2004年的首要任务是立项，立项工作是根据2004年中央三号文件繁荣发展哲学社会科学的意见，推行科研工程项目制，以项目制为纽带，以项目主持人为龙头的科研体制。立项的主要任务就是选择项目的主持人，组织写作梯队，明确写作任务。编纂委员会把第一阶段制订的框架分解成为200多个项目，通过招标、委托的方式，对项目主持人的学术水平、工作态度、对课题论证等进行评审。《清史》是个大项目，下面设有二级项目、三级项目、四级项目。要把92卷的主体工程分成具体的项目，非常复杂，要综合考虑各卷的实际情况。年初以来，戴逸和编纂委员们一直忙碌着。
2004年5月，在清史编纂委员会第三次工作会议上春节刚过，“《典志》组第一批委托项目立项会议”就召开了。戴逸考虑得非常周全，在会上他着重强调立项之后工作步骤的安排，提请大家宁可前紧后松，不能耽误一卷，否则影响整个工程。同时要求出成果，除了写好每卷35万字，还要提交附件，即工作大纲、工作计划、资料长编及考异等。紧接着，其他组也陆续、分批立项。
千头万绪中，戴逸时刻关注着清代历史的点滴信息，即便在休闲的间隙，也敏锐过人。比如，百年中国、留美幼童、中国近代铁路，是中央电视台十频道播放的几部关于清代的精湛历史短片，还有《清宫秘档》这部珍贵资料片，都给戴逸留下了深刻印象。戴逸及时告知《图录》组，要求把这些资料完整地收集起来，并调查各省市是否也有类似的重要资料影像。联想到晚清以后，来中国游历的外国人用照相机拍了很多老照片，戴逸提醒大家一定要设法寻找此类西文图书，可以找编译组协助工作。戴逸的一番苦心令大家进一步开阔眼界和思路，使得《图录》组的立项工作受益匪浅，力争建立一个容量达10万张左右的图片资料库，从中精选出具有历史意义，能够反映清代历史的图片上万张，边收集、边编写，争取花4年时间完成。收图入史是新修《清史》的一大创新，其作用在于以图明史、以图补史、以图证史，即以图录反映人文历史，用图录补充文字历史，用图录形象地表现历史。而以往的“二十四史”没有一部是含有图录的。当然，能够收入其中的应该是具有历史价值、有代表性，并且是纪实性的舆图、图画、照片、文物遗址图像，能够反映清代的历史生活、社会风俗，从而强化新编《清史》的形象性与真实感。
《清史》除了三千万字的主体工程，还有规模浩大的基础工程，主要分三类：一类是国内的档案整理，一类是国内的文献整理，一类是国外档案文献整理。戴逸非常重视档案文献的整理出版，这可是整个清史工程的半壁江山啊！对此，戴逸考虑得很远很周全，好比要打造一艘航空母舰，除了庞大的航母，还需要配备驱逐舰、巡洋舰、潜水艇等等，以期形成一个战斗群，这样才能铸成规模性的文化工程。这样做，是为了修好《清史》，能够拥有坚实的资料依据；也是放宽眼界，抢救保护珍贵的档案文献，实在是功在当代、利在千秋的大业！
编纂《清史》需要利用档案、结合档案来进行修史，这是清史研究的基础，可以提高《清史》的质量，而纂修《清史》又可以带动文献档案的整理，两者相辅相成。因此，文献档案组的调研工作也在按计划展开，为清代档案文献的搜集整理出版做准备。清史资料浩瀚如海，50年来整理了一大部分，但还有相当一部分没有整理。许多档案在时间的流逝之中被损害，有的已经揭不开页面了，急需投入大量人力物力进行抢救，光搜集资料就已是一项大工程了，因此亟须社会各界的关注与支持。同时，国外的档案文献对编纂工作甚为重要。早在2003年7月的编译工作座谈会上，戴逸就诚邀研究世界史的专家，专门作了《清史研究要有世界眼光》的讲话。
2005年6月，戴逸向外国学者颁发证书（左一马大正，左二朱诚如，左五成崇德）2004年10月，更是邀请来自世界各国的著名学者进行研讨会，戴逸作了《开展清史研究加强国际合作》的讲话，表达了研究清史要有世界眼光，要从整个世界的发展来观察中国的历史进程，以此得到国际同行专家的合作和帮助。抓好档案文献的多方搜集整理，利用投标的形式申报整理项目，按评选结果进行整理出版，正是对祖国历史文化的贡献。
在戴逸的带领推进下，经过一年多时间，至2005年6月已开了8次立项评审会议，确定立项191项，绝大多数项目已动工，最早的一批项目中已经提交了不少成果，各组准备进行检查、评估。这样，第三阶段即项目阶段性成果的评估工作开始了。戴逸坚持质量重于泰山，质量就是生命。评估就是要保证质量、提高质量，以使《清史》达成精品，是很重要的环节，也是长期的工作重点。戴逸与几位副主任、项目中心和秘书组的一些同志，对评估的办法连着讨论了好几个月，方案出了一个又一个，总算定下了评估暂行办法。评估的原则是观点正确，内容全面，材料确凿，史事正确，文笔流畅，并按审读、评议、修改及验收四个环节进行工作。因为《清史》撰写过程是边写稿、边评估、边修改，所以编纂委员会主任办公会议要了解各项目的进展程度，及时了解存在的问题，并在各项目之间及时进行沟通、协调。在编纂委员会第四次工作会议上，戴逸对评估工作作了重要讲话，对存在的问题作出指导。当然在实际操作中，
2005年6月，在清史通纪工作研讨会会上讲话内容的交叉问题始料未及，各卷之间、前后之间的矛盾、重复及遗漏现象很多，这也是由《清史》的结构本身带来的，因此协调工作非常艰巨。正逢酷暑，经济类的14个“志”需要在成都开协调会。戴逸很想亲临会场，但家人、同事不让他去，毕竟年事已高，几年前出差途中又受过重伤，再说天气也实在太热了。面对大规模的集体工作，总指挥员戴逸时刻关注各组会议的情况，进行统筹协调。
时针指向2007年，10年编纂时间已经过去了4年。在几年内阶段性的各组开会中，发现存在有不少项目进度未完成现象，比例达50%以上。为此，81岁的戴逸心里感到很是沉重，食不甘味、寝难安枕。春节前夕，专门召开了解决项目超期问题的重要会议，研究解决办法，缓和并扭转严重的下滑的形势。戴逸分析说，除了研究进行中发现许多新问题，以及主持人生病或去世，项目管理不善和主持人投入不够应引起重视。他语重心长地提出几点想法，如逐个排查全部项目，逐个分析、解决；加强二级项目组联系人的责任；启动经济机制；增加力量，等等。戴逸的忧患意识得到大家的重视，会后各组着手进行调整。
领衔旷世巨著后，戴逸深感编纂工程最大的挑战和困难仍是质量和进度。这个系统工程由300个项目组成，其中主体工程有160多项，非主体工程有130多个，正传中要写传记的就有3000多人物。项目制的采用，使得最大限度地调动全国各地1500名专家，把学术优势纳入到清史工程上来。在不断送上来的稿件中，质量尚好的占60%，但仍需要加工修改，另有40%的稿件需要重写或修改。
戴逸的时间被会议日程安排得满满的，他指挥若定，精神抖擞，满头的白发，缜密的思绪，和蔼的笑容，那股干劲连年轻人也叹服。多年来，戴逸心中一直绘着一幅绚烂图画，它不仅凝聚着心中理想，更倾注着国家与民族的自豪感。为此，戴逸经常念想到干将、莫邪的故事。相传春秋时代，干将、莫邪夫妇为铸两口利剑，采五山之铁、六合之金，当日月同照大地，开炉冶炼却金铁不熔，于是双双舍身跳入冶炉以助火力，感天动地，终铸成传世宝剑。热爱清史工作者，又何尝不是如此？呕心沥血，在所不惜，所面对的，是自己的魂魄所寄，是自己的情感所系。
虽然焚身炼剑只是神话故事，但其中所传递的敬业精神，却令人动容无比。戴逸甘愿以这种精神投入未竟之清史研究大业，带领全体埋头工作，希望能够在2012年拿出一部像样的送审稿。
时间的车轮向前行，在紧张的初稿审改阶段中，文献整理业已出版了8亿字的丰硕成果。2800万字的《李鸿章全集》、800册影印《清代诗文集汇编》，清朝全国的职官名录和上万科举人物的资料，清代粮价表，清代高官、商人、学者的文集日记，各种稿本抄本、谱牒、人物志、家族著述、乡镇旧志、商团档案……暗绿色封面的清史《文献丛刊》，在资料室高高的书架上，一本本整齐地排列着，向世人呈现它古老又崭新的面貌。2010年，在《清代诗文集汇编》出版座谈会上它们凝聚着清史专家们无尽的心血，不仅为学者梳理往事、解析历史真相提供翔实的第一手资料，同时还抢救、保护、开发了一大批珍贵的历史文化资源，在传承和弘扬中华文明的历史长河中，增添了丰富的清代典籍。在已立项的65项文献整理项目中，目前已完成近半数。如遇规模较大、标点耗时，而工程又急需的文献，便采取影印出版的方式；更多的文献则是通过版本选择、校勘、标点、注释、补遗等，进行全面归整。这些成果不仅通过现代排印和影印技术出版，同时进入数字化库，做到真正的代代相传。
在清人文集中，除了《李鸿章全集》，还先后出版了陈宝箴、汪中、黄遵宪、翁同龢、张之洞等名人的文集或全集，袁世凯、祁隽藻、章炳麟、张謇等人的文集也在紧张地整理之中。还有清人日记也占有相当的比重，如《清史丛刊》中的《恽毓鼎澄斋日记》，李慈铭的《越缦堂日记》等。而清史文献整理的最大项目《清代诗文集汇编》的启动，更是史无前例，《清代诗文集汇编》已全部影印出版，共800册收录包括皇帝在内的清代3400多人的诗文集4000余种，总计4亿字。《清代诗文集汇编》所收书目，都是在清代政治、经济、思想、学术、文学、艺术等方面，具有很大影响或极具史料文献价值的个人诗文，囊括诗词文赋、传记碑铭、书启奏议和题跋赠序等各种体裁，非常之全面；所收书籍绝大多数是首次公开出版，有些抄本、稿本经过抢救才得以面世，弥足珍贵。
清史工程非常浩大，10年的编纂时间实在太短了。修改、打磨，再修改、再打磨，最终出版92卷本的《清史》巨著精品，是清史学家戴逸的心愿，也是每一位清史工作者的心愿。
