公司的资金问题得到了缓解，但在对公司员工的管理问题上，也使迪士尼颇费周折。他必须恰当地处理这些微妙的问题，甚至应对一些别有用心的人对他的诽谤。
很多员工认为自己的发明创造以及劳动成果被迪士尼一个人占有了，都抱有抵触情绪。特别是在荣誉问题上，迪士尼被认为是贪婪地攫取荣誉，所有影片都是以“华特摄制”的名义发行的。
迪士尼越出名，那些认为自己的贡献被忽视了的人就越不满。也许是出于报复，以前的一些谣传又开始从制片厂重新传遍好莱坞，说迪士尼不可以那么多地签他自己的名字——那著名的花体签名是制片厂的标志，也是已经离去的伊沃克斯的许多未得奖赏的创作的标志。
事实上，迪士尼的确让他的一个画家——但不是伊沃克斯，根据他的签名绘制过一个公司的标志样式，要比迪士尼本人的字体漂亮一些。他对此很得意，每当要他签名时，就总是按照已经练好了的那个样式签上他的大名。
据莱斯·克拉克说，迪士尼“没耐心去掌握将一些画面互联系起来的技巧……不管什么原因，反正随着动画片制作技术的进步，迪士尼对这方面的了解也越来越少了。他清楚一个场景应当有多少组成部分，也知道应该怎样表演和怎样解决场景不合适的问题，但是他却不能坐下来作画以表明他的想法”。
阿瑟·巴比特曾回忆说：“实际上他除了是个大编辑外，对制图术、音乐、文学一窍不通，真是什么都不懂。他常常不清楚他追求的是什么，但是，他能发现一部作品有问题。他经常说不出问题在哪里，也无法告诉你怎样解决，但只要有错误他就能发现。”
沃德·金布尔也有同感：“他画得不太好，但是如果不能引人发笑他就知道存在什么问题。他是个伟大的笑话作家，对故事情节的描绘有很强的理解力。”
以下是关于影片“愚蠢的猪”的故事情节的讨论会的纪实。
迪士尼：你也许需要估计一场疯狂追逐的意义，和这里的材料对比一下，就是第二幕的末尾。
杰克·芬尼：那样太狂热了。我们不要那么长。只要插进几个小笑话，炮声就响了。
迪士尼：赶快！他匆忙地逃走——末尾的笑话——他拼命地跑——老虎抓住他，那股劲使它们两个都向后倒。炮声响了……接着就出现荒芜的森林。它们两个都跳了起来，而当它们卧倒时，都失去了知觉。完全是因为爆炸作画的最后一幕是有趣的。如果去掉一些会起妨碍作用的细节会更好。从小兔子拥抱直接转入最后一幕。
第二幕就有容易造成拖沓的材料，末尾的部分，那里有一个停顿——老虎把它当小猫似的玩弄。我就在想，它会干什么呢？会把古菲的鞋底撕开？会咬他的脚？老虎只能舔它的脚，古菲在忍受……可笑。
杰克：我们可以给那个粗野的舌头来个特写镜头……沙纸效果。
迪士尼：我认为老虎逗它可能只是为了取乐。它在那里干什么呢？吃鞋子吧？古菲被老虎钳住时又在干什么呢？我不知道古菲能否有办法对付老虎。
杰克：就像猫和老鼠的情况。我们不需要多解说。
迪士尼：你怎么办？就让那么多双眼睛盯着？你可以插入，近拍一双眼睛。也许你来一个特写镜头——那些眼睛仍在黑暗中，一根火柴擦着了——显出了大象和古菲。古菲在点烟斗，然后灯光出现，它们就像在黑幕前……对，接着是鸟叫声，呱呱呱，各种有趣的声音。
在那样寂静的地方你们听到了什么？试试不时有树枝上的细枝折断的声音，以及诸如此类。让吼叫有回声，然后又只有寂静——可以有一些树枝折断的声音。要显出寂静，需用一些能形成对比的细节来制造气氛，用几下非常短暂的声音使人听起来感到寂静……
迪士尼对一直谣传他缺乏绘画技巧而感到心烦意乱。这种传说的起因很多，如果要加以区分的话，可以说涉及他的艺术魅力的较少，和他的情绪特点相关联的则较多。
由于他自称就像是他亲自挑选的职员的父亲，坚持认为这些人与其说是雇员，不如说是一家人，那些谣传加重了一直使迪士尼感到烦恼的一个忧虑：不管他工作多么努力和取得了什么样的成就，都不会表明他和自己的父亲有多大不同，似乎只能证明他实际上和伊利亚斯十分相像。
那些谣传影响了他的情绪，以致他不能清楚地认识到这些谣言实际上的起因：这是一群职员最初因为迪士尼不承认他们所作的贡献而没有给予正当的报酬感到气愤不满的呼声。在这个领域里，公众认可就意味着应该增加工资，所以迪士尼的动画创作人员深感上当受骗。
当时，好莱坞当地的一家报纸发表过一封信，询问是谁创造了小猫费利克斯——是帕特·沙利文还是迪士尼。对这个问题的答复是职员们对立情绪越来越强的典型表现。一周后，这家报纸又刊登了一位匿名的迪士尼动画片制作者写来的这样一封信：
对“斗士”关于小猫弗利克斯的问题的答复：
我可以肯定小猫弗利克斯是帕特·沙利文创作的。华特创作了米老鼠。这个角色由乌布·伊沃克斯加以修改。乌布创作过普卢托、母牛卡拉贝尔，我想还有佩格莱与彼得，最后都被用在华特的影片中了。
从创作米老鼠以来，华特的个人功绩主要在于运用他在制作、经营、宣传和导演方面的能力，而不是他实际上做了哪些由他签名的事。报纸上的连环漫画不是他画的，动画片也没有一部是他画的。整个绘制工作都是由其他人在他的指导下完成的。尽管多数荣誉归华特，但也有很多应该属于那些做实际工作的人。影片毕竟是他们制作的。
一个动画片制作者
迪士尼的一个动画片制作者在大家吃午饭时朗读了这封未署名的信，人们大声为他喝彩。
这种少见的公开表现同事间友谊与真诚的情景，与职员们常见的泄愤方式形成了鲜明的对照，因为他们可以在不被抓获的情况下多少能打破迪士尼的一点“家规”。
这些规矩包括在制片厂内不许饮酒。这一条对迪士尼是不适用的，他经常下午在办公室里关着门喝酒。尽管迪士尼怀疑有些动画片制作者在工作地方藏着酒，但他只是装作没看见。
不过，他对在妇女面前用词要恰如其分这一点是很坚决的。他希望他的动画片制作者在任何时候举止都像绅士一样。有人有时当着迪士尼的面，在男女都在场的情况下不经意地讲下流话，结果总是立即被开除，根本不考虑开除会给工作带来什么不便。
迪士尼虽然对他的男雇员厉行严格的纪律，但对制片厂的女性办事员、着墨工和上色工则总是彬彬有礼。因此，妇女们都很喜欢他，也同样喜欢有人描述过的他那服饰雅致、优美的外表，特别是另一个人所描绘的他那“埃罗尔·弗林式的一撮小胡子”。
迪士尼充分显示了自己在动漫制作方面的专业能力和独特、敏锐的洞察力，在行业发展中更有前瞻性和主动性。同时，他更注重对员工的管理了。
接踵而来的是，在20世纪30年代末期，全美国各行业不同程度地受到了组织工会问题的纷扰，好莱坞电影制片厂也不例外。
罗斯福的“新政”使工人和“全国劳工关系理事会”联合了起来。这时候，美国刚度过了经济不景气的大恐慌，工人都在寻求更多的工作保障。
当时，电影界的大亨们对工作人员都是随意处置的，电影工作人员对这样的作风很不满，因此除了卡通画家外，其他的工作人员都纷纷组织了工会，并开始想办法把卡通画家也组织起来。
由于欧战，迪士尼公司的财务状况不好，于是公司内部就有大批裁员的谣言流传开了。当时，迪士尼公司内部的状况已有了很大的改变，以前人不多，现在已经增加到1000多人。
迪士尼在以前人少的时候，可以顾及每个人，现在不行了。因此，有些人觉得被忽视了，有些人则感觉工资太低。于是，对于谣言的流传，公司有部分人就认为唯一的保障方式就是组织工会。
这时候，“电影卡通画联合会”及“电影卡通画家协会”就想把迪士尼的卡通画家组织起来。协会的领导人是赫伯特·索罗尔，一个强悍的左派人士，善于策划罢工和打官司。他给好莱坞带来了极大的骚动。
一天，索罗尔告诉迪士尼说迪士尼公司大部分的卡通画家都已经参加了他的协会，并威胁迪士尼签一份合同，否则就发动罢工。但是，迪士尼拒绝了。
1941年2月，迪士尼召集他的工作人员开了一次会，他决定直接把这件事公开让大家知道，他警告说：“我们正面临着一个真正的危机，这个危机将严重影响我们全体的生存。”
在大会上，迪士尼向大家述说了他从事卡通电影事业20年来所经历过的风风雨雨。
迪士尼讲到了他困难的时光，他和罗伊怎样把车子卖掉，当时是1928年，他们把一切东西都典当掉，用以支付员工的工资；1933年，他拒绝了和其他制片厂一起采取减低员工工资一半的一致行动；他在过去的7年里，拿出了50万美元来支付员工的红利和加薪；他和罗伊本应各得250万美元的股利，但他们把钱留了下来，又投资到公司里去了。迪士尼之所以把自己的经历告诉大家，就是希望大家对他能够充分信任：他所做的都是为了公司的利益，为了全体人员的利益。他希望得到员工们的理解和支持。
然而，迪士尼的会议谈话似乎并没有起到多少效果。因为索罗尔已经组织起了“电影卡通画家协会”，并发动他们出来罢工了。
1941年5月29日，一队“罢工工人纠察队”站在制片厂门口，阻止员工上班。迪士尼发现这件事以后十分惊讶，索罗尔宣称已获得大部分迪士尼的卡通画家的支持。但是，实际上还有60%的人在继续工作。
罢工延续了几天，但其他工会的人没有理会纠察队的阻止，继续上班。于是，索罗尔又在天然色公司制造罢工，使得迪士尼公司无法在天然色公司冲印影片。
迪士尼面对这种状况，不得不与他们谈判，寻求解决的办法。最后，他对罢工工人发表了一项达成复工协议的条件：
致我的举行罢工的雇员们：
我认为你们有权利知道你们今天没有上班的原因。我向你们的领导人提出过下列谈判条件：
1.让所有的雇员恢复以前的工作。
2.不会受到歧视（差别）对待。
3.承认你们的工会组织。
4.只雇用你们的工会会员。
5.罢工期间的工资按50%补发，这在美国劳工运动中是从未有过的。
6.增加工资，使你们达到动画片业中最高的工资级别。
7.带薪放假两周。
我相信你们是受了蒙蔽，不了解制片厂罢工背后所存在的真实情况。
我完全相信这次罢工是由别有用心的人的煽动、领导及组织造成的，并曾说服你们拒绝接受这个公平合理的解决办法。我以这种方式对你们说这些，是因为我没有别的办法和你们取得联系。
华特·迪士尼
好莱坞，加利弗尼亚
1941年7月28日
在整个罢工期间，迪士尼一直注意与工会贪污腐化的职员保持距离。不管是什么样的间接关系，都会严重损害在公众中的形象。所以，迪士尼急于想办法尽快解决罢工的问题。
但是，由于迪士尼的过激言辞和索罗尔的活动，使劳资双方的谈判又陷入了僵局，一时看不到解决的迹象。就在这时，美国政府出面了。罗斯福总统委托大财阀纳尔逊·洛克菲勒来找迪士尼谈话，劝他出访南美洲，同时把解决罢工的问题交给政府去解决。
迪士尼此次出访并非旅游，而是负有政府交给的一项带有政治色彩的任务，那就是拍摄一部南美主题的动画片，同南美国家中的亲纳粹的反美宣传抗衡。
迪士尼带去了一批没有参加罢工的专业人员。他们在阿根廷首都布宜诺斯艾利斯建起一个临时摄影棚。他们拍摄了《可敬的朋友》和《三骑士》两部动画片，后来在南北美洲都取得了成功。
迪士尼从南美洲回来的时候，罢工已经解决了，但解决得很糟糕。他们所接受的解决办法引起了更多的问题，尤其是因生产不佳而必须裁员的时候，显示的情况更坏。辞掉的员工必须按预先议定的比率，按罢工的和没有罢工的人员分配。
罢工之后，迪士尼似乎并不怨恨那些罢工的人，有些参加过罢工的人后来还被提升到重要职位。这样一来，关于工人罢工的事件总算告了一个段落。
