「暮春同陈时业、傅国毗、何稚孝游丰山，分得「青」字」：『读书曾自闭寒扃，载酒春深忽又经，百仞羚羊常卧石，千年鹦鹉远窥庭，云埋海岸分沙白，涛涌风雷逼汉青，不是将军能好客，德星那与集重溟』（注云：山有石羊、石鹦鹉极肖）。
夏秋之间，尚留泉州，常与何乔远诸友唱和为乐。
「何稚孝山房燕集，分得「裾」字」：『清源洞口结精庐，三径幽深每自锄，芳树绿滋梅雨后，斜阳红醉荔枝初，人来问字尊常满，鸟唤提壶兴不疏，懒散最宜麋鹿性，华筵空笑曳长裾』（自注云：温陵有鸟声似提壶）。
「温陵七子过访石湖，得「章」字」：『闭户空吟伐木章，七贤何处过江乡，携琴海外星初聚，投辖堂中夜自长，郑国诗歌俱见志，建安文采倍生光，清秋万里狼烟静，十日平原兴未央』。
按何稚孝即何乔远，晋江人，万历十四年进士，除刑部主事，历礼部仪制郎中。神宗欲封皇长子为王，乔远力争不可，同官陈泰来等言事被谪，抗疏救之。石星主封倭，乔远力争不可（按系万历二十二年事），因进累朝驭倭故事，帝颇心动，而星坚持己说，疏竟不行。寻以事坐累，谪广西布政使经历，以事归。里居二十余年，中外交荐不起。乔远博览好著书，尝辑明十三朝遗事为「名山藏」、又纂「闽书」百五十卷行世（参「明史」二百四十二「洪文衡附传」）。按何乔远时正家居，故先生集中，颇多与其唱和之作。十一月初一，为又山兄生辰，先生以诗寄之。时又山公为江西德兴训导。
「癸卯十月朔日，奉寄家兄时司训德兴」：『吾兄今日正悬弧，闽楚关山万里途，苜蓿也应开客席，芹花何处进仙壶，雁来远海音书少，云人遥天梦寐徂，记得西郊栖隐地，年年称寿醉酣呼』。
由此诗可见是年十月先生当归连江家中，未远行。「旧谱」载此年游粤东，无据。万历三十二年甲辰（一六〇四），先生六十四岁。
春游金陵，寓谢公墩山房读未见书，吟咏自乐，时出游金陵诸名胜。
「毛诗古音考跋」云：『岁在辛丑，尝为考证，尚未脱稿，即有建州、温陵之游，留滞三年，徒置旧箧。甲辰春，来金陵，稿未携也』。
「今陵怀古云」：『江南佳丽古来无，六代相沿此建都，形胜并称天下壮，园陵递作雨中芜。总于妖冶歌琼树，间有虚空慕他珠，不为贻谋长治计，夕阳荒草叫寒乌』（「五岳游草」卷五）。
按先生尚有「金陵郊望」、「宿灵谷寺」、「宿栖霞」、「怀李皞如」、「雨花台」、「莫愁湖」等诸作，大约均此所作。
按先生有「奔先兄丧出南都」句云：『苍黄别却谢公墩，凶问朝来到白门』；故知其寓谢公墩也。有题谢墩别墅图诸诗。
秋末，闻焦状元弱侯先生老而好学，造访，不通姓字，谈论竟日夜，即宿书楼，秉烛阅藏书几遍，误者指而正之。明日，先生笑曰：『君殆闽之季立耶』！相得益欢。自是恒往来其家，借读所未读书，「毛诗古音考」复加编辑。
「毛诗古音考跋」云：『（甲辰）秋末，造访太史（焦弱侯），谈及古音，欣然相契，假以诸韵书。故本所忆记，复加编辑；太史又为补其未备，正其音切……』。
按「明史」卷二八八「文苑传」：『焦弱侯名竑，江宁人。从督学御史耿定向学，复质于罗汝芳。万历十七年以殿试第一人官翰林修撰，习国朝典章。二十二年领国史事，皇长子出阁，竑为讲官，负重名，性疏直，时事有不可，辄形之言论，政府恶之，张位尤甚。二十五年主顺天乡试，举子曹蕃等九人，文多险诞语，竑被劾，谪福州同知，寻告归。竑传极群书，自经史至裨官杂说无不淹贯，善为古文，典正训雅！卓然名家。讲学以汝芳为宗，而善定向兄弟及朱赘（卓吾），时颇以禅学议之。万历四十八年卒，年八十』。
是年七月，葡萄牙番长韦麻郎驾三舰至彭湖求互市，税使高寀利其赂金，许以贡市。沈有容将军奉总兵施德政令往谕之。有容负胆智，大声论说，酋心折；其下人露刃相诘，有容无所慑，盛气与辩，酋乃悔悟，收还所赂金，止以哆啰嗹、玻璃器及番刀、酒馈，乞代奏通市，〈山上采下〉不敢应。而抚按严禁奸民下海，由是接济路穷。番人无所得食；十月末，扬帆去（参「明史」卷二七〇「沈有容传」及卷三二五「佛郎机传」）。
冬，居金陵，有「怀李皞如」诗云：
龙头有分水，各自东西流，恍似别离人，万里长悠悠。别离已五载，判袂江枫秋，兹来游白下，忆君在端州。玄阴迫岁除，雪色散平畴，岂不时梦寐，杯酒难重酬持平切跂望，岭表暮云收。
按李皞如名春熙，号泰阶，建宁人，万历戊戌进士。时为肇庆推官，先在在端州时曾与之游（「福建通志」总卷三十四有传）。万历三十三年乙巳（一六〇五），先生六十五岁。
是年，董崇相官南京国子监博士；夏末，北上课绩，先生以诗送之。
「时崇相北上课绩」：『去岁闽来，就君白下；我诲我仪，奕奕大雅。青阳载转，朱明兆夏；匪忍索离，敢云絷马！兹当奏绩，言别江浔；驱车既北，泛舟亦南。世途阻险，至人陆沈；相去日远，跂怀德音。蓟门鱼雁，慰我遐心』。
按「崇相集」「李跂如重修黄栖记」亦云：「乙巳秋道徐州」；盖过徐州时，已秋初矣。
又按「再送崇相户部课绩」有句云：「岁昔在乙巳，送君入上京；乱流济扁棹，两岸多莺声』。
时庄应曙归闽，先生送之，兼柬何乔远以诗。
「送庄应曙归闽兼柬何稚孝」：『分携海上两经年，白下相逢意爽然，收拾江山惟酒声，品题今古总诗篇。苍松绕径留僧舍，嫩柳垂堤送客船，寄语清源何水部，好将佳句寄风尘』（按先生别何乔远等于泉州，至此适两年矣）。
夏末，先生由金陵溯长江，往江西德兴访兄，舟过大江遇风（参「五岳游草」卷二）
「乙巳大江遇风纪事」：『草木飕飕云漠漠，我舟夜向雷潭泊，南风忽震浪浮天，帆樯颠折铁茅落，篙师无计但呼天，满船恸哭声转恶，死生有地并有时，何惜葬身江鱼壑；吁嗟乎！不惜葬身江鱼壑，鬼神慎护囊中作』（原注：时有著述未刻者，故云。铭按：当系「毛诗古音考」。诗中言及南风，当系夏闻也）。
七月，抵江西德兴，见其兄。盖先生由戊戌别兄游粤，至兹已八载矣（「五岳游草」卷五）。
「初秋访家兄德兴，因忆蓟门之晤」：『西兴僻在万山头，来自金陵几易舟，八载分携须尽白，他乡欢会泪还流。论文转忆青灯夜，抚景真同紫塞秋，谁谓卑栖官舍冷，俸钱沽酒足相酬』。
又，「家兄对饮」云：『弟兄意气少年时，日坐芝窗百不知，献策早从边塞役，横经晚就右江师。青萍实讶功名薄，白鬓虚随岁月驰，踪迹迩来俱未定，天门尊酒慰相离』（原注：天门德兴县山名）。
按由金陵至江西德兴而至于几易舟者，可知其系由长江过鄱阳湖，经鄱阳乐平而至德兴也。
八月十三日，别兄东行，往安徽，拟游齐云。中秋雨，途间有诗寄兄。
「乙己中秋前三日别家兄」：『晚岁为官洎水涯、偶来相聚五旬赊，坐当桂柏朝朝醉，别向溪滩曲曲斜。烈士壮心元不老，远游清兴可忘家，何须更恋中秋节，到处青天览月华』（原注：德兴名洎水）。
「中秋雨；旅泊却寄家兄」：『别来饶水又东行，向晚云生鸠乱鸣，纵在天门山下望，亦孤今夜醉中情。片帆雨洒苍葭冷，两岸沙平白露横，村酒一杯聊自适，莫将佳节较阴晴』（「五岳游草」卷五）。
「谢叶永坚」序云：『叶永坚，景德镇布衣也。偶值饶州舟次，余举酒对月，念欲往齐云而疑其路，按问之舟人，永坚独剖决详悉，余喜呼与共酌。次日过其家，原以鸡黍相款，若熟悉然者，余生平游走所至，每削迹于达官贵人，而获爱于村民野老，往往有类永坚者。感而赋此』。
久说齐云似岳莲，秋风今始决行鞭，杯同小艇看明月，路入名山破紫烟，懒慢不嫌明主弃，遨游偏得野人怜，多君邂逅情无极，何日重逢话此年。
按齐云山在安徽休宁四十余里，产名茶，中峰有峻岩，凭楼而上，三面绝壁秀峭，峰顶广四十亩，有石室，学道者居之。中秋后，由江西入安徽东南部，游黟县祁门之黄山百岳。
「问牛行」有句云：「羊栈岭（在黟县）前逢群牛，十百相续行不休，问牛何来复何往，来自襄阳及光州（河南），欲往休宁市上鬻……」；可知其经黟县时所见者也。九月四日，返自齐云，舟过彭蠡（按即鄱阳湖），呼童沽酒独酌，有诗。
「乙巳九日泊舟彭蠡」云：『九月四日祁山阳（按祁山在安徽祁门县东北），已见菊花满店香，今日舟中不见菊，向晚暂泊彭蠡傍，呼童登岸买肴酒，举杯独酌看月光，佩萸登山纵未得，扣舷临水神徉徉，夜景清虚可怜绝，坐到兼葭渚满霜』（按祁门由昌江行即抵鄱阳湖东）。
冬，先生在德兴度岁，并以「毛诗古音考」就正于又山公。
先生此行似游祁门后，复由昌江下航至鄱阳湖，后复至德兴寓其兄处度岁，至明春始别归金陵。故集中始有「春日别家兄时在德兴」之诗，盖次年夏其兄即死，自无第三年之春也，详见丙午。按「焚毛诗古音考于先兄灵前」序云：『乙巳冬，余辑毛诗古音考尚未脱稿，以请正于先兄，力赞余刻之』；更足证明是冬确居德兴。万历三十四年丙午（一六〇六），先生六十六岁。
春，在德兴陪兄又山携酒看梅；未几，即别回金陵。
「陪家兄携酒看梅」：『雪消篱下自徘徊，载酒寻春远看梅，天地冰霜双鬓改，关河书剑一身回，雨侵疏幌时时急，花近寒杯故故开，却笑浮名盛底事，相将歌舞读书台』（「五岳游草」卷五）。
「春日别家兄，时在德兴」：『两渡过彭蠡，青毡共岁寒，酒于衰病灭，老觉别离难。薄宦身多暇，长游兴未阑，明朝京国道，梦寐尚盘桓』（「五岳游草」卷三）。
按此诗足可证明先生确于游祁门后，复至德兴，故有两渡彭蠡之言，盖一为去秋由金陵来访时，一为游祁门复至德兴时，第二句足可证明先生曾在其兄处共度岁寒，而春游看梅后别往南都，故有「明朝京国道」云云。
夏五月，「毛诗古音考」刻成。先生兄又山由德兴以事往饶州（今鄱阳县），卒于旅舍；先生闻讣，由金陵奔至德兴，乃以所刻书焚于灵前以奠之。
「奔先兄丧出南都」序云：『先兄司训德兴，以事往饶州，竟卒旅舍。饶去德兴颇远，初病呕吐仅二日，薄暮同僚省之，谈笑自如。次早未明起坐，呼从者炊爨，及炊熟入视，先兄气已断，然犹端坐也。饶太府黄玉田公遣官治丧，诸无遗憾。兄常与余言：「死生大事，令人皆昏迷失措，非正终也。我死必端坐而逝」。余时尚不敢信。又兄做秀才时有诗云：「破砚焚六经，终归云外去」；意为晚年绝笔砚、屏诗书而归隐耳。及在德兴，丙午春，书箱中发火，五经皆烬；仲夏作字，石砚忽裂为二：心始自疑。检旧稿三复，题云：「此诗殆有歼，吾将去矣」！未几，果卒。德兴士民儿童皆传诵此二句，以为异也。噫！先兄孝友至笃，忠信不欺，晚受一官，未展其怀抱，死生之际，宜其有以异于人也』。
「焚毛诗古音考于先兄灵前」序云：『………丙午夏刻成，先兄逝矣，余奔至德兴，于灵几焚之，庶不负赞成之意乎』。
「毛诗古音考焦竑序」：『诗必有韵，夫人而知之，至以今韵读古诗，有不合辄归之于叶，习而不察，所从来久矣。吴才老杨用修著书，始一及之，犹未断然尽以为古韵也………及观古音考一书，取诗之同类者而胪列之为本证，已取老易太玄骚赋参同急就古诗谣之类胪列之为旁证………而古音可明也。噫季立之用心可谓勤矣！若夫为今诗从今韵，以古韵读古诗，所谓各得其所耳……，万历丙午夏，秣陵焦竑弱侯书于所居恬愉馆中』。
按先生作「毛诗古音考跋」于丙午仲夏，则刻成之时当是六、七月之顷；故奔丧之事，当系是时也。葬事既毕，先生乃顺途由饶州渡彭蠡往游九江、南昌、庐山诸地；离德兴时有「留别德兴诸生余来苏（又山公得意弟子）」句云！『衰白更余游兴在，五湖应拟月同看』。至饶州有「望铙州有怀先兄」句云：『云连楚水秋枫晚，舟倚鄱湖暮雨情』，盖时巳秋矣。中秋，泊舟九江，怀故乡余龙阳、游晴峰有句。
「中秋泊舟怀故乡余龙阳、游晴峰」：『浔阳江上月华鲜，回首酣歌已十年，露冷杯盘天欲晓，诗成池阁酒如泉，匡庐秋色连遥屿，彭蠡湖光接近船，万里征途今独往，不胜凄思对风烟』。八月三十日，至南昌，游滕王阁。
「内午八月晦日游滕王阁」：『重向滕王阁上游，新开轩槛俯洪流，山前云气含残雨，帆外涛声落素秋，帝子繁华云冉冉，才人著作水悠悠，朝来又放西江榜，得失终归塞马愁』（「五岳游草」卷五）。
冬，居匡庐白鹿洞。
「白鹿洞追怀林培之」：『昔在罗浮日，数数谈匡庐，为言白鹿洞，洞傍地有余，拟结一精舍，与我同读书，所怀尚未遂，修文倏已徂，今我独来此，感叹意踌躇；幽亭吞绿野，碧障影清渠，同人既已逝，谁共岁寒居，五岳兴方剧，去去仍脂车』（「寄心集」二）。万历三十五年丁未（一六〇七），先生六十七岁。
是年，先生溯长江、汉水往游湖北武当山，由襄阳上溯至均州（今湖北均县），登太和绝顶。
