1804年以后，拿破仑战争逐渐由民族解放性质的战争，转变为侵略扩张性的战争。1805年和1809年的5月、7月，拿破仑军队先后三次占领了维也纳。据当时目击者说：法国人“什么都拿——市场上什么都没有了。”法国当局还要求维也纳交出一千三百万法朗的战争赔款。可是当时全市的工业已经濒于破产，赔款根本不可能。于是，拿破仑改变主意，让维也纳出三百万法朗的罚款，同时负责供应几千名法国警备军的给养。维也纳被占领区的人民所遭受的种种苦难，贝多芬全部都经历了。他对占领者的侵略行径非常愤怒。1806年的夏天，有一次，贝多芬和他的保护人李希诺夫斯基亲王住在西里西亚的庄园里。亲王的几个法国客人，想让贝多芬为他们弹琴。他坚决拒绝了。他们恐吓说要抓他，他气愤地连夜步行到另一个市镇，搭车回到维也纳。到家后，他一把抓起李希诺夫斯基的半身像，狠狠地摔到地上，并写了封信给李希诺夫斯基，说：“公爵！您所以成为一个公爵，只是由于偶然的出身，而我所以成为贝多芬，则是靠我自己。公爵现在有的是，将来也有的是。贝多芬却只有一个。”
1806年10月，第四次反法同盟对法作战，法军在耶纳大败普鲁士军队。在耶纳战役期间，贝多芬关切地注意事态的发展。一天，他在街上遇见一位朋友，象往常一样寻问有什么新闻？朋友告诉他，拿破仑军队又打败了普鲁士。贝多芬愤愤地指着法国驻军说：“如果我能够象一个将军那样懂得战术，如同我是个作曲家懂得对位法一样，那我就要给你们点颜色看看！”
以后的几年间，奥地利暂时出现了和平的局面，这对作曲又比较有利了。贝多芬的健康状况也不错，他的耳聋没有恶化。在艺术方面，他能够得到第一流的乐队和著名的独奏者演出他的作品。这时候，乐器的制造技术也有很大的改进，如当时的钢琴比莫扎特时代的羽管钢琴音色更为丰富，音域也大得多，而听众也比以前更快地接受新作品了。但是，贝多芬仍然担忧一件事——经济问题。为了专心从事创作，他希望谋得一个职位获取固定的收入。1807年，他向皇家剧院提出要求，未得到答复。他想开一场义演音乐会，也遭到了拒绝。这一切使贝多芬非常恼怒，他说：“我永远不能和此地剧院那批当权的下流显贵达成什么协议。”他想到匈牙利去。1808年，普鲁士威斯特法利亚的国王（拿破仑最小的弟弟）邀请他任宫廷乐长，贝多芬准备同意赴任。这时，贪图虚荣的维也纳贵族社会忽然醒悟到，一旦放走了举世闻名的贝多芬，后果将对他们多么不利。于是一些上层贵族被迫请贝多芬提出留在维也纳的条件。然后，有三个贵族签署了条约，保证分别给他一部分年薪，确保他的生活与创作，并允许他外出旅行。这样，贝多芬留在了维也纳。
贝多芬继续孜孜不倦地写作。他的作品以惊人的速度源源不断地涌现出来。他写了《第四交响曲》（1806）、《第五交响曲》（1807—1808）、《第六交响曲》（1808）、《第四钢琴协奏曲》（1805）、《第五钢琴协奏曲》（1809）以及《小提琴协奏曲》（1807）等等。
1809年，在法国军队第三次逼近维也纳城的时候，奥地利皇室和贵族纷纷撤离。贝多芳的保护人大都跟着宫廷走了。他孤苦零丁地留在这里。维也纳的生活又变得艰苦了。贝多芬在给朋友的信中写道：“我们在维也纳缺钱。因为我们比往常需要多一倍的钱。——这可恨的战争！”在另一封信里又说：“整个事件（按：指法军占领维也纳）的过程影响了我的身体和灵魂。军税从今天开始征收。我的周围是怎样一种骚乱、疯狂的世道啊！到处是军鼓、大炮、士兵和各种各样的苦难。”尽管如此，他仍然没有停止写作。在这以后的几年中间，他将他炽热的爱国主义热情，对人民苦难的深刻感受和坚信民主、自由终将胜利的思想，通通化作音乐，谱写成一系列以反拿破仑侵略为题材的音乐作品。
1812年夏，贝多芬在波希米亚的矿泉、避暑地泰普里茨和德国文豪哥德相遇。他们两人一起愉快地渡过了一个月，彼此都留下深刻的印象。哥德写信给妻子说：“我从来没有见到一个艺术家比他更沉默寡言，更充满精力和更真诚的。我很理解为什么他对世界的态度这样独特。”他还对别人说：“贝多芬的天才使我惊奇。可惜他是一个全然不驯的人物。”显然，哥德对贝多芬很尊敬，但对他的桀骜不驯的性格很不习惯。贝多芬一向敬重哥德，从小就读过他的作品，把他看作德国最伟大的民族诗人之一，并为哥德的歌词谱过好几首歌曲。就在这次会面的一年前，还成功地为哥德的戏剧《爱格蒙特》配乐并把这个配乐奉献给哥德。这次会面后，贝多芬说：“我们的会见使我多么快乐啊！我情愿为他而死，必要的话愿为他死十次！”“他是生气勃勃的，他要我们人人都同他一齐生气勃勃”。但是，哥德对上流社会的过分殷勤，却使贝多芬不能容忍。贝多芬说：“哥德过于喜爱宫廷的气氛，这对于一个诗人来说是过分的。”据说有一天，他们两人一起散步，皇室人员簇拥着皇帝迎面走来。哥德很快退到路旁，恭敬地摘下帽子，鞠躬等候人群过去。贝多芬却把帽子往下一拉，双手背后，大踏步地从人群中走过。
拿破仑的对外侵略战争激化了他的帝国同欧洲各国人民的民族和阶级矛盾。人民不断进行反抗。1813年，德奥人民展开了声势浩大的解放战争，取得节节胜利，而各封建君主则利用人民的力量，进一步对法国进行报复。1814年，第六次反法联军进入巴黎，拿破仑被迫退位。拿破仑战争的结束构成了又一个复杂的局面——人民欢庆解放战争的胜利，而封建阶级也庆祝胜利，他们是为资本主义的发展受挫折而高兴。这时，维也纳城到处充满了欢乐。贝多芬早在1811年就写好了《第七交响曲》和《第八交响曲》，等待迎接民族解放战争的胜利。1813年10月，当拿破仑侵略军在莱比锡的大会战中被歼灭时，他兴奋地在札记本上写道：“为莱比锡的十月写一首民族歌曲，每年都演奏它。”后来，作品写出来了，不过不是一首歌曲，而是戏剧音乐《莉奥诺拉·普罗哈什卡》——一部歌颂为争取自由而牺牲的女战士的话剧配乐。
反法联盟的各封建君主国，将要在维也纳举行会议进行战后的分赃。会议期间要举行豪华的庆典，演出戏剧和音乐。权贵们这时想起了贝多芬。贝多芬忙碌起来了。从1813年底开始，他的第七、第八交响曲和多年被遗忘了的歌剧《费德里奥》不断得到上演。他忙着修改歌剧，安排各种音乐会，不停地为演奏他作品的学生乐队改编作品，还要写作供维也纳会议参加者娱乐的作品（如《光荣的瞬间》）等。1814年9月，维也纳会议召开了。各国王族的人全都拥到维也纳来。其中包括皇帝、国王、亲王、军事首领、外交家、新闻记者以及各种随员等等，足足一万多人。君主们重新瓜分了欧洲的领土，利用人民的民族感情，篡夺了民族解放战争的胜利果实，巩固了自己的封建统治。当时，贝多芬内心充满了高度的爱国热情，在复杂的政治局面中，在整个奥地利都欢呼反拿破仑战争胜利的情形下，他一时未能认识到封建统治阶级的复辟阴谋。因此，当他的第七、第八交响曲演出后，在他被捧为“欧罗巴的光荣”、“最伟大的音乐大师”的时候，他还以为一切都不错。不过，有一点他是清醒的：他跟封建君主以及封建制度是不相容的。在给布拉格一位朋友的信中，他写道：“我不想跟你讲任何有关我们的君王们和诸如此类的事情，或者有关我们各国的君主政体等事……我更喜欢的是思想的帝国，这对我来讲，比任何精神和世俗的王国更为高贵。”他的“思想帝国”，就是他已经追寻多年的资产阶级理想的王国。
