1344年（至正四年）五月，暴雨一直下个不停，使得黄河以南白茅堤决口，汹涌的河水淹没了两岸的农田，接着又横灌大运河，冲淹了济南。洪水不仅影响了漕运，对税收大户盐场也构成了威胁，严重地影响了国家的财政收入。以后每年黄河都会发生水灾，国计民生的大事受到严重的威胁，元朝首相脱脱决定重修河堤，根治水患，使黄河水按原来的河道流。
1351年（至正十一年）四月，水利专家贾鲁被任命为工部尚书兼河防使。召集各地民工十五万，戍军二万人，治理黄河。十几万民工从黄陵冈（今河南兰考东）开挖，南到白茅堤，西到阳青村，全长二百八十余里。主要是疏通河床，使河水东流，回归故道。整个工程耗资数以亿万计。
黄河一再决口，多次泛滥，河两岸的百姓流离失所，家破人亡，本来这里的百姓就不是很多，但就是这些留下来的极少的人们还要遭受瘟疫的折磨。现如今官府又要让他们去挖河，监工和官吏对他们不仅克扣口粮，还常常用鞭子抽打他们，使他们身处绝境受着多种的欺压。河北、河南的广大民工怨声载道，愤怒至极，整个修河的工地上，堆满了仇恨的干柴，只要有一个小小的火星就会迅速地燃烧起来。
“变钞”和“开河”成为农民起义的导火线。当时民间到处传诵着一首《醉太平小会》“堂堂大元，奸佞当权，开河变钞祸根源，惹红军万千。官法滥，刑法重，黎民怨。人吃人，钞买钞，何曾见，贼做官，官做贼，混贤愚，哀哉可怜！”百姓们吟诵着这首词，心中积压的怨气使得他们就要爆发了，全国到处怨声连绵不断，一场特大的暴风雨就要来临了。
明教教主韩山童和他的徒弟刘福通以及杜遵道、韩咬儿看到时机已到，准备起义。他们原先让人凿了一个石人，脸上只刻了一只眼，并且在石人的背后刻上“莫道石人一只眼，此物一出天下反”的字样，派人悄悄地将石人埋在将要挖掘的黄陵冈沙道上。然后让几百个教徒乔扮成农民模样，到河北、河南一带传唱一首童谣：“石人一只眼，挑动黄河天下反”宣扬天下会大乱，圣明的神会给人们派来一位能够拯救天下苍生于水深火热中的圣灵，一时间，消息传遍燕赵大地，人们急切地盼望着救世主的降临，开工后不久，人们在河道挖出了独眼石人，顿时，整个工地沸腾起来，大家兴高采烈，情绪激昂，人们似乎看到了光明和希望。
韩山童和刘福通等人抓住时机，率领教徒，头裹红巾，身穿红色战袍、战衣、打着红色的旗帜，准备起义。不慎消息被泄漏了出去，官兵包围了起义军所在地，刘福通率众苦战冲出重围，韩山童不幸被捕牺牲，其家人乘乱逃出重围，刘福通脱身后，马上号召起义军，提前起义了。五月初三，刘福通出奇不意地率众攻占了颍州、罗山、上蔡、正阳、霍山等地。黄陵冈的民工们得到消息，杀了监工，头上包了红巾，和刘福通领导的主力汇合在一起。
不到十天，起义队伍迅速发展到五六万人，一场轰轰烈烈的红巾军大起义正式爆发了。
1351年（至正十一年）八月，邳州（今江苏邳县）人李二（又叫芝麻李）与赵均用、彭大等八人伪装成河工，夜至徐州城，智取该城。天亮后树旗募兵，众至十余万，接连攻取宿州（今安徽宿县）、五河、虹县、灵璧，乃至安丰（今安徽寿县）等县。同年十二月，邓州（今河南邓县）布贩王权（又叫布王三）也联合张椿起兵，攻占了河南不少州县，被称为“北琐红军”。1352年（至正十二年）正月，盂海马等人也发动起义，攻占了襄阳等地，被称为“南琐红军”。
这些起义的红巾军，全都信奉白莲教，与刘福通的军队是同一系统。统称“北方红巾军”，以刘福通为领袖。
1351年（至正十一年）夏天，彭莹玉在江淮率众起义，响应刘福通。同年八月，邹普胜和徐寿辉在蕲州起兵，十月在蕲水建立农民政权，国号“宋”，后改天完（取压倒“大元”之意）。不久，天完政权兵分两路：一路攻取武昌、江陵，另一路夺占长江中、下游及浙、闽地区，这支部队同样头裹红巾，亦称红巾军，他们所到之处，不杀不淫、不抢不掠，纪律严格，深受百姓拥护。这支军队士气高涨，所到之处，所向披靡。他们开仓放粮，救济百姓，因为他们都在南方一带活动，所以被称为“南方红巾军”。当时大江南北流传着一首民谣：
天遣魔军杀不平（不公平的人），不平人（被不公平对待的人）杀不平人（不公平的人），不平人（被不公平对待的人）杀不平者（不公平的人），杀尽不平（不公平的人）
方太平。
1352年（至正十二年）二月，郭子兴、孙德崖带兵攻占濠州，朱元璋的家乡也笼罩在农民起义的浪潮中。
郭子兴是定远县（今安徽定远）有名的大户，原籍曹州（今山东曹县）。他父亲在定远卖卦相命时，娶了当地大地主的瞎女儿为妻，分得一份财产，定居定远，成为当地有名的地主。郭子兴兄弟三人，他排行老二。郭子兴目睹了元朝的腐败，感觉元朝气数已尽，天下将会有变，于是，他把自己家的财产分给贫苦的老百姓和囊中羞涩的侠士，结交了不少的英雄豪杰，带领大家烧香，加入白莲教，刘福通起义后，他决定联合孙德崖等人起兵响应，用了几日的工夫，召集了数万人，二月二十七日，他带兵趁夜里应外合，一举攻下濠州。
朱元璋回到皇觉寺后，时时观注着外面的世界，农民起义的声浪越涨越高，而此时的朱元璋却不动声色地观察着风云变化，他已不是那个易于被人左右，易于冲动的少年了，他冷静沉着地分析时事，农民起义的消息传来后，他心里兴奋极了，现在濠州城里来了个郭子兴，而且起义军不断地在扩大，他更加高兴。
这个动荡的时局催促他深思，要他选择，这时元朝派来了一支蒙古军队，这些军官原本是将门后代，累世承袭，平日里花天酒地，从不训练，而且军队腐败不堪，这支队伍原本是来攻打濠州城的，可是他们平日里只知吃喝玩乐，哪里懂得打仗，更何况红巾军的威名远播，官兵上下都惧怕红巾军。所以不敢贸然进攻，为了向上级邀功领赏，于是他们派人每天出去到附近的村子里抓年轻的小伙子，抓来后给他们裹上红布冒充红巾军，算是俘虏，以便交差。老百姓受不了元军的欺压，呼朋唤友，到濠州投奔起义军去了。朱元璋在庙里也很担心，怕自己继续留在庙中会被元军抓去充当红巾军，如果是这样，还不如去濠州投军，况且好友汤和等人都已经参加了起义军，可是濠州城里有五个起义首领，该投奔谁呢？
有一天，汤和让人给朱元璋捎来一封信，说现在兵荒马乱的，在寺庙里呆着实在不安全，让他也来参加义军，朱元璋看后，仍然不知如何是好，于是他到村里找周德兴商量，周德兴劝他去濠州投奔义军，并劝朱元璋卜一卦再定。这时他的同房师兄告诉他，濠州捎信一事已经被人发现，元军要抓他，劝他赶紧逃走，寺里呆不下去了，正在这时，郭子兴的部下又认为皇觉寺以正统自居，又拥有大片田地，剥削佃户，就一把大火烧了寺庙。朱元璋此时已没有退路可走了，决心人濠州城，投奔义军，与其坐以待毙，不如奋起反抗，朱元璋焚香磕头问卜，结果逃与留皆不吉。再卜一卦是否应参加义军造反，结果大吉。朱元璋下定决心，夜走濠州城，投奔郭子兴。后来，朱元璋在《皇陵碑》中回忆当时情景：
“好友寄来书信，劝我参加义军，心中担忧又恐惧，正在犹豫不定，此事却被别人发觉，声言要告官府。形势急迫，算上一卦结果逃亡和留守皆不吉，只有投军方大吉。”这就是朱元璋高人一等的地方，他向世人表明，他投奔起义军的决心是神灵的启示，他的行为是受命于天，受菩萨保佑的。
1352年（至正十二年）闰三月初一，朱元璋穿着袈裟，来到濠州城下，要求见郭子兴。而濠州城戒备森严，元军在城外三十里处驻扎着，虽然他们不敢轻易攻城，但也是屯营，与红巾军相对峙，故濠州城上、城下哨兵林立，气氛非常紧张。天刚蒙蒙亮，守城义军见一和尚站在城下，非要见郭首领，怀疑他是元军派来的奸细，就派人到城下，不由分说把他绑起来，准备问斩。郭子兴听到报告后，骑着马很快赶到城门，见一个和尚虽然被五花大绑着，却没有一点害怕的样子，依然一副轻松、从容的神情，他身材高大，浑身散发着大无畏的精神。两只耳朵大而有轮，两眼炯炯有神，样子特别威武，郭子兴一见就特别喜欢他，问明白后才知道，他是皇觉寺的和尚，曾经人过教，是好友汤和邀他来参加义军的，郭元帅听后大喜，忙令人给他松绑，收他做了一名步兵，那一年朱元璋25岁。
从此，朱元璋开始了他的政治生涯。
