尼采的性格始终是忧郁的，他对生命始终比任何人都敏感，他的父亲在33岁时就死去了，这位短命的父亲在生前就是一个文弱、可亲、多病的人。父亲的过早去世，在尼采的心中留下了非常沉重而深刻的记忆，这种记忆像一根无形的绳索始终束缚着尼采，他在其自传的开头一章曾说：“在我父亲生命衰老的同一年，我的生命也开始衰老，在我36岁的那一年，我的生命力到了最低点我仍然活着，可是我看不到我面前三步远以外的地方。那个时候，即1879年，我辞去巴塞尔大学的教职。整个夏天，像幽灵一样地住在圣慕尼兹（stmoritz）。而冬天，也是我生命中最低暗的一段时期，也是像幽灵一样地住在伦堡（Nuamburg）。”
可以认为在尼采的心中，他一直对自己的健康状况充满了顾虑，他怀疑自己不会活得很久，他的这种感觉使他本来就虚弱的体质变得更加脆弱了。他在12岁的时候就经常头痛，后来，这种头痛病一直伴随着他，有时候他一连72小时头痛，这使他处于极度的痛苦之中。而一件叫人不解的事是，每当他在极度的头痛中时，他在理智上却极端清醒，然后在冷静的状态下，他能想出许多充满灵感的东西。如果他处于健康的状态时，他反而不够细密，不够冷静。似乎他的灵感和深刻思想是以自己的头痛来换取的。尼采在这一点上确实与常人不一样。
有一位医生曾经怀疑尼采在神经方面有毛病，但是经过几次检查，他又找不出毛病来，相反，这位医生怀疑自己的神经有了毛病。从器官上检查，尼采确实没有什么毛病，尽管他的眼睛近视而且接近失明，但眼睛的机能本身并没有缺陷，尼采对自己身体的矛盾状况始终百思不解，他只能对自己安慰道：“一个在本质上属于病态的人根本不可能变为健康的，靠一个人自己的努力去变成健康，那更是不可能的，另一方面，对一个内在健全的人而言，疾病甚至可以作为生命的有力刺激品，作为生命旺盛的刺激品。我就是以这种态度来看我长时期的疾病的，我好像重新发现了生命。我在某种方式之下，尝过一切美好甚至惊奇的东西，可是别人在同样的方式之下，却无法得到它们从我的健康和生命意志中，我创造了我的哲学……由于，我希望这一点能为人了解，所以就在我生命力最低落的那年中，我不再是悲观主义者了，自我恢复的本能不容许一种贫乏和绝望的哲学。”
由此，我们可以看出，尼采的身心愉快是靠他的意志来维持的，当他的意志开始崩溃时，他的身体和整个思想就跟着坍塌了。1889年1月3日这个不幸的日子，终于落在了尼采的身上。这一天的早晨，尼采正在街上漫步，这时他看见一个马车夫正在残暴地抽打他的牲口，这个精神脆弱的哲学家就开始又哭又喊起来，他扑上前去，抱住马的脖子，结果重重地摔倒在地上，房东费诺发现他后，把他送回房间，尼采在沙发上昏睡了两天两夜，醒来时，尼采开始出现神经错乱的症状，他不再是原来的他了。
这个时候，他给朋友不断地写信，信中出现了梦呓般的语言，如他在给朋友盖斯特的信上说：“给我唱一首新歌，世界变形了，天上充满着欢乐。”他在给朋友克哈特的信中又说：“实际上我宁愿当巴塞尔的一名教授，也不愿成为上帝。”
发疯后的尼采，经常在街上徘徊，他会突然拥抱和亲吻街上的任何一个行人，并且对着路人大喊：“我是神，打扮成这样！”
为了让自己有事可做，尼采不断地给朋友写信，信的内容大都语无伦次，毫无逻辑，使朋友们摸不着头脑。他在给朋友的信中，常常署名为“戴奥尼索士”或“钉在十字架上的人”。“上帝”或“反基督”，可以说，戴奥尼索士和基督，自始至终都没有离开他的思想，其中最有名的，就是“亚里阿多纳，我爱你，戴奥尼索士”谜一般的话，而接到此信的是瓦格纳夫人，回想起来，尼采虽然否定瓦格纳，但他并没有完全否定年轻时在特里普森与瓦格纳夫妇度过的那些快乐时光。在他信中的其他一些疯言癫语却也证明了尼采至死都仇恨德国霸权主义和反犹主义，他在一封信中说：“我本人刚刚就建立反德联盟一事拟定了致欧洲各宫廷的备忘录，我想用一件铁衣裹起这个‘帝国’，煽动它打一场绝望的战争。在我尚未把那年轻的皇帝连同他的喽罗擒拿到手之时，我没有空。”在另一封信中，他重复地写道：“取缔一切反犹分子，打倒反犹分子。”
尼采的好朋友欧佛贝克也收到了尼采的这些怪异的信件，他特地从巴塞尔赶到都灵来看尼采，他走进尼采的房屋时，尼采正在修订《尼采与瓦格纳之事》，当他看到这位朋友时，立刻扑在他的怀里恸哭起来，泪水沾湿了欧佛贝克的衣服。尼采的这种情形，使欧佛贝克非常惋惜和同情，当天，欧佛贝克给妻子去信谈到了尼采的病情，他说：“尼采在很多地方像个孩子，对其他人来说，尼采是没有任何伤害性的，他的状况很遭，但他绝不会伤人的。”为了治好尼采的病，欧佛贝克亲自把尼采从都灵护送到巴塞尔，并送往一位有名气的大夫的诊所里进行住院观察病情，尼采在这里刚住下，他的母亲也从故乡瑙姆堡赶到了巴塞尔来看护他。在巴塞尔住了几天院后，尼采又被母亲护送到德国耶拿，在耶拿大学宾斯文格大夫的精神病诊所里，尼采的病情有所好转，他的母亲在给欧佛贝克的信中高兴地说：“他看上去和过去的身体健康状况差不多。”有一天，尼采看到妹妹在他身边擦眼泪，就惊讶地问：“好妹妹伊莉莎白，为什么哭，我们不是很幸福吗？”
在尼采住院治疗的这段时间里，他过去的好友盖斯特专门来到他所在的精神病院，每天与他一同散步，陪伴尼采度过了2个月的时光。
1893年，尼采的妹妹伊莉莎白也从南美洲的巴拉圭返回到德国家乡瑙姆堡，她看到市场上对尼采的著作的需求量不断增大，于是决定出版尼采的文选，她坚决反对盖斯特正在进行的写作尼采传的计划，而坚持由她来为尼采写传记。同时，她还按照自己的意志，篡改哥哥的手稿。而此时的尼采却对自己的状况知道得越来越少了，他根本不知道自己的名声已经如同潮水一般在疯长，他整天都一声不吭，孤独地坐着。
1895年秋天，与尼采保持友谊时间最久的欧佛贝克来看望他，这是他最后一次探望尼采。看望尼采后，他在给尼采早年时的另一个朋友洛德的信中这样写道：“我在他的房间里看见了他，他就像一只受了致命伤的野兽那样躺着，只想一个人呆在那里，我在那儿的时候他一声未吭，除了无神的眼睛中流露出深深不安外，他看上去好像没有在遭受病痛的折磨。”就在欧佛贝克看望尼采的第二年，尼采的母亲，贤淑的弗兰西斯卡夫人，不幸与世长辞了，这对病中的尼采更是一个沉重的打击。经过妹妹伊莉莎白的安排，尼采被移居到了魏玛。到魏玛以后，尼采的身体迅速恶化。这时候，连谈话都感到非常吃力了。1900年8月20日，星期一，尼采开始患感冒，发高烧，说胡话，此时他已开始接近死亡的边缘地带了，他的妹妹这样描述了尼采当时的情景：1900年8月20日，哥哥突然患感冒，发高热，呼吸困难，似乎还有肺炎的并发症，忠诚的医生想尽一切可能的办法消除他的痛苦，但两三天后，医生已经知道无力挽回了。24日正午，我和哥哥相对而坐，他的面容突然改变，激烈地发作再度袭来，哥哥终于失去意识倒下了。就在这时，可怕的雷雨漫天盖地而来，似乎这个高贵的灵魂，已随着雷电，先升登天堂。到黄昏时分，他吐出一口气，意识也有恢复的征兆，好像想说些什么。次日凌晨2时，我请他饮一些食物，他似乎看得见我，示意我把灯罩移到一边，高兴地叫我“伊莉莎白”，我满心欢喜，以为他的危险期已经过去，然后，他睡了一段很长的时间，我一直在祈祷，但愿这是复元的熟睡。
但是他那亮贵的面容突起变化，转为深浓，他再一次睁开那双宽阔、湿润的眼睛，安详地、无忧无虑地向四周投下了严肃的一瞥，然后轻轻合拢，永远地闭上了。
尼采终于走完了他56岁的生命历程，永远地离开了喧嚣的世俗生活。在他出殡时，有人在挽联上写着：“你的名字在后人心中是神圣的。”但是尼采似乎并不满意这样的评语，因为在他生前的自传中，他曾这样写着：“我很怕将来有一天有人称我为神圣的，你可猜得到为何我要在死前拿出这本书，就是为了要防止别人对我的恶作剧，我不希望成为神圣的人，甚至于宁可死后做个怪物也许我就是一个怪物。”
死后的尼采埋在了故乡洛肯镇父母亲的墓旁，在那个安静的地方他找到了自己的永久归宿，再也用不着担心人们去打搅了。在真正的宁静中他获得了永生。
