佛门弟子把菩提树奉为圣树。佛祖释迦牟尼在菩提树下得道成佛，又在菩提树下涅槃升天。莫高窟壁画中的菩提树随处可见，不计其数。最为高大的是第17窟（藏经洞）北壁两棵，枝叶繁茂，郁郁葱葱，树身苍劲多节，藤蔓缠绕，形似当地常见的胡杨树。佛门为什么崇拜菩提树呢？
很久以前，恒河岸边有一棵高约百丈、枝杆粗壮、叶片嫩绿、冬夏长青的毕波罗树。此树夏能遮日，冬能挡风，阴能避雨。东来西往的行人常在树下歇息。释迦牟尼出家后，在毕波罗树下的菩提金刚莲花宝座上苦修苦炼，终于得道成佛。此树便更名“菩提树”。这棵大树虽然不会说话，也不会走路，但有灵气如人的情意。每年到如来佛涅槃的这天，树上的叶子就全部落了，枝条上还淅淅沥沥地掉着水珠，如泪水一般。各国的君王、各地的比丘从四面八方来到这里祭祀，成千上万的人在树下奏乐，跳舞，献花上供，焚香叩首，诵经念卷，日夜不停。好多人用香水清洗树身，用乳汁浇灌树根。到了第二天，树叶又长出来了，更加鲜嫩碧绿。
阿育王刚继位时，横行霸道，广施暴政，不信佛I法。下令全国毁掉佛祖的各种遗迹。最受佛门崇拜的菩提树首当其冲。阿育王心想：要灭佛门，必须砍倒有灵瑞气的菩提树。于是，他亲自带领王公大臣，兵马将士，浩浩荡荡地前来砍伐。士兵们手持利斧，轮流上阵，足足砍了半天，才将树砍倒。晚上，他们燃起大火，跳舞唱歌，饮酒庆贺。谁知第二天清早，光秃秃的树墩上又长出了两棵大树。清风一吹，树叶啪啪发响。阿育王恼羞成怒，认为菩提树在嘲笑他。即令士兵将树再次砍倒，连根挖出。又把根、杆、枝、叶剁得粉碎，堆在一起，点火焚烧。倾刻之间，烟雾滚滚，火光冲天。火乘风势，噼噼啪啪，越烧越旺。佛门弟子哪敢近前，只在远处观望，个个心如刀绞，泪如雨下。过了一时三刻，火势渐弱，突然火堆中长出两棵菩提树，树杆像玉石一样洁白，叶子像翡翠一样碧绿，散发出醉人的香气。香气扑鼻而来，沁人肺腑。阿育王和将士都觉得心旷神怡，精力充沛。
大火渐渐熄灭了，菩提树节节长高了。阿育王亲眼看到了树的神奇，恍然大悟——佛的神力是奇异的，佛迹是万难摧毁的。他心中非常内疚，悔恨不该听信外道和王妃的谗言来砍菩提树。决心痛改前非，今后一心供奉佛祖。他命人抬来一百桶香甜的牛奶浇在树根上，使那两棵菩提树长得更加高大挺拔，郁郁葱葱。人们只要在树下转上一圈，就会病痛消除，轻松愉快。阿育王弃恶从善，在树下摆上香案，亲自焚香供奉神树。还请了好多沙门高僧在树下击鼓敲磬，作法会道场，讲说佛经。他听得入了迷，一连半月没有回王官。
再说王妃从小信奉外道。这次阿育王毁灭佛门遗迹，就是她再三煽动的。可是，大王出官半月有余，左等右盼不见回来，心中十分着急；她怕大王信了佛法，自己就会失宠。忙差人去请阿育王回宫。差人飞马返回，禀告王妃：大王砍树，神树死而复活，大王便皈依佛门，在树下供奉佛法，三个月不回王官。王妃听言，气得昏了过去。仆人唤醒后，心想，大王三月不回，都是这棵菩提树作祟。不除掉妖树，难解我心头之恨！带了十名壮汉，于夜深人静时，偷偷地又砍倒了菩提树。
这天清早，阿育王来到树下供奉，见树又被人砍倒，不禁怒火中烧，正欲下令追查凶手，但转念一想：自己不也砍过这棵树吗？我虽信了佛，但还有人不信佛。他们还没有觉悟，才做出了这样的蠢事。这不能责怪他们，因为他们还不知道佛的神力。只有让菩提树再次复活，才能启发他们悔悟。于是，阿育王和众比丘怀着虔诚的心意，跪在树前祈祷，请树神再次显灵。又令人抬来一百桶乳汁浇灌在树根上。不久，树墩上抽出了新芽。到了太阳落山时，又长成了两棵参天大树。
阿育王对菩提树越发崇敬了。他怕有人再来偷砍圣树，让工匠建造了一道高约丈五的石墙，把菩提树保护起来。从此，菩提树虽经受了无数次狂风暴雨、严寒酷暑，依然枝叶婆娑，树影斑驳，受佛门敬拜。大唐高僧玄奘在印度取经时，还亲自拜谒了这两棵菩提树。
