第6师团于1888年在熊本县熊本市编成，士兵主要来自九州岛的熊本县，另有一部分来自大分、鹿儿岛、宫崎，该地区居民皮肤黝黑，民风凶悍，这也使其成为日军最有战斗力的3个师团之一（其余两个师团为仙台第2师团和金泽第9师团）。第6师团参加了日本国内的西南之役、中日甲午战争、日俄战争，在中日甲午战争中，最终攻占了中国北洋舰队所在地山东威海卫。在随后的日俄战争中，第6师团多次参加重要战斗。在1920年代，该师团一度驻扎中国东北，并于1928年登陆山东，制造济南惨案。1937年中日战争全面爆发后，第6师团在8月中旬于天津大沽口登陆，被划归华北方面军，在谷寿夫的率领下，在河北一带作战。淞沪会战开始后，日军大本营将其编进柳川军团，在杭州湾登陆。上海陷落后，第6师团一路向南京进攻。
师团长：谷寿夫中将；参谋长：下野一霍大佐。下辖：
第11旅团：坂井德太郎少将——第13联队：冈本保之大佐（熊本）；第47联队：长谷川正宪大佐（大分）。
第36旅团：牛岛满少将——第23联队：冈本镇臣大佐（都城）；第45联队：竹下义晴大佐（鹿儿岛）。
骑兵第6联队：猪木近太大佐；野炮兵第6联队：藤村谦中佐；工兵第6联队：中村诚一大佐；辎重兵第6联队：川真田国卫大佐。
第6师团所在的第10军自杭州湾登陆后，连陷松江等重镇，随后占领长兴。第10军自此分兵，第114师团沿太湖南岸向南京方向进攻；第6师团和第18师团、国崎支队则向西运动。陷落广德后，再次分兵，第6师团、国崎支队经郎溪奔南京，第18师团则继续西进，经宣城围芜湖，切断中**队西去之路。郎溪陷落后，国崎支队直趋当涂，渡江北去；第6师团则独自向南京追击。柳川平助的这个作战计划，让第6师团长谷寿夫感到庆幸，他的部队有了第一个陷落中国首都的可能。
一路上由于是迂回进攻，第6师团没有碰到什么激烈的战斗。但是，其对中国平民的杀戮行为，并不亚于其他师团。在通往南京之路上，师团司令部甚至向下级部队直接下达了“居民应尽皆屠之”的残酷命令。其中，来自鹿儿岛的竹下义晴第45联队小原重孝第3大队的大尉中队长（第12中队）田中军吉，以一把名叫“助广”的军刀，以斩杀中国人为乐，一边砍杀中国人，一边叫人拍摄照片。其中最著名的一幅照片是，在一处废墟前，田中军刀高举，一个中国青年男子低头跪在地上，持刀的田中则狂笑不止。田中以大尉中队长之职，带领第12中队的士兵们肆意杀戮中国平民和战俘，只是第6师团全豹之一斑。对于部下的暴行，中将师团长谷寿夫的态度不仅仅是默许，甚至是鼓励。
刺刀上的旭日旗，血色越来越浓重。
距南京15公里的牛首山时，一路屠杀而来的第6师团遭到中国第74军第58师冯法圣部的猛烈阻击。12月9日，第6师团以巨大的代价占领牛首山阵地，板桥随之失陷。同日，冈本镇臣第23联队攻陷西善桥，随后于冈本保之的第13联队、长谷川正宪的第47联队进抵雨花台，兵锋直指中华门。与此同时，谷寿夫命令竹下义晴的第45联队直奔下关江边。
（第6师团后史：南京陷落后，该师团驻扎在中华门一带，屠杀甚众。12月21日开往芜湖方面。随后参加武汉会战、南昌会战、三次长沙会战。太平洋战争爆发后，被编入第17军，在所罗门群岛的布干维尔岛与美军作战，直到投降）。
