马兆元（？～1863年1月31日），回族，原为清军盐茶厅属平远所（驻今同心县豫旺）把总，首先打起反清旗帜的回民义军首领。
清代同治年间，由于清朝统治者进一步推行民族压迫政策，采用“以汉制回”手段，制造民族纠纷，因而导致了同治年间空前规模的西北穆斯林大起义。
起义在关中东部渭南、大荔、华阴、华州、临潼一带爆发，迅速蔓延全省。起义军屡败地方团练和兵部侍郎胜保所部清军。清兵派荆州将军多隆阿率军入陕镇压起义，义军据点尽失，余部被迫西移甘肃。
陕西回民发动起义后，甘肃回民即波连而起。同治元年八月，回族把总马兆元在宁夏豫旺城首揭义旗。此后甘肃回民在各地相继起义，形成宁夏金积堡、陇南莲花城、河州、西宁、肃州等5个中心。
清同治元年（1862年）8月3日，盐茶厅属平远所把总马兆元（回族，当地人称“马福爷”）起义反清，很快得到同心城、王家团庄、固原州、平凉、金积堡、通昌、宝丰、石嘴山等地回民的响应，从而基本上席卷了整个宁夏全境。
1862年10月，马兆元与马化龙联合围攻灵州城，宁夏驻防满营佐领隆阿、防御英明率旗兵前往救援，被回民军设伏击败。12月1日，宁夏道员侯云登在甘肃提督定安的配合下解灵州之围。马兆元义军和马化龙义军分别撤回同心和金积一带。
后来，马兆元与马化龙、王大桂（同心义军首领）在反清斗争中，产生分歧，1862年底，王大桂、马化龙同时向清官府求抚，王大桂被平凉镇总兵万年新招抚，致使王家团庄、三营、肖河城、三百户等处回民军或被解散、或被招抚，马兆元不能立足于金积堡，遂南下同心。
同治二年（1863年）1月31日，马兆元率3000余人至王家团庄，被王大桂骗至营垒，捕而杀之，年仅40余岁。
