国会通过了林肯提出的正式承认海地和利比里亚两个黑人共和国的法令。国务院修改了这个法令，表示不能接受黑人任驻美公使。但林肯在一次谈话中又非正式地对这条法令作了修改。当海地公使几个月后来美国时，林肯热诚接见了他。
1862年3月国会修改了战时条令，禁止任何一个军官使用部队捉拿或送回逃亡的奴隶。4月7日，美国与英国签订了禁止买卖非洲奴隶的条约。6月19日国会通过的一项法案宣布美国各个准州的全体奴隶获得自由，并进一步规定了黑人孩子有受教育权，黑人可以当邮递员等。
战争的第一阶段，由于林肯政府在重大问题上举棋不定，造成军事上的失利，引起人民群众的不满。在纽约和其他大城市，人民不断游行示威，著名的废奴领导温德·菲利浦以钢铁般的意志，冒着生命危险，到处奔波，发表主张消灭奴隶制的演说，抨击政府动摇不定。
在全国人民的推动下，林肯政府采取了一些果断措施，包括撤掉一再使联邦军遭受挫折的联邦陆军总司令乔治·麦克莱伦，在军队中进行肃反，允许黑人参军等等。1862年5月20日，林肯颁布了《宅地法案》，允许连续耕种西部无主土地达五年的农民，只缴付10美元证件费就可获得160英亩土地。宅地法还使不需缴纳绝对地租的农场得到了较大的发展，为美国农业资本主义迅速发展创造了条件。这一措施是消灭奴隶制的第一步，因为对奴隶主来说，他们已经无望再获得西部土地了。
战争需要黑人参加，发展中的经济需要新的劳动力，全国要求解放奴隶的呼声日益高涨，废除奴隶制已刻不容缓。1862年9月22日，林肯终于发布了举世闻名的第一个《解放宣言》，也称做《初步解放宣言》。以后，当林肯于1862年底握笔在签署稍作修改的《最后解放宣言》时，他庄严地表示：“在我的一生中，从来没有比此刻签署这一文件时更加相信自己是正义的。”宣言在报上公布后，北部人民游行示威，载歌载舞，彻夜不眠。林肯由于颁布了这些革命法令而进入了世界伟人的行列。马克思认为这个文件是“自成立联邦以来，美国历史上最重要的文件”。《解放宣言》规定自1863年1月1日起，南部参加叛乱的所有种植园主的奴隶，被视为自由的人民，都有参军的权利。从此，400万奴隶获得了解放，成为“南部同盟”后方反对奴隶主的同盟军。将近19万被解放的奴隶参加了联邦军队，活跃在联邦的各个战场上，给南部以沉重的打击。
葛底斯堡演说
林肯按预定计划于1863年1月1日发表了第二个《解放宣言》，即《最后解放宣言》。在这以后，内战发生了急剧的变化，北部从混乱的防御局面中解脱出来，转守为攻。
在东线战场，1863年7月1日联邦军在葛底斯堡大会战中击败南军，扭转了战局。同年11月19日葛底斯堡举行国家烈士公墓落成典礼，林肯应邀发表演说。全文只有十句话，用了三分钟时间。当一个摄影记者手忙脚乱地作好准备时，林肯已讲到“民有、民治、民享”。演说到此结束，这位记者没有来得及摄下这个有意义的镜头。这篇号召为自由而献身的演说引起了轰动，美国报纸说他过去演讲时语病百出，这次完全出人意料的演说“感情深厚，措词精练，朴实、优雅，行文完美无缺”，堪称“演说的典范，是一篇誉满全球的演说词”，将“永垂青史”。
在西线战场，联邦军队打通了密西西比河大动脉，切断了“南部同盟”的大西洋沿途诸州与墨西哥诸州的联系，使“南部同盟”的军事力量受到沉重打击。此后，联邦在付出很大牺牲后又连续取得了几次战役的胜利。
1864年3月，林肯任命格兰特为陆军总司令，并授予他中将军衔（内战前美国只有两人获得中将军衔：独立战争时期的总司令华盛顿和1841—1861年的陆军总司令司各特）。格兰特立即命令谢尔曼统率西线的全部军队，麦克弗森接替谢尔曼的原来职务，约翰·亚·洛根受命接替麦克弗森的位置，自己和米德则在东线指挥作战，计划东西两线用步步进逼的钳形攻势彻底消灭敌军，结束战争。
格兰特下令将华盛顿的卫戍部队大批调出去协同波托马克军团作战。史坦顿很担忧，认为这样做违背了他的计划，要下令调回部队，两人于是去见总统。格兰特说：“我对现在的部署感到很满意。”史坦顿则认为格兰特僭越调出卫戍部队，致使华盛顿处于危险的境地。林肯最后说：“部长先生，你知道我们尽力指挥这支部队已将近三年了，但我们并没有取得多大的成果。因此我们从千山万水之外把格兰特先生调来帮助我们指挥这支军队，所以我想我们最好还是让格兰特先生按照他自己的意见去干。”事情就这样解决了。这件事被广泛传播，人们认为这件事很能说明他们三个人的性格特点。
当时格兰特已统率着80万大军，他信心十足地对林肯说，即使打一场消耗战，最后也可以把敌人的人力、物力消耗殆尽。林肯完全信任格兰特，放手让他去安排一切战事，这时林肯已决定参加下届总统竞选。有人对林肯说，如果格兰特攻下南部的老巢里士满，民主党人将提名他为下届总统候选人。林肯回答说：“如果格兰特将军当总统更有利于镇压叛乱，我赞成他来当。只要能够保证完全忠于我们解放黑人奴隶和使用黑人士兵的政策，并能贯彻到底，谁当总统都一样。”
联邦军发起了强大的攻势，但开始几乎是以两倍于敌人的损失向前推进的。格兰特亲自指挥的东线战事，仅一个月的时间就损失了5万多人，差不多相当于敌军罗伯特·李的全部兵力。不过，格兰特能够得到后方源源不断的增援，而南方的兵源和补给却几乎枯竭了。这时的林肯常常是彻夜不眠，显得极为忧郁和苦恼。但他没有消沉，继续充当着格兰特的总征兵官，持续不断地为前线补充兵源。同时，他还亲赴前线视察。
6月21日林肯来到格兰特的军队中慰问官兵，受到士兵们的热烈欢呼。过了一会儿，格兰特建议去看望黑人部队。林肯说：“啊，对了，我正想看看这些小伙子，当我读到达纳先生描述他们如何骁勇善战的电报时，我心里真感到万分高兴。达纳说，那天所缴获的16门大炮中，6门是由黑人部队夺过来的。我最初赞成建立黑人团队时，几乎处处遭到反对，然而黑人士兵们自己已证明了他们的能力。而且使我高兴的是，他们在最近几次进攻中已经与白人部队并驾齐驱了。”在黑人士兵军营，人们簇拥着林肯，许多人热泪滚滚。林肯也禁不出声音哽咽，眼泪夺眶而出。
7月，罗伯特·李大胆实施佯守暗攻的计谋，派一支2万人的部队偷袭华盛顿。
8月，舰队司令法拉格特将军带兵攻击南部同盟军的重型战舰，击沉一艘，俘获一艘。而后占领了墨西哥湾最重要的港口瑟堡港，并攻克了莫比尔湾的三座堡垒。这一战卡住了南部的咽喉，林肯大加赞扬。
9月，谢尔曼率西线大军，攻克了南方的军工城市亚特兰大。同时格兰特在东线也连打胜仗。这对林肯竞选下届总统非常有利。林肯越来越得到人民的信任，他也坚信人民是正确的。
连任总统
形势发展对林肯越来越有利，林肯竞选下届总统的信心也越来越强。
1864年8月29日，民主党全国代表大会在芝加哥召开。会议通过了政纲，选出乔治·布·麦克累伦为总统候选人。几天之后，全国都从麦克累伦的一封信中获悉，他已接受总统候选人的提名，信中对奴隶制问题除了听之任之没有提出任何新的解决办法。“恢复联邦是媾和的唯一条件——我们别无他求”。
由于西线和东线的一系列胜利，“普遍的冷漠和不满情绪以及认为林肯先生肯定要失败”的情况已发生了根本的变化。《纽约论坛报》宣布“今后要旗帜鲜明地拥护阿伯拉罕·林肯当总统候选人。9月22日弗里芝特在一封发表的信中，宣布放弃他的第三党并支持林肯。这时可以说，共和党的团结问题已得到解决，林肯的心情也较为舒畅起来。他说：‘我现在满怀着这样的希望，我们这个动荡不安的国家还需要我这个恭顺的仆人作出有益的贡献。’”
林肯这个人物，他的思想和品格，已成为1864年竞选运动争论的中心话题。对林肯，有些人忠贞不渝，有些人表示感激，有些人半信半疑，有些人则肆意辱骂。但是总统的品格犹如一块巨大的岩石，反对派在这块岩石前碰得头破血流。反对派以起哄和诽谤向他和他的政府发起猛攻，但总是败下阵来。可是，公众坚信总统对他的事业忠贞不渝，动机纯正。
卡彭特的《林肯总统首次向内阁宣读解放宣言》这张油画，用了6个月时间画完。在6个月的逗留期间，他和林肯一起度过了许多愉快的时光。他忠于总统，相信自己的画会起积极作用。经总统允许，这幅画完工后向公众开放了两天，参观的有几千人。
