随着上帝数量和名号的讨论，“上帝是什么”的问题也提了出来。当黄帝、炎帝、太昊等被视为上帝的时候，他们是人鬼，还是别的什么？这对于今天的人们是个非常有疑问的事情，当时的人们似乎都非常明白，不去讨论这个问题。汉武帝真诚地相信方士所说的黄帝成仙上天的事，并且自己也希望走黄帝的路。直到西汉末年，太一也被认为是成仙上天的人。《汉书·王莽传》：“太一、黄帝皆仙上天。”但那皇天上帝或者昊天上帝是什么？问题可就没有这么简单。
据《春秋纬·说题词》：“天之为言，镇也。居高理下，为人经纬。”《白虎通义·天地》采纳《说题词》的意见：“天者，何也？天之为言，颠也。居高理下，为人镇也。”所谓“颠也”，“镇也”，都是指头上的天空。东汉初年郑众说“昊天”是天，上帝是玄天，也是说作为至上神的天或者上帝，就是头上的天空。被认为是古文经学家的许慎，在《说文》中也认为：“天，颠也”。然而郑玄不认可上述意见，他认为昊天上帝就是北极星，五帝就是太微垣中五星。
郑玄的意见，并非全无根据。《史记·天官书》记载，“中宫，天极星，其一明者，太一常居也”，“南宫朱鸟……其内五星，五帝坐”。郑玄把六位上帝都说成是星，当与此有关。
王肃又不同意郑玄的意见，他认为昊天上帝不是北极星，而是天之灵：“有灵而尊者，莫若于天”（王肃《周易注·震卦》）。而且天只有一个，五帝不过是对天的不同称呼。
那高高在上的天空为什么就是至上神，今天的人们很难理解。但在古人，这根本不是一个问题。葛洪解释道：
山川草木，井灶洿池，犹皆有精气；人身之中，亦有魂魄，况天地为物之至大者，于理当有精神；有精神则宜赏善而罚恶。但其体大而网疏，不必机发而响应耳。（《抱朴子内篇·微旨》）
这也是中国历史文献中第一次出现的、明确的万物有灵论主张。并且认为，天地之神，就是天地这个自然物中的灵，就像人这个肉体之中存在着灵魂一样。这样的主张由葛洪写了出来，然而它的出现当不会仅仅从葛洪开始。应该说，当儒者们认为上帝就是那居高理下的天的时候，这样的主张就出现了。儒者们不会把一个无灵魂的死寂的天空作为自己的至上神。
唐朝初年，在讨论制定礼仪的时候，儒者们据《毛诗传》，首先批驳了以昊天上帝为北辰耀魄宝的意见，认为郑玄此说“舛谬特甚”，然后对昊天上帝做了进一步的解说：
《毛诗传》云： 元气昊大，则称昊天。远视苍苍，则称苍天。此则天以苍昊为体，不入星辰之列。据《旧唐书》，此话是礼部尚书许敬宗与众礼官于显庆二年（657）的上书；《新唐书》亦如此记载，只是比较简略。据《通典》，则此话是唐初负责制礼的开国功臣、也是著名儒者的长孙无忌于永徽二年（651）所上的奏议。它表明了唐代儒者的上帝观。
也就是说，那元气昊大、称呼不同的天空，就是儒教的至上神。这就否定了郑玄的意见，从此以后，把北极星作为儒教至上神的意见，无人再认同了。
三社稷神属性的改变
随着黄帝、太昊等五帝不得再做上帝，而上帝被认为就是那高高在上的、其中有灵的天空或者是星星，其他神祇的地位和人们对它们的观念也发生着变化。这个变化的基本特点就是，传统宗教中许多原来由人担任的神祇，逐渐变为自然物本身。其中最突出的，是社神和稷神。《礼记·祭法》载：
是故厉山氏之有天下也，其子曰农，能殖百谷。夏之衰也，周弃继之，故祀以为稷。共工氏之霸九州也，其子曰后土，能平九州，故祀以为社。
这里的说法出自《国语·鲁语》，《左传》的说法与此大体一致：
共工氏有子曰句龙，为后土，此其二祀也。后土为社；稷，田正也。有烈山氏之子曰柱为稷，自夏以上祀之。周弃亦为稷，自商以来祀之。
和原来的上帝是古代君主一样，社神和稷神也是由人担任的。他们是共工氏之子句龙，或者大禹（社）；或者是烈山氏之子农（或柱）和弃（稷）。
但是到了东汉，这样的观念受到了挑战。社神、稷神究竟是什么？或者说，句龙和弃，是社稷神本身，还是仅仅是社稷神的“配食”者？这在儒者中发生了争论。郑玄在《周礼·大宗伯》“以血祭祭社稷、五祀、五岳……”下注道：
社稷，士谷之神，有德者配食焉。共工氏之子曰句龙，食于社；有厉山氏之子曰柱，食于稷，汤迁之而祀弃。
依郑玄的意思，句龙与弃，仅仅是土谷之神的配食者。
大约和郑玄同时，其他儒者关于社稷神神主，也进行了激烈的争论。刘昭《后汉书注·祭祀志》载：
自汉诸儒论句龙即是社主，或云是配，其议甚众。
然而，这“甚众”的议论现在很少能够见到了。《后汉书注·祭祀志》保存一篇仲长统答荀彧、邓义的文章，可见东汉儒者争论之一斑。
仲长统首先指出，“郊社之祭，国之大事”，所以不能不辩清楚。他逐条列出邓义的问难，然后给以解答：
难曰： 社祭土，主阴气；正所谓句龙土行之官，为社则主阴明矣，不与《记》说有违错也。
所谓《记》，就是《礼记》。邓义认为，句龙是土行之官，就是社主，主阴气。这种说法见于《礼记》，所以自己的意见是对的。但是仲长统回答说：
今《记》之言社，辄与郊连。体有本末，辞有上下，谓之不错不可得。《礼运》曰：“政必本于天，殽以降命。命降于社之谓殽。（地）［政］参与天地，并于鬼神。”又曰：“祭帝于郊，所以定天位也；祀社于国，所以列地利也。”《郊特牲》曰：“社所以神，地之道也。地载万物，天垂象。取财于地，取法于天，是以尊天而亲地。家主中霤，国主社，示本也。”相此之类，元尚不道配食者也。主以为句龙，无乃失欤？
仲长统的意思是说，要理解什么是社神，应该和天联系起来，全面理解《礼记》的意思。依他的意见，《礼记》中所说的天、中霤，就是以天、中霤本身为神。所以，社稷神也应该是社稷本身。
这可算双方辩论的第一回合。在这一回合中，双方都在援引经典，以期证明自己的正确。第二轮，双方的观点开始交叉起来：
难曰： 信如此，所言土尊，故以为首，在于上。宗伯之体，所当列上下之叙。上句当言天神、地祇、人鬼，何反先人而后地。上文如此，至下何以独不可，而云社非句龙，当为地哉？
邓义最后一句话表明，若土神是地，他实在难以理解。仲长统答道：
答曰： 此形成著体数，自上来之次言之耳。岂足据使从人鬼之例邪？三科之祭，各指其体。今独摘出社稷，以为但句龙、有烈山氏之子，恐非其本意也。案《记》言社土，而云何得之为句龙？则传虽言祀句龙为社，亦何嫌，反独不可谓之配食乎？《祭法》曰： 周人禘喾、郊稷、祖文王、宗武王，皆以为配食者，若复可须，谓之不祭天乎？
看来，作为儒教至上神的天被认为就是那高高在上的天，极大地帮了仲长统的忙。因为天被认为就是头顶上的那个自然之天，那么，《祭法》上禘、郊的对象就都是配食者。《祭法》上禘、郊的对象都是配食者，其他地方所说的祀句龙，自然也可以理解为配食。这就是仲长统的逻辑。只要邓义无法证明禘郊的对象就是喾和稷等，就无法驳倒仲长统。而邓义也确实无法证明禘、郊的对象是喾等。然而，把这里禘、郊的对象说成就是天，又有什么根据呢？其实一点根据也没有。有的只是郑玄那无所根据的注。
然而郑玄的注虽然在经典上无所根据，但现实就是最大的根据。现实中，刘氏的祖宗不是上帝，也无人再承认上帝是人鬼。现实中上帝成了“居高理下”的天，对经典的理解就不可能再把上帝理解为王者的先祖。把对上帝的理解推广到社稷神，邓义除了紧紧抓住经典之外，别无旁助。邓义道：
难曰： 再特于郊牛者，后稷配故也。“社于社邑，牛一羊一豕一。”所以用二牲者，立社会祀句龙，缘人事之也。如此，非事地明矣。以宫室新成，故立社耳。
又曰“军行载社”者，当行赏罚，明不自专。故告祖而行赏，造社而行戮。二主明皆人鬼，人鬼故以告之。必若所示，当言载地主于斋车；又当言用命赏于天，不用命戮于地，非其谓也。
这些证据，要证明的也就是一件事： 社主是人鬼，不是大地。对此，仲长统反驳道：
答曰： 郊特牲者，天至尊，无物以称专诚。而社稷太牢者，土于天为卑，缘人事以牢祭也。社礼今亡，并特之意未可得明也。昭告之文，皆于天地，何独人鬼？此言则未敢取者也。
郊社之次，天地之序也。今使句龙载冒其名，耦文于天，以度言之，不可谓安矣。
依仲长统说，“昭告”的对象，不仅仅是人鬼，也可以向天地昭告。也就是说，邓义以告社来证明社主就是句龙，是不成立的。但最重要的还是所谓“郊社之次，天地之序”。让句龙来做这和天并列的神，不相配。仲长统的议论表明，天地神祇与人的距离越来越远，其神圣性也越来越高了。仲长统继续说：
帝王，两仪之参，宇中之莫尊者也。而盛一官之臣，以为土之贵神，置之宗庙之上，接之郊禘之次，俾守之者有死无失，何圣人制法之参差，用礼之偏颇？
一个五行之中土行之官，死后其神品竟然要比帝王家的宗庙高，这是不可理解的，也是仲长统坚决不能同意社神就是句龙的主要原因。人间的秩序变化了，神界的秩序也要随着变化。对社神属性的讨论，也是儒教对传统宗教进行改造的重要一环。
然而由此我们可以推想，上古一位官员，可以做崇高的社神，那么其帝王之为上帝，也就在情理之中。现在，帝王不能再做上帝，他们的下属要再做社神、稷神，也是不可能了。儒教说，是人受命于天。然而实际上，是天听命于人。谁得为天，谁得为社，那是要人，也就是要儒者们决定的。
仲长统最后说：
《周礼》为礼之经，而《礼记》为礼之传，案经传求索见文，在于此矣。均之两者未知孰是？去本神而不祭，与贬句龙为土配，比其轻重，何谓为甚？经有条例，记有明文，先儒未能正，不可称是。钩校典籍，论本考始，矫前易故，不从常说，不可谓非。孟轲曰：“予其好辩哉，乃不得已也。”郑司农之正，此之谓也。（以上均见《后汉书注·祭祀志》）
仲长统明明知道，自己的解释是“矫前易故”，也就是未必合于经传，但他认为自己是正确的。因为在“去本神不祭”和“贬句龙为配”二者之间，权衡利弊轻重，还是“贬句龙为配”失利要少一些。
这是一场重要的宗教观念的改革。黄帝等人鬼不再能做上帝，句龙、弃等也不得再做社稷。推而广之，一切原本由人担任的名山大川等自然神，都陆续地、逐渐地演化成为自然物本身。而这些自然物之所以能够被视为神，乃是因为它们“皆有精气”（葛洪《抱朴子内篇·微旨》），也就是有精神，有灵魂。
四禘礼的质变
甲骨文中有不少“帝”字。据甲骨学者的意见，其所指，或是上帝，或者对上帝的祭祀。祭祀上帝之“帝”，当是禘礼的前身。
从《论语》看，禘礼是当时礼制中最为重要的礼仪。孔子说，懂得禘礼，治国就易如弄清自己掌中之物。《论语·八佾》： 或问禘之说。子曰：“不知也。知其说者之于天下也，其如示诸斯乎！”指其掌。
春秋时代，郊是祭祀上帝的重要礼仪。然而和郊相比，禘礼似乎更加重要。所以从《国语》到《礼记·祭法》，重要礼仪的排列顺序都是禘、郊、祖、宗。禘礼的意义，《礼记》说得也十分明白：
礼，不王不禘。王者禘其祖之所自出，以其祖配之。（《礼记·丧服小记》）
王者禘其祖之所自出，以其祖配之，而立四庙。（《礼记·王制》）
依郑玄注，“所自出”，就是所自出的上帝。因此，禘礼，就是“祭天”之礼，或者就是“郊祀天”，因为“王者之先祖，皆感太微五帝之精以生”。
汉代，因为刘邦找不到自己的先祖，禘礼也就长期处于被废置的状态。东汉初年，本身就是儒生的刘秀，下令给年轻时即为博士、熟悉郊庙礼仪的大司空张纯，要求恢复禘礼。张纯上奏道：
礼，三年一祫，五年一禘。《春秋传》曰：“大祫者何？合祭也。”毁庙及未毁庙之主皆登，合食于太祖。五年而再殷。汉旧制三年一祫，毁庙主合食高庙，存庙主未尝合祭。元始五年，诸王公列侯庙会，始为禘祭。又前十八年亲幸长安，亦行此礼。（《后汉书·张纯传》）
