要治疗新生儿吐奶，首先必须明确吐奶的原因，根据不同原因选择不同的治疗方式。如喂养不当时，应纠正喂养方式，咽下综合征所致时，可予1%碳酸氢钠洗胃，感染或颅内疾病时需治疗原发病方能减轻吐奶。
胃肠动力药物用于治疗胃食管反流所致吐奶。常用药物为多潘立酮（吗叮啉），用法是0.3毫克/千克·次，每天3—4次，奶前15分钟喂服。本品为外周多巴胺受体阻滞剂，直接作用于胃肠壁，可增加食道下部括约肌张力，防止胃食道反流，增强胃蠕动，促进胃排空，协调胃与十二指肠运动，并能防止胆汁反流，不影响胃液分泌。多潘立酮在脑内的浓度很低，但由于新生儿在出生后代谢和血脑屏障的功能尚未发育完全，其神经方面副作用的发生率比小儿高，因此，对新生儿应严格遵循用药剂量。部分产品如吗叮啉含有乳糖，不适用于乳糖不耐受患儿。多潘立酮可增加对乙酰氨基酚、氨苄西林等的吸收率；与地高辛合用时，可减少地高辛的吸收；同时服用可能会导致锥体外系反应的药物时，应注意可能会加强其中枢神经系统的抑制作用，因此，不要与上述药物合用。西沙比利也是胃肠动力药，但因其有极罕见（＜1/10000发生率）的QT间期延长和/或严重（个别致命性）室性心律失常的病例报道，如尖端扭转型室性心动过速和心室纤维性颤动，美国已禁止该药用于新生儿。
