进一步放开放活小型科研机构，以多种所有制形式和经济组织形式向企业转制。智力密集的中小企业是高新技术产业发展中最具活力的。全国目前有数千个中小型科研机构，除少数需要通过计划任务给予支持外，多数机构要通过多种形式放开、放活，进入市场，依靠智力优势寻找更多的高新技术产业生长点。以改革产权制度为突破口，鼓励中小型科研机构通过股份合作制、股份制、出租、出售等形式转成中小型科技企业。同时鼓励和扶持以科技人员为主体的民营科技企业的发展，发挥其高新技术产业生力军的作用。推动有条件的科技力量进入企业，运用高新技术促进传统产业的技术升级，增强企业的技术创新能力。引导和支持科技实力强的一批行业大院大所，与相关大企业联合，大力开发冶金、石化、化工、建材、机械等传统产业技术升级和产品、工艺更新换代所亟须的新技术，加快成果转化和扩散，促进传统产业改造。同时，配合国有企业改革，继续鼓励和支持一批科研机构进入企业或企业集团，特别是进入国家正在酝酿组建的大型企业集团，共同组成科研生产联合体。在组织结构上实现紧密结合，提高技术创新能力，参与国际竞争。允许一些科研机构打破所有制界限，进入民营科技企业及其他非国有企业，实行跨所有制的资产重组。支持和鼓励企业从事研究开发和技术改造，逐步成为科研投入和技术开发的主体。大力发展科技服务产业。要推动一批科研机构向第三产业转移。根据本地区、本行业科技进步的需要，大力开展技术中介、技术咨询、技术信息、技术孵化、技术培训等技术服务工作。有条件的机构要拓展业务领域，吸纳从国有企业下岗的经营管理人才、专业技术人才和技术工人，由单一的科技服务向综合服务发展。加快高新技术产业开发区的建设步伐。在开发区创造更加适宜的政策环境和基础设施条件，加强高技术创业中心、大学科学园建设，促进高新技术成果的孵化、转化，更广泛地吸引社会力量到区内兴办、发展高新技术企业，使开发区成为我国高新技术产业的重要基地。
（2）优化农业科技力量布局，为实现农业发展目标提供科技动力。强化农业科技基础，积极推进农业科技革命。坚持自主研究与技术引进相结合，高新技术与常规技术相结合，科学研究与转化推广相结合，在一些关键技术领域尽快突破，为本世纪农业上新台阶积累充足的科技成果储备。要把最新科技成果，特别是生物技术、信息技术等高新技术成果，加速应用于农业生产，培育高产、优质品种，开发高效、低毒新型农药，推广科学耕作方法和节水技术，改造中低产田和生态脆弱地区，发展可持续农业。大幅度提高农副产品深加工技术和装备水平，促进与农业资源开发、深加工利用相关的农村区域性支柱产业的发展，加速农业产业化经营进程。力争到2010年，在动植物新品种选育、资源高效利用、农业工程装备及生物技术等方面取得重大突破，使科技进步贡献率达到60%，关键农业技术领域达到世界先进水平，农业发展进入中等发达国家行列。要根据上述任务，进一步优化农业科研机构的力量布局，加强农业科技体系和技术推广服务体系建设，使产前、产中、产后三个环节的科技力量合理配置。逐步改变农业科研机构按行政区划设置的格局，建立以农业生态类型区为基础的新型科技组织结构。以国家和部分省（市）农业科研机构、大学为主体，重点“稳住”面向以社会效益为主的大宗农产品的科研力量，以及少量基础性研究机构，调整专业结构和人才结构，将主要力量用于基础研究、应用研究、全国性重大研究开发和科技服务工作，着重解决全局性、基础性、关键性的重大科技问题。
（3）围绕可持续发展战略，调整社会公益型科研机构布局。对真正从事社会公益类研究的少量综合性大院大所，要优化专业、学科设置，分流人员，选拔出一支精干的科研队伍，由国家给予稳定支持；其余人员分流进入市场，自我发展。从事医药、水利工程、环境保护产品等研究开发的机构，比照开发类机构，或实行企业管理制度，或整建制改造成企业、进入企业。科技服务类机构结构调整的目标是进入市场、自我发展。近期内要鼓励多种模式的大胆探索。对情报信息类机构，要打破条块分割，逐步构建网络化、社会化的全国科技信息服务网，作为科技服务体系的有机组成部分。一般信息类机构逐步向信息咨询企业转制。
（4）建设一批高水平的基础研究基地。基础研究机构在进行结构调整的同时，必须把建立“开放、流动、竞争、协作”的内部机制作为深化改革的重点任务，真正形成有利于人才流动、优秀人才脱颖而出、学术民主、探索创新的宽松环境。
（5）积极推进其他方面的配套改革。这主要包括：第一，改革科研机构产权制度。以产权制度改革为突破口，推进科研机构和企业以市场为媒介、资产（包括无形资产）为纽带的结合，通过股份制，使科技无形资产与企业有形资产优化组合，科研机构与企业形成利益共同体，以科技增量盘活企业存量，优势互补，构成市场运作中的综合优势。第二，探索建立风险投资机制。弥补科技投入中财政投入和银行信贷投入之间的断层，构建面向成果转化中间环节的投入渠道，为培育高新技术企业提供资金保障。第三，深化科研机构人事制度改革。完善院所长选拔制度，大力推行科研机构岗位聘用制。在有条件的机构试行单位聘任制和内部职称制，进一步建立和完善“开放、流动、竞争、协作”的用人制度。第四，改革科研机构分配制度。在科研机构大力推行工效挂钩或工资总额包干的管理办法，使人员收入水平与效益或业绩挂钩，逐步实现科研机构内部分配货币化。允许科研机构对有突出贡献的人员奖励个人股，以及实行技术股、管理股等政策。第五，改革计划管理体制，大力推行课题制。建立健全科技计划管理制度，逐步对重大科技计划项目实行招标制，全面实行对计划项目执行情况的跟踪评估制度。对承担国家计划任务人员试行课题工资制，使国家财政科技投入切实用于国家任务承担单位和承担人员。第六，继续完善和发展技术市场，强化科技面向经济的市场调节功能。统筹规划，合理布局，积极推进现代技术交易所、综合技术商社建设，大力发展多种所有制的技术交易中介组织，组建具有中国特色的技术经纪人队伍，加强技术成果流通环节，建成充满活力、功能齐全、规范有序、高效畅通的技术市场体系。
5.采取有力措施，多渠道、多层次地增加科教投入
实施科教兴国战略，必须具备良好的经济条件。就科技经费投入占国内生产总值的比重来看，我国的比重一直偏低，不仅落后于发达国家，甚至也落后于某些发展中国家，与一个经济大国的现有地位是不相称的，与我们未来的发展目标要求也是不相称的。由于我国的科技投入缺乏社会的投入主体和渠道，尤其是缺乏大型企业的有效介入和科技风险基金的有效形成和运作，因而过分依赖政府。而改革开放以来，由于分配过分倾斜于个人，政府财政的收入在国民收入中所占比重大幅度下降，导致政府财力不足，支出上被迫削减“软”的科技投入，双重夹击，导致科技投入不足，当成必然。由于科技投入不足，致使公共领域的研究和开发活动受到较大影响，尤其以基础研究、产业基础技术（竞争前技术）和农业科研为甚。在这些领域，科学研究的总体水平呈下降趋势，进一步发展缺乏后劲。上述领域的研究和开发活动，其科技人员的待遇一般偏低，造成人才大量流失，队伍不稳。这种状况如不能改变，必然导致国家难兴科教，科教也难兴国家，从而知识经济也难于孕育、产生和发展。
