在马嘎尔尼等人抵达热河之前，英国使臣与清朝官员彼此之间观感尚好，他们一方不远万里、漂洋过海经年而至，另一方极尽所能、事无巨细悉心照顾，但双方都没有料到，无论他们彼此多有诚意，都无法逾越隔在他们之间的那道无形的鸿沟。
同时刊登在《绅士杂志》及《欧洲杂志》上的一篇文章写道：
英国使团抵达热河之后，一些有关觐见礼仪的误会阻止了觐见仪式的进行。马嘎尔尼勋爵坚持，如果中国方面要求他以三跪九叩的礼节觐见中国皇帝，那么，同等级别的清朝官员也要在英国国王的画像面前行三跪九叩之礼。可是，陪同马嘎尔尼使团的五位中国大臣中的一位却错误地禀告皇帝说，英国使臣已经同意遵守中国的礼节……但问题最终得到解决，勋爵以参见英国国王的礼仪觐见中国皇帝。
对于英国使臣坚持的觐见礼仪，乾隆帝是十分不满的。9月9日（农历八月初五），他对军机大臣和珅等人说：“现在英吉利国使臣等前来热河，于礼节多未谙悉，朕心深为不惬。伊等前此进京时，经过沿途各地方官款接供给，未免过于优待，以致该贡使等妄自骄矜。将来伊等回国……虽所需口分等项，自不应致有短缺，但只须照例应付，不得踵事增华，徒滋繁费。此等无知外夷，亦不值加以优礼。”
《绅士杂志》与《欧洲杂志》刊登的文章如此描述英国使臣马嘎尔尼等人在9月14日被皇帝接见的情形：
皇帝坐在一顶由16个人抬的轿子上。当他进入帐篷时，英国人单膝跪地，在场每位中国人则拜倒在地。他们被安排在帐篷内及四周，在音乐、歌舞、摔跤及其他活动的助兴之下，享用了一顿奢侈的筵宴。皇帝对马嘎尔尼勋爵十分注意。勋爵和所有英国绅士都得到丝绸、荷包、扇子等礼物。筵宴结束之后，皇帝走下龙椅，登上轿子，以进帐篷同样的方式被抬走了。参加这个仪式的大臣、王公及其他身份显贵的人不计其数。
《清实录·高宗实录》对此事的记载极为简单：“庚午（9月14日），上御万树园大幄次。英吉利国王正使马嘎尔尼、副使斯当东（即斯汤顿）等入觐，并同扈从王公大臣，及蒙古王贝勒贝子公额驸台吉，暨缅甸国使臣等赐宴，赏赍有差。”
在此之后，马嘎尔尼等人还被接见了两次，分别是在9月15日及17日——乾隆帝生日当天。生日这天的接见是在热河行宫中进行。“他们在破晓之前就到了行宫，在一个大厅里等到了天亮。马嘎尔尼勋爵及高级清朝官员被许可进入内廷（Inner Court），其他英国使臣和官衔较低清朝官员分别在内廷之外的二廷（The Second Court）和三廷（The Third Court）。各式用上等丝绸刺绣制成的旗幡在空中飘扬，其状难以用语言形容……所有人都行三跪九叩之礼，就像是在敬拜一位神”。
《高宗实录》如此记载皇帝在生日当天接见使臣的情况：“上御澹泊敬诚殿。扈从王公大臣官员，及蒙古王贝勒贝子公额驸台吉，并缅甸国、英吉利国使臣等，行庆贺礼。御卷阿胜境赐事。至乙亥（9月19日，当年中秋节）亦皆如之。”
9月26日，马嘎尔尼等人回到北京。4天之后，他们参观了圆明园。因为舟车劳顿，56岁的马嘎尔尼感觉到身体不适。
9月30日，为了欣赏已被送到圆明园的生日礼物，已从热河回京的乾隆帝也来到了此“万园之园”。根据马嘎尔尼的回忆：“（坐在轿子上的）皇帝从我们面前经过时，我们向他致意问候。后来他派人给我传话说，他知道我身体不舒服。因为天气逐渐寒冷，他让我最好立即返回城内，而不要继续在圆明园停留。”
回到京城之后，负责接待与陪同的清朝官员看上去仍然很友好，但是，马嘎尔尼等英国使臣感到自己不再受欢迎。清朝官员们“建议他趁天气好赶紧回国，否则，待冬天降临，回国之旅将不舒服，况且他还有病在身”。马嘎尔尼原本计划次年3月再回国，在这种情况之下，他不得不考虑提前返回。
10月3日，马嘎尔尼将出使目的告诉了接待他的清朝官员，包括允许他们在舟山、宁波、天津等地通商，允许他们在北京设置一个仓库，允许他们在舟山附近的一些小岛上建立寓所和仓库，给予在广州的英国商人一些优待，取消在澳门与广州之间的过境税，禁止地方官向英国商人勒索法律规定之外的税项等。
4日，马嘎尔尼向乾隆帝提出回国的请求。次日，这个请求得到批准。10月6日，英国使团启程回国。刊登在《绅士杂志》上的一篇文章写道：“在离开这天，大使与中国的大臣见了面，他得到了于3日提出的请求的反馈，即所有的请求都被拒绝了。因为没能完成使命，使团感到非常羞愧，他们离开了北京。”
仅从出使目的上说，这次出使以失败告终。不过，马嘎尔尼使团并非没有收获——他们获得了大量有关中国的情报，后叙当有提及。
对于马嘎尔尼使团失败的原因，《绅士杂志》发表的文章进行了分析。它的分析在一定程度上反应了英国人对自己的海外扩张感到的不安和罪恶，只是这种罪恶感并没有妨碍英国在19世纪进一步扩张，也没有妨碍英国在40多年之后发起第一次鸦片战争。文章写道：
出使失败的原因不容易说清楚。可能是中国方面觉得使团没有按照他们希望的方式进行……但是，没有成功可能主要归因于中国朝廷从一些印度王公那里得到了一些关于英国人的不好印象。这些印度王公提醒他们注意，不要像印度一样允许英国人在他们中间获得立足之地，并通过说下面一番话加强他们的警告：
起初，英国人作为朋友在印度得到小块殖民地。后来，通过多次战争，英国人的殖民地逐渐扩大。正是通过战争，他们将原土著居民从自己的领土上赶走，并在废墟上为他们自己建立了一个庞大的帝国。
对于马嘎尔尼出使失败的原因，很多学者都将它归因于“礼仪之争”。事实上，“礼仪之争”只是一个表象而已。即便马嘎尔尼同意行三跪九叩之礼，乾隆帝仍然不会答应英国人有关增加通商港口、在北京设置仓库——相当于变相设置使馆——等方面的请求。根本原因或许在于，在中国的统治者看来，与增加通商口岸、在京设置外国使馆等事项带来的好处相比，它们对统治秩序带来的冲击或负面影响更为突出。
进一步说，马嘎尔尼使团之所以失败，是因为两国历史与国情完全不同。作为大西洋上的岛国，英国的空间及物产有限，其文化重海洋而好动，热衷扩张、推崇贸易，又因重视贸易而讲究平等，其宗教相应地也崇尚扩张。相对而言，中国则地大物博，重农轻商，认为生产是唯一能够创造价值的工作，其文化重土地而好静，主张内敛，不喜扩张，且历经千年，周边小国纷纷臣服，天朝上国心态已成，再难平等看待其他国家。因此，马嘎尔尼使团之造访中国，犹如鸭同鸡讲，势难产生共同语言。
两国历史与国情的差异，或许可以从利物浦和广州的不同命运中得见一斑。
