将宾夕法尼亚铁路公司和纽约中央铁路公司重组是重建铁路秩序的第一步，接下来，皮尔庞特·摩根还要将众多的铁路公司进行重组。首先是里丁铁路公司。“海盗号”和平协议签订以后，给里丁公司带来了一些损失，重组里丁铁路公司就是为了弥补它在其中所受的损失。重组的目的一是为了避免铁路的浪费，二是为了制止不同的公司擅自侵入另一个公司的领地，避免公司之间的虎视眈眈和利益侵占。
接下来是对另外一家非常重要的公司进行重组，就是里士满枢纽公司。这是南方的一个铁路枢纽，但好多金融家都不愿意为这个公司投资，因为这家公司的经营状况长期以来都非常不好，股票很不稳定，几次差点破产，谁也不愿意染指这家公司，起死回生的可能性太小，投资这家公司无疑要承担巨大的风险，因此重组遇到了难题。于是这个难题又落到了德雷克塞尔—摩根公司头上。摩根公司对其进行了重组，虽然过程几多艰难，但最终还是实现了重组。
1887年，皮尔庞特·摩根公司又对巴尔的摩—俄亥俄铁路公司进行了重组。通过对众多铁路公司的重组，为其制订合理的计划和注入强大资金，把这些铁路公司从破产的边缘拉了回来。摩根并不是铁路方面的专家，甚至没有铁路运营方面的知识，但他利用他的社会影响力和摩根公司的强大财力解决了这些问题，有时候，他随便一句话就使某个铁路公司的命运发生了重大的改变。
皮尔庞特·摩根做了这么多事情，并没有耗费他太多精力，因为多年的工作经验使他总结出了一套适合自己的工作方法。这套工作方法大大提高了他的工作效率，他只要抽出一小部分时间就可以完成这些工作。比如他只要抓住问题的关键和本质，把握住事情的大方向即可，具体的工作和细节问题都有手下人去做，这些人在某些方面比他更专业。抓大放小，这是他的工作方法；用对人，这是他的用人战略。在他的公司里，每个员工都有自己的角色定位，每个人也有自己的明确分工。每个人只要把自己的工作做好，就可以使公司里的一切工作按正常的轨道快速运转。所以，摩根公司虽然庞大，但摩根管理得却非常轻松。
不过，作为金融公司，每年都要发行大量的债券、股票，这其中是有很大风险和挑战的。首先需要投资者对你充满信心，不然他们不会出钱买你的股票，股票卖不出去也就无法融资，自然无法实现公司的重组。所以，在重组铁路公司的过程中，也充满着诸多变数，不过，皮尔庞特总是对这一切充满着信心，因为他是个乐观主义者，同时，他也相信自己的能力。
皮尔庞特·摩根从不做投机生意，买空卖空的伎俩他向来是不屑一顾。所以他每次的投资也是在冒险，在下赌注，但风险越大，回报就越大，商场人都懂得这个道理。但摩根会把失败的风险降到最低，即使失败了，造成的损失也是可以弥补的；若一旦成功，收益也是惊人的。所以，摩根总是以小失败的概率去博大成功，很幸运，他每次都达到了目的。
在这个过程中，他得到了非常大的成就感。当他看到铁路公司能重建秩序，不再像以前那样恶性竞争，而且实现了互相合作，互利共赢，他内心会非常满足。即便有人对他稍有质疑，他也不会在乎。对他的一系列做法，并不是所有的人都赞同，不是每个人都会说：“听摩根的！”还是有个别人在任何时候都和他唱对台戏，指责他利用公司重组进行巧取豪夺和垄断，这简直是无稽之谈！大家的眼睛都看得到，他一直在收拾烂摊子，即便最终摩根公司获得了一些权益，那也是符合市场竞争和规则的，他没有使用任何不正当的手段，他做的一切对整个铁路行业、对国家、对自己都是有益的。
但皮尔庞特·摩根强烈的自信使他有时说话确实有些狂妄，例如他说过“有些事情如果政府和法律不去做，我来做！推动世界运转的不是什么法律，而是金钱！金钱！”这句话确实狂妄，让人听起来瞠目结舌，但这却是皮尔庞特·摩根的信条，他的这个信条也影响了其他人。100多年来，美国一直流传着摩根这句话。因为强大的经济实力，摩根甚至干预了美国的政治。
1884年，共和党人格罗弗·克利夫兰得益于美国金融界的支持入主白宫，皮尔庞特·摩根因为曾出资支持了这届政府，因此得以经常出入白宫。凭借自己强大的经济实力，他有时也会为美国的政治出谋划策。美国政界和美国金融界的关系颇为微妙，有时他们抗拒金融界的干预，而有时却又不得不对其言听计从。
1885年以后，皮尔庞特·摩根收购、重组、兼并铁路公司达到了一个高潮。但在1890年11月初，美国金融界又遇到了一次大恐慌，联合太平洋公司、巴林兄弟银行都没能抵挡住金融危机的冲击，前后破产。但德雷克塞尔—摩根公司再一次平安渡过危机，因为他们没有卷入疯狂的证券投机中，也因为皮尔庞特本人的卓越领导能力。在这次危机中，皮尔庞特·摩根再次力挽狂澜，他把西部铁路公司的股东们召集到华尔街开会，会议成立了顾问委员会，委员会的工作是维持运费合理及仲裁争端，顾问由铁路公司的总裁和董事组成。不过，外界对此的反应却比较激烈，他们认为这是由铁路大王们组成的一个庞大的托拉斯，目的是要垄断铁路行业。不管外界怎么评价，总之，在铁路行业和华尔街金融界，大家已经有了一个共识——“听摩根的！”
■ 荣升“铁路大王” ■
美国的经济危机爆发得可谓频繁。1893年3月，经济危机再次袭击了美国，就在克利夫兰当选美国总统的几周后，大批的中小企业纷纷破产，就连一些大银行、大工业公司也被卷入其中。1893年1月，道琼斯12支铁路股票平均指数还保持在90点，但到了7月，这个指数就下降了30％，只有61.9点。股市是经济的晴雨表，由此可见美国的这场经济危机有多严重。
于是，许多企业涌到了华尔街寻求援助，摩根集团成为他们寻求援助的最大对象。但是，摩根公司的现金实力和投资活动也受到了很大的影响。不过，皮尔庞特·摩根并不想置身事外，也无法置身事外。不躲避，迎着困难而上，一直是皮尔庞特·摩根和摩根财团的作风。
皮尔庞特·摩根很清楚地知道，这个时候，虽然是危机，但也是机遇。利用好了，不但拯救他人，也可以使自己从中再赚一笔。铁路系统不能再陷入无秩序的竞争和重复建设的巨大浪费，所以，仍然需要一双有力的手去掌控。无疑，摩根就是这双手。只有他有这个能力，只有他才能阻止这波势不可当的破产潮。大部分濒于破产的公司都眼巴巴地看着摩根，希望由德雷克塞尔—摩根公司来重组自己的公司。
事实上，皮尔庞特·摩根是有这个实力的。这时，他的父亲已经去世了，英国伦敦的J．S．摩根公司和他在纽约的德雷克塞尔—摩根公司虽然没有合并，但都控制在他手里。他比任何一家银行都拥有对铁路公司进行重组和兼并的实力。所以这次，摩根又出手了。
这次重组首先从南方铁路公司开始，这个铁路公司连接着华盛顿和南方的一些主要城市，包括里士满、亚特兰大、伯明翰和新奥尔良。对这个公司，摩根公司的银行家们对其动了大手术，先理清债务关系，然后再进行人事调整，摩根的助手萨缪·斯宾塞成了这家公司的新总裁。最后，又为其追加了一大笔资金用于建设，顺利完成了重组，当然，摩根公司从中也收到了巨大的回报。
就在经济危机的前一年，“华尔街魔鬼”古尔德因为肺结核去世了，而由他经营的北太平洋公司在经济危机中也宣告破产，这已经是它第四次宣告破产。这个公司此时已经是空架子，精明的古尔德早在这个公司破产之前就对其掠夺一空。摩根公司对它也进行了重组，更名为伊利铁路公司，摩根公司从中也获得了50万美元的纯利润。接着，联合太平洋铁路公司也被摩根公司重组。费城—里丁公司曾经被摩根公司重组过，这一次，它又陷入了困境，摩根公司再次出手，投入了巨额资金，对这个公司改头换面，进行了彻头彻尾的改造。
还有一些规模较小的铁路公司，也被摩根公司重组。在那段时间里，摩根公司的银行家们忙得不可开交，他们四处出击，大肆吞并，重组了众多即将倒闭的铁路公司。以至于到了1910年，美国的六大铁路系统里，有四大系统已经控制在摩根公司手里。摩根公司已经成为了名副其实的“铁路大王”，其在铁路运输系统中的霸主地位不可动摇。
这一年，不管是对摩根公司还是对皮尔庞特·摩根来说，都是具有重大意义的一年。之前，因为父亲还在世，所以摩根的一切活动都在父亲的指导和监管之下，而这一年，是他完全独自处理一切事务的开始，事实证明，他完全有能力独自面对这一切，当然，这跟父亲多年的引导是分不开的。把摩根公司交给他，父亲完全可以放心。这一年，摩根公司通过一系列重组，取得了在铁路行业的霸主地位。皮尔庞特·摩根善于思考，抓住了机会，从而把危机变成了壮大自身的契机。
但是，摩根大规模重组也引起了许多人的不满，他们认为这是赤裸裸的兼并，是垄断，他们指责摩根用专横的制度把美国的铁路命脉抓到自己手中。在重组的过程中，工人的利益难免受到损失，工人的工资一降再降，仅够维持基本的生活，有人指责摩根听不到工人们的哭喊声，只管追逐自己的利益，他不是人民口中的救世主，而是冷酷无情的资本家。
皮尔庞特·摩根当然也听到了这些声音，对于外界对他的质疑他早就有所耳闻，但他并没有为此过于谴责自己，因为他知道，在资本社会里，他不可能照顾到每一个人，他靠自己的能力使美国混乱的商界秩序得到改变，已经是他对国家、对人民最大责任心的体现。
