Ｄ．宋元时期：政治经学与低等臣民。如果说周、张、程、朱等人的道学或理学，使儒学的体系化臻于顶峰，那么，新旧党争之利用今古文经，则使经学的政治化达于极致。到了蒙元时期，统治者把人民分成三六九等，儒生被贬为低等臣民，表明学术或学者的地位已经一落千丈。
Ｅ．明清时期：心学、实学与文字之狱。陆九渊说“道未有外乎其心者。大而化之之圣，圣而不可知之神，皆吾心耳”。以“吾心”代替“神圣”之后，学者“无事袖手谈心性，临危一死报君王”，国运日衰，民生多艰，遂引出“实学”之批判。实学本欲经邦济世，岂料专制政权却大兴“文字之狱”。学者既有身家性命不保之虞，遂只能钻进“小学”，致力于文字训诂，忽视了思想发展。
统而言之，中国学术自秦汉以降，与邦国大势有密切关系：合则学，分则思；治则学，乱则思。而由理学到心学，由心学到实学，由实学到小学的过程，更表明超越的思索逐渐减弱，天溶于人，上归于下，已成中国学术的一大特征。
（３）佛道影响与正负作用
佛道两家当然对中国学术大有影响，但其作用也有正负两面。一方面，佛学（尤其是唯识学）之细密运思，道家（尤其是老庄）之形上思考，有助于中国学术中哲思之不泯。另一方面，佛教中的消极思想，道教中的迷信成分，又助长了学者对宗教偏见之形成。
２．现代
（１）千古变局与西学东渐
１９世纪中叶开始，西方入侵造成了社会上千古未有之变局和学术上西学东渐的形势。洋务派倡言“自强”，却因倡“中体西用”而属意儒学。维新派致力“变法”，虽有引进西学之举，又有利用经学之事。革命派追求民主共和，当然运用西学，却也有倾心佛学之士。
民国初年，思想上“科学”、“民主”观念盛行，学术上“国学”、“西学”两者并行。
“科学”与“民主”并提，遂导致将其“对立面”即宗教与专制归为同类。至于“国学”
与“西学”，则共有民族主义和实证主义成分，从民族主义出发，遂致视基督宗教为“洋教”，从实证主义出发，遂致视基督宗教为“虚妄”。
在此大变局中进行大清理，难免有孩子与浴水一起倒掉之举，难免有垃圾与珍珠一齐埋葬之憾。在败而求强和抗侮御敌的氛围中去看对手，更难免只见其手不见其心，只见其外不见其内，即只见其技术、体制而不见其思想、精神，于是遥契古代传统之蔽，再次流于片面表面，滞于下实上虚。
（２）全面控制与横扫一切
从新中国建立到“文化大革命”前夕（１９４９-１９６６），“革命”凌驾于学术之上，而在学术之内，则以唯物主义和马列主义指导一切学科。社会科学甚至自然科学都要接受指导，结论往往先于研究，教条常常取代学术。而在“文革”之中（１９６６-１９７６）盛行的，则是统一思想与空前禁锢，人类文化的一切遗产都被说成“封资修”、“帝修反”而加以“横扫”，甚至自然科学家也被称为“资产阶级学术权威”而加以迫害，甚至苏联、东欧、北朝鲜和古巴的文化也被称为“修正主义”而予以扫除。
在这种情况下，中国学术不只是停滞不前，而且是大大倒退；不只是流于片面，而且是陷于虚无；不只是停顿僵化，而且是遭到破坏。其特征可说是无“思”亦无“学”，无“法”（学术规范）亦无“天”（超越者消失，神圣者隐退）。
（３）饥不择食与自闭怀旧
改革开放之后，在２０世纪８０年代，学术界由于关门太久，一旦得窥外界，遂致眼花缭乱；由于饥肠辘辘，一朝得享口福，遂致饥不择食。这既有囫囵吞枣之弊，也有兼收并容之利。学界向境外寻觅，首先看到人文或人本思想（萨特与弗洛伊德之类学说遂大为流行），后来又见到基督宗教思想（主要是通过译作），但因受多年的偏见与先入之见影响，多半仍以两者相互冲突为定论。
而９０年代的学界特点，可以两段诗词形容。一是“寻寻觅觅，冷冷清清，凄凄惨惨戚戚。乍暖还寒时候，最难将息。三杯两盏淡酒，怎敌他，晚来风急。雁过也，正伤心，却是旧时相识”。二是“运交华盖欲何求，未敢翻身已碰头。旧帽遮颜过闹市，破船载酒泛中流。横眉冷对千夫指，俯首甘为孺子牛。躲进小楼成一统，管他冬夏与春秋”。尤其最后两句，一时成为不少学者的写照。学界向昔时寻觅，首先看到民国初年对传统批评之过激（保守主义遂大为流行），后来又见到古代的保守传统之可取（主要是通过国学研究），但因受近年的自闭与怀旧情绪影响，多半竟将其缺失视为其长处。
至于近二十年学界的风尚，则可说首先是“诸风回旋”（从自由主义到“新左派”），其次是“古风劲吹”（从“国学热”到保守主义），再次也有“道风初拂”（从佛道研究到基督宗教研究）。就对基督宗教的态度而言，学界虽然正在逐步恢复平常心，但在多数人那里，由于以往偏见之余绪，仍有不少误读。而我们知道，“偏见比无知离真理更远”。
３．缺失
（１）学盛思衰
由上述学术史大势可见，自汉以降，中国学术总体而言有此缺失。而“学”、“思”与“治乱”、“分合”关系中的前述“规律”，竟然延续２０世纪，实为可叹！而缺失之最甚者，无疑是独立思想与批判精神。
（２）上弱下强
宋明以降天人不分的结果，是天溶于人，上归于下。由此而来的学术趋势是，由形上而形下，不求超越；由实证而实用，务求功利。
（３）片面平面
“学而不思则罔”，遂易于浅尝辄止，遂易于人云亦云（在对宗教的认识上，遂易因袭宗教即迷信之片面成见，因袭基督宗教乃属西方等片面陈说）。就真实、多面、立体的具体事物或研究对象而言，片面的方法因为丧失了对第三维的意识，遂导致学术思想的平面化。于是逍遥旨趣和功利思维会更多，批判精神和超越意识会更少。结果是以成见之因袭为“通古今之变”，以人际之学问代“究天人之际”。
以上三点缺失，实际上彼此关联，相互促进。
二、基督宗教之研究
１．兴起与局限
明清之际，基督宗教之研究得以兴起。但是一因局限于传教士与信教士大夫的圈子，二因受限于他们的精力向科学技术等方面的分散，所以，相对于其非凡才华和科技成果而言，基督宗教研究成果不大而流布也不广。当然，其中原因，也有政治社会方面的因素（如康熙帝后期禁教等等）。
民国初年，基督宗教之研究得以更新。但是在教内，又因受限于精力向传教方面的分散，在教外，因与学术界一般趋势相仿，受限于实证方法得势和传统学术影响，所以历史课题研究多而教义思想研究少。
２．中断与死亡
１９４９-１９６６年间，由于社会政治的原因，对于基督宗教，教外只有严厉的批判和抨击，以及讥讽和漫骂；教内则穷于应付接连不断的政治运动，先是无暇后是无人顾及研究工作，学术研究日蹙，以至于最终停顿。
１９６６-１９７８年间，随着包括基督宗教在内的一切宗教遭到严重打击，基督宗教的研究也彻底消亡。这一领域的知识，可以说不是零而是负数，即令在受过教育的人群中，甚至在学术界之中，对于基督宗教也不仅是基本无知，而且还充满偏见。
３．复苏与拓展
在２０世纪８０年代，随着“改革开放”之后中国社会的复苏，基督教会也迅速复苏而且急剧发展，随着中国学术工作的逐步恢复，基督宗教的研究也随之而复生。由于教内人才的奇缺和教外人士的兴趣，所以研究者以教外学者为主，研究的立场和方法也具有人文学科和社会科学的特色。
在９０年代，基督宗教研究在学者们的努力下继续发展。研究成果在数量上已超过１９４９年起三十年间那些毫无学术性可言的书文好几百倍，研究的领域也已大为拓展，除了历史课题的研究，还有哲学、伦理、教育、文学、艺术、美学，甚至教义神学等方面的研究。除了研究内容大大扩展之外，研究人员也已从少数社会科学院内的研究者，向高等院校的教师扩展。就研究者对基督宗教的总体态度而言，也已走出偏见，逐步趋于客观和理性。这种转变对于逐步矫正全社会既往的偏见，正在发挥重大的影响。
三、基督宗教研究对中国学术的意义
１．促进思想性与批判性
在中国的社会环境和条件下，学术界对于基督宗教很难有直接的、切身的认识，而必须借助学术性的基督宗教研究来认识。这种研究所揭示的基督宗教玄奥的教义内容、宏富的神学思想、深刻的灵性体验，在在引人思考、发人深省。而基督宗教长期独立于世俗政治体制的历史经验，观察和批判世俗社会制度的超越立场，更可以促使历史境遇完全不同的中国学术界进行反省，从中获取有益的思想和教训。
２．恢复上下之分与关系观念
如果用“天人合一”观念消除了天人的上下关系，在观念世界中遂只余人与人的上下关系，而整体的人自身则成了自满自足不假外求的独立者，世界只由人这个“唯一者及其所有物”所组成。这是一种有害而危险的世界观。
基督宗教研究对神人上下之分观念的重新引进，可以使人重新注意到人并非独立者，亦非唯一者，更非至上者；使人再次意识到人乃处于关系之中，与其他造物相互依存并依赖于世界整体，与造物主有造生关系或上下之分。因此，人与其他造物和其他人具有种种不依赖于人而存在的关系，人与人之间在本体上的关系是平等的。这种世界观可以促使人走向中国古代贤哲所说的“知天事天”和“民胞物与”的境界。
这种观念也必然促进包括哲学本体论、人性论、道德论、环境论等方面的形上研究，使这些方面的学术不仅仅局限于实证方法与实用目标，而具有形上的眼光与超越的意识（近年来在学术界，“形上”与“超越”等词的运用大为增加，不仅西方哲学研究，而且中国哲学研究；不仅宗教学研究，而且其他学科研究，都常常运用这些术语，正是这一方面的意义开始显露而发挥影响的一个证据）。
３．走向整全观点和立体思维
现代的基督宗教研究，是一种多学科多方法的研究。它对中国学术许多学科的研究都会产生示范作用，促进中国学术走向整全的观点和立体的思维。
这首先体现为一些人文学科和社会科学研究领域的扩充，以及某些技术学科和自然科学观察视角的扩大。例如文学研究的领域扩充到圣经文学，艺术研究的领域扩充到基督教艺术，音乐研究开始重视从巴赫直到黑人民歌的宗教情感，美学研究开始吸纳“神圣之美”这一范畴，哲学研究增添了宗教哲学这一分支，思想史研究开始重视宗教或基督教思想，社会学和民族学研究分别增添了宗教社会学和宗教人类学两大学科，甚至教育学中也有人开始讨论信仰教育的意义，建筑学、宇宙学和科学哲学中则有人注意到宗教信仰的影响，从而扩大了这些学科观察问题的视角。
其次还有助于矫正偏见与摆脱片面。例如关于宗教与迷信关系的偏见，关于西方与“洋教”的成见，关于理性与非理性作用的片面理解等，在通过这种学术研究而全面认识基督宗教的过程中，都可以得到矫正。
最后，基督宗教研究更可以在中国学术中引入垂直之维，导向立体思维。只有采用立体思维并不乏垂直之维和神圣之感的学术，才能引导社会文化摆脱平面、浅薄和庸俗，走向立体、多面、高尚和富于精神性的文化。
基督宗教与人文主义
——从误解走向对话
基督宗教与人文主义的关系问题，既是一个从过去的百年和千年遗留下来的问题，又是人类在新的世纪和新的千年依然面对的问题，还是一个属于内在精神观念，但一定会影响外在生活环境的问题。
人文主义观念在两千几百年前产生并影响了文明史，在数百年前（文艺复兴后）更引起了人类生活的巨大革命。它至今虽在思想界受到批评，至少仍在人类实践活动中活力不衰。然而，它的意义，却遭到了极大的混淆。
基督宗教信仰也在两千年前诞生并影响了文明史，在数百年前（宗教改革后）也因内部变革而引起了人类生活的巨大革命。它至今虽在各方面遇到困难，至少仍在人类精神生活中活力不减。同样，它的意义，也遭到了极大的误解。
这两种重要的精神或观念力量之间的关系，当然对人类生活影响巨大，可是，这种关系，在实际上也遭到了极大的歪曲。
对人文主义的混淆、对基督宗教的误解及对两者关系的歪曲，都影响着人类的生活，影响着人类的未来，都是当今世界特别是精神和观念世界面对的重大问题。对人文主义与基督宗教关系的歪曲，直接产生于对两者本身的混淆和误解。
所以，为了矫正这种歪曲，我们必须首先致力于澄清这些混淆和误解，重新申明两者的重大意义，并努力说明两者之间和谐关系的重大意义，努力寻求两者之间关系和谐的适当途径。
