1923年至1924年，伴随着严重的财政危机，广东社会矛盾日趋激化。为了尽力筹集军费，满足前线的需要，大元帅府不得不采取军事优先的财政政策，大幅度增加地方税和厘金。1923年，广州市市政收入在一年之内增加了3倍，达到900万元。此外还经常向广州市的商人和各县紧急摊派，不断要求各商会和慈善机构筹集军费。
另一方面，大元帅府想方设法另辟税源。当时税收最大的来源是“禁烟特别捐”和“防务经费”。所谓“禁烟特别捐”实即鸦片税，所谓“防务经费”实即赌捐。这两种税收都由政府招商投标，组织公司承包税收。这种烟捐、赌捐在任何政体内都是犯法的，但在当时却是政府经费的主要来源之一，是不得已的挖肉补疮的办法。
1923年4月底，大元帅府财政部宣布推迟两个月偿还一切到期债务。此后，大元帅府财政部、广东省财政厅分别陆续发行没有抵押、缺乏信用保证的债券数百万元，遭到商人抵制，无一完成发行任务。广州许多商人和公司为躲避政府的借款要求纷纷关门。
1923年9月实行的举报官产办法规定，所有的产业都要按时交验契约，不合格者一律充公拍卖，并奖励举报人。由于连年战乱，并非所有的业主都能提供“合格”契约。此办法一出，广州所有有产业的人无不人心惶惶，有的不法分子乘机陷害别人以谋取私利，引起社会的强烈不满，当局被迫宣布停止实施。
这个时期，列强驻中国的外交团控制的海关税收每年都有大量结余，余款交给中国政府处理。1919年，桂系控制的南方政府分得了其中的13.7%，但第二年陈炯明的粤军打回广东后，外交团借口军政府权力只及广东一省，不能代表西南，停止这笔拨款。1923年9月，外交团以遵守条约为由向孙中山提出警告：如果他用武力夺取当地海关收入，列强就要用武力进行干预。12月，23艘列强炮舰驶入广州水域以武力相威胁，使孙中山获得关税收入的愿望落空。
广东社会矛盾日趋激化的同时，民间武装超常发展，商团是其中的有生力量，始建于辛亥革命后。当时政府对民间武器的管理并不严格，购买武器的申请很容易获得批准。
1923年末广州商团有1.3万人，全省共有5万人，其经费、武器均由商人自己筹集，很多商号和银行的办公室里都挂着枪，并派人出操、巡夜。对于商人来说，兵匪一家，他们信不过军警，指望官府不如买枪自卫是当时普遍存在的心理。
1924年8月10日，广东商团向国外订购的一批价值约100万元的武器弹药运到广州，包括长短枪9800支、子弹300多万发。大元帅府指出这批枪械的进口许可证在时间上不合常理，怀疑商团私运武器，宣布吊销这一进口许可证。经过调查，大元帅府公开承认这批武器并非私运，只是申领许可证时在时间程序上出错。大本营总参议胡汉民提出的补救办法是，每支枪向政府交60元，由政府重新核发手续，共58.8万余元，这对当时处于极度财政困难中的广东政府是一笔不小的收入。
对于政府的要求，商团认为难以接受，一再强调这批枪械是商人以“血汗之资”合法购买的自卫武器，指责政府出尔反尔，并决定发动省城及周边商人联合罢市。当时，广东政府在财政上毫无库存，每日巨额的开支仰仗实时税收。如果税收中断，无疑马上动摇政府的统治。在滇军将领的主持下，政府与商团订立协议，包括商团宣誓效忠政府、向政府报效50万元、当局7天内发还枪械、商店复业后军队回防及商团改组等内容。
协议签订后，商人陆续复市。但短短几天后，江浙战争爆发，揭开了反直战争的序幕。孙中山按照此前与奉系、段祺瑞的约定决定立即出师北伐响应。但究其根本，由经济危机和商团事件引致的社会矛盾激化是孙北上一个的重要原因。
政府失去财政信用，社会上抗税、罢市之风此伏彼起，商店关门、工厂停工，由此带来人民失业、物价飞涨、官商对立、社会矛盾激化。曾经在辛亥革命时期给予孙中山宝贵支持的广东人和海外华侨如今却对他群起而反对。孙中山已经对广东根据地失去信心，打算借北伐放弃这个“不生不死的是非之地”，为革命另辟一新天地。
但是，如此大规模的军事行动并没有强有力的财政支持，商团的枪械尚未如时发还，大元帅府额外要求商团代筹北伐经费300万元，广东商团决定发动笫二次全省罢市。
孙中山一直未下武力解决事件的决心。促使他最后决心武力解决，与来自苏联政府的财政援助有很大关系。早在1923年初孙中山与苏联政府签订《孙文越飞宣言》时，对方已承诺给孙中山提供财政支持。但直到一年多后的1924年10月7日，由苏联船只装载的第一船武器弹药才抵达广州黄埔。这批武器犹如雪中送炭，孙中山镇压商团的决心一定，苏俄顾问鲍罗廷即为他拟定了详细的镇压商团的计划。
10月10日，商团与双十节游行的群众发生冲突，成为事件加速的导火索。10月14日，黄埔学生军、警卫军、工团军、农团军等支持政府的武装同时出动镇压商团，收缴商团枪械。由“扣械事件”引发的“商团事变”最终以武力平定收场，其结局是悲剧性的。广州商业最繁华的西关地区被放火焚烧，大火蔓延两整天，焚毁房屋三千余所，烧死无辜平民一千多人。
商团事件平定之后，广东全省商团、民团组织在政府军队的攻击下或降或逃，存在于南粤大地14年的商人武装寿终正寝。商团事件的一个直接后果是，巩固了广东的革命形势，而且使得鲍罗廷成为南中国的无冕之王。
