在中国古代无神论的发展史上，王廷相以元气本体论为基础的无神论思想以及对明代各种世俗迷信的批判，使他成为明代主要的无神论的代表者。王廷相根本否定有超自然的主宰者，对神秘的谴告说、祥瑞与灾异说进行了批判；在形神关系上，他坚持“神必藉形气而有者，无形气则神灭”《内台集》卷四《答何柏斋造化论》。的观点，对各种形神相分的观念进行了批判；此外，他还对当时的各种世俗迷信一一进行了批判，而成为当时全面批判有神论的无神论者。
一、元气之上无主宰
在中国古代，认为存在着超自然的主宰者的神学思想始于商周。《尚书·甘誓》有“今予推恭行天之罚”；《尚书·汤誓》有“有夏多罪，天命殛之”，等等。西汉的董仲舒通过天人感应论进一步肯定天对于人的主宰地位，主张“灾者，天之谴也；异者，天之威也。谴之而不知乃畏之以威……凡灾异之本，尽生于国家之失。国家之失，乃始萌芽，而天出灾害以谴告之，谴告之而不知变，乃见怪异以惊骇之。惊骇之尚不知畏恐，其殃咎乃至。”《春秋繁露·必仁且知》。
针对以往各种认为存在着超自然的主宰者的神学观点，王廷相以其元气本体论为理论依据，予以反驳。他说：
余尝以为元气之上无物，有元气即有元神，有元神即能运行而为阴阳，有阴阳则天地万物之性理备矣，非元气之外又有物以主宰之也。《王氏家藏集》卷二十八《答薛君采论性书》。
这就是说，元气依据自身的阴阳作用而产生天地万物，并非在元气之外有它物以主宰。王廷相的学生薛蕙认为，“气化终古不忒，必有主宰其间者”。王廷相予以诘问：“不知所谓主宰者是何物事？有形色耶？有机轴耶？抑《纬书》所云十二神人弄丸耶？不然，几于谈虚驾空无着之论矣！”《王氏家藏集》卷二十八《答薛君采论性书》。这就根本否定了存在超自然的主宰者。
（一）天即自然
王廷相从元气本体论出发，认为“天地未生，只有元气”（《雅述》上篇。），“天者，太虚气化之先物也”（《慎言·道体》。），天是元气所最先化生之物。至于自然万物的生成，王廷相提出“有太虚之气而后有天地，有天地而后有气化，有气化而后有牝牡”（《慎言·道体》。），认为自然万物是天地气化而产生出来的。在王廷相看来，自然万物产生于天地，天地又产生于元气，天并非有意志之物，而是自然之天。
王廷相不仅认为天为自然之天，而且还认为天地气化产生自然万物也是自然而然的过程，是自然界的自发过程。王廷相说：
天地之生物，势不得不然也，天何心哉？强食弱，大贼小，智残愚，物之势不得不然也，天又何心哉？《慎言·五行》。
又说：
人物之生于造化，一而已矣。无大小，无灵蠢，无寿夭，各随气之所禀而为生，此天地之化所以无心而为公也……但人灵于物，其智力机巧足以尽万物而制之，或驱逐而远避，或拘系而役使，或戕杀而肉食，天之意岂欲如是哉？物势之自然耳。故强凌弱，众暴寡，智戕愚，通万物而皆然，虽天亦无如之何矣！《雅述》上篇。
首先，王廷相根本否定有所谓“天心”的存在，认为天地化生万物是“势不得不然”的，并非天有“心”。其次，他认为，万物禀气而生，天地并无心造成万物的差异；万物的差异以及人灵于物而制物是“物势之自然”，并非“天之意”，“虽天亦无如之何”。
针对所谓“天地生物为人”的有神论观点，王廷相用事实予以有力地批判。王廷相说：
五谷似也；断肠裂腹之草，亦将食人乎？鸡豚似也；蚖蜿蝮蝎之属，亦将为人乎？夫人之食夫物，固曰天之为夫人之生之也，然则虎狼攫人而食，谓天为虎狼生人可乎？《慎言·五行》。
在这里，王廷相对天地生物有目的的神学目的论以辛辣的讥讽，根本否定了有所谓意志之天的存在，显示出他的无神论自然观。
针对当时所谓“治世之有灾沴，君德不协于天而谴告之”，王廷相则诘之“非然也。乱世之有瑞，夫又谁感格之？”他接着说：
天道悠而难知，人事近而易见，凡国家危乱者，咸政之不修，民之失所，上之失职也。孰见天帝诃诋乎哉？孰见天帝震怒乎哉？《慎言·五行》。
王廷相认为，国家危乱完全是由于人事所造成，根本不存在所谓天的谴告。他还说：
天，一也；天下之国，何啻千百……天象之变，皆为中国之君谴告之，偏矣。以为千百国皆应之，而国君行政之善恶，又未必一日月而均齐也。《慎言·五行》。
王廷相通过揭露谴告说的无法自圆其说的理论矛盾予以批驳，认为谴告说完全是统治者比附制造出来的。
针对所谓“人君失政，天降水旱，以灾害示之”，王廷相斥之为“不智之言”，认为其在理论和事实上都是讲不通的。王廷相深刻指出：
上帝无意惠民则已矣，使有意焉，天之威灵无往而不得行，何不殛其躬自作孽之人与其诱引之徒，以绝其恶政之所自？何反出此水旱虫蝗之灾，使百谷不成，民食用绝，流离转徙以死，岂非天欲用警人君，先自杀其民耶？天之拙果如是耶？不待智者决知其不然矣。《王氏家藏集》卷三十七《答孟望之论慎言》。
在这里，王廷相再一次揭露谴告说不能自圆其说的理论矛盾，从而对天有意志的神学目的论以深刻的批判。
世宗嘉靖八年（公元1529年），世宗“以星霾示变，引咎自归，复敕群臣共加修省，且下求谠言，用弭灾害”。王廷相上疏说：“臣闻天道远，人道迩。人君遇灾修省，求天变之由，则茫昧无据，尽民事之实，则灾沴自消。”（《浚川奏议集》卷三《乞行义仓疏》。）王廷相敢于向皇帝陈明他的无神论思想，可见他对无神论具有坚定的信念。
（二）祥异非必君政所致
王廷相否定天有意志，否定天以灾异谴告于君主的说法，同时还进一步对灾异、祥瑞与人事有关的观念进行了批驳，并明确提出“祥异非必君政所致”，否定了目的论。王廷相说：
和气致祥，乖气致异，物理感召，亦不尽然。尧仁如天，洪水降灾；孙皓昏暴，瑞应式多，谓尧乖皓和，可乎？尝谓君仁臣忠，父慈子孝，虽山崩川竭，虹贯星彗，不足以累其清平之治；君骄臣谄，政僻刑淫，小人进而贤哲抑，虽凤仪麟游，景星庆云，不足以救其危亡之祸。何也？天道远而难知，祥异有无，不足凭也；人事近而易见，治乱之形，由政致也。《王氏家藏集》卷三十七《答顾华玉杂论》。
王廷相认为，天道自然而然，有其自身内在的规律，与人事祸乱升平是两回事，没有必然的联系。人事的治乱完全是由政治的好坏来决定的。王廷相又说：
父慈子孝，君仁臣忠，兄友弟恭，夫和妇顺，虽山崩川竭，不足以为殃。父子逆而君臣离，人道乖而彝伦，嬖幸得志而贤哲退抑，虽凤鸟庆云，不足以救其危乱之祸。《慎言·五行》。
在这里，王廷相完全否定了灾异说和祥瑞说。社会伦理道德的好坏与“山崩川竭”、“凤鸟庆云”毫无关系。这是王廷相对董仲舒以来的“天人感应”论的彻底否定，实际上也提出了“天人相分”的观点。王廷相的这些思想，主要可作下列几个方面的分析。
首先，王廷相认为，祥异的降临并非依君主的品格而定。他认为，祥瑞与灾异的产生是自然变化所致，“物理感怪气而化，阴阳值戾气而变，自适然尔”（《王氏家藏集》卷三十七《答孟望之论慎言》。），是不依人的主观意志为转移的。王廷相说：
日月薄食，星纬彗孛，历家可以逆而推之。《天文志》云：“岁星辰见东方，行疾则不见，迟则变为祆星，为枪，为孛彗。”既可以推而知之，是天道一定之度当然，谓应人主之行政，岂不诬乎？此则其说不可通也。《王氏家藏集》卷三十七《答孟望之论慎言》。
王廷相认为，日月星辰的运行有其自身的规律，与君主所行之政无关。如“日有蚀之，可算而知，历之常也。鼓于朝，牲于社，救之也。救不救，日无损焉。然而犹为之者，抑阴扶阳之义云耳。以为灾变者，郎、李寻之俦，诬天人甚矣！”《雅述》下篇。这就是说，自然界的变化有其自身的“常”，无所谓“灾变”。王廷相把祥异的出现看成是不依君主的意志，而是自然之“常”，是客观自然的必然现象。这与荀子所谓“天行有常，不为尧存，不为桀亡”《荀子·天论》。是一致的。
其次，王廷相认为，自然界祥异的出现并非能影响人事。他认为，天下太平，社会大治，即使山崩川竭，有所谓不祥的天象，也“不足以为殃”，“不足以累其清平之治”；相反，若是社会大乱，危机四伏，即使有吉祥的天象，也“不足以救其危机之祸”。王廷相的这一思想与荀子所谓“强本而节用，则天不能贫；养备而动时，则天不能病；修道而不贰，则天不能祸”《荀子·天论》。是一致的。
再次，王廷相认为，“国家之兴替，人事之善否”，“治乱之形，由政致也”。国家的治乱并非由天象的祥异所致，而完全依赖于人事。他还明确提出“治乱之机，不在机祥妖孽，而贤否进退乃其大关键矣”（《王氏家藏集》卷二十二《送幕史陈君还麻城序》。），强调事在人为，人能胜天。
（三）天人相胜
在中国无神论的发展史上，荀子最早提出“天人相分”的思想。他强调“制天命而用之”，表达出了“人定胜天”的观念。《荀子·天论》。到了唐代，刘禹锡明确提出“天人交相胜”的观点，谓“天之能，人固不能也；人之能，天亦有所不能也。故余曰：天与人交相胜耳。”《刘禹锡集·天论上》。对于荀子“人定胜天”以及刘禹锡“天人交相胜”的观点，王廷相予以具体的发挥，使其更加具有实际意义。王廷相说：
尧有水，汤有早，天地之道适然尔，尧、汤奈何哉？天定胜人者，此也。尧尽治水之政，虽九年之波，而民罔鱼鳖；汤修救荒之政，虽七年之亢，而野无饿殍。人定亦能胜天者，此也。水旱何为乎哉？故国家之有灾沴，要之君臣德政足以胜之，上也。《慎言·五行》。
王廷相认为，当人不能支配自然，不能阻止自然灾害的发生时，自然灾害危及于人，这就是天定胜人；然而，在自然灾害发生后，君主实行有效的治灾之政，人战胜了自然灾害，这就是人定胜天。王廷相主要从社会政治上寻找天人相胜的原因，这在那个时代是非常大胆和具有实际意义的。
在天人相胜上，王廷相所强调的是天为无意志的自然之天，天并不以祥异干预人事，人定胜天。这个观念构成了他的天人观的核心，由此也就反映出了他否定有超自然的主宰者的无神论观点，成为他元气本体论思想体系的一个组成部分。
二、神必藉形气而有
形神关系是中国古代有神论与无神论争论的焦点之一。先秦时期《管子》载：“凡人之生也，天出其精，地出其形，合此以为人。”《管子·内业》。这是一种形神二元论。荀子提出“形具而神生”（《荀子·天论》。），肯定精神对形体的依赖关系。东汉的桓谭以烛喻形，以烛火喻神，提出“烛无，火亦不能独行于虚空”（桓谭：《新论·形神》。）。当时的王充更明确提出：“天下无独燃之火，世间安得有无体独知之精？”“精神依倚形体。”《论衡·论死》。南朝的范缜以战斗的姿态指向神不灭论：“神即形也，形即神也，是以形存则神存，形谢则神灭”；“形者神之质，神者形之用。是则形称其质，神言其用，形之与神，不得相异也”（范缜：《神灭论》。）。王廷相继承了以往无神论关于形神关系的思想，强调“神必藉形气而有者，无形气则神灭矣”（《内台集》卷四《答何柏斋造化论》。），主张神依赖于形，形神是合一的。
王廷相从元气本体论出发，认为“元气未分之时，形、气、神冲然皆具……且夫天包地外，二气洞彻，万有莫不藉之以生，藉之以神，藉之以性，及其形坏气散，而神性乃灭”（《内台集》卷四《答何柏斋造化论》。）。他主张，形、气、神三者一开始就统一为一体，“气者形之种，而形者气之化，一虚一实，皆气也。神者，形气之妙用，性之不得已者也。三者，一贯之道也”（《内台集》卷四《答何柏斋造化论》。）。正因为在元气中形、气、神三者相互统一，在由元气而化生的万物中，神必然依赖于形气，是形气的表现形式。王廷相明确地说：
夫神必藉形气而有者，无形气则神灭矣；纵有之，亦乘夫未散之气而显者，如火光之必附于物而后见，无物则火尚何在乎？仲尼之门，论阴阳必以气，论神必不离阴阳。《内台集》卷四《答何柏斋造化论》。
他认为，神依赖于形气如火光必附于物，无物则火不存在，无形气则神灭。神是生之灵，皆气所固有，无气则神无以生。
王廷相在阐述“神必藉形气而有者，无形气则神灭”的思想时，还进一步在形神关系上提出了“神者，形气之妙用”（《内台集》卷四《答何柏斋造化论》。），认为神是形气的神妙的变化。阴阳不测之谓神。阴阳二气的神妙莫测的变化就是神。在具体说明人的各种精神现象与形体、气的关系时，王廷相说：
气之灵为魂，无质以附縻之则散，灯火离其膏木而光灭是矣。质之灵为魄，无气以流通之则死，手足不仁而为痿痹是矣。二者相须以为用，相待而一体也。精也者，质盛而凝气，与力同科也，质衰则疏弛，而精力减矣。神也者，气盛而摄质，与识同科也，气衰则虚弱，而神识困矣。《慎言·道体》。
这就是说，人的魂、魄、精、神都是“形气之妙用”。王廷相的这一观点，一方面说明神与形是不同的，形气为体，神为用；另一方面，正因为形气与神为体用关系，那么神不能离开形气而独立存在。人的各种精神现象都是形气之妙用，同时都依赖于形气，不能脱离形气而独立存在。因此，王廷相的“神者，形气之妙用”是对其“神必藉形气而有者，无形气则神灭”的进一步说明。
王廷相在形成他的形神关系的思想时，对当时各种所谓神可以离开形气而独立存在的观点进行了驳斥。对于“诸儒于体魄、魂气，皆云两物，又谓魄附于体，魂附于气”的观点，王廷相批评说：此即气外有神、气外有性之论。以愚言之，殊不然。体魄、魂气，一贯之道也。体之灵为魄，气之灵为魂。有体即有魄，有气即有魂。非气体之外别有魂魄来附之也。且气在则生而有神，故体之魄亦灵；气散则神去，体虽在而魄亦不灵矣。《雅述》上篇。针对何瑭所谓“阴形阳神”，且阴阳可相分，形神可相分，甚至“人死魂升为阳而能神”的形神二元论，王廷相认为，“阴阳终竟不能相离，凡以为神者，皆阴阳之妙用也，故曰：阴阳不测之谓神”（《王氏家藏集》卷二十七《答何粹夫》。），予以驳斥，并认为“以神为阳，以形为阴”是“出自释氏仙佛之论”，是“异端之见”（《内台集》卷四《答何柏斋造化论》。）。针对何瑭所谓“神能御气，气能御形”，以为“神自外来，不从形气而有”等观点，王廷相明确指出：
神必待形气而有，如母能生子，子能为母主耳……欲离气而为神，恐不可得。纵如神仙尸解，亦人之神乘气而去矣，安能脱然神自神而气自气乎？《内台集》卷四《答何柏斋造化论》。
王廷相在形神关系上坚持“神必藉形气而有者，无形气则神灭”，以及“神者，形气之妙用”等观点，是对范缜等所谓“形神相即”、“形质神用”的继承和发挥。尤其是，王廷相运用他的观点对各种神可以离开形气而独立存在的形神二元论的批判，对于中国古代无神论思想的发展做出了一定的贡献。
三、驳斥世俗迷信
明代的世俗迷信十分流行，迷信书籍泛滥成灾。王廷相作为无神论者，对世俗迷信不能熟视无睹，必然与之发生争辩，由此充实了他的无神论思想。
（一）占星卜筮
占星术是根据天象（包括日食、月食、木火土金水五大行星的运行，以及流星、彗星等）对人事吉凶、祸福的推断。王廷相否定占星术。他曾指出，如日食的出现是天体运行的自然现象，以此推断人事的吉凶而以为是灾变的预兆，则是“诬天人甚矣”（《雅述》下篇。）。
对于《左传》上记载的子产不听信占星术士禆灶根据星象作出郑国将出现火灾的推断，以及用金玉之器祭神消灾的说法，王廷相称之“明于人之道者，不惑于非类”（《雅述》下篇。），视占星为“非类”。纬书上记载在宋景公时，荧惑（火星）行至心宿，按占星术所示，国君将有大祸，有人劝景公移祸于他人；景公却宁可自己承担灾祸，因而感动上天，将荧惑退三舍。对此，王廷相谓，这是“五纬进退有定度，时适其退耳”（《雅述》下篇。）。他认为，天体的运行有其自身的规律，并非因君主的精诚而退。“晋义熙十一年（公元415年）八月，荧惑不见……崔浩（？—公元450年，字伯渊，清河人）曰：‘《春秋传》神降于莘，以其至之日推知其物。今荧惑之亡，在庚午、辛未二日之间，庚午主秦，辛为西夷，荧惑其入秦乎？’后八十余日果出东井，留守钩已，禳之乃去。”对于上述说法，王廷相说：
夫五星行度有定算，不应忽亡不知所在，皆星史之失职也。浩长于乾象，诡言以神其术耳。《雅述》下篇。
这里王廷相揭露了崔浩的欺骗手法。五星的运行是可推算的，崔浩不过是用占星术的语言来神化他的推算罢了。
卜筮，分卜与筮。根据灼烧龟甲或兽骨后所出现的裂纹判断吉凶，叫卜。根据揲数蓍草所得卦象判断吉凶，叫筮。王廷相说：
《易》者，圣人教民之书也；筮者，神其道，民信也。善者吉，不善凶，理自然也。苟不善焉，筮之何益？势有所轧，时不可为也。时不我与，为之何益？《慎言·文王》。
王廷相认为，《易经》占筮只是告诫人们“善者吉，不善凶”的，并不能依此判断吉凶。对于程子所谓“古者，卜筮将以决疑也”，“今之卜筮则不然，计其命之穷通，校其身之达否而已矣”的说法，王廷相直斥为是“亦惑矣”（《雅述》上篇。），是欺世盗名的。
此外，有记载晋郭璞（公元276—324年，字景纯，河东闻喜人）曾“以鸠斗占吉凶”，获得成功。对此，王廷相说：
亦何必鸠？凡物皆可占矣。吉凶，人事之常，斗噪，物性之感，皆实事也。彼此相辏，岂无偶中？中即神矣。予亦往往得之，但不为信。《雅述》下篇。
在这里，王廷相用偶然性批判占星术。人事与自然现象，常常出现偶然的巧合。各种占术之所以为一些人所迷信的原因之一就在于信者往往把“偶中”当作必然性。
对于利用天干地支搭配推断吉凶的孤虚之术，王廷相说：
大抵时日孤虚旺相之论，即孟子所谓天时者矣。盖举事已有定谋，假此以安众志之术耳。古之用兵如神者多藉此，实非由之而能致胜。使赵括选日提兵，仍不免坑卒之厄；孙武漫尔陈师，亦能成攸馘之功。故曰：“周以甲子日而兴，纣以甲子日而亡，盖在人事，而不在时日也。”苟惑泥于此而废自修，非所望于智者也。《王氏家藏集》卷二十七《与徐都阃溥》。
王廷相认为，用兵的关键在于人事，而时日的选择至多只有某种心理上的作用。
（二）谶纬神学
谶纬是兴于两汉时的一种神学迷信。据许慎《说文解字》：“谶，验也，有征验之书。河、洛所出书曰谶。”另据《四库全书总目提要》：“谶者，诡为隐语，预决吉凶。”纬，是相对经而言，是用神学附会经义。谶纬主要是以河图、洛书和董仲舒的天人感应为依据。
对于谶纬神学，王廷相认为，河图、洛书纯属神秘的附会，《易》本无河图之辞，而解者果于附入；《洪范》本无洛书之字，而传者强为援取，遂使圣经本旨尽晦，与夫五行术数谶纬之家同一流派。把河图、洛书列入圣经，实际上是侮辱圣经。《王氏家藏集》卷三十三《汉儒河图洛书辩》。
王廷相深刻地揭露了谶纬的危害性。王廷相认为，谶纬属“邪术异端，祸人国家多矣”。他指责那些迷信于谶纬之人“略知文义，专务驳杂，以惑愚俗，每遇灾祥，即有窃议。幸君臣政化清平，无衅而起。但稍有颓隳，以侵纪纲。而庸愚之徒的然信之，遂生异谋，结扇窃发，纵事无成，亦能始祸。”《雅述》下篇。对于纬书，王廷相视为皆异端邪术之流，假托圣经，以售邪诬之说，其罪可诛也，其罪大恶极，皆应杀之。
对于汉代谶纬的盛行，王廷相认为是统治者的神道设教。王廷相深刻指出：
正道湮塞，邪说横行，多由于在上之势致之。汉光武好图谶，故当时纬候之流，顺风趣附，遂使道之所妄，强以为真；命之所无，的以为有。《慎言·君子》。
这就是说，谶纬的盛行是当政者制造的。东汉的刘秀以谶纬起兵，即皇位后，崇信谶纬，并宣布图谶于天下，对于谶纬在后来的盛行起了重要的作用。因此，王廷相的分析是切中要害的。
（三）五行术数
五行说在中国古代哲学的发展中曾起过重要的作用。宋代理学家周敦颐将五行说纳入他的宇宙论体系，使五行说成为宋明理学讨论的问题之一。王廷相在阐述他的元气本体论时，明确提出五行“皆出自元气之种”，并对五行说的有关问题进行了比较深入的讨论。
但是，五行说自一产生就被附会于解释人事，因此带有浓厚的神学迷信色彩。战国时期的邹衍以五行说解释朝代的更替，西汉董仲舒以五行相生相克为天人感应的中介，用于解释人事。对此，王廷相给予严厉的批驳，指出其“淫僻于阴阳者，必厚诬天道，傅会于五行者必荧惑主听”（《慎言·五行》。）。
对于《吕氏春秋》、《月令》牵强附会地用五行说规定人事，王廷相更是予以严厉地驳斥。他认为，“‘聘名士，礼贤者’，何时不可？独于季春之月何居？‘令奄尹，申宫令’，‘谨房室必重闭，省妇事勿得淫’，四时皆不可不谨者，何独于仲秋之月行之？季夏之月，‘不可以合诸侯，起兵动众’，时有乱民敌国之变，将止而不举耶？孟冬之月，‘命太史衅龟占兆，审卦吉凶’，使他时有大疑大事，将不得占邪？”《雅述》下篇。
王廷相的朋友何瑭认为，“世之言五行，亦有奇中者，故不耐何信之”，不可以不信。王廷相嘲笑他是“不自知其陷于怪谬诬妄之归矣”。王廷相说：
执事所谓“世之言五行有奇中者”，此何足异哉！盖多言而能中耳。仆尝谓不用五行，能亦奇中。试以士人举进士者十人，仆据其文学体貌而悬断之，指某曰，后日官至某官，中间履历，平顺坎险，随意而道，指某曰何如何如，指某曰何如何如，他日验之，必有三四中者，且亦有一二奇中者。何也？此皆仕人之所必有者。若以为白日飞升，则无能验之矣。不中者，人不传之矣；中者，必传之以为神。然则假五行而奇中者，何以异此？《王氏家藏集》卷二十八《答何粹夫论五行书》。
在这里，王廷相运用偶然性与必然性的相互关系，以及世俗社会心理，揭露相信五行及其他迷信的原因。
（四）鬼神巫术
王廷相在形神关系上提出“神必藉形气而有者，无形气则神灭”（《慎言·道体》。），“神者，形气之妙用”（《慎言·作圣》。），并以此批判各种鬼神观念。他认为，鬼者归也，散灭之义也。人与天地、鬼神、万物皆为一气，鬼神实际上是气的变化。
鬼神一道，皆气之灵也，不可分阴阳魂魄。神乃阴阳之所为，鬼亦阴阳之所为；无魂气则鬼神灭，魂气散则魄不灵，直是一道。《雅述》上篇。
在王廷相看来，鬼神是阴阳之气，是视之而不见，听之而不闻的；有所见闻的，必附于物形而后著。他又说：“若夫山都木客，魅魑魍魉，罔象之类，及猿狐之精，皆有形体，与人差异耳，世皆以此为鬼，误矣。上古之时，山川草木未尽开辟，此等物类与人相近，亦能来游人间，与人交接；盖此类视人则不如，视禽兽则又觉灵明也。今去鸿荒日远，深山大泽开辟无余，人尽居之，虽犀象龙蛇，避人为害，日益远去，况此类尤灵于物者而不避之耶？人不多见，遂以为鬼神，习矣而不察者也。”《雅述》下篇。王廷相认为，所谓看见鬼神实际上是看错了；世俗所谓的鬼神，不过是少见多怪，把与人相近的动物错认作鬼神而已。但他并没有根本否定鬼神的存在。
对于祭祀，王廷相否认有所谓“感格之道”。他说：人之致祭，其礼委委容容，其物芬芬烝烝，好像已去世的人就在眼前能感而享之。而实际上只是幻觉，天地山川是没有类人的东西的。我们也未知鬼神、祖考之类能否显现饮食祭品。圣人谨祭只是寄托哀思，是为了“报本追远，仰功酬德，先王仁孝之诚，且因之以立教也。故祭祀之道，惟圣人能知之，能言之，其余诈己之心以诈人，非愚则诬而已”（《慎言·保傅》。）。这就是说，祭祀并不是为了求鬼神保佑，企图通过祭祀求福是自欺欺人。
针对何瑭所谓“天地太虚之中，无非鬼神，能听人役使，亦能为人祸福”，王廷相认为这是离气而言神，听人役使的鬼神是没有的。“由是言之，两间鬼神，百灵显著，但恐不能为人役使，亦不能为人祸福耳。”何瑭所谓“祸福必由于鬼神主之”，根本是不可能的。若是鬼神能主祸福，那么事实上存在的“善者乃得祸，不善者乃得福”，就只能说明是“鬼神亦谬恶不仁矣”。《内台集》卷四《答何柏斋造化论》。他又说：
世之人物相戕相杀，无处无之，而鬼神之力不能报其冤，是鬼神亦昧劣而不义矣，何足以为灵异？《内台集》卷四《答何柏斋造化论》。
王廷相认为，以为鬼神能主祸福，皆浅儒诬妄，惑于世俗之见，而不能达乎至理者矣。针对《周易》上讲的“积善之家，必有余庆；积不善之家，必有余殃”（《易·坤卦·文言传》。），王廷相指出，这不是由鬼神而是由人道所决定的。残贼暴虐，人切愤之，而祸卒被焉者，人道之不容己者也。善之得福亦如是。
王廷相认为，所谓能呼风唤雨的巫术更是骗人的把戏。巫师，人也，风雨，天也，天之神化，师巫安能之？王廷相说：
天所能为者人不能为，人所能为者天亦不能为之。师巫若能呼风唤雨，何不如世俗所谓吹气成云，噀唾成雨，握手成雷，拂袖成风，顷刻之间，灵异交至。又何必筑坛敕将，祭祷旬朔，以待其自来，岂非诳惑耶？俗士乃为信之，悲哉？《内台集》卷四《答何柏斋造化论》。
王廷相对于何瑭所谓“设主请客，有至不至，如师巫求神，有应不应”的观点，指出“此皆为师巫出脱之计。请客不至，或有他故，求神不应，神亦有他故耶？此可以发笑”（《内台集》卷四《答何柏斋造化论》。）。认为这种说法是十分可笑的。
（五）舆地风水
“风水”即“堪舆”，是指住宅、基地、坟地等的地理形势。风水之术认为，风水的好坏可以影响其家族、子孙的盛衰吉凶。王廷相认为，地理风水之术，三代以上原无此论，观《周礼》族葬皆于北郭之外，可以证明。他说：
上世之人，其亲死，则举而委之于壑，他日过之，狐狸食之，其颡有泚，乃归，反樏梩而掩之，盖未知藏其体之为善也。圣人缘此，遂易之以薪，而葬之中野。又不忍其土亲肤也，后世圣人复以瓦棺塈周葬焉。又恐其体魄之不固也，后世圣人复易之以棺槨。是葬之为道也，历世相承以渐，而后尽善如此，曾何有于择地？又何论夫风水环聚，山川形胜之利也哉？《王氏家藏集》卷三十六《丧礼论·风水》。
在王廷相看来，风水是与丧葬制度联系在一起的，随着丧葬制度的演变，便出现风水之术。风水之术，“原无是论”。
王廷相又认为，择善地以葬先人本无可厚非，人子于生身之亲，必欲得居室卧具之美以乐其心；又其殁世，亦欲得善地以藏其体魄。此孝子仁人事死如事生之心意。因此，在择葬地时，取其方向之宜，土脉之厚，生物之茂，就是所谓“风水龙虎”之善地。在王廷相看来，这种选择土色光润、草木茂盛之地为葬地表达出了人的道德伦理心理，是可以理解的。王廷相所反对的是“世俗葬师择年月日时山水环合，龙虎形势，及致贫富贵贱寿夭之论”（《丧礼备纂·择葬地》。）。显然，王廷相反对的是选择葬地问题上的风水之说，他把风水之说看成是“邪术惑世以愚民”（《王氏家藏集》卷三十六《丧礼论·风水》。）。
对于地理风水之术，王廷相还认为，死者气已散为清风，体已化为枯腐，于生者何所相涉？王廷相深刻指出：
谓其（死者）福荫于子孙，岂非荒忽缪悠无著之言乎？况若子若孙，有富有贫，有贵有贱，或寿或夭，或善或恶，各各不同；若曰善地，子孙皆被其荫可也，而何不同若是？岂非人各自性自立乎？若以为风水能致人福禄，则世间人事皆可以弃置不为；农者不论天时耕耨，商者不论贵贱美恶，工者不论习熟工巧，士者不论讲学摛词，一惟听于风水，以俟其自至可也；然而能之乎？《雅述》下篇。
在这里，王廷相通过揭露风水之说与现实生活的矛盾，对其进行了有力的驳斥，使其无招架还诘之力。
王廷相对于之所以有人笃信风水之说进行了揭露，认为是“贪鄙之心固于求利而为之”（《王氏家藏集》卷三十六《丧礼论·风水》。），“不过贪慕富贵之心使之然耳”（《雅述》下篇。）。相信风水之说之人，实际上是为了求利，为了满足贪慕富贵之心。为葬先人择善地，本是孝子仁人之意，但是“今乃缘之以窥利，不孝之事莫大于此”（《王氏家藏集》卷三十六《丧礼论·风水》。）。
王廷相更进一步论及风水说的危害性。“惟风水之害，使人盗葬疆瘗，斗争愬讼，死亡罪戾，无处无之，岂非遗祸于世乎？”《雅述》下篇。风水之术造成对风水之地的争抢而酿成祸害，危及社会，使国家社会动荡不安。
王廷相在批驳风水之术的同时，还对先前学者批判风水之术的观点予以高度评价，认为风水之说古之大儒已历诋其谬。他尤其赞赏唐代重要无神论者吕才对风水之说的批判。吕才（公元600—665年），博州清平（今山东高唐）人。唐太宗贞观十五年（公元641年），受命与其他学者刊正《阴阳书》百卷。他的著作很多，大部分已散佚。王廷相说：吕才《阴阳书序》举论禄命、地理、择日之谬，大贤之识鉴也……其论葬法云：“古之葬者，皆于国都之北，兆域有常处，是不择地也。今葬书以为子孙富贵、贫贱、寿夭皆因卜葬所致，可乎？楚子文为令尹而三已，柳下惠为士师而三黜，计其丘陇未尝改移，亦何所关耶？”……嗟乎！其论正矣哉！《雅述》下篇。
对于崇信风水之说的朱熹，王廷相也予以尖锐批判。王廷相说：
朱子称张南轩不惑于阴阳、卜筮，奉其亲以葬，苟有地焉，无适而不可也，天下之决者何以过之？及先生自处，则阴阳、卜筮、风水、星命无不信惑，岂贤者之见亦有未能拔乎流俗者邪？《雅述》下篇。
王廷相认为，宋明时期的风水之术流行，朱熹“不得辞其责矣”（《雅述》下篇。）。把风水迷信归罪于朱熹，这在当时朝廷内外崇朱的时代是非常大胆的。
（六）占梦析梦
中国古代的占梦迷信始于殷商，至明代仍很盛行。占梦之书非常流行，其中由明人所著的有陈士元的《梦占逸旨》八卷，张幹山的《古今应梦异梦全书》四卷，童轩的《纪梦要览》三卷，张凤翼的《梦占类考》十二卷，陈士元的《梦林元解》三十四卷，等等。
占梦术认为，梦是吉凶祸福的先兆。对此王廷相予以否定，认为“夫梦中之事，即世中之事也。缘象比类，岂无偶合？要之漫涣无据，靡兆我者多矣。”《雅述》下篇。梦中之事，实际上也是世上可能发生的事；如果用梦中之事与后来现实生活中的事进行比附，出现偶合也是不足为奇的；重要的是梦中之事纯属“漫涣无据”，很少能与后来的实际生活相一致。
王廷相对占梦的批驳，更重要的是在于他对梦所作的科学研究，提出他自己的具有一定科学性的观点。王廷相说：
梦之说二：有感于魄识者，有感于思念者。何谓魄识之感？五脏百骸皆具知觉，故气清而畅则天游，肥滞而浊则身欲飞扬也而复堕；心豁净则游广漠之野，心烦迫则跼蹐冥窦；而迷蛇之扰我也以带系，雷之震于耳也以鼓入；饥则取，饱则与；热则火；寒则水。推此类也，五脏魄识之感著矣。《雅述》下篇。
王廷相认为，梦的原因有二，一为“有感于魄识者”，二为“有感于思念者”。所谓“魄识”，即是指肉体知觉，“五脏百骸皆具知觉”。气之清浊，心之净烦，其梦各不相同；入睡时的外界影响以及生理反应也会影响到梦的内容。梦的另一个原因是“思念”。王廷相说：
何谓思念之感？道非至人，思扰莫能绝也，故首尾一事，在未寐之前则为思，既寐之后即为梦，是梦即思也，思即梦也。凡旧之所履，昼之所为，入梦也则为缘习之感；凡未尝所见，未尝所闻，入梦也则为因衍之感；谈怪变而鬼神罔象作，见台榭而天阙王宫至，歼蟾蜍也以踏茄之误，遇女子也以瘗骼之恩，反复变化，忽鱼忽人，寐觉两忘，梦中说梦。推此类也，人心思念之感著矣。《雅述》下篇。
王廷相认为，梦是人入睡之前思念活动的延续，“梦即思也，思即梦也”。而且他还进一步区分思念之感的两种情况，一为“缘习之感”，一为“因衍之感”。“凡旧之所履，昼之所为，入梦也则为缘习之感”，即过去所经历的，白天的所作所为，这些事物进入梦里，即是缘习之感。“凡未尝所见、未尝所闻，入梦也则为因衍之感”，即出现怪梦时，这些怪梦的内容虽是未尝见闻，但却是与所见所闻有关，是所见所闻的衍生。无论是缘习之感，或是因衍之感，都是思念之感，都是入睡之前的思念而引发的。王廷相强调：“梦，思也，缘也，咸心之迹也。梦较胜否，斯骄吝之以未灭已；梦较利，斯忮求之心未灭已。”《慎言·见闻》。梦与入睡前的心理状态密切相关。
王廷相关于梦的解析对中国古代梦的理论的发展做出了重要贡献，对于批判当时形形色色的占梦术，也提供了重要的理论武器。
四、神道设教论
神道设教是指圣人通过神道以教化于民。《易·观卦·彖传》：“观天之神道，而四时不忒，圣人以神道设教而天下服矣。”南朝的范缜虽然提出神灭论，但是他又肯定神道设教。在中国古代的无神论史上，不少无神论者都肯定神道设教。王廷相的无神论思想同样也包含了对神道设教的肯定。
王廷相认为，天是无意志的自然之天，而他又提出要“敬天”。他是遵循“古之先王敬天事神，小心率众，不敢自命，敬而远之，其义直，故君子由之”（《慎言·保傅》。）。王廷相说：
上古圣人敬天畏天，以人生自天地之气，安得不敬而畏之？尊本原始之道也。然天命幽微，罔可察识，故论天人之际，浑不以迫，正不以诬，观于仲尼之言可测矣。《王氏家藏集》卷三十七《答孟望之论慎言》。
王廷相认为，之所以要“敬天”，是由于人由天地之气造化而来，因而要“尊本原始之道”；同时，天命神秘莫测，因而要畏天，要以虔诚的心态对待天。
与提出“敬天”的同时，王廷相反对“诬天”。所谓“诬天”，就是天道应人事，以天道附会人事。例如，日月薄蚀，星纬彗孛，历家可以逆而推之。“既可以推而知之，是天道一定之度当然，谓应人主之行政，岂不诬乎……至于物怪灾异之来，尤为诬天之甚。”《王氏家藏集》卷三十七《答孟望之论慎言》。把某些奇怪的自然现象看作是天用灾异谴告于人，更是诬天。
如前所述，王廷相提出神必藉形气而有，无形气则神灭，神是形气之妙用。他又认为，鬼神是气的变化，否认鬼神能够主祸福，这对于反对鬼神论具有一定的作用。但是，他并不否认鬼神的存在。王廷相说：
《易》曰：“精气为物，游魂为变。”魂而能游，是即死而不亡矣。尧、舜托生，虽无稽考，人生而犹记其前身者，世间往往有之；是死而神气不灭，亦不可诬，但不能人人尽如是耳。《雅述》下篇。
在这里，王廷相认为人死而神气不灭。人死后，其神之气终散归于太虚，不会灭息。人死魂升，乃阴阳之精离其糟粕。王廷相是从气不灭导引出神不灭，灵魂不死。王廷相认为，世俗所谓的鬼神，因为视之不见、听之不闻，于是便少见多怪，把它看作神乎其神。王廷相说：
山川林薮，岩洞岛泽，气所郁积，靡不含灵。人有魂魄知觉，物有变幻精怪，虽肖翘之微，蠕动之蠢，皆契阴阳妙合之道，况天得元气之全且大，而其神灵有不尤异者乎？《雅述》下篇。
王廷相提出要“敬天”，并不否认鬼神的存在，因而认为孔子的“敬鬼神而远之”为至论。他说：“愚直以仲尼‘敬鬼神而远之’以为至论，而祭祀之道以为设教。”《内台集》卷四《答何柏斋造化论》。这里包含两层意思：
其一，敬天、敬鬼神是为了教化于民。王廷相认为，辩上下，定民志，不可无礼；风霆流行，天命不测，不可无鬼神。“圣王神道设教，所以辅政也。”《慎言·御民》。
其二，敬天、敬鬼神而不迷信于天、迷信于鬼神；如迷信于天、迷信于鬼神，实际上是亵渎于天、亵渎于鬼神。在王廷相看来，以往的神道设教，“其弊也，渎于鬼神而淫于感应……惑而诬，皆妨政教也夫”（《慎言·御民》。）。王廷相说：
求感应则渎神……渎神则民大骇，骇久则诬矣，非圣人设教之本始也。后世事神，用礼之过也。（《慎言·御民》。）
这就是说，敬鬼神不是搞人鬼感应、天人感应，否则就是亵渎神灵，而失去神道设教的本义。
王廷相尤其注意神道设教与神学迷信之间的关系，反复强调要“敬鬼神而远之”。古人“神道设教，古圣人卜筮之微意也，然于大道无所暗蚀”（《王氏家藏集》卷二十八《答何粹夫论五行书》。），是有助于社会政治的。至于五行星命范围皇极等术，则足以坏乱仲尼纯正之道，是不能容许它们欺世惑众的。王廷相说：
日祛淫祀也，而渎鬼神之感应；日击妖道也，而信天人之休咎，是启源而欲塞流矣，得乎？曰可以动人主之趋善也。嗟乎！是则然矣。君有邪心，不务格而正之；君有僻政，不务谏而反之，乃假不可知者而恐惧之，是舍本而务末也。久而无应，将自丧其术，何善之能趋？几于佛氏之愚人矣。《慎言·五行》。
因此，圣人根据性命之学，立于中正之途，虽立神道设教，却是尊天地而不渎，敬鬼神而远之，守经正物，不饰妖诞，使社会风俗淳厚，使百姓安养生息。
其实，在神道设教的问题上王廷相的态度是矛盾的。首先，他坚决反对天有意志，反对各种世俗迷信，甚至反对任何对世俗迷信的退让、姑息。对何瑭所谓“五行家之说，自是一端，不必与辩”，王廷相说：
何可谓“自是一端，不必与辩？”然则造化真实之理，圣人雅正之道，因而蒙蔽晦蚀，是谁之咎？《内台集》卷四《答何柏斋造化论》。
对于有些人以为搞神学迷信可以“动人主趋善”，王廷相说：
夫君有僻政，足以危殆社稷，直言极谏，冀其听而改之，岂不至诚？岂不明信？顾乃假此不可知者以伸己志，与佛氏之愚人何异乎？若有持天人之真、事理之正者，即以“天变不足畏”之罪加之，是何愚狠奸欺、诬天枉人之如是耶！《王氏家藏集》卷三十七《答孟望之论慎言》。
王廷相甚至直截了当地指出神道设教的弊病在于“渎于鬼神而淫于感应”（《王氏家藏集》卷三十七《答孟望之论慎言》。），认为神道设教也是迷信，直接否定神道设教。
其次，王廷相本人由于其无神论的不彻底性，仍不否认鬼神的存在；并且为了维护孔子以来的儒家思想，也维护其神学天命观。他认同《易传》所说的“精气为物，游魂为变”，并认为灵魂“死而不亡”；他完全接受孔子“敬鬼神而远之”的命题；他承认卜筮的教化功能，等等。《内台集》卷四《答何柏斋造化论》。
从王廷相的整个世界观上看，他反对神学迷信是坚决的，因而也不可避免地触及到神道设教的弊病。但是，他仍希望其无神论与儒家的神学天命观不相背离。因此，他通过把神学迷信斥之为诬天、渎于鬼神，而同时提出要敬天、敬鬼神，由此将他的无神论与儒家思想融为一体。因此，王廷相的无神论实际上是反对神学迷信与维护儒家神学天命观二者的统一，这是王廷相的无神论的特点。
