经军机处合议，黄梅即于杭州正法，不必押解来京。抓黄梅并未费什么事，伊龄阿派兵到了麻步镇，黄梅并未反抗，而是整好衣冠，束手就擒，临了还对家人说：“往来账目必须给我弄得清清爽爽的，我回来若是发现情弊，定不轻饶！”
但黄梅并不知道，他的几个后台自身尚且难保，哪里还有工夫救他？
九月中旬，晴空如碧，金风送爽。杭州城官巷街上，两队清兵护着一辆驮着槛笼的牛车缓缓向清波门驶去，槛笼里装的正是黄梅。牛车前面是两个昂头挺胸的刽子手，一个斜背鬼头刀，一个手执亡命旗。一名佐领手执朱红令箭，威严地走在两个刽子手前面。再往前是监斩官和琳骑着高头大马，神情严肃。
街两旁人头攒动，杭州的商民士庶、老幼妇孺都赶来夹道围观，鼓噪声、叫喊声不绝于耳。黄梅气色尚好，只是一直紧皱眉头，两只眼珠骨碌碌乱转，不知在想些什么。
待到了清波门外，黄梅被两个刽子手架上行刑台，黄梅突然仰天大笑不止。和琳走上前去，断喝道：“黄梅，你笑什么？法场岂是你张狂之地！”
“我笑比我黄梅更坏的墨吏，更大的贪官，却成了漏网吞舟；我笑那些高官大员口口声声要忠心事主，为国为民，不过是一派胡言，自欺欺人！浙江之赃官，何止百千，绑赴法场之人，却只有我黄梅一个。苍天若真是有眼，应当天网恢恢，疏而不漏！”
“到了这个时候，黄梅你还是想不通啊！咱们虽未打过交道，但我已经领教过你师爷石太生的厉害了！你们都是极聪明之人。但聪明反被聪明误，你做的事太绝了，你贪的数目太大了，你的名声太响了！枪打出头鸟，不拿你做替罪羊，还有谁会比你更合适？黄梅，好好上路吧！明年的今日，我定会为你烧些锡箔祭奠！”
和琳说罢，回身走上监斩台，高喊一声：“行刑！”只听天崩地裂般一声炮响，黄梅被震得一惊，嘴大张着，脸上现出绝望的神情。接着又是震耳欲聋的第二声炮响，黄梅突然大喊道：“我有重要案情要报，平阳县李奉伟等二十八名差人，于乾隆四十七年，突然失踪，是当地乡绅吴荣烈所害。这是重案啊！你敢不管吗？”
“慢！”和琳走下监斩台，三步并作两步直走到黄梅面前，逼视着他道，“你有证据吗？谁是人证？物证又在何处？二十八人的尸首找到几具？黄梅，你若有半点虚言，恐怕将来要上的就不是断头台了，而是凌迟处死，抄家灭门！我听说你还有个儿子叫作黄嘉图吧？我告诉你，经查黄嘉图并无劣迹，只判了杖责三十，枷号二十日。”
和琳停了一会儿，轻声道：“黄梅，再多的话我也不说了，你可要想好了再喊冤！”
黄梅身子一僵，呆愣愣想了一会儿道：“和大人，你送我上路吧！”
“好！”和琳转身对下面众人道，“黄梅说了，他方才说的话是临刑前昏迷悖狂之语，作不得数！现在他已认罪服法！时刻已到，立即行刑！”
第三声炮响过后，刽子手将黄梅的亡命牌一扔，手起刀落……时当正午，阳气最盛，黄梅人头落地后，一腔热血，喷涌而出，射在前面红土之上，阳光下，殷红的血迹闪亮得夺人双目！
“杀得好！”一声洪亮的嗓音从人群中传出来，底气十足，响彻法场。
和琳一惊：“谁敢搅闹法场？给我拿下了！”
只见一个黑脸汉子，钻进人群，瞬间便消失得无影无踪。
黄梅手下的李堂、徐三以及其他为虎作伥的胥吏头目共五人，以“照不应重律，杖八十，再枷号两个月”，革去吏籍。与黄梅有所联系的绿林人物，虽两次截杀窦光鼐，因无法查实，只得作罢。
黄梅的顶头上司温州知府范思敬，发往伊犁三年，自备资斧效力赎罪。
同去伊犁的还有原仙居县县令徐延翰。他在江西做了两年同知，仍难逃浙江干系，以勒索民财，监毙举子，亏空国库之罪，发往伊犁，永不许返乡。
徐延翰在仙居县的前任县令史文进总算走得早，虽然逼死举人马真也有他一份，但他于乾隆四十四年就离开浙江了，侥幸逃过一劫。
徐延翰原在仙居县的顶头上司、台州知府徐士銮撤职拿办，交刑部议处。
刘录勋“显系回护黄梅，阻挠钦差调查，且在任时亦有不检行为”，一并交刑部议处。
孟卫礼因祸得福，并不在浙江一案处理的官员之列，只以私藏官物的罪名，没收赃物，降一品。
文中未出现的浙江温处道道台张裕谷、粮道道台郑云，唯福崧之命是听，暗中监视窦光鼐，且添油加醋，以不实之言上报，迎合上司。所作所为，有碍公正，不合官体，着革职交吏部议处。
按军机处合议：黄岩县知县许文成、永嘉县知县冯万行故意隐瞒亏空，特别是冯万行，借了漕银填充银库，骗过钦差，实属可恶。许文成罚议罪银子两万两。冯万行本应重惩，但其祖父冯实斋乃两朝重臣，就是乾隆也一直对其极为推崇，看在其祖父的面子上，也罚银两万。
这些中下级官吏一个个入狱、流放、撤职，那么浙江案中的高级官吏和后台极硬的官员又是怎样的情况呢？
第二任钦差，级别最高的阿桂，在乾隆明发谕旨训斥之后，革职留任，撤军机首领大臣之名。但其军机大臣和大学士管理刑部事务的职务仍然保留，阿桂依然是手握重权，乾隆还是要重用阿桂。不过，经此一案，阿桂在军机处的地位毕竟有所下降，和珅捡了个大便宜，地位大大上升，已经与阿桂不相上下了。
和珅的弟弟和琳也在此案中得到大实惠，乾隆下旨夸奖道：“和琳虽官职卑小，但此次查案，甚为公正，且颇干练，终使案情大白于天下，实应嘉奖。”和琳便由工部从五品给事中升任正四品杭州织造，这是个肥得流油的好缺，亦是显示才能加官晋爵的跳板，和琳从此走上飞黄腾达之宦途。
第一任钦差曹文植，革职留任。副钦差姜晟罚俸半年。
原浙江巡抚福崧，罚得最重。正二品的山西巡抚是当不成了，被革去顶戴花翎，交吏部议处，回到京中后被任命为有职无权的正四品二等侍卫。
福崧的心腹、浙江布政使盛住，后台相当硬，是阿桂和十五阿哥永琰，因此军机处并未对他怎样，只是革去顶戴花翎，调入京中听用。不久，他被任命为工部右侍郎，仍是从二品，权力也是很大的。
最不可思议的是浙江巡抚伊龄阿。乾隆专门下旨严厉训斥：“伊龄阿对窦光鼐先存成见，因此对黄梅便有了袒护之心。偏听下属之言，不察虚实，遽行参奏。又顾虑严查黄梅会累及前任福崧，存官官相护之心，而对浙江之案置若罔闻，不能复膺封疆之任。”伊龄阿听罢圣旨，以为大祸临头，不知自己会是什么结果。哪知乾隆竟下令，调伊龄阿进京任总管内务府大臣，官居正二品，竟比从二品的巡抚还升了一级。伊龄阿又惊又喜，急忙叩头如捣蒜一般道：“皇上高厚矜全，实为臣所梦想不到。奴才到京后，唯有事事小心，竭尽血诚，勉勤职守，以期仰报鸿慈以万一。”
第三任钦差，江苏巡抚闵鹗元算是浙江亏空案中最倒霉的高级官吏了。虽然他在处理此案时，比较秉公持正，并据实上奏。但面对此案中涉及到阿桂的情节，却不敢触动这位通天的高官，审得含糊，奏得暧昧。乾隆以其“并未对阿桂原审不实之处附折参奏”之过，交吏部议处，乾隆朱批道：“阿桂原审如无过错，朕又何必再派你去重审？”闵鹗元两头受气，虽然最后只是让他写了个谢罪折子，但也将他气得够呛。
福岜是浙江按察使，是管理刑名、司狱和囚犯的。明面上与此案干系不大，因此仍留任原职。
跟随窦光鼐辛苦查案的几位功臣，并未得到应有的奖赏。
王义录仍是正六品门千总，不过是授了实职，带了兵。
李大鼎由浙江正五品学政副使调任京官，任命为从四品光禄寺少卿。
