蒙古族的丧葬习俗，特别是喇嘛教传入蒙古族后，发生了许多变化。蒙古人死后，家人给死者穿上新衣服、新靴子，然后用白布缠身，最后把尸体放在勒勒车上或是用马、骆驼驮着，用鞭抽打着牲畜，不用人驾驭，让它任意奔走，任意颠簸。车或牲口走到哪里，死尸掉在哪里也无人管，直到第三天家人才沿车辙或牲口留下的脚印去找尸体。找到尸体后，如果尸体已经被野禽、野兽吃掉，就认为已经升上了天堂。要是禽兽没吃，就要请喇嘛来念经，给他赎罪。这种特殊的安葬方式为人们寻找蒙古族人的墓穴增加了很多的麻烦。
而成吉思汗的安葬还有着些许不同。曾有位南宋文人说，成吉思汗在征服西夏的途中病逝后，他的遗体被运往漠北肯特山下某个不显眼的地方，挖了个深坑，将遗体安放在一个独木棺里葬了。所谓独木棺其实就是截取大树的一段，将中间掏空做成的棺材。将这个独木棺下葬后，土回填，然后用万马踏平，外人就看不出曾经动过土了。当然这之后，还要用帐篷将周围地区全部围起来，待到墓葬地面上的青草长出，而且与周围的青草无异，才将帐篷撤走，这样墓葬的地点就不会泄露了。除此之外，全套工作完成后，蒙古人还要在墓葬地上杀死一只小骆驼，这时陪伴这只小骆驼前来的母骆驼就会十分悲痛地号叫，并且记住这个地点。第二年来祭祀的时候，把这只母骆驼牵来，母骆驼就会悲痛地飞奔过去，在小骆驼被杀的地方号叫。这样，前来祭祀的人就能找到墓葬的确切地点。正是因为那个时候的蒙古族人民采用的这种极其隐蔽的密葬形式，所以今天人们才很难找到所葬之人的真正墓穴所在。
20世纪90年代末，日本人就开始了寻找成吉思汗陵的庞大考古计划，结果花费12亿日元，采用了非常多的高科技手段和人力进行详尽的调查，并在今天的蒙古共和国的肯特山这一带进行了非常细致的调查，发现了3500多座墓葬，大体上都是蒙古帝国时期的，但是不久他们就宣布这些并不是成吉思汗陵。2002年至2003年，美国人也针对成吉思汗陵进行了大规模勘察，他们找到了一个外面有一圈石墙的陵墓，认为那便是成吉思汗陵，其实那只不过是一座匈奴人的墓罢了。
在美丽的内蒙古鄂尔多斯地区的蒙古族中一直流传着成吉思汗葬在这块神奇土地上的传说。在鄂托克旗至今还存在着一些与成吉思汗安葬有关的地名。当年，成吉思汗率领军队西征西夏时，路经鄂尔多斯草原的包尔陶勒盖，看到这里水草丰美、梅花鹿悠闲自在的美景，十分陶醉。留恋之际失手将马鞭掉在地上，随从要拾起马鞭时，被成吉思汗制止。大汗有感而发，吟诗一首：“花角金鹿栖息之所，戴胜鸟儿育雏之乡，衰落王朝振兴之地，白发老翁享乐之邦。”并对左右说：“我死后可葬于此地。”
成吉思汗在六盘山逝世后，属下准备将他的灵柩运回故地安葬。但灵车路过鄂尔多斯草原时，车轮突然深陷地里，人架马拉也纹丝不动。这时，大家想起了成吉思汗生前的话，于是，就地将成吉思汗安葬在了鄂尔多斯草原上，并留下500户“达尔扈特”人守护。而在阿尔寨石窟，则有成吉思汗安葬图和成吉思汗黄金家族崇拜图。当年成吉思汗出征西夏的时候，曾经在这里养伤，并且指挥、部署军事行动，至今遗迹还存在着。阿尔寨石窟中的壁画因为距今已年代久远，看上去已经斑驳残破，很多地方已经模糊不堪。但尽管如此，大家还是能够从中发现一些奇怪的画面。那么能不能从画中找到和成吉思汗安葬之谜有关的线索呢？
在31号石窟中，存有一幅成吉思汗家族的崇拜图。这幅图的构图非常特别，可以说在中国乃至世界都是唯一的。这幅图上部3/5的画面，画了一个藏传佛教的法王，他是蒙古人传统中公认的财神，在下面1/5的地方还画着一个小财神。他们当中还画有一个法王，就是成吉思汗。在蒙古族世代信仰的藏传佛教中，成吉思汗是佛教里面的法王，他要惩恶扬善，给世人带来和平、安宁和幸福人。
在28号石窟中还保存着另一幅壁画。这幅壁画为梯形结构，最上面绘有山川、河流和原野，并在突出的位置上绘有两军对垒、激烈作战的场景。在这幅壁画的左侧画着若干匹白马及一匹红褐色马，这就是成吉思汗的猎野马图。传说他骑的一匹枣红马受惊，将他摔了下来，把腿摔伤了。摔伤了以后，便留在索窝尔河区养伤。索窝尔河区的蒙语意思就是多窟会聚之地。在整个蒙古草原上，能称得上多窟会聚之地的只有阿尔寨石窟这个地区。所以，可以推测出成吉思汗曾经在阿尔寨石窟这一带猎过野马。而且在阿尔寨山上，有一眼石窟十分特殊，传说是成吉思汗曾经为养伤而住过的洞穴。门口竖立的一杆长矛叫做“苏勒德神矛”，它是成吉思汗战无不胜的象征；门旁浮雕的阶梯状佛塔，具有典型的西夏风格；门前凿有两道竖壕，是当年成吉思汗养伤时射箭坐的地方；在这两道竖壕前方是一望无际的草原，人们可以寻找到当年成吉思汗竖立箭靶的位置。那个时候，阿尔寨山附近一共有13座敖包，其中有几座敖包是用来祭祀成吉思汗的儿子、弟弟，还有他的后世子孙的。另外还有祭祀他最心爱的骏马的。在阿尔寨山西南面，有一座山峰叫做乌仁都喜峰，这是鄂尔多斯的第一高峰。从元代开始，蒙古各部王公每年都要在这里举行大型的祭祀活动，祈求上天的保佑，保佑蒙古草原能够风调雨顺、牛壮羊肥，保佑蒙古族的人民能够安居乐业。那么，所有的这一切，是不是能够说明，阿尔寨山就是当年成吉思汗疗伤并最后被安葬的地方呢？由于没有充分的证据，这块宝地还只能说是成吉思汗曾经驻足过的地方而已。
后人对成吉思汗陵墓的关心还有很大的一部分原因是由于对他陵墓中到底有多少金银的好奇。当年，一个考古队在蒙古考古时，一名土耳其考古学家发现了蒙古帝国中亚统治者比尔格可汗的陵墓，更令他惊奇的是，在陵墓里面发现了2800件用金、银、珠宝制成的器物。那么，作为蒙古族人民最为尊敬的成吉思汗，他的陵墓里理应埋藏着更多的奇珍异宝。因为成吉思汗一生征战，生前的生活虽算不上奢华，但也有500多个妻妾。依照蒙古人的习俗，人死后随葬的物品都是生前常用之物，皇帝也不例外。想想成吉思汗一生中用兵无数、百战功成，那么征战用过的马鞍、金银酒具等应该也是不胜枚举的。所以他的陵墓中应该有大量用过的兵器，如刀剑、强弓、铠甲等以及金银珠宝随葬，里面的工艺品甚至会比秦始皇陵出土的兵马俑还要壮观。
2001年8月17日，美国媒体报道了一条惊人的消息：美国探险家在蒙古国境内发现了大型墓群，其中可能有元太祖成吉思汗的葬身之地。
当年，成吉思汗死后被神秘下葬，有2500名工匠为他打造了隐蔽而不华贵的陵墓。陵墓建成的那一天，所有的工匠都被400名蒙古士兵在秘密的地点集体处决了。随后，这400名蒙古士兵也无一生还。更为残忍的是，每个士兵的耳朵都被割了下来，仅仅是为了证明他们已经身首异处了。
美国的这些探险家们在蒙古国首都乌兰巴托东北的322公里处发现了一处由60个坟墓组成的大型墓群，其中就包括元太祖成吉思汗的陵墓。被发现的大型墓群离乌兰巴托只有10小时的车程，邻近俄罗斯边境，位于一个完全被茂密森林覆盖的偏远地区。墓群一面靠山，另外三面被高墙围住。围墙全长近3.5公里，高平均是3米，最高处达到3.6米，全部用大型的石块垒起，没有一丝一毫的断口。在围墙内部有上下两层墓区。上层墓区有20座未被破坏的陵墓，从坟墓的建造工艺和大小判断，应该是元朝贵族的陵墓；下层墓区有40座坟墓，也是完好无损，规模比上层的20座陵墓稍小一些，但也十分考究，决不是寻常百姓之墓；上层墓区和下层墓区之间有一条隐约可见的古道。在墓群附近，考古人员还发现了一些陶瓷的碎片，根据分析，这些碎片的年代可追溯到成吉思汗出生的时期，从而可以断定该墓群建成的时间应该是与成吉思汗生活的年代相吻合的。但是，大型墓群的发现并不是最困难的，因为蒙古人深信死者的尸骨不应受到打扰，所以能否同意开发墓群才是问题最为关键之处。因此，时至今日也没有确切证据能够证明这个墓群就是成吉思汗真正陵墓的所在地，因为蒙古政府还没有对开发陵墓给予答复。
2004年11月，成吉思汗的第34代嫡孙、中国最后一位蒙古王爷奇忠义先生说出了一些鲜为人知的往事，揭开了成吉思汗陵神秘面纱的一角。时年78岁的奇忠义老人，曾担任内蒙古自治区伊克昭盟（现在是鄂尔多斯市）的副盟长，几年前从内蒙古自治区政协副主席的职位上退了下来，在家安度晚年。
奇忠义老人说，外人根本不可能知道在内蒙古伊金霍洛旗的成吉思汗陵对蒙古人来说是多么重要，并不仅仅因为这里是蒙古人的先祖成吉思汗衣冠冢的所在之地，而且这里面还蕴藏着成吉思汗灵柩中的很多秘密，为了民族的利益是不能让人们都知道的。“伊金霍洛”在蒙语中的意思就是“帝王陵寝”。据他透露，1954年大祭灵时，曾经开过棺，当时的内蒙古自治区主席乌兰夫也亲眼看过，里面确实安放着部分人骨。奇忠义老人的家中还珍藏着一幅成吉思汗全家人的画像，画中共12人，成吉思汗的形象与现在流传于世的成吉思汗画象上的形象不同。奇忠义说这幅画像是从成吉思汗的灵柩中取出的。
蒙古族人过去信奉的萨满教讲，祭奠先人主要是祭灵魂，不是祭尸骨。按照蒙古民族的观念，人将死时，他的最后一口气――灵魂，将离开人体而依附到附近的驼毛上。而吸收成吉思汗先祖最后一口气，也就是灵魂的驼毛，几百年来都被收藏于鄂尔多斯的成吉思汗陵中。
在日本侵略中国的时候，为保护成吉思汗陵，当时的国民党政府于1939年把成吉思汗灵柩先后迁移到甘肃省榆中县兴隆山、青海省湟中县塔尔寺。1954年4月1日，新中国的中央政府将成吉思汗的灵柩移回鄂尔多斯，在伊金霍洛旗重新修建了陵园，并将散落在各地的成吉思汗遗物逐渐集中到了成吉思汗陵。现在，成吉思汗陵还分别供放着成吉思汗的夫人、胞弟和成吉思汗第四子拖雷及其夫人的灵柩。所以，鄂尔多斯的成吉思汗陵永远是蒙古民族的圣地。奇忠义老人也将带着对鄂尔多斯的崇敬继续教育世世代代的蒙古族子孙。
