康熙二十二年，上谕吏、兵二部：『向来海寇窜踞台湾，出没岛屿、窥伺内地，扰害生民。虽屡经剿抚，余孽犹存；沿海地方，烽烟时警。迩者滇、黔底定，逆贼削平；惟海外一隅，尚梗王化。爰以进剿方略咨询廷议，咸谓海洋险远、风涛莫测，长驱制胜，难计万全。朕念海氛不靖，则沿海兵民弗获休息；特简施琅为福建水师提督，前往相度机宜，整兵进征。该提督忠勇性成、韬钤夙裕，兼能洞悉海外形势，力任克期可奏荡平。遂训练水师、整顿战舰，扬帆冒险，直抵澎湖鏖战力攻，大败贼众、克取要地，立奏肤功，余众溃遁。台湾慑服兵威，乞降请命，已经纳土听候安插。自明朝以来，逋诛贼寇，始克殄除；濒海远疆，自兹宁谧。此皆该提督矢心报国，大展壮猷，筹划周详、布置允当，建兹伟伐，宜沛殊恩。施琅着加授靖海将军，封为靖海侯，世袭罔替；以示酬庸。前进剿云南官员各加一级，兵丁赏赉一次；顷因该提督所统官兵出海进剿，勤劳堪念，已经照云南例加级赏赉。复思官兵远抵台疆，冒险剿寇，非滇、黔陆地用兵可比；在事官员着再各加一级，兵丁再赏一次，以示特加优渥至意』。
雍正元年，上谕：『台湾地方，自古未属中国；皇考以圣略神威取之，载入版图。逆贼朱一贵等倡乱，占据台地；皇考筹划周详，指授地方官员遣调官兵，七日之内剿灭数万贼众，克复全台。皇考当春秋高迈，威扬海外，功德峻伟；官兵感戴皇考教养之恩，奋勇攻取，甚属可嘉！固不必援引前例，后亦不得为例；兹仰副皇考从优议叙之旨，官员现行议叙功加之外，着概行各加一等。总督满保，虽有失陷地方之罪，但一闻事发，即亲往厦门抚慰众心，遵依皇考指示调遣官兵，七日之内克复台湾；满保着兼兵部尚书衔。提督施世骠，统领大兵径渡海洋，鼓励将士，屡经大战，击败贼众，七日之内克复台湾，厥功甚大；施世骠着给与世袭头等阿达哈哈番。总兵蓝廷珍，曾协助施世骠；蓝廷珍着给与世袭三等阿达哈哈番。水师营副将许云，失陷台湾非关伊罪，奋勇前进，多杀贼众，身又阵亡；着给与拜他拉布勒哈番。参将罗万仓、游击游崇功，俱系阵亡；罗万仓、游崇功着给与拖色拉哈番。欧阳凯，着追赠太子少保』。又，上谕兵部：『进藏及克复台湾有功人员，其现任者俱已邀恩议叙，惟已经身故者未得议叙；同为国家立功之人，乃以身故之后不得均沾恩恤，朕心深为悯恻。尔部着即酌加议叙，着为定例，以副朕褒录有功之至意。钦此』。遵旨议准：将立功身故之副将、游击、守备、千总、把总二十一员，均准荫一子监生，给与执照。其官兵阵伤者，头等伤给银三十两、二等伤给银二十五两、三等伤给银二十两、四等伤给银十五两、五等伤给银十两。其兵丁身故者，照阵亡例给与祭葬银两。
雍正二年，上谕：『前往台湾换班之兵丁，守戍海外岩疆，粮饷在台湾支给。伊等所留家口，若无力养赡，则当差之兵丁必致分心苦累；朕甚为轸恤。每月着户给米一斗，以资养赡。内地米少，则动支台湾所贮米石，合计船价雇募，运至厦门交与地方官躬亲按户给发，务使均沾实惠』。
雍正五年，上谕：『台湾防汛兵丁，例由内地派往更换；而该营将弁，往往不肯将勤慎诚实营伍中得力之人派往，是以兵丁到彼不遵约束，多放肆生事。此乃历来积弊，朕知之甚悉。嗣后台湾换班兵丁，着该管官弁将勤慎可用之人挑选派往。倘兵丁到彼有生事不法者，或经发觉、或被驻台官员参出，将派往之该管官一并议处。如此，则各营派拨兵丁不敢苟且塞责，而海疆得防汛之益矣』。
雍正六年，上谕：『台湾总兵王郡奏称：「台湾换班兵丁，例由内地派拨；而其中有字识、柁工、缭手、斗手、碇手等人，向来多系雇募本地之人冒顶姓名，并非实有兵丁更换。至字识、柁、缭、斗、碇等务，换班兵丁不能通晓；请照随丁之例，就地招募，给以粮饷」等语。此事从前总兵俱未经陈明，王郡能据实奏明，甚为可嘉。但朕思海洋操练水师，惟柁、缭、斗、碇关系最为紧要。凡在船兵丁之身命，皆操于数十人之手；若不更换内地兵丁，而常令彼地之人执司其事，似有未便。朕意柁、缭、斗、碇等务兵丁虽未能骤熟，但未尝不可学习而能。应于换班之内挑选兵丁，随现今雇募之人学习--如雇募有三十名，即于兵丁内挑选三十名随彼学习；三年换班之时，将雇募之人裁省，留此习熟之三十名兵丁教习后班之兵丁。此所留兵丁至六年，然后换班；后班兵丁，皆照此例留换。则新旧更番迭相传习，皆可熟知柁、缭、斗、碇诸务矣。此事着史贻直会同高其倬、刘世明妥议具奏。又王郡奏称：「赴台兵丁，向例俱将一营之数十人分散数处戍守，难以训练。嗣后请匀拨一处」等语；所奏甚是。但从前何以分散防守？或有别故，亦未可定；亦着史贻直会同高其倬等查明奏闻。钦此』。遵旨议准：『嗣后台湾各水师营碇、缭、斗三项拣选兵丁学习，更换以六年为期；着为定例。如各营将弁不勤加查管训练，以致操驾生疏及仍有隐瞒不换者，一经察出，将该管将、备、千、把照溺职例革职，总督、提督、总兵官交部严加议处。其柁工尤关紧要，各船正柁准以九年为满，令其更换。再有杉板工一项专管驾驶杉板小船，亦照碇、缭、斗一例教习更换。其字识，仍照旧例三年为满。但内地各营送往更换时，令水师提督亲加考验；如各营将不能书写之人充数，即会同总督将该管将、备参处。其旧时字识，总兵、副将卫门暂留二人，参、游以下暂留一人；再限六个月，令将各项旧案粮册详细交代明白，方令各回内地。至台湾十一营兵丁俱从内地五十二营派拨，其更换之时，必令一营之兵丁分散防御，不令彼此私相联络；立法之初，实有深意。应仍照旧例遵行』。又，上谕：『驻台兵丁军器，诚为紧要。但此项军器悉系各营自行制备，是以易于破坏；然将内地精良之器给与台军，亦非善策。嗣后换台兵丁军器，着该督、抚于存公银内动支制造，务必坚利精良，该督、抚验看给发。俟兵丁至台之日，该巡视御史会同该镇查验点收；倘有不堪使用者，巡视御史等即据实题参，将该督、抚及承办官交部议处。如三年之内有应更造者，亦令该督、抚制造给送』。
雍正七年，上谕：『福建台湾戍守之兵丁，其父母妻子留在内地，前已加恩每月给与米粮，以为养赡之资。闻台兵向例，每月将所领钱粮扣留钱，于内地为养赡家口之用。朕思兵丁远涉海洋，所得饷银又复扣除以养家口，恐本身用度或有不敷；今沛特恩，于驻台之兵丁每年赏银四万两，为内地养赡家口之用。着总督等均匀分派，按期给发；俾兵丁本身食用既得宽舒，而父母妻子之在内地者又得养赡，以示朕恤兵赏劳之至意』。
乾隆五年，上谕：『福建台湾换班兵丁远戍重洋，向蒙皇考圣心轸念，于本身应领月饷外，添赏伊家口留住内地者每月米一斗、银二钱八分零，以资养赡，诚为格外之恩。今朕闻得班兵更换之时，一切行李、衣装不能无费，甚为拮指，每于本营私派帮贴而后启行，是行者、居者均有未便。可寄信与总督德沛，令其将闽省生息银两查算余剩之数，每年共计若干；即于此项内分别班兵路途远近，赏给往来盘费，永禁营中帮贴之弊；庶于内外兵丁，均有裨益』。
乾隆九年，上谕：『外省镇将等员，不许在任所置立产业，例有明禁。在内地且然，况海外番黎交错之地？武员置立庄田、垦种取利，纵无占夺民产之事，而家丁、佃户倚势凌人、生事滋扰，断所不免。朕闻台湾地方，从前地广人稀、土泉丰足，彼处镇将大员无不创立庄产，召佃开垦，以为己业。且有客民侵占番地，彼此争竞，遂投献武员因而踞为己有者；亦有接受前官已成之产，相习以为固然者。其中来历总不分明，是以民、番互控之案络绎不休。若非彻底清查、严行禁绝，终非宁辑番民之道。着该督、抚派高山前往，会同巡台御史等一一清厘。凡历任武职大员创立庄产，查明并无侵占番地及与民、番并无争控之案者，无论系本人子孙及转售他人，均令照旧管业外，若有侵占民、番地界之处，秉公清查，民产归民、番地归番。不许仍前朦混，以启争端。此后，台郡大小武员创立庄产、开垦草地之处，永行禁止。倘有托名开垦者，将本官交部严加议处，地亩入官；该管官通同容隐，并行议处』。
定例：总兵官三年俸满，请旨陛见；副将三年限满，给咨引见；参将、游击、都司、守备二年限满，咨部推补；干总、把总三年限满，赴省候文推补。其兵丁，由内地三年按班抽换，不准就地推补。又新例：武职四十无子者，亦准搬眷，与文职同。
雍正十一年，总督郝玉鳞奏准：台属民壮俱系无赖流寓之人，每多滋事，扰害良民。除原拨澎湖通判、台湾府经历、台凤诸彰四系典史民壮共四十四名照旧存留供役外，其道、府、同知、知县共民壮三百五十六名，悉行革退，编入保甲。将原给器械，追缴贮官。即于镇标营兵内酌量拨给道员二十四名、知府二十名、台同知十五名、淡同知二十四名、台凤诸彰四县各二十名，以资护卫巡查。
乾隆三年奏准：嗣后台地如有民人不法等事，许令武员移送地方官究治；如兵丁生事滋扰，许文员关会营伍责惩。如有彼此推诿者，照例罚俸一年。并饬令各该地方官、汛防员弁实力奉行，彼此按月稽查，取具并无兵民滋扰印结，转报该上司查核。如或有意徇纵，将该地方官照徇庇例议处。
前此覆辙，患在兵虚将惰。而虚兵之原，皆由台地招兵换名顶替。盖兵从内地抽拨，逃亡事故不为申报，每至放饷，即留饷以饱私橐；即有召募，强半市井亡赖，空名挂籍，含混欺朦，则主帅、大府之过也。当责总兵不时清厘，使随丁悉照定制，空粮悉行拨补。无籍之人，一名不得妄招；到伍之兵，一名不得顶替：则虚冒之弊可除。兵既充伍，而训练尤所当亟讲者。拨换入班，即宜配明队伍，将统弁、弁统队、队统卒；清查器械，不足者补之、不精良者淬砺之，按期操演。各营将操期并演何技勇逐月汇报，务使兵与将习、手与器习而后可。而分汛又当斟酌变通：台地辽阔，大汛驻兵一、二百名或数十名，究之官多离汛、兵多聚赌，有汛防之名、无守望之实，多兵亦奚益乎？防汛分作几处、匀作几班？统以该汛弁目于本汛乡庄、市镇、山口、港隘分地划界，巡哨侦探；有事则飞报本营酌量调遣追捕，无事则远者一月一换、近者半月一换。歇班之兵，归营操练。更番戍守，人无偏劳，声息可以时通；庶卖汛旧弊，自此绝矣。巡哨海口，责之水师。远近岛屿，必明港澳险易、业杂交错之区；上下风涛，必察湾泊向背、取水候风之所。善其舟楫械器、习其行阵击刺，定其游巡往来，毋潜伏内港，空文申报；驾驶既熟，乘风自易。则整练平时，可资备御；出师剿捕，可成劲旅。宁有兵虚、将惰之患哉（「赤嵌笔谈」）？
