1月：
12日，咸丰命西凌阿、国瑞协助僧格林沁办理军务。
19日，奕偕大学士桂良、户部左侍郎文祥，统筹全局，酌拟善后章程六条：（一）京师设总理各国事务衙门。（二）设南洋通商大臣。（三）新添各岸（通商口岸），由各省派员就近管理。（四）各省督、抚、将军在办理外事时，应随时互相知会。（五）挑选八旗子弟学习英文、法文。（六）各海口内外商情及各国新闻纸按月咨报总理衙门。
20日，清廷以崇厚充任三口通商大臣，薛焕兼任上海通商事务；准旗人学习外国语言；命田兴恕为钦差大臣，督办贵州军务。
同日，咸丰下诏设置总理各国通商事务衙门（又称“总理衙门”、“总署”），命恭亲王奕与桂良、文祥管理之。此为中国政府有外交部之滥觞。
自1860年以后，清廷外交事务日益繁忙，而居要津，为办好此务，特设总理各国事务衙门，派恭亲王奕、大学士桂良、户部右侍郎文祥负责管理。时文祥、桂良为军机大臣兼领该衙之事。次年（1862年）恭亲王奕以议政王总领军机处。至此，军机处与总理事务衙门渐合为一体。清代军机处，初为承写密旨之地，后则演变为定议取旨中枢权力机关，职同内阁。而原内阁与翰林院之拟议反而由军机处审定。至奕总领军机处与总理各国事务衙门后，外交之权位与军机处等，驾于其它各部之上。自是而后，太后听政、亲王执政之新法章，代替不准亲王、皇后干政之旧规矩。清政府也就变成亲王太后之裙带政府，更加腐败不堪。
总理衙门之职责，初为接待外国使节，及办理外交事务，系一临时机构。以后，则凡属新政与外交均归总理衙门负责，成为外务部、学部、传邮部、工商部、海军部及税务机构之综合体，其权力已凌驾于军机处之上。
其附属机关为总税务司，设总税务司一人，由洋人担任。
下辖之各海关设税务司一人，负责全关行政，亦由洋人担任。
总理衙门之下，还有南、北洋两大臣，为其外交总代表。凡对外国人议约、订约、换约之事，概由北洋大臣或南洋大臣负责办理。办完后，报告总理衙门，再由总理衙门上报朝廷。
此外之特附机构为同文馆，初为训练翻译人才之学校，后增至八馆：英文馆、法文馆、俄文馆、德文馆、天文馆、化学馆、算学馆、格致馆。由八旗子弟与汉人之才俊考取之。设管理大臣一人总理之，下设洋教习、汉教习各若干人。光绪二十七年（1901年）在各国政府要求下，废总理衙门，改设外务部，专司外交事务，与六部并列。
文祥（1818～1876），满族，姓瓜尔佳，盛京正红旗人，进士出身。历任尚书、军机大臣。1860年随奕留京和谈。1861年参加废除八王、大臣之辛酉政变（亦称祺祥政变），升任军机大臣。遂依靠洋人，装备清军洋枪、洋炮，建立神机营；并以此营镇压东北义军。临终前，对于丧失民心之清政府的未来，深为忧心。
24日，恭亲王奕根据曾国藩、薛焕、袁甲三并瑞昌、王有龄等驰奏之“借夷剿贼”折，上奏己见。先是本年1月6日，咸丰命奕议奏曾国藩、王有龄、薛焕等人复奏同意借洋兵事。本日，奕遵咸丰命议奏：江南官军，现尚未能进剿金陵，即令夷船驶往，非但不能收夹击之效，并恐与贼相持，如薛焕所虑，勾结生变，尤宜预防。该抚所计划令夷兵由陆路进剿，不但经过地方惊扰，即支应一切，诸多窒碍，夷性贪婪，一经允许借兵剿贼，必至索请多端。经费任其开销，地方被其蹂躏。咸丰谕：借夷助剿，英、法等国必因以占据城池，流弊滋多。自不可贪目前之利，而贻无穷之患。惟此时，初与换约，拒绝过甚，又恐夷性猜疑，转生叵测，惟有告以中国兵力，足敷剿办，将来如有相资之日，再当借助，以示羁縻，并设法牢笼。诱以小利。口弗夷（法国人）贪利最甚，或筹款购其枪炮船只，使有利可图，即可为我所用。倘上海夷人诚恳请求助兵剿贼，由曾国藩、薛焕，量为奖勉；倘有兵船驶入内地，即按照条约拦阻。并命该大臣等。就现有兵力，设法攻剿逆匪，无再观望。
至睇夷枪炮，既肯售卖，并肯派匠役教习制造，由曾国藩、薛焕，酌量办理。即外洋师船，现虽不暇添制，或仿夷船制造。或将彼船雇用，诱之以利，以结其心，而我得收实济。若肯交雇助剿，只可令华夷两商（商人）自行经理，于大局或可有利无弊。由该督、抚斟酌试行。将来于通商各口关税内，酌提取税饷，仍济军需。（此是洋务运动之滥觞。）
其代运南漕一节，亦照恭亲王等所议，由薛焕出示，招商运津。无论华商、夷商，一体贩运，按照税则，完纳税饷……咪夷（美国）性质校醇，与英、法情形不同，其应如何交往。使为我用……亦由曾国藩、薛焕随时酌量情形，妥为办理。
又谕：自英、法、美三国换约后，于上海通商各小国，亦欲赴京换约，命该抚（薛焕），预为杜绝，不令各小国经驶天津；并晓喻英、法、美三国，各小国不得与三国平列，一体换约，令其帮同阻止，方为妥善。如各小国不遵理谕，径赴天津，惟薛焕是问。
又谕：吉、黑二省，与俄国相邻，应于东三省加强练兵与防务。除习弓马以外，兼习枪炮、技艺。以后，不得再调用东三省之军队，对俄国应严密防范。由景涫、麟瑞、特普钦等，妥议章程具奏。
27日，以左宗棠克复江西德兴、安徽婺源，予其三品京卿。
2月：
5日，命官文、周祖培为大学士；肃顺协办大学士，沈兆霖为户部尚书；朱凤标为兵部尚书。
本岁中免江苏、浙江、安徽三省额赋、欠赋，并直隶山东、河南、江西、湖北、湖南、福建、广西等省四百余州县被灾被兵额赋；冯桂芬上裁汰冗员奏章，裁撤长芦盐政，由直隶总督管理之。
合计中国人口二万六千零九十二万四千六百七十五人（不包括太平天国地区人口）。存仓谷数：五百二十三万一千九百二十石四斗六升。朝鲜人贡。
9日，英国专使额尔金于上月20日，令驻上海英海军司令何柏偕领事巴夏礼“视察”长江各口岸，办理开埠事宜，表示只要太平军允开商埠，即仍保持“中立”。本日，何柏自上海起碇。
12日，咸丰诏令3月23日回銮（回京）。
16日，清廷召翁同书来京，以李续宜为安徽巡抚。
17日，以福济为成都将军。
21日，忠王围攻杭州，杭州戒严。
22日，咸丰下诏：纪年开秩，应予特赦，非常数。原委不清者，咸减除之。（十二年为一纪，咸丰即位已十二年）。
25日，恒福病免，以文煜为直隶总督，谭廷襄为山东巡抚，邓尔恒为陕西巡抚，何冠英代理贵州巡抚。
28日，咸丰诏令袁甲三等：捻军中有大量良民，未便概行诛戮，可剀切晓谕，设法将其解散；投诚者免罪，“杀贼”者立功，并传知李世忠，一体招抚。
3日，太平军陈玉成统领水路军，自桐城西征，于十一天中攻克霍山、英山，进抵湖北省境。
3月19日，攻克湖北省黄州郡。此时湘军围困安庆，武昌空虚，陈即挥军指向武昌。恰值此时，英国军舰抵达汉口。
23日，英军司令何柏派巴夏礼至黄州见陈玉成，阻止其进攻武汉。时天王亦正与英国订立本年不进攻上海协定书。再过旬日，天王还将颁布《中西永遵约章》诏旨，陈玉成自主决定停攻武汉，改向麻城、德安进军。数月后，李秀成率军攻克大冶、兴国等州县，鉴于陈玉成北走，自主舍武汉而东撤，从湖北向江西撤退。因此之故李秀成、陈玉成会师武汉，力取长江上游之战略方针，完全破产。至9月，安庆被湘军攻陷，太平军守将叶芸来、吴定彩，率领将士二万人进行巷战，全军阵亡。天京上游屏障尽失，湘军得以自安庆进逼天京。英国之干涉，使太平军未能完成安庆解围，巩固上游之军略，导致太平天国之失败。
18日，咸丰诏准山东抵还法国教堂地基；并命各直省：遇有交涉，即行着办请旨，不许推诿。
24日，热河朝阳“盗匪”攻破县城，咸丰命克光阿前往镇压。命明谊、明绪会勘中俄边界；英蕴、奎英办理俄人通商事宜。
29日，咸丰下诏：“前经降旨，订日回銮。旬日以来，体气未复绥，俟秋间再降谕旨。”
4月：
咸丰下诏：挑选兵丁，演习俄国人送到之枪炮。
3日，洪秀全答应英国何柏、巴夏礼要求，太平军不进入距上海、吴淞百里之内地方。为期年内。但又称此为“中西永遵和约”。
5日，清廷裁撤黑龙江团丁使之归农。
10日，清廷派崇纶、崇厚为办理条约事务大臣，给予全权，便宜行事；命侍郎成琦赴兴凯湖会勘中俄边界；命道员联捷以四品京卿。办理河防事务。
13日，恭亲王奕请赴承德叩问起居。咸丰手诏答之：别经半载，时思握手而谈，只是近日咳嗽不止，时有红痰，尚须静养，不宜多言，且待秋间再会面叙谈。
17日，咸丰令皇长子载淳于5月16日入学，以李鸿藻充师傅。
19日，都兴阿奏：镇扬水师船只年久损坏失修，请令广东购运红单船应用。咸丰准奏。
21日，清廷命胜保督办直隶、山东“剿匪”事务，派贾臻代理安徽巡抚。
5月：
1日，英、法侵华军退出广东省城。
2日，命前大学士彭蕴章代理兵部尚书。
7日，广西“土匪”攻破太平府养利州城。
19日，山东捻军等连克馆陶等七县城。
25日，据奏，江北粮台既有指捐、借捐、包船捐、亩捐，而江南粮台，又有米捐、饷捐、亩捐；漕河有炮船捐、堤工捐、饷捐；袁甲三军营有米捐。此外，有船捐、房捐、盐捐、卡捐、板厘捐、活厘捐，所征甚巨，报解（上交国家）廖廖。候补投效，以及职员生监，营谋札委，目为美差，四出骚扰。指借则任意讹索；卡厘则以多报少；粮台漕河大员，多由情托，知而不问，并有擅自立卡，抽取商船捐银。为此，咸丰特谕军机处：命督办大员严定章程，以绝贪官侵渔。谕中说：近年因军饷浩繁，不得不借资民力。若多立名目，任听贪劣之员，横征暴敛，中饱肥己，成何体统。命袁甲三、晏端书、王梦龄，并传谕乔松年、江清骥严密访查，如有多设名目，及营谋差委，任意讹索，以多报少，并私自设卡收捐者，即据实严参，惩一儆百。至所收捐款，亦应设立印簿，晓示通衢，以禁侵冒中饱之弊。并遴选公正之人，董事其事，不得滥委多员，虚耗薪水。
本日，田在田奏：军饷万难支持。正月陕省解到银一万两，山东省无从解到；豫省亦仅提到六千两。日内陆续提到山西银万两。请令山东等省，赶快解送银两。咸丰批示：无论动拨何项款项，各省赶紧先筹银两三万两，迅速解赴田在田军营，不许延误。
6月：
彗星复出于西北，长数十丈。
14日，以英棨为陕西巡抚。
21日，清廷命贾臻、李世忠（太平军降清将领李昭寿）帮办袁甲三军务。
24日，命多隆阿帮办官文、胡林翼军务。
7月：
8日，日蚀。
10日，曾国藩、胡林翼奏：陈玉成主力于安庆外围集贤关外赤冈岭被歼，四垒中三垒投降，除胁从外，凡“长发老贼一概正法”。其据第一垒之刘沧琳，乘夜潜逃被鲍超歼于马踏石，余者被水师斩杀殆尽。并将刘沧琳验明支解，枭首示众。咸丰下旨嘉奖。
同日，布鲁斯（普鲁士）王国换约通商。
11日，允许俄国人在库伦、恰克图通商。
15日，钦天监奏：（八月初一日）日月合璧，五星联珠。咸丰旨：不必宣付史馆。
26日，回众攻扰喀什噶尔，咸丰命景廉赴阿克苏防剿。
8月：
20日，咸丰病重。
21日，咸丰病危，召诸王大臣，承写朱谕，立皇长子载淳为皇太子。命载垣、端华、景寿、肃顺、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛，赞襄政务（顾命八大臣）。
22日，咸丰崩于避暑山庄之烟波至爽殿。诸臣遵遗诏奉载淳即帝位。咸丰死前，咯疾大作，复患暑泻。年三十一岁。同治四年（九月）葬于涿州（易县）龙泉峪，号定陵。咸丰死后，两宫太后开始筹划为垂帘听政扫除障碍。时有御史董元醇上疏请两宫太后垂帘，以亲王一、二人辅佐。两宫太后即召见赞襄王、大臣，令照所奏实行。载垣肃顺等当场抗论反对，退朝后，复将董奏驳还，指出“本朝无太后垂帘听政之制”。此时恭亲王奕来到承德秘密见两宫太后，议定废除载垣、肃顺等王公大臣八人。并召见鸿胪寺卿曹毓瑛密拟捕拿、罢爵、免职各旨，以备回京即发。旋议定奕先回京，两太后立即下达回京圣旨：以肃顺护送梓宫（咸丰灵柩），载垣等扈从两宫太后。肃顺对那拉氏（慈禧太后）素无好感，尤怒其屡干朝政。而那拉氏对肃顺大权在握，更嫉恨之。1860年咸丰北逃热河承德时，肃顺主张议和，支持咸丰北走；那拉氏则主战并反对北逃，与之作对。及咸丰死，肃顺欲杀那拉氏而迟疑未行。那拉氏升为太后，坚持听政；八大臣反对，双方势成水火。
23日，尊皇后、皇太子生母懿贵妃那拉氏并为皇太后。
24日，免悖亲王、恭亲王、醇郡王、锺郡王、孚郡王之寻常召对与宴赉（赏）叩拜礼，停各省进贡方物。
25日，将顺天府文乡试推延至九月举行，恩科武会试于十月举行。顺天武乡试于十一月举行。授骆秉章四川总督，督办军务；召云贵总督刘源灏来京，以福济代理总督职，以崇实为成都将军，旋命其协办四川军务。
27日，以景纹为驻藏办事大臣。
28日，允恭亲王奕赴行在叩谒梓宫。两宫太后与之密谋垂帘听政和剪除八大臣之事。
29日，薛焕奏请招商试运淮盐济饷，议行。
9月：
3日，清廷定明年年号“祺祥”。
7日，命景廉赴叶尔羌查办英蕴敛钱擅杀之事。
16日，胡林翼请病假，以李绪宜暂代湖北巡抚。
18日，御史董元悖请皇太后权理朝政，并简派亲王一、二人辅佐。
载垣、肃顺等拟旨驳斥之。
29日，加官文、曾国藩太子少保，加胡林翼太子太保，并予骑都尉世职；赏李绪宜黄马褂，杨载福、多隆阿云骑都尉世职。官文（1798～1871），满洲正白旗人，姓王佳氏，历任都统、将军、总督。1854年任荆州将军，配合曾国藩湘军反攻武昌。1855年任湖广总督，主持两湖对太平军作战。1861年，勾结英国领事，阻止太平军进攻武昌。1867年，调任直隶总督，因阻击太平军余部张宗禹失败，被革职。胡林翼（1812～1861），湖南益阳人，进士出身。历任知府、布政使、巡抚之职。任贵州镇远知府时，曾镇压苗民起义和李元发农民起义。后率黔勇，到湖北与湘军共同对太平军作战，并著《保甲团练条约》，组织地主团练参加镇压太平军。1856年任湖北巡抚，派军参加湖口安庆之役，全力支援湘军。1861年，因太平军迫近武昌急病而亡。
10月：
2日，上大行皇帝（咸丰）尊谥曰：协天翊运执中垂谟懋德振武圣孝渊恭端仁宽敏显皇帝，庙号文宗。
4日，上东太后（母后）徽号曰：慈安皇太后；上西太后（圣母）徽号目：慈禧皇太后。此后，诏书中不复有母后、圣母之称呼。
22日，英、法撤广州“驻军”；英军撤去侵占天津之马队。
23日，僧格林沁“平定”青州等处捻军，被赏还御前大臣并黄缰。
26日，新帝奉咸丰灵柩（大行皇帝梓宫）返京。免承德、宛平各府、县额赋。
11月：
1日，新帝载淳奉两宫太后，间道先抵北京。肃顺尚奉梓宫在回京途中。两宫太后回京后，立即召见奕等，决定按计划行事，先发谕旨免八大臣爵、职。再捕拿载垣、端华、肃顺等。此时统兵京郊之胜保，亦上疏支持两宫听政，听政乃为定局。
2日，发上谕，免载垣、端华王位与职位，免肃顺职位。罢景寿、穆荫、匡源、杜翰，焦佑瀛军机处职。已进城之端华、载垣斥之曰：无辅政王大臣允诺，无人可以传旨。两太后命恭亲王会同大学士、六部九卿、翰詹科道核奏；贾桢、周祖培、沈兆霖、赵光疏请政权操之在上，并议定皇太后召见臣工礼节办事章程；胜保疏请皇太后亲理大政，并简派亲王辅政。两宫谕：王大臣、大学士等定议以闻；又召醇郡王奕环来京。此时肃顺等尚护梓宫在密云途中。同日两宫太后命睿亲王仁寿、醇郡王奕环赴密云逮捕肃顺解京；夺载垣、端华、肃顺爵职，均逮捕议罪。诏文武各衙门自十月十六日（11月8日）以后，轮班值日，奕即以太后懿旨，带兵将二亲王逮捕。西太后代同治所发谕旨曰：载垣、端华、肃顺，朋比为奸，专权跋扈，造作襄赞名目，诸事并不请旨，擅自主持。御史董元醇奏皇太后垂帘事宜，载垣等，非独擅改谕旨，并于入对时，有请皇太后阅折亦属多余之语。当面咆哮，目无君上，情形不一而足。兹据该王大臣等按律拟罪，载垣、端华均着加恩赐令自尽；至肃顺之悖逆狂谬，较载垣等尤甚，着加恩改为斩立决。
3日，命恭亲王奕为议政王，在军机处行走；大学士桂良、户部尚书沈兆霖、侍郎宝望、文祥，并为军机大臣；鸿胪寺少卿曹毓瑛在军机大臣上学习行走。召盛京户部侍郎倭仁来京。此后，两太后以“同道堂”小印与御玺一同下达谕旨诏令。
4日，谕内阁（以小皇帝口吻）：敬谨会议两宫皇太后垂帘召见臣工礼节，及一切办事章程。
7日，下诏：改“祺祥”年号为“同治”。
8日，命将怡亲王载垣、郑亲王端华、肃顺照大逆律，凌迟处死。旋下诏：法外施仁，赐载垣、端华自尽；肃顺处斩。肃顺（1816-1861），满族，姓爱新觉罗，历任内务府大臣、尚书，为咸丰信赖之臣。主张重用汉人，因惩办贪案，为人仇视。1861年咸丰病死后，反对两宫太后垂帘听政，坚持辅政大臣主政。为八大臣之核心，被西太后处死。
罢景寿、穆荫、匡源、杜翰，焦佑瀛职务，穆荫遣戍军台。此即为辛酉政变。
9日，以与载垣肃顺等八大臣关系密切，撤陈孚恩、黄宗汉、刘昆、成琦、德克律太、富绩之职，永不叙用，并谕：不究既往，诸臣勿再请察办党援。
是日，申诫王公内外文武大臣切勿以权纳贿。
11日，载淳御太和殿，即皇帝位，受群臣朝贺。颁诏天下：以明年为同治元年。加恩中外，满汉文武大小官员均升一级；大赦天下（死罪不赦）。
自本日，凡致悖亲王、恭亲王、醇郡王、锺郡王、孚郡王之谕旨和诸王之奏疏均不写名字，以示对其叔辈之尊敬。
12日，通谕各地，清理庶狱（上下各地之监狱）。
13日，谕令热河未竣工程立即停止。
14日，下旨禁止各路统将粉饰迁延，纵寇殃民；补行咸丰十年恩科武会试。
16日，命冯子材督办镇江军务。
17日，谕议政王等：赞理庶务，勿避小嫌。
19日，谕统兵大臣：核实功罪，信赏必罚。命曾国藩统辖苏、皖、赣、浙军务，节制巡抚、提督以下各官。
23日，以于肃顺家查抄到陈孚恩之书信抄吏部尚书陈孚恩家，捕陈入狱治罪。
24日，申令禁廷臣遇事因循。谕官文、曾国藩等妥筹剿抚苗练（苗沛霖团练）。苗沛霖，皖省蒙城人，地方大绅，门生孙家鼐为咸丰十年状元。孙返乡，以盛宴招待苗，时府县官均在座，坐定常位后，知县推知府坐上席，苗恨之，掴知县而退席，途中杀知县，起而反清，后投归太平军陈玉成麾下。1862年，陈玉成兵败，苗又投降清朝，诱捕陈玉成，送交胜保，但清廷仍不信任之。后又反清，1863年被杀。
28日，廷臣呈上议定的垂帘听政章程，懿旨（太后旨）：依议。下诏开恩科。
29日，陈孚恩遣戍新疆。命侍郎宝望、董恂在总理各国事务衙门办事。
12月：
1日，法军离开天津。
2日，同治奉慈安、慈禧皇太后至养心殿，两宫垂帘听政。
4日，谕内阁：已革员外郎景文于停止换钞后，辄用短号钞票换出长号钞票，得受谢仪，例应发往军台效力赎罪；已革员外郎崇贵等多员，辄向换钞商民索要使费，得赃分用，例应发往新疆，充当苦差，以上各员均永不叙用。
又谕：官号商人张兆麟、马锡禄，贪污钞票，著照监守盗窃仓库钱粮一千两以上例，判斩监候，不准援免。
8日，山东“教匪”与捻军联合反抗清廷，清总兵成禄前往镇压，并将首领延轮秀及其侍从，捕获杀戮。
17日，朝廷谕，中外荐举人才，应以汉人曾国藩、胡林翼、骆秉章为样板。
19日，赏潘铎二品顶戴，代理云贵总督。先是1858年11月（咸丰八年），清廷以云贵总督受制于回人，改令张亮基代理总督职，以徐之铭为巡抚。继而徐与回民掌教马德新联合，以团丁挟制代总督，张以病求罢。清廷又命刘源灏为云贵总督。张亮基即离昆明至湖北。刘不敢上任称病乞休。本年春张亮基于湖北陈奏云南事，并参劾徐之铭不法。本年（1861年）8月，清廷召刘还京，以安徽巡抚福济升云贵总督。福济亦不敢上任，被夺职。清廷又以前代湖南巡抚潘铎为云贵总督。潘至昆明，于1863年（同治二年）为回酋马如龙、马德新嗾使马荣当众刺杀之。清廷又以劳崇光任总督。
20日，命彭玉麟帮办袁甲三军务。
24日，诏各省：察举循良，并访学问、行为兼优之士。
27日，以吴棠为江宁布政使，并代理漕运总督，督办江北粮台。
29日，太平军再克杭州，浙江全省即将底定。
31日，谕曾国藩统筹镇压太平军之军事计划。
本年：山东河南边界濮县、范县长枪会起义。首领为王来凤、倪广和、刘占考、王广继等人。一度攻占范县县城，屡次打败清军，截获盐船。清廷派僧格林沁率军镇压，王来凤、刘占考投降清军。其余各首领退入东平湖地区与捻军结合。1865年，参与鲁西南曹州地区围歼僧格林沁部清军之役。此役，击毙僧格林沁于曹州吴家店。
山东峄县、滕县等地幅军起义。起义地区延及苏北徐州、邳县地区。自黄河改道鲁北入海后，原漕船船工失业，饥民数万，无以为生，屡次发动武装起义。本年春，在刘双印、周韭等领导下，组成幅军在峄、滕地区建立根据地反清起义。并斩杀道员（相当于郡太守）李麟，击败清军都统德楞额部。僧格林沁率部围攻时，周韭为部下杀死；刘双印退守云谷山寨，坚持一年之久。1863年，刘双印投奔邹县习文教义军。
邹县有习文教，亦于本年起义。教主宋继鹏诵经念符，为人治病。起义后，攻克邹县城。复因僧格林沁来攻，退入山中固守不出。本年冬，联合幅军、长枪会大败清军。1863年9月，习文教战败，宋继鹏战死。
本年，又发生教案事件。法国主教胡溥理，在贵阳县勾引奸人欺压良民，引起公愤。清提督田兴恕促使烧毁教会学堂，查抄各教堂并杀死四教徒。次年2月，开州知州戴鹿芝又以挑起民教争端将法国传教士文乃耳处死。清政府媚外投降，将提督田兴恕等革职充军，赔款一万二千两，提督衙署拨归教堂使用（戴知州已死）。
本年，清总理衙门疏称：据税务司英人赫德言，如洋药（鸦片）运至内地，加给印票，每年可收输贴费数十万两，用以购买船炮，则镇压太平军等更为有力，特请于上海、广东各关税内。先行筹款购买。朝廷允之，并交曾国藩具体筹办。南北洋购买外国船炮，从此开始。
本年，奕实行新政，顽固派以倭仁为首群起反对。御史张盛藻奏称：
朝廷命官，必用科甲正途者，为其读孔孟之书，学尧舜之道，明体达用，规模宏远也。何必令其习学技巧，专明制造轮船洋枪之理乎？若以自强而论，则朝廷之自强莫如整纲纪，明政刑，严赏罚，求贤养民，练兵筹饷诸大端。臣民之强，则惟气节一端耳。朝廷能养臣民之气节，天下莫不同仇敌忾。灾可平而寇可灭。若令正途科甲人习为机巧之事，又借升途银两以诱之，是重名科而轻气节；无气节安望其有事功乎？臣以为设立专馆，只以责成钦天监衙门考取年少颖悟之天文算术学生送馆学习，使中西法互相考验，不必用科甲正途官员肄习其事，以养士气而专责成。并谓洋务“未收实效，先失人心”。
此疏奏上之后，京师传诵，咸以为正论，无一科甲正途之官肯入馆中（同文馆）。
咸丰见疏后谕内阁曰：
“朝廷设立同文馆，取用正途学习，原以天文算学为儒者所当知，不得目为机巧。正途人员，用心较精，则学习自易，亦于读书学道，无所偏废。是以派令徐继畲总管其事，以专责成，不过借西法以印证中法，并非舍圣道而入歧途，何至有碍于人心士习耶？”
倭仁仍不服气，继上书曰：
窃（私下）闻立国之道尚礼义不尚权谋，根本之图，在人心，不在技艺。今求一技艺之末，而又奉夷人为师，无论夷人诡谲，未必传其精巧。即使教者诚教，所成就者，不过术数之士，古今未闻有恃术数而能起衰振弱者也。天下之大，不患无才，如天文算学必须讲习，博采旁求，必有精其术者，何必夷人，何必师事夷人？且夷人我仇也……今复举聪明俊秀……变而从夷，正气为之不伸，邪气因而弥漫，数年以后，不尽驱中国之众咸归于夷人不止。
后又有洋务大臣上奏疏反驳倭仁等。其奏疏说：
倭仁所奏，陈义甚高，持论甚正。臣等未曾经理洋务之前，所见亦复如此。而今日不敢专持此说者，实有不得已之苦衷。请我为皇太后、皇上详陈之：
臣下认为城下之盟，春秋所耻。宋臣韩琦有言，和好为权宜，战守为实务，自古御夷无上策，大要以修明礼义，以作忠义之气为根本。一面即当实力讲求战守，期得制伏夷人之法，不能以一和而遂谓长治久安之策。臣等不敢徒效贾谊（西汉忠节大臣，以直言被贬）之痛哭流涕，空言塞责，取誉天下。是以臣等筹思长久之策，与各疆臣通盘熟算，如学习外国语言文字，制造机器各法，教练洋枪队伍，派员周游各国，访其风土人情，并于京师地区，设立六军借资拱卫。凡此苦心孤诣，无非欲图自强。臣等复与曾国藩、李鸿章等往返函商，咸谓制造巧法，必由算学入手，其议论皆精绝有据。而洋人入侵我国之前，对我语言文字，形势虚实，一言一动，无不周知，而外国之情形，则我一无所知，徒以道义之空谈，纷争不已。若安于不知，深虑江河日下；及设法求知，又复众论交攻。一误何堪再误！如别无良策，仅以忠信为甲胄，礼义为舰船，足以克敌制胜，臣等实未敢信之。
曾有候选知州杨廷熙上奏请撤销同文馆。咸丰谕：杨廷熙拾人陈腐之言，语意荒谬，总由倭仁授意，著倭仁即赴总理衙门行走，免启门户之争，共济时艰。倭仁不得已策马赴馆，表示支持洋务，放弃己见，但故意坠马跌伤，特请病假，表示仍不屑于洋务之事。
晚清维新派官员和士人，为抵制顽固派排斥西方科学技术，便相继论证提倡西学源出中国之学说，其主要根据为周礼、孔孟、老子以及墨子等学说中之科技部分，加以演绎，说明西方科学技术，乃从中国传入，而中国则重于形上之道，西方重形下之器，而终合于道。中国亦应效法西方，重视与提倡形而下之器物之制造，以兴国。甚至西方之民主政治，亦是从孔、孟民本主义而来。从而使维新变法运动合于中国固有之圣道，而且是圣道还家，使顽固派无法从理论和圣道上进行反对。汤震之《危言》曰：大抵西人政教，泰半（大半）来之《周官》；西人之艺术，泰半本之诸子，试取管（仲）、一墨、关（尹）、列（御寇）、淮南子等书。以类求之，根源俱在。然则不谓我中国今不如古有之，而妄谓中不如西也可乎？（可以吗？）
咸丰一朝，财政收入困窘：
道光时库存仅八百余万两白银。自道光三十年至咸丰二年，因会党与太平军起义，广西费去军需银一千一百二十四万七千余两；湖南费去四百十八万七千两；广东费去一百九十余万两；湖北费去四十五万两；贵州费去二十万两，江西费去十万两，南河工银四百五十万两，共费去银二千二百五十八万两。其中拨内帑二百万两外，其余均由各省负责支给。至咸丰二年，户部存银不过三百万两。咸丰三年只存有二十二万余两。而军费日益浩繁，遂增加各种捐、税以补救之。计有日捐、铺捐、团练捐、厘金。以厘金进项最大，军费十之八、九取厘金（过卡税）。此厘金不报部，由各省督、抚自己收用，约略统计每年厘金收入在二千万两左右，实是清朝对义军镇压之主要经费。但仍不足。各省解部之银，又多有积欠。自咸丰二年开始，除宗庙大典、外藩俸饷、贫民赈恤用现银外，官员、兵丁，一律照俸银折给制钱与宝钞，不再发给现银。此以支出匮乏，而仰给于钞票，于是通货膨胀，日甚一日，军费一项，每年数千万两，仍是无法满足，于是清廷令陕省借富户之钱以补一百万两之欠数。此外还有亩捐（山东）、差往费（晋、陕、豫、甘）等等临时加征之税款。
如果咸丰朝初年之正常岁出数目同于道光二十九年之数，则岁出为三千六百余万两，加军费二千二百五十八万两，总计为五千九百余万两。比道光朝末年增二千二百余万两。咸丰三年库存银为二十二万余两。岁入在六千余万两。咸丰末年，上海地方曾借外债，不关中央政府事。清廷岁入与岁出，七拼八凑，大约处于平衡状态。多少尚有盈余，不供赈灾之用。
