元晓的解释是这样的：“心真如门”者，即释彼《经》“寂灭者名为一心”也；“心生灭门”者，是释《经》中“一心名如来藏”也……以一切法无生无灭，本来寂静，唯是一心，如是名为心真如门……又此一心体是本觉，而随无明动作生灭，故于此门如来之性隐而不显，名如来藏。这一释文用以证明的经典是《楞伽经》，要点有三：（1） “一心”即是“真如”，全称“心真如”；“一心”也是佛性，其作为潜在的佛，称“如来之性”，名“如来藏”。（2） “一心”的唯一特性，是“不生不灭”，即绝对的静止，所谓“寂静”，由于“无明”熏动而有了“生灭”变化；虽随顺“生灭”变化，而其作为“一心”，依然“不变”，这就是后来华严宗所谓的“不变随缘”和“随缘不变”。（3） “此一心体是本觉”，别本作“此一心体有本觉”，本文不取。这可说是元晓最特殊的命题，需要重点分析。
按《起信论》“本觉”区别于“不觉”、“始觉”和“究竟觉”，只能在“生灭门”中。元晓把“本觉”当作“一心”之“体”，等于确定“一心”的本质即是“本觉”。所谓“体”者，按照《起信论》学者的通解，“法无藉他名为体，亦可应用所依在之为体”净影慧远《起信论疏》（上之下）。，是一种不藉任何时空和条件而存在又能发生特定功能作用的实体。
元晓《起信论疏》又专门解释“一心”之“心”说：“此无二处（即一心无分别的状态），诸法中实，不同虚空，性自神解，故名为心。”以“神解”解“一心”之“心性”，说明“神解”即是“本觉”的内容。小乘上座部说：“心性本净”，大乘《涅槃经》说：“一切众生皆有佛性”，《起信论》说：“众生心”。此“心性”、“佛性”、“一心”究竟指谓的是什么？元晓以非常清晰的语言回答：是“本觉”，而“本觉”就是“神解”。
“神解”是元晓独运的概念，有可能脱胎于慧远的《起信论疏》。此《疏》有云：“非为木石，神知之虑，故名为心。”显然，这“神知之虑”是用来区别“木石”而给“心”下的定义。元晓的“神解”不同，他虽然没有给“神解”下过完整的定义，但从许多分散的说法中，大体可以看出有两种基本含义：
第一，“神解”之“神”，指的是一种抽象的精神实体，即佛教所谓的“识神”，一般所谓的“灵魂”。元晓在解释“生灭心”与“不生灭”的关系为“不一、不异”时说：“若是一者，生灭识相灭尽时，心神之体亦应随灭。”这里讲的“心神之体”，即是“神解”之“神”，亦即是“体”，特点是永恒“不灭”。其作为“不灭”之识，亦名“自真相”。所以元晓又说：“若不异者，转识灭，藏识亦应灭，而自真相实不灭，是故非自真相灭，但业相灭。”此“自真相”，指的就是在“一心”未被无明熏动和虽随生灭而自身不变的状态。至于“神解”之“解”，与“知”同义，但“解”偏重于主体的内在认识，接近于“悟”，而含有理解的成分，比“悟”更为理性；“知”着重于向外的认识，很容易与一般的认识论相混。据此，“神解”即是“神”之“解”或“神”即“解”，指精神实体本来具有的悟解能力，或“神”自体就是这种解悟能力的实体化。
第二，“神解”之“神”意谓玄妙莫测，用以形容众生“一心”先天本具之“解”的奇特功能。元晓在《疏》中说：不生灭心举体动故，心不离生灭相；生灭之相，莫非神解，故生灭不离心相。又说：本觉之心，不藉妄缘，性自神解，故名自真相……随无明风作生灭时，神解之性与本不异，故亦得名为自真相。此处所讲“神解”、“神解之性”，都是“神妙的悟解”的意思，说明“心真如”、“心自体”亦即“一心”之根本特性。
从上述引言中，可以直接推演出两个十分重要的结论：第一，一切众生无例外的都有一个永远不灭的“神”；第二，这个“神”的本质是“先知先觉”是天赋的知觉能力。第一个结论同印度佛教的“无我”说，尤其是同般若中观派的无“神”论相背离，而与东晋慧远的“神不灭论”遥相呼应，与儒家灵魂不死的观念吻合；第二个结论则摈弃了儒家关于上智下愚的等级观念，容纳了佛家众生平等、无有差别的观念。
《起信论》论本释“众生心”时说：“是心则摄一切世间法、出世间法。”一切事物无不包容于众生一心中，这同孟轲所谓“万物皆备于我”，在表达方式上完全相同。元晓的“神解”，则将这“摄一切法”和备有“万物”的一心，确定为永恒的、以“既智且仁”为唯一规定性的“自体”。因此可以说，“自体论”是元晓佛教体系的哲学基础。
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“自体”一词，在元晓的《疏》中经常出现。上述之“自真相”是它的异名之一，实指“一心”。他在疏《起信论》本文所言“法者，谓众生心”一句时说：自体名法。今大乘中一切诸法皆无别体，唯用一心为其自体，故言“法者，谓众生心”也；言“是心即摄一切法”者，显大乘法异小乘法，良由是心通摄诸法，诸法自体唯是一心；不同小乘，一切诸法各有自体。就是说，“一心”之作为“自体”，不但是万物的本原，而且同时是万物的“自体”。这段话的意思，与小乘作比较，更易理解。此处所指小乘是“有部”的观点。这个部派认为，现实的一切现象，均产自“自种类”，系属于什么种类，就以什么种类为“自体”。如苹果、香蕉都属水果一类，亦即以水果为“自体”。所以有多少种类，就有多少自体，故谓之“诸法各有自体”。元晓从他的“大乘”观看“小乘”的“各有自体”说，认为是不能成立的。诸法由同一心源发生，依“一心”而存在，以“一心”获得种种性、相、因、果，其不以“一心”为“自体”是不可能的。所以他又说：
“一切妄法，皆是佛心之相；相现于自体，自体照其相。”
此中“妄法”，泛指一切可分别的现象；“佛心”即是“一心”。一切现象，都由“一心”所现示，亦由“一心”所解知。用当代通俗的话说，“一心”是万物的主宰，为万物立法；万物只有作为对象的时候，才能展现出来，为人所认识，也才能作用于人和被人所作用，而对象难免不打上主观的烙印，成为人的精神的异化物。人作为实践的主体，既按照自己的精神世界创造世界，也把世界看做是自身精神的一种体现。这与当代的哲学中称作主体论的思想，比较相似。
元晓依据“自体”论策划的实践，集中反映在他的“止观”学说上，所谓“止观双运，万行斯备”。
佛教大乘的实践，大体包容在所谓布施、持戒、忍辱、精进、禅、智等“六度”上。从《起信论》开始，将禅、智二度合而为一，所谓“定慧双修”，通称“止观”，隋代天台宗更以“止观”为组织其宗派理论的纽带。因此，在元晓的年代提倡“止观”，并不新鲜。关键是他对“止观”的解释。
元晓在《疏》（下），用了约五分之二的篇幅广示“止观”的内容。他说：“止一切境界相”者，先由分别系诸外尘，今以觉慧破外尘相，尘相既止，无所分别，故名“止也”；
“分别生灭相”者，依生灭门观察法相，故言“分别”。是即为“观”。为了说明这一解释的正确性，他引《瑜伽师地论·菩萨地品》作证：即于诸法无所分别，当知名止；若于诸法胜义理趣及诸无量安立理趣世俗妙智，当知名观。据此作出结论说：依真如门，止诸境相故，无所分别，即成无分别智；依生灭门分别诸相，观诸理趣，即成后得智也。此处所论的“止观”在很大程度上关系佛教大乘的认识论，所以为“止观”所下的定义，与专就禅观而言的“定慧”就有很大不同。《起信论》把瑜伽唯识学确立的“唯识无尘”（尘，唐译作“境”，指不依人的意识而存在的客观境物）作为当然的前提；而破除识外有境则是成立这个前提的根本任务。元晓定义的“止”，就是“以觉慧破外尘相”，使“尘相”不生，由此达到内心“无所分别”的状态。据此用以“破外尘相”的“觉慧”是整个认识过程的初级阶段；“止”诸尘相，“无所分别”则是此过程的另一个阶段。按佛教传统的观点，“无分别”阶段是全部认识中的一大飞跃，虽然为时极短，但标志着对真理的直接体认，是走上“圣智”的决定性步骤，所以元晓把它放在“真如门”中，一般称为“根本无分智”。“观”是认识过程的最后阶段，元晓定义为“分别诸相、观诸理趣”，由此成就所谓“后得智”。此“后得智”全称“无分别后得智”，是在“根本无分别智”对真理的把握基础上，对诸现象及其道理的重新观察和分析，也就是以既掌握的真理，指导对世界、人及其解释的再认识和实践。
因此，以“无所分别”的心态去观察种种现象，或虽观察种种现象而于心无所分别，是元晓描述的认识过程，也是认识方法，也是他讨论“止观”说的重心所在。元晓《疏》先后引用《般若经》的命题：“不坏假名而说实相，”“不动实际而建立诸法”，并名之为“不废观行而入止门”，都是论证他的“止观”说的。
关于这套“止观”的论述，可以有多方面的诠解。元晓强调的是“不依外尘”，“直欲定心，与理相应”。就是说，“止”在定心于“理”上，令“观”不受“外尘”的干扰；“观”在“不依外尘”，令“与理相应”，“理”是“止观”中的核心观念。元晓《疏》分“止观”为两类：其一曰“顺理俱行止观”，其二曰“对障俱行止观”。“对障”主要在克服“外尘”对止观的影响，目的在令止观“顺理俱行”。所以他屡屡强调大乘“止门唯修理定”“理定”的概念出自慧远的《起信论义疏》，其卷下之下说：“言真如三味者，理定也。小乘之中但止心流，住在一境，名为得定。大乘之中解其妄理，理中住心，名为得定。故《经》中云：诸佛菩萨常在住定，游法性也。”，也就是专心于“理”，以“理”思维的意思。那么，什么是“理”呢？
《起信论别记》（末）说：“转识所现色相，不离转识，而意识不知如是道理，谓自心外实有佛身……”意谓“佛身”与其他“色相”一样，都是“转识”所现，意识不明这一“唯识道理”，所以妄执为“心外实有”。又说：“非为无明所起业识，即能觉知唯识道理也。”
因此，从广义上说，元晓的“理”，就是“唯识理”，在法相宗说来，就是“唯识真如”。但是，二者字句虽然相同，涵义差别极大。法相宗所谓的“唯识理”，是觉知（菩提）的客观对象，因此，“真如”与“菩提”是两回事；元晓所谓的“唯识道理”，指对“本觉”、“神解”的自我体认，这种体认的功能，即在“本觉”、“神解”自身，因此“真如”（理）与“菩提”（本觉）是一回事。换言之，法相宗偏重于对对象的认识，元晓偏重于对精神自体功能的发挥，即“神解”的“解”的发挥。所以也可以说，元晓的“止观”说，正是他的“自体”论在实践上的贯彻。
从以上论述看，元晓的思想似乎侧向于慧解，而不甚看重禅定，大有融禅入慧之势。事实不尽如此。元晓《疏》在释《起信论》的“奢摩他（即‘止’）观义”和“毗跋舍那（即‘观’）观义”时，全文引用了玄奘译《瑜伽师地论·声闻地》中的解说，即以“九种心住”解“止”，以“四种慧行”释“观”。由此评述坐禅的五个条件和五肢安置的坐姿，并从“数息”说起，历陈内心禅行的种种路程，包括坐禅入魔的各类表现和克制的途径，以及得禅时刻的身心感受，诸如“八触”之类。这其中固然有沿袭前人的说法，但绝不排除也含有他自身的禅实践经验。然而同样不能据此说他在由慧入定，走向所谓“暗证”。
接着，元晓又说：“寻此文义，乃说声闻止观法门。然以此法趣大乘境，即为大乘止观之行。”这说明，元晓之采取《瑜伽论》中声闻乘的“止观”说，仅仅是作为他的大乘“止观”说的修持方法，其止观所对之“境”，即止观修持的内容，则是属于他本人的。因此，“九种住心”全在令心专注于其“唯识道理”上；“四种慧行”则成了指导和控制“九种住心”的理性思维。这样，“止观”互依并行，不但实现在静坐修持的过程，而且足以统帅行者的全部生活，包括社会实践。
元晓生活的时代，距今已有一千三百多年，今天人们可以有种种理由不同意他的观点，驳斥他的观点。但是，在他的体系中有没有一种精神，一种思维方式，是值得我们认真探讨，认真思索的地方呢？我认为是有的，并且相当重要。作为清末民初学界英杰的章太炎在《答铁铮》一文中说：
“自贵其心，不以鬼神为奥主”，或“自贵其心，不依他力，”亦即佛教所谓的“依自不依他”的“自力”说，实为“孔子之后，儒、道、名、法变易万端”的共同根源。由此涵养而成的性格是“自尊无畏”，尤见于“艰难危机之时”的“气节之士”。进入本世纪30年代的非常时期，中国文坛又重新讨论“民族的自尊心和自信力”问题。如此等等，如果顺着这一思路考察元晓树立的“自体”观念和“神解”学说，那么，它的历史价值和现实意义就应该是不言而喻的了。不论就个人或民族、国家言，一旦具备了这样的性格，也就会成为一种精神，一种思维定式，其凝聚和产生的力量，将是不可限量的。
