我国现行的转移支付制度是在延续了部分旧体制的基础上，为更好地配合分税制、农村税费改革等重大体制改革和调整工资、生态保护等国家大政方针的顺利实施而逐步形成和发展起来的，有其存在的合理性，但同时也遗留下许多问题，影响了转移支付资金的使用效率和政策效果的有效发挥。
（一）现行转移支付制度的概况
我国现行的转移支付制度框架是在延续了部分旧体制的基础上，配合1994年分税制改革逐步形成和发展起来的，本质上处于“新旧双轨制”运行。起初，为配合分税制改革，中央对各地实行旨在保护其既得利益的“两税返还”，同时，为保持原有“分灶吃饭”财政体制的延续性，继续保留了中央与地方之间的原体制上解和补助。1995年实行了过渡期财政转移支付办法，逐步向规范的转移支付制度迈进，到2002年配合所得税收入分享改革，中央停用了过渡期转移支付概念，引入了规范的一般性转移支付，并将其资金来源与所得税增量挂钩，逐步建立起资金稳定增长机制。此后，针对农村税费改革、财政供养人员工资调整、缓解县乡财政困难等一系列政策措施的实施，陆续出台了旨在补偿政策调整对地方所造成的财力损失的转移支付，从而在一般性转移支付基础上逐步扩展成为财力性转移支付。另外，为支持各项事业的发展还实施了大规模的专项转移支付。因此，到目前为止，我国整个转移支付制度由财力性转移支付、专项转移支付、税收返还和原体制上解与补助三大类组成，资金规模由1994年的2250亿元扩大到2006年的13589亿元，其在GDP中的比重由过去的4%左右，逐步上升到6.44%，占中央财政收入的比重却由1994年的77%逐步下降到2006年的66%，占地方财政支出的比重也相应下降了11个百分点。
而从转移支付内部结构变化情况来看，税收返还呈快速下降趋势，专项转移支付呈缓慢上升趋势，而财力性转移支付则呈快速上升趋势，并在整个转移支付制度中占据主导地位。具体来看：税收返还在转移支付的比重由1994年的80%下降到2006年的29%，同期专项转移支付比重由1994年的16%上升到34%，而财力性转移支付的比重则由1994年的4.4%迅速上升到37%。
（二）我国现行转移支付制度中存在的主要问题
总体来看，现行的转移支付制度在弥补地方财力不足、保障各项改革措施和宏观政策顺利实施、增强中西部地区基本公共服务的提供能力等方面都发挥了一定的作用，但由于我国现行转移支付制度还处于不规范、不完善的状态，无论在解决纵向和横向财政失衡，推进基本公共服务均等化方面，还是在有效支持国家各项改革和宏观政策方面，在缩小地区间经济差距方面，都尚未达到令人满意的效果。这主要是现行转移支付制度在外部环境和制度本身的建设方面均存在着一定问题，具体表现在以下方面：
1.现行转移支付制度缺乏规范的外部环境
（1）缺乏明确的政府间事权划分，使转移支付的科学性受到影响。转移支付制度是建立在一定的财政体制基础之上的。而我国现行的分税制财政体制并不彻底、且带有较明显的过渡性特征，从而使现行转移支付制度缺乏科学的测算依据。其中，最突出的表现在现行分税制对中央与地方以及地方各级政府之间事权划分过于笼统，使转移支付缺乏科学的计算依据。明确的事权划分是转移支付中准确界定各级政府支出需求的主要依据，但目前，各级政府间事权划分上存在职能交叉、相互扯皮、事权错位和交叉重叠的现象，在支出责任界定上存在各级责任不清、相互“钓鱼”的矛盾。这种情况不仅使得一般性转移支付中运用“因素法”计算时缺乏可靠的计算依据，而且使专项转移支付中在确定中央委托地方事务和中央与地方共担事务中各方应该承担支出成本时也缺乏相关依据，从而使转移支付建立缺乏规范化的事权划分基础。
（2）缺乏强有力的法律保障，使转移支付制度规范性受到影响。国际经验表明，世界上许多国家都把转移支付制度的一些主要内容以法律形式进行规定，以使转移支付制度在执行中具有很高的权威性、规范性、可操作性和透明度。而我国至今尚未出台《财政转移支付法》；现行《预算法》对转移支付也未做出明确规定，现行的转移支付行为只能依托由财政和相关部门制定的部门规章来组织实施和进行管理，规范管理的效力和效率明显不足，客观上降低了转移支付实施的效果。
（3）缺乏大量的基础性数据支撑，使转移支付的可操作性受到影响。对于具有均等化作用的一般性转移支付来说，在测算其标准财政收入和标准财政支出时，需要大量的基础性数据，并以此为支撑，公正客观地反映各地的实际情况，以使转移支付更具操作性。但目前，我国相关数据统计的准确和充分性还存在许多问题，也难以使一些影响收入和支出的客观性及政策性因素量化，从而限制了“因素法”测算方法的科学性及功效发挥，影响了转移支付的合理性。
2.转移支付制度本身存在问题
（1）转移支付缺乏整体制度设计，作用重点存在错位，指导思想存在偏差
总体来看，现行的转移支付制度主要是为配合1994年分税制改革以及此外陆续推出的包括农村税费改革在内的各项重大改革措施和宏观政策的贯彻落实而逐步形成和完善起来的，这决定了现行的转移支付制度从其形成之初就处于为其他改革措施和宏观政策顺利实施提供服务保障的辅助地位，最大限度地满足推进各项改革和落实国家大政方针的需要，成为整个转移支付制度的首要目的。可以说，现行的转移支付制度项目的设计更多的是为推进各项改革和保证宏观政策落实为目的的，为了减少阻力，保证各项改革和政策调整的顺利推进，更多地照顾了地方的既得利益，而缺乏以推进基本公共服务均等化为重点对整个转移支付进行整体的制度设计。
从现行转移支付的作用重点来看，根据我国现行分税制安排，在各级政府人均支出需求存在较大差异的情况下，地方财政只能满足其支出60%的需要，尤其是县乡政府的自给率仅为52%，将近一半的支出需要靠上级的转移支付。在这种财政严重失衡的背景下，我国的转移支付制度应该优先满足地方最基本的支出需要，在此基础上，再满足国家特定政策的支出需求。而在现实中，往往以补偿各项改革及政策调整对地方既得利益损失为重点，而忽视解决纵向财政失衡问题，这就造成地方政府尤其是部分地区困难县乡的财力不足问题长期得不到根本解决。据统计，全国2872个县级单位中，974个县实际人均财力低于基本支出需求，约占县级单位数的1/3.其中，人均财力低于工资性支出的县291个，占10%；人均财力低于工资性支出和公用经费支出之和的县362个，占12.6%。也就是说，人均财力只能保工资和维持一般性运转，处于“勉强度日”的县占1/4.如果考虑支出成本差异的因素，还有一部分县处于较为困境的状况。这里面既反映出省对下转移支付在弥补纵向财力不足方面作用较弱，更主要反映出中央对地方转移支付在均衡横向财力不平衡方面的作用也明显不足。因为，从困难县乡分布情况来看，主要集中在财力水平相对薄弱的中西部地区。2003年财力存在缺口的县乡中部占45%，西部占39%。而中西部地区的省级财政自身财力就不足，还需要中央对其的转移支付来弥补收支缺口，更无力解决所辖区内县乡财政困难的问题。
就现行转移支付的总体指导思想来说，多数转移支付的设计按照“存量不动，增量调整”的传统做法，从而较大程度上限制了中央集中财力的空间，使得具有均衡化作用的一般性转移支付规模很小，调节地区之间公共服务水平差异的力度十分有限。税收返还和农村税费改革等转移支付都是以“保地方既得利益”为前提，对历史原因造成的地区间财力分配不均和公共服务水平差距较大的问题不仅没有解决，反而把原财政包干体制中既有的地区间经济发展水平和公共服务水平的不均衡带入了新的财政体制。而按1∶0.3系数逐年递增返还的规定，又人为地使经济发达地区与经济欠发达地区之间的财力差距逐年滚动式扩大。
综合上述几个方面，面对新旧两种体制并存的转移支付制度，已经到了系统调整的时候，需要对现行转移支付制度重新进行系统的制度设计，以便更好地为推进基本公共服务均等化的目标服务。
（2）转移支付项目设置过多，直接影响了资金的规模效率。由于现行转移支付项目更多地是为保障改革推进和政策调整为目的而设立的，从而导致转移支付项目设置过多。从财力性转移支付项目来看，大致可分为以下四类：一是为落实国家特定宏观经济政策而实施的转移支付，如农村税费改革转移支付、调整工资转移支付、退耕还林转移支付等；二是旨在推进地区间公共服务均等化的转移支付，主要是一般性转移支付；三是为体现对某些特定地区照顾而设立的，如民族地区转移支付、革命老区转移支付、困难地区转移支付以及特殊因素转移支付等；四是着眼于缓解基层财政困难、发展经济实施激励约束而设立的激励性转移支付。专项转移支付的项目则多达200多项，几乎涵盖政府支出的所有科目，既有中央事务由地方负担支出、出现中央职能“缺位”的情况，又有地方事务由中央安排支出、出现中央政府职能“越位”的情况。同时，部分专项转移支付项目设置交叉重复、分配制度不够完善、资金投向较为分散，部分地方多头申请、重复要钱。据统计，2005年中央财政分配的239项专项转移支付项目中，有65项没有管理办法或管理办法未公开，涉及资金705.89亿元，占专项转移支付资金总额的20％；有41项内容交叉重复，涉及资金156.37亿元；按项目分配的专项转移支付有71项（不包括预算内基本建设和国债投资项目），涉及资金545.55亿元，具体分配到44149个项目，其中10万元以下的项目8825个，平均每个项目4.36万元。此外，部分项目出现计划与地方实际需要相脱节的现象，但按照专款专用的原则，地方政府又无法结合实际作必要调整和统筹安排，从而造成转移支付效率不高和资金损失严重的问题。
（3）转移支付资金的来源不明确，影响了转移支付规模的可预测性。现行各项转移支付资金除一般性转移支付资金与所得税的增长建立起直接联系外，其他项目转移支付资金都是中央财政的收支结余资金，每年转移支付资金规模很难确定，尤其是在近年来财政超收较为严重的情况下，转移支付资金规模的确定更加困难。从国际经验来看，许多国家都将全部或部分转移支付资金与某个税种挂钩，这样不仅使转移支付资金拥有较为稳定的资金来源，而且还降低了预测转移支付资金规模的难度，为资金提前拨付创造了条件。
（4）转移支付资金分配不科学，影响了资金实际效果的发挥。转移支付资金分配办法的不科学，主要表现在以下几个方面：一是按照均等化原则分配的资金所占比重过低，影响了均等化效果。均等化的效果主要通过依据均等化原则对资金进行科学分配来得以体现。但目前我国现行转移支付按照均等化原则分配资金的只有一般性转移支付，但其在整个转移支付规模中仅占10%左右，这使我国现行的转移支付制度在弥补纵向和横向财政失衡、推进各级政府财政能力均等化方面的作用十分有限。二是按因素法分配的一般性转移支付资金考虑的因素偏少、因素的影响程度偏小，对变动因素考虑不足，而且均等化的依据更多的是财政供养人员的均等化，而不是全体人口的均等化，致使一般性转移支付在推进各地财政能力均等化方面的作用十分有限。三是现行各种税收返还以保地方既得利益为前提，并通过递增返还进一步拉大了经济发达地区与欠发达地区之间的财力差距。四是现行多数转移支付资金分配缺乏统一规范的公式可循，影响了资金分配的客观性和公正性。目前，多数转移支付以基数为依据，专项转移支付则更多的考虑地方具体事务的收支缺口，并结合地方的配套能力进行分配，缺乏统一的分配依据、标准和准确的成本测算，从而使转移支付资金的分配缺乏客观性和公正性。五是地方配套资金缺乏科学依据，加重了基层财政的负担。从理论上讲，配套资金主要是解决中央委托地方事务、中央与地方共同负担事务以及鼓励地方政府提供具有辖区间外溢性的公共产品和服务。但由于目前我国各级政府间事权划分较为模糊，对中央委托事务和中央、地方共担事务的界定尚不明确，具体支出责任的划分更无标准可言，从而导致现行配套资金的配套比率缺乏科学依据。而且，从中央政府的政策意图出发，为调动地方的积极性，对配套资金使用存在范围相对过宽、配套比率随意性大等问题，从而使配套资金对地方财政形成较大压力，有的地方临时挪用其他资金或借债配套，反而加重了地方的困难程度。
（5）省以下转移支付制度建设滞后，致使均衡辖区内各级政府财政能力的作用弱化。1995年为配合分税制改革，我国大多数地方政府从其实际情况出发，比照中央的转移支付制度陆续制定并实施了各具特色的地方转移支付制度。但总体来看，省以下转移支付制度建设相对滞后，影响了财政资金的均等化效果。多数省份自有财力对下的支持重点主要是解决专项转移支付中的省级配套资金问题，据统计，2004年地方政府仅为一般预算专款实际安排的配套资金为377亿元，其中：省级政府承担的配套额就占到70%，市、县乡两级承担的配套额分别占15%、15%，省级政府承担了大部分配套资金。如果再加上国债项目配套资金，其比例将更高。对于财力性转移支付，省级政府不仅没有在中央财政给予的相关转移支付基础上增加，反而净集中了部分中央下拨的财力性转移支付。据统计，2005年全国省对下财力性转移支付额达到2283亿元，大体相当于中央对地方同口径转移支付规模的60%，也就是说省级政府净集中中央同口径转移支付的40%。对于缓解基层财政的困难不能起到应有的作用。这其中大致有三种原因：一是部分经济发达省份，省级财政对下财力的集中程度不够，影响其均衡纵向财政的作用发挥；二是部分省级财政在本级优先的思想指导下，在优先满足本级财政收支平衡的基础上，再将多余的财力向下转移，这必然使其均衡作用大打折扣；三是对于部分中西部欠发达省份，中央对其的财力性转移支付力度不够，影响其对下解决纵向财政失衡的能力。对此，我们应该在进一步扩大中央对地方具有均等化功能的转移支付资金的基础上，加强省对下转移支付的制度建设，使其均衡辖区内基层财政能力的作用得到更大发挥。
（6）现行转移支付资金的拨付和使用缺乏有效的监督和制衡机制，严重损害了资金的使用效率。目前，我国对转移支付资金的拨付和使用情况，缺乏有效的监督和制约机制，导致转移支付资金使用效率普遍偏低。主要表现在以下两个方面：一方面，中央政府对下拨地方的转移支付资金缺乏必要的效益考核指标，对其执行缺乏相应的监督和制衡机制，使转移支付资金被随意挪用和截留。当中央财政转移支付资金拨付到地方后，由于缺乏有效的监督、惩治和管理机制，中央政府对转移支付资金，尤其是专项转移支付资金的使用失去了控制权，资金的支配权完全掌握在地方政府手中，中央政府不能根据其具体执行情况决定其后续资金的拨付，使中央政府的政策意图无法真正贯彻落实。另一方面，转移支付资金拨付的不确定性，使其游离于地方人大审议、监督之外。作为地方财政收入中重要组成部分的转移支付资金，特别是一般性转移支付资金，本应由各个地方自行掌握、统筹安排，但由于转移支付资金的下达时间和规模的不确定性，使地方预算的完整性受到影响。尤其是在当前地方各级政府自有收入平均只能满足60%资金需要的情况下，40%的资金不能纳入年初各省人大会的审议范围，使得地方人大难以对中央转移支付资金使用情况实施有效监督，从而强化了地方对转移支付资金使用的主观随意性。
