8月，被聘为国际地理学会以及科学的历史与哲学国际协会所属的地理学思想史专业工作委员会常任委员，出席在西班牙巴塞罗那举行的国际地理联合会（LGU）地理学思想史专业工作委员会学术讨论会。
赴法国巴黎参观考察，与熊秉明欢聚。
1987年《从北京到华盛顿——城市设计主题思想试探》，载于《城市问题》1987年第3期。
10月，作为北京市文物古迹保护委员会主任委员，出席在美国华盛顿举行的国际文物建筑及历史遗迹理事会组织的“文物古迹与遗址国际会议”（ICOMOS）第八届国际学术讨论会，在会上作题为“新时代的万里长城”的发言。
后应邀出席在夏威夷举行的“亚洲及太平洋诸岛屿文化遗产国际讨论会”第三次会议。
1988年《北京历史地图集》编委会编制、侯仁之担任主编的《北京历史地图集》（第一辑）历时8年，由北京出版社出版。时任国务院副总理万里题写书名。
开设北京大学全校选修大课“北京历史地理”。
8月，撰写《明北京城城墙遗迹维修记》（碑文）。
怀念原燕京大学教授赖朴吾的文章《音容宛在——悼念赖朴吾教授》载于《赖朴吾——中国的好朋友》（北京大学出版社出版）。
11月，《燕园史话》由北京大学出版社出版。
《历史地理学概述》载于《百科知识》1988年第3期。
1989年《北京历代城市建设中的河湖水系及其利用》载于《环境变迁研究》第2、3期合辑。
撰写《白浮泉遗址整修记》（碑文）。
5月，主持在北京举行的“历史文化名称与现代化建设”国际学术讨论会。
7—8月间，连写数篇文章，以“我师育我之亲，爱我之切”倾述深情怀念洪业教授、顾颉刚教授、邓之诚教授。
1990年《迎接北京建城3035周年》载于《地理知识》1990年第2期。
《论北京建城之始》载于《北京社会科学》1990年第5期。
《记英国国家图书馆所藏雍正北京城图》载于《历史地理》1990年第9期。
8月，担任“历史城市的保护与现代化发展”北京国际学术谈论会（PMOHC）主席。出席国际地理联合会（LGU）亚太地区学术讨论会。
暑假期间，带领学生到河北承德、坝上围场考察。
再次赴中国科学院沙漠研究所沙坡头治沙站考察。
9月中旬，重返古阳关遗址地区进行沙漠化考察。此次为进入沙漠考察的最后一次，时去1960年夏初入宁夏沙区考察恰满30年。1991年
8月，赴荷兰乌得勒支市，出席国际地理学会联合会（LGU）地理学思想史专业工作委员会会议。
9月，再访美国康奈尔大学，作有关北京和华盛顿在城市设计主题思想上比较研究的演讲，与该校城市与区域规划系教授、华盛顿市规划设计史研究专家瑞溥思（J.Reps）交换著作；
应邀重返美国匹兹堡大学，作题为“City Planning in Beijing”的演讲并参观1980年北京大学赠送匹兹堡大学的北京城墙两块古城砖。
又应邀顺访旧金山南海艺术中心，数次作介绍北京城的演讲。
12月，《侯仁之燕园问学录》由上海教育出版社出版。
《古都北京》（合作者金涛）中文、日文、英文版（各一部），由人民美术出版社和外文出版社出版。
《祁连山水源涵养林的保护问题迫在眉睫！》载于《大自然探索》。
《北京城的兴起——再论与北京建城有关的历史地理问题》载于《燕都》1991年第4期。
1992年8月，赴美国出席第27届国际地理联合会（LGU）在佛雷德里克斯分会举行的地理学思想史专业委员会会议；
后应邀前往加拿大多伦多大学地理系演讲。后前往美国的达特茅斯大学演讲。侯仁之、张伟瑛应聘担任该校亚洲研究（Asian Studies）客座研究员。
访问美国洛杉矶。在加州大学洛杉矶分校和南加州大学演讲。与燕京大学美国校友会校友聚会。
《再论历史地理学的理论与实践》载于《北京大学学报》历史地理学专刊。
撰写《金中都鱼藻池遗址碑文》。
1993年《历史地理学中的一些认识问题》载于《北京大学学报》哲学社会科学版1993年第4期。
《北京紫禁城在规划设计上的继承与发展》和《记米万钟〈勺园修禊图〉》载于北京大学中国传统文化研究中心《国学研究》第一卷。
再次登台讲授全校选修课“北京历史地理”，作为一生教学的“结业式”。
计划暑期带领学生去内蒙古赤峰市考察，因路基被大雨冲坏，铁路中断，中途被迫返回。野外考察生涯由此中止。
北京燕京大学校友会和北京大学分校筹建的燕京研究院于1993年初正式成立。冰心、黄华等任名誉理事，雷洁琼任董事长，侯仁之任副董事长。侯仁之兼任燕京研究院院长。1994年
主编的《黄河文化》由华艺出版社出版。
《试论北京城市规划建设中的三个里程碑》载于中国城市规划协会编写的《城市规划》。
为北京市测绘院编制、测绘出版社出版的《北京地图集》撰写前言。
《历史地理学四论》由中国科学技术出版社出版。
1995年燕京研究院决定，为进一步弘扬祖国传统文化，继续编辑出版《燕京学报》，由北京大学出版社出版。侯仁之、周一良任主编，徐苹芳、丁磐石任副主编。
《奋蹄集》由燕山出版社出版。
1996年1月，侯仁之夫妇到北京医院看望冰心师，并报告燕京研究院《燕京学报》（新一期）出版。
5月，应邀赴美国加州，出席克莱尔门特·麦基纳学院召开的“燕京大学的经验与中国的高等教育”国际讨论会，以“我从燕京大学来”为题发言。
会后，为洪业老师夫妇扫墓，遂多年心愿。
1997年《北京历史地图集》（第二辑）由北京出版社出版。
《试论元大都的规划设计》载于中国城市规划学会《城市规划》1997年第3期。
侯仁之、邓辉著《北京城的起源与变迁》由燕山出版社出版。
1998年《从莲花池到后门桥——保护古城发展起源、改善城市生态环境》载于《规划建设》1998年第2期。
4月，为北京市委市政府领导作“从莲花池到后门桥”的报告。
作为《北京大学院士文库》之一的《侯仁之文集》由北京大学出版社出版。
1999年10月，获何梁何利基金“科学与技术成就奖”。
11月，获美国地理学会（The American Geographical Society）授予的乔治·大卫森勋章（The George Davidson Medal）。2000年
5月，侯仁之任主编、唐晓峰任副主编的《北京城市历史地理》由燕山出版社出版。
《海淀镇与北京城——历史发展过程中的地理关系和文化渊源》（合作者岳升阳），载于《北京规划建设》2000年第1—2期。
《未名湖渊源》载于燕京研究院《燕京学报》第10期。
11月，为台湾“沈祖海建筑文教基金”前来北京的学者作“关于历史上的北京城及北京城市规划建设中的三个里程碑”的学术报告。
12月20日，出席北京市重建莲花池与后门桥的竣工仪式；建议后门桥改用原名万宁桥。
2001年5月，《侯仁之学术文化随笔》由中国青年出版社出版。
9月，《晚晴集》由新世界出版社出版。
10月，获美国国家地理学会（National Geographic Society）颁发的“研究与探索委员会主席奖”（2001 Committee of Research and Exploration Chairman's Award）。2002年
为汪光焘著、新华出版社出版的《北京历史文化名城的保护与发展》作序。
为郝平著、北京大学出版社出版的《无奈的结局——司徒雷登与中国》作序。
2003年9月，《侯仁之说北京》由北京出版社出版。
2005年1月，《侯仁之说北京》由北京出版社出版第2版。
1月，侯仁之著《历史地理学四论》由中国科学技术出版社出版，该书被列入《中国文库》第二辑。
1月，《中国七大古都》（陈桥驿主编、中国青年出版社）出版，该书被列为《中国文库》第二辑。侯仁之与金涛合作的“北京”列为该书第一章。
3月，为纪念郑和下西洋600周年，《在所谓新航路的发现以前中国与东非之间的海上交通》一文被《郑和下西洋研究》创刊号（2005年第一期）以中、英两种文字重新发表。
12月，陈光中著、生活·读书·新知三联书店出版的《侯仁之》问世。
2006年侯仁之、邓辉主编的《中国北方干旱半干旱地区历史时期环境变迁研究文集》由2001年美国国家地理学会“研究与探索委员会主席奖”资助，商务印书馆出版。
《回忆与希望》《师承小记》《山高水长何处寻》三篇纪念顾颉刚先生的文章被选入《顾颉刚先生学行录》（王煦华编、中华书局2006年7月出版）
2009年3月，《侯仁之文集》出版，其中包括《北京城的生命印记》《历史地理学的视野》《我从燕京大学来》，张玮瑛作长序。2010年侯仁之先生百岁寿辰庆祝会于12月5日上午在北京大学图书馆北配殿举行。庆祝会由北京大学、中国地理学会主办，北京大学城市与环境学院承办。全国政协人口与资源环境委员会副主任秦大河院士、中国地理学会名誉理事长陆大道院士、中国科学院院士工作局周德进局长、北京市文物局孔繁峙局长、中国地理学会张国友秘书长等嘉宾出席了庆祝会。北京大学校长周其凤院士、常务副校长吴志攀教授、秘书长兼发展规划部部长杨开忠教授、城市与环境学院院长陶澍院士、图书馆馆长朱强教授出席庆祝会。出席庆祝会的还有侯仁之先生的子女、学生、老同事以及城市与环境学院的部分师生。庆祝会由城市与环境学院党委书记莫多闻教授主持。
