英国地中海舰队的残余5艘军舰撤退到了里斯本，在那里它们遇到了前来增援的纳尔逊分舰队，纳尔逊了解了加的斯海战的经过之后，本想让败退的军舰补充修整一天再度出击。但是遭了到里斯本留守的英国特使和撤退军舰上海军官的反对，不同意纳尔逊在这种情况下拿王国的军舰去赌博。
在里斯本的海军军官的讨论下，一边把法国新式军舰在海战中的情报传递回伦敦，一边要求伦敦尽快给于英国地中海舰队新的指示，如果继续作战，就抽调军舰到里斯本支援；如果要保存实力，就让地中海舰队先撤回普利茅斯军港守卫英国本土，不能让法国舰队把英国地中海舰队残余军舰封锁在里斯本港口。
另一边，和西班牙海军在加的斯港口会师的法国舰队，一边修理受伤军舰，一边补充军资。路易。查理以督政府的名义奖赏了在战斗中英勇作战的东方号舰长海军准将卡萨比安卡，朔风号的舰长亚历山大·泰夫纳德、“雷鸣“号等军舰上的海军官兵们。
此外他下令绞死了带头逃跑的约瑟夫·维尔纳夫海军少将，并把逃跑的纪尧姆·特尔号、骁勇号和巡航舰迪亚纳号和尤斯提斯号共1800名官兵关进了惩戒营。而这四艘军舰分配给了因为被击沉、击伤的各舰海军官兵们。
而英国地中海舰队司令身负重伤的杰维斯和其他受伤的英国水兵都获得了法国人的治疗，其余未受伤的水兵则被交给了西班牙人关进了俘虏营。法国海军的绅士风度获得了英国被俘官兵的称赞。
路易。查理一边让西班牙政府准备陆军，一边侦查英国地中海舰队的动向，最后得知地中海舰队得到纳尔逊的增援后既没有准备向加的斯再度进攻，也没有撤回英国本土的迹象。
路易。查理决定先和西班牙陆军联合把自己身后的直布罗陀要塞先拔除掉。1798年2月10日，路易。查理带着4艘新式战舰和西班牙6艘旧式战列舰，20艘运输舰，8000名西班牙陆军和1800名惩戒营内的法国水兵向直布罗陀要塞行驶过去。
一天后抵达直布罗陀，两天后陆军及火炮被运至城下。第三天开始试探攻击，路易。查理下令让西班牙陆军和海军先行攻击，在一天的攻击中，西班牙陆海军用自己的伤亡让法国舰队记录下了直布罗陀要塞的各个火力点。
第四天，惩戒营的水兵在督战队的威胁下，向直布罗陀要塞发起了数次勇猛的攻击，而法国军舰则好整以暇的一个个敲掉了直布罗陀要塞暴露的火力点。当天下午5点，防守直布罗陀要塞的英国军队挂起了白旗向法西联合舰队投降。根据协议，法军把直布罗陀要塞交给了西班牙，然后返回加的斯港，而惩戒营内的水兵只剩下了978人。
3月12日，修整完毕的法国舰队和西班牙舰队组成法西联合舰队向里斯本进发，而在此之前的一天，英国地中海舰队终于得到撤退回普利茅斯军港修整的命令。此时法国军舰有16艘，西班牙军舰14艘，运输船只15艘。
3月15日，法西联合舰队炮轰里斯本，在连续三天的炮击和联军陆军登陆的情况下，葡萄牙宣布投降，法葡签订合约，法国商人在葡萄牙殖民地享有自由经商、勘测、开矿的权利，法国商品在葡萄牙属地享受最惠国待遇，葡萄牙赔偿法国1亿5千万法郎的战争赔款。
4月5日法西联合舰队向南特出发，意图在南特会合法国大西洋舰队和补充物资后向英国本土作战。
加的斯海战和里斯本合约传回巴黎后，法国人民兴奋莫名，为路易。查理战胜英国海军而欢呼雀跃。一时之间，路易。查理威望超过了在横扫意大利的拿破仑将军。一度反对路易。查理的军队将领和议员们暂时沉默了。
4月的某个晚上，塔里安府上，依旧是那个小房间但却只剩下了四个人。“富歇还是不肯来参加聚会吗？”西哀耶斯不动声色的问道。“是的，他最近以事务太繁忙推脱了我好几次邀请了。”一向以美丽优雅的风度示人的塔里安夫人不安的说道。
巴拉斯愤怒的说道：“这条喂不熟的狗，我们塞给他这么多好处，他连招呼都不打一个，就想甩开我们了吗！”塔里安面色惨白的说道：“他该不会向那个暴君告密去了吧。”
西哀耶斯打断了塔里安的话：“不会，富歇是个很会保护自己的聪明人，他怎么会把自己参与过推翻督政府的阴谋告诉殿下。”
巴拉斯用双手揪着自己的头发说道：“完了，全完了。该死的英国佬居然连个学童率领的舰队都打不过。那些之前说要支持我们的议员和军官现在都装不认识我了。”
西哀耶斯依旧平静的说道：“事情还没这么绝望。塔里安夫人，约瑟芬和拿破仑联系的如何了？”
“拿破仑将军依旧很迷恋约瑟芬，极力邀请她去意大利。据约瑟夫说，拿破仑对路易。查理拒绝他的远征埃及计划，表示不满，而且他不看好路易。查理在海上对决英国海军的计划。”塔里安夫人如是说道。
“是啊，我们都是因为不看好督政府和英国海军正面对抗的计划，所以才让我们陷入如此尴尬的境地。让约瑟芬去意大利吧，要求她好好笼络住拿破仑。”西哀耶斯谈谈的说道。
此时的英国国会内已经吵成了一团，有的议员建议追究地中海舰队司令杰维斯海战失败的指挥责任，有的议员建议和法国展开和谈，有的议员认为在这种状况下应该调集北海舰队和海峡舰队的主力，好好教训一下羞辱了英国海军的法国前王太子。
此时在唐宁街10号得办公室海军大臣、首相小威廉·皮特、地中海舰队的一名船长罗伯特·卡尔德正在紧急会谈。
“你是说，法国海军军舰使用了蒸汽和风帆混合的动力，使得皇家海军军舰在海战中无法抢占上风口，逆风时也无法逃脱法国的军舰追击对吗？”首相皮特询问道。
船长卡尔德确定的回答道：“是的，杰维斯侯爵认为皇家海军在军舰的性能上已经无法和法国海军的军舰匹敌了，所以他要求我们把这个消息带回英国，警告皇家海军，避免再次遭到加的斯海战的失败。”
海军大臣接着询问道：“法国海军新式军舰上的水手技能如何？”船长卡尔德回忆道：“依然不如皇家海军，甚至他们操纵新式战舰的技术常常出现错误，但是新式战舰的良好性能弥补了法国水兵能力上的不足。”
“卡尔德先生，感谢你的情报，现在你先回去休息吧。”皮特首相淡淡的说道。随着卡尔德船长的退却，皮特继续和海军大臣讨论海军的问题。
在英国内阁尚在犹豫不决，而英国国会内反击法国海军舰队的意见一时甚嚣尘上。5月1日，路易。查理不愿让一名在英国海军中颇有声望的将领死在自己军中，就在杰维斯侯爵伤势稍稍稳定就让几名英国伤兵带着杰维斯侯爵做商船回到了伦敦。
路易。查理让杰维斯侯爵带了一段口信，如果6月之前，英国依旧不愿和法国谈和，那么法国将不再乞求和平。与此同时，他也以督政府的名义告诉法国驻英大使塔列朗，5月15日后法国将不再寻求英法和平，塔列朗可以从英国撤回法国。
在路易。查理看来奄奄一息就要挂了的杰维斯侯爵，却在回到伦敦后奇迹般的好了起来，在内阁询问了杰维斯侯爵后，首相皮特终于决定和法国议和。在另一方面则在海军中开始试制蒸汽风帆混合动力军舰，并排除密探意图窃取法国新式军舰的秘密。在皮特决定和法国议和的同时，外交大臣不安的说道：“俄国人怎么办？沙皇听说法国海军向英国海军开战后，已经在我们的特使的请求下派苏沃洛夫带领3。3万俄军和乌沙科夫指挥的黑海分舰队向意大利进发了。”皮特首相只是冷冷的回应道：“愿上帝保佑俄国人吧。”
5月12日，英国外交大臣接见了塔列朗，要求英国保有战争期间从西班牙夺取的特立尼达和巴达维亚共和国手中夺取的好望角，及把被占领的直布罗陀要塞归还英国，则英法合约可成。
5月15日路易。查理在南特改装了6艘蒸汽混合帆船军舰，法国新式军舰已经有了12艘，虽然这6艘军舰只能装备旧式的前膛炮。因此路易。查理要求塔列朗反驳英国的无理要求，表示法国海军不惧一战。
6月初，传来了俄国黑海分舰队占领了位于亚得里亚海和爱奥尼亚海以及地中海东部的主要阵地——爱奥尼亚群岛，成立了七岛联合共和国。苏沃洛夫开始登陆意大利，而意大利方面军司令拿破仑将军正在马赛迎接他的情人约瑟芬夫人。
