戍兵眷属吉凶事件。所截六分租息，每年除赏恤外，所有盈余存贮赏给期满换回班兵盘费。其出入数目，按年造册送督、抚、提督、藩司核查。
镇标三营兵二千七百七十名，共领帑银五千五百四十两。
城守营兵一千名，共领帑银二千两。
南路营兵一千五百名，共领帑银三千两。
北协三营兵二千四百名，共领帑银四千八百两。
淡水营兵五百名，共领帑银一千两。
安平水师三营兵二千五百名，共领帑银五千两。
澎湖水师二营兵二千名，共领帑银四千两。
恤赏则例
一、兵丁娶妻及子女婚嫁，各赏银三两。
一、兵丁父母、本身及妻亡故，各赏银四两。
一、故弁扶柩回籍，照依每员名下支食养廉名粮计算，每名赏银四两。如系十名，赏银四十两；照此类。
一、故兵遗骸班满，队目拾运回籍安葬，分上、下游给赏运费。上游赏银三两，下游赏银一两五钱。如同标营一起拾运三名以上者，各减赏银三钱。水师有营船可以带运，每名止赏银一两。
一、病兵辞退革伍回籍者，照站给赏盘费，每站赏银四分。游巡兵丁，每名每日赏银一分五厘。
一、期满班兵换回内地，分上、中、下游给赏盘费。上游赏银二两，中游赏银一两五钱，下游赏银一两。
