不管是为了获得路易斯安那还是迫使英国人同意英法和平条约，法国海军都必须在海上击败英国海军，甚至都不用击败只要能取得一次势均力敌的平局都可以。只要打破了约翰牛自以为英国海军能够保卫英伦三岛的幻梦，约翰牛们就会面对现实接受英法和平。
路易。查理为了准备这场和英国海军的决战，不顾卡尔诺和陆军的反对，把97-98年度的军费预算的四分之三化在了海军身上。除此之外他还拒绝了拿破仑对埃及的征服计划，拿破仑希望用征服埃及来打通通往印度的陆上通道，试图用法国强大的陆军去击败英国人。
不仅如此，路易。查理还挪用了拿破仑从意大利各地搜刮来的财富，用在了海军军舰的制造，水手的培养上。为了保证海军的战斗力，路易。查理仿照英国海军条例制定了法国海军条例。这让一些共和派海军军官和水手不满，认为这条例违背了人权宣言。
路易。查理从善如流，一边废除了条例中过于苛刻的部分，一边把站出来反对的军官强制退役，而闹事的水手开除出海军。另一边，他把海军中普通水手和士官的薪资提高到了原来的3倍，并制定了伤残军人抚恤制度和烈士家属的优待条例，并制定了在战斗中无故撤退，畏敌避战的海军官兵将不得享受这些军人优待条例。
路易。查理在整顿海军的同时，把德。洛旺达尔管理的情报组织大部分抽调于对英国及欧洲各国的政治、军事、社会动态的打探。
最主要的就是监督英国海军的组成和动向，为了达到这一目的，路易。查理不仅往英国各港口派遣了大量的密探，还动用了新建立的军鸽系统传递情报。
除此之外，还有大批的法国渔民也接受了任务，在他们打渔区域内的英国军舰的动向必须向当地政府汇报。而情报部门根据渔民的描述和英国军舰的情报对应起来，以判断这是那艘英国军舰，归属那只英国舰队，从而判断英国海军各舰队的动向是否和从英国内部打探出来的海军情报一致。
在督政府所在地卢森堡宫的一角，是守卫森严的海军参谋总部，没有督政府和海军参谋总部联合发放的通行证任何人都无法进入。在海军参谋总部的核心处有一间作战机要室，这间足有半个足球场大的房间分为两个区域。较大的一个区域整个地面都被做成了高精度比例的沙盘，这是欧洲和非洲、大西洋、地中海、北海的地形沙盘。精致的带有军舰名字和情报数字的英国军舰模型按情报摆放在沙盘上，每过48小时，根据汇总的情报这些军舰的位置就会更新一次。而房间较小的一侧则是海军参谋部汇总各地情报的地方。
在这个时代英国海军登记在册的战列舰有115艘，法国海军是76艘，西班牙海军也是76艘，荷兰海军是49艘，丹麦海军40艘，瑞典海军27艘，俄国海军则有50多艘。
1797年督政府派出特使前往俄国向保罗一世示好，使得俄国在英法之间的选择出现了犹豫。
到了1797年末，两艘蒸汽动力的军舰和4艘混合动力的军舰都已经下水，而这六艘军舰所配置的都是新式后膛炮和新式炮弹。这些火炮被称为速射炮，由于采用了滑轨和新发明的高低机、方向机。使得这六艘装备30-50门火炮的军舰比装备双倍火炮的旧式战列舰的火力更猛。
当1798年1月，法国特使从俄国传来情报，沙皇保罗一世暂停和英国大使商议反法同盟的消息，而英国地中海舰队只有15艘军舰在封锁加的斯港口，其他舰队尚未有支援地中海舰队的行动时，路易。查理决定出征加的斯解救西班牙舰队。
此时土伦舰队司令官是法国海军中将弗朗索瓦·保罗·布吕埃斯，1月15日土伦舰队14艘战列舰和路易。查理建立的马赛舰队在马赛会合。
1月16日，新命名为地中海舰队的20艘战列舰和5艘补给商船向直布罗陀海峡出发了。
地中海舰队的司令官是布吕埃斯海军中将，但是在路易。查理以新旧战列舰的动力不一为由，路易。查理把六艘新式战舰编为一个分舰队，自任分舰队司令。为了弥补军官的不足，这六艘战舰大量启用了海军军官学校刚毕业的士官和一些教官，连蔡家的几名成员，为了让他们感受下西方军舰的海战，也被分配到了各舰中。而没人愿意接受的两名女士，则被安排在了路易。查理的座舰共和号上。
当路易。查理从巴黎出发不久，富歇在某个晚上参加了塔里安夫人的沙龙，第二天塔里安的一位仆人就动身去了荷兰，从那里坐船去了伦敦。1月20日，英国海军部派遣纳尔逊带着5艘军舰去支援地中海舰队。
1月25日，英国地中海舰队司令杰维斯从直布罗陀海峡的哨探得知一支法国舰队正在经过直布罗陀海峡。他决定迎战，1月27日早晨10点，英国地中海舰队和法国舰队在加的斯外海相遇。
英国军舰在法国舰队的北方。当时法军舰队自东向西正在逆风而行，因此路易。查理的6艘军舰和布吕埃斯海军中将率领的14艘军舰出现了缺口。路易。查理的分舰队在前，而舰队主力在后。
杰维斯随即下令英国军舰向这个缺口突击，突破缺口后向左转弯和布吕埃斯海军中将率领的14艘军舰背向而行。虽然路易。查理是分舰队司令，但指挥作战的却是共和号军舰的船长多米尼克。
多米尼克随即下令分舰队保持阵形向左转弯，意图和主力舰队夹击英国军舰。
当分舰队转弯向英国军舰追击的时候，法军主力舰队已经被击沉一艘，击伤一艘。
虽然法国舰队处于不利状况，但布吕埃斯海军中将依旧试图保持阵形。但是位列第三的军舰显然不愿意被英舰的炮火连续轰击，它直接向右拐弯试图远离英舰的炮火，在它的带领下，舰队的中段也有两艘军舰离开了自己的位置。这造成了法军舰队的混乱。
布吕埃斯的座舰东方号一时陷入了被英舰群殴的局面。而此时分舰队已经赶到了英军舰队的末尾。但显然和主力舰队夹击的计划破产了。
多米尼克正在犹豫是继续按原计划行事，还是先去援救东方号的时候。
在一边用望远镜观看海战战况的吕秋菊喊道：“分舰队分散，两两夹击敌舰，吃掉敌舰的尾部。”
多米尼克接受了这个建议，分舰队依仗着自己灵活的机动性能开始夹击英国舰队的尾部。根据新的海军条例，海军作战轰击的第一目标是船体。
很显然速射炮的速度和新式炮弹的威力，在近距离的炮击中，明显对分舰队有利。
当杰维斯发觉不妙的时候，英国舰队尾部的3艘军舰已经被击沉两艘，一艘重伤无法战斗了。
分舰队的战绩让法军的主力舰队大受鼓舞，没有脱离舰队的法国军舰继续跟随东方号前进，解除了东方号被俘获的危机。
而英国舰队向右拐弯，意图重新强占上风口，脱离被法军舰队夹击的境地，先回头击溃分舰队。
多米尼克再次打出旗语，要求分舰队跟随自己重新集结，去强占英舰的上风位置。
虽然英舰的水手操帆技巧非常出色，英舰转弯的速度大概要比法国主力舰队的速度快上三分之一。
但是在无视海况和风力的蒸汽动力军舰面前，它们的速度依旧慢的像蜗牛。
分舰队从英舰的首舰哥利亚前方通过，形成了有利的T字头，再次击毁了两艘英舰。
而英舰舰队终于完成了拐弯动作，此时多米尼克似乎终于从紧张的状态中脱离出来了，他似乎终于摸到了蒸汽动力军舰对付风帆战舰的诀窍，他下令右拐弯，再次强占英军舰队的上风头。
这次T字头攻击，击沉了一艘英舰，击伤了另一艘英舰。而法军的主力舰队在东方号的带领下调整到位，开始追击英军舰队。
此时英军舰队只剩下8艘军舰，和2艘受伤退出战斗的军舰了。而杰维斯发觉英国海军所依仗的勇敢精神和水手的技术无法抹平蒸汽动力军舰的巨大优势。
杰维斯随即下令一只负伤较轻的军舰和自己的胜利号断后，命令其他军舰撤退。
而法军这边，当初脱离舰队的5艘军舰终于又开回来了，想要将功赎罪。
多米尼克示意由分舰队收拾英军断后的军舰，让主力舰队去追击其余军舰。
下午3时，拖住了分舰队整整一个小时的胜利号终于投降了，而另一只英舰则被击沉。
英国地中海舰队司令杰维斯海军中将被弹片击中，身负重伤。本次海战，以法军击沉7艘军舰，俘获3艘军舰的大胜告终。法国海军和西班牙海军在加的斯会师。
