笛卡尔把一切驱赶到理性的审判台前，他宣称：人的理性可以怀疑一切，包括怀疑上帝。然而，怀疑一切并不是哲学的结果，而是哲学的序幕。怀疑“只是要为自己寻求确信的理由，把浮土和砂子排除，以便找出岩石和粘土来。”39 通过怀疑，笛卡尔最终达到了这一点：“我确实知道了我是一个在思维的东西；但是我不是因此也就知道了我需要具备什么，才能使我确实知道什么事情吗？在这个初步的认识里，只有我认识的一个清楚、明白的知觉。” 简言之，“我思，故我在”。然而，思考一个事物，需要一个东西去进行思考；怀疑一个事物，需要一个东西去进行怀疑；否定一个事物，需要一个东西去进行否定。因此，“我思”本身具有自明性和无因性，它是全部知识的出发点。
我是一个在思维的东西，这就是说，我是一个在怀疑，在肯定，在否定，知道的很少，不知道的很多，在爱、在恨、在愿意、在不愿意、也在想象、在感觉的东西……即使我所感觉和想象的东西也许决不是在我以外，在它们自己以内的，然而我确实知道我称之为感觉和想象的这种思维方式，就其仅仅是思维方式来说，一定是存在和出现在我心里的。
笛卡尔的命题肯定了人的理性思维是最高的存在。其他的一切，包括上帝的存在都表现为理性的结果。笛卡尔这样论证上帝的存在：我为什么要怀疑？因为我不完善，我有限。我为什么有不完善的观念？因为世上还存在完善和无限的观念。什么是完善和无限？那就是上帝。简言之，由于我们有上帝的观念，所以上帝存在。在论证中，上帝不是“第一原因”，理性才是“第一原因”。这样笛卡尔实际上就将人的理性置于上帝之上，或者说，用理性的权威取代了上帝的权威。这是思想上的颠倒。
应该指出，中世纪的经院哲学并非完全否定人类理性，它否定的是个人理性，是个人独立思考的精神。笛卡尔认为在经院哲学体系中，没有一件事不是可疑的，这种哲学从本质上排除一切怀疑倾向和个人理性，而靠宗教法庭维持着不容置疑的“天启真理”，因此它必然是虚假的。笛卡尔的原则是“我怀疑、我思考、我存在”。如果说在宗教改革中，路德将教会的经院信仰转变为个人信仰。这里，笛卡尔则把教会的经院理性转化为个人理性。这种转化的前提就是用怀疑取代了盲从。于是，从中世纪“上帝的羊群”到文艺复兴的“热情的个人”，经过宗教改革后成为“信仰的个人”，现在哲学中转变为“理性的个人”，近代意义的个人主义正在形成。
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