吕祖谦逝世后27年（嘉定元年即1208年），吕氏门人请求官府将位于金华城光孝观旁的吕氏旧居（即曾经借住的官屋）的一半辟为一堂，以供祀纪念吕祖谦。知郡李大异同意了他们的请求，拨出巨款并派得力官员来主持修建，专门收藏吕祖谦的著作，另外还设一书院，匾悬“丽泽书院”，旨存“丽泽堂”旧名。南宋“婺学”文化精粹——吕祖谦的大量著述，一直都珍藏在金华丽泽书院的藏书阁里，到清乾隆年间，被纪晓岚征集 ，编进了《四库全书》。宋末元初，著名学者何基、王柏、金履祥先后任山长、主讲，四方来学者甚众。明嘉靖十四年（1535年），巡按御史张景命金华府通判汪防重修书院，供祀朱熹、张栻、吕祖谦，丽泽书院毁于明末。
“东南三贤”之一的吕祖谦是金华学派的奠基人，开南宋浙东学派之先声。他不但自己在丽泽书堂教授生徒、著书立说，还先后邀请当时的著名学者朱熹、张栻、陆九渊、陆九龄、陈亮等前来讲学，以探讨学术、交流思想。吕祖谦为丽泽书堂制订了学规，并以“孝悌、忠信、明理、躬行”为基本准则，学生中如有“亲在别居、亲没不葬、因丧婚聚、侵犯公财、喧噪场屋、游荡不检”等行为者，即令其退学。书院教学以“讲求经旨，明理躬行”为本，规定要按时常常学习，揣摩经旨，每天都要做笔记，字数多少不予规定，还要专门记录自己的疑问，仔细研究，与其他学子互相商榷。教学采用个别钻研、相互问答与集众讲解相结合的方法，于是切磋、研讨的风气非常盛行。丽泽书院声名鹊起，归学者无数，金华学派得以创立。丽泽书院遂与岳麓、白鹿洞、象山并列而称南宋四大书院。淳熙八年（1181年）八月，吕祖谦谢世，丽泽书堂便由其弟吕祖俭主持。
丽泽诸儒的理学学术活动，贯穿在整个“丽泽”的历史变迁过程中。由于当时吕祖谦正在严陵（今建德）任职，丽泽堂的执教由朱熹门人潘叔度、潘叔昌和吕祖俭、吕祖泰及金华一批学者担任。至宋庆元二年（1196年，吕祖谦死后14年），宰相韩侂胄为排除异己，把南宋兴起的理学诬为“伪学”，严加禁止，史称“庆元党案”。被迫害坐罪朝廷大臣和理学名儒多达几十人，吕学也在被禁之列，吕祖俭、吕祖泰均遭逐放。时隔10年，即宋开禧二年（1206年），宋宁宗诏杀了韩侂胄，党案也获昭雪。
在吕祖谦“丁忧”期间，曾在武义明招山几度聚徒讲学。因吕氏世家在宋代曾有五代为相，一门17人中进士，吕氏家学声望名扬全国，故此，吕祖谦在明招山服丧期间，弟子越聚越多，甚至出州、郡之外，盛况非凡。其学子多到什么程度？门生巩丰有诗说：“同门至千百。”
总之，吕祖谦开创的丽泽书院，不仅是金华学派的发祥地和培养人才的基地，而且有许多丽泽弟子还把丽泽之学传播到各地，促进了新旧学派的产生和发展，促进了南宋两浙学术文化的繁荣，天下称婺州为“小邹鲁”。因此全祖望在《鲒埼亭集外编》卷四五将丽泽书院与岳麓、白鹿洞、象山书院并称为南宋四大书院。
（3）陆九渊与象山书院
陆九渊字子静，号存斋，是南宋时期著名的教育家、哲学家，因为其曾在象山讲学，被学者们称为“象山先生”。陆九渊主张主观唯心主义理学，与朱熹的客观唯心主义理学并称为理学两大流派。全祖望在《宋元学案》中称陆九渊与他的兄弟陆九韶和陆九龄：“三陆子之学，梭山启之，复斋昌之，象山成之。”在宋淳熙十四年（1187年），彭世昌到江西贵溪拜访好友登上应天山，见山高谷邃、林茂泉清，便与朋友们商议恳请陆九渊上山讲学，这时的陆九渊因政事被贬归乡里，俸禄闲居，也产生了办学的强烈念头。陆九渊来到应天山看见山非常像一座巨大的象山，于是改称应天山为象山，并且自号象山翁，住处为象山草堂，讲学的地方被称为象山精舍。陆九渊在象山精舍讲学导致了象山书院的繁盛，这个时期也是他的“心学”主观唯心主义思想体系完成的时期。
据有关记载，陆九渊在象山讲学时，数百名学徒中没有敢喧哗、交头接耳的人，都严肃地集中精力听讲，诸生听陆九渊的讲学之后都感到感激振奋。象山精舍没有固定的斋舍，不提供饮食，也没有制定学规，全然凭借精神感化。陆九渊讲学非常强调“明理”、“立心”、“做人”，象山书院成为南宋最具有特色的书院之一。
（4）鹅湖之会与鹅湖书院
经由吕祖谦周旋安排的鹅湖之会在中国学术史上是一次非常重要的朱熹、陆九渊兄弟论辩集会。朱熹与陆九渊兄弟的中心论题是“为学之道”。朱熹认为应当从读书中体悟做人，而陆九渊兄弟则认为应该先净心才能读好书。朱熹认为陆九渊兄弟的教学方式太简单，而陆九渊兄弟则认为朱熹的教学方式支离破碎、不成体系。鹅湖之会对于书院教学有良好的促进作用，并且具有学术论争的历史价值。鹅湖书院便是为纪念鹅湖之会而创建的闻名书院。理学后学为了纪念鹅湖之会在鹅湖寺创建四贤堂，祭祀朱熹、吕祖谦和陆九渊兄弟。淳祐十年（1250年），江东提刑蔡抗在鹅湖寺旁建书院，理宗赐名为“文 宗书院”。到了明朝重建时，又被称为“鹅湖书院”。
（5）白鹭洲书院
白鹭洲位于吉安市区城东的赣江之中，为一座如中流砥石的绿洲，由江水挟带泥沙沉积而成，形似白鹭，洲上茂林修竹绿荫如盖，成为百鸟栖息之所。白鹭洲的名称来源还有一个传说。相传古时有一个白鹭仙子，因羡慕人间男女情爱，变作一位美貌的村姑飞到这里，与江边一位年轻渔人结成情侣。后遭天神迫害，水淹洲渚，为救生灵，夫妻化作白鹭；白鹭仙子潜入水中洲底，奋力以身托陆洲，使洲永浮水面；渔夫则化作白鹭，日夕在洲上哀鸣，情缠意绵。后来，人们就把这座美丽的绿洲称作白鹭洲。
白鹭洲东南的绿树丛中，有两座岿然耸立的古楼，就是闻名遐迩的白鹭洲书院主体建筑之一的风月楼和云章阁。白鸳洲书院创建于南宋淳祐元年（1241年），它是著名的江南四大书院。虽然当时条件很差，但在名师欧阳守道的指导和管理下，仍旧培养了大量的优秀人才，推动了吉安文化教育的发展，如著名的民族英雄文天祥、邓光荐、爱国诗人刘辰翁皆出其门，白鹭洲书院声名大振。
（四）元朝
至元十六年（1279年），宋政权被毁灭，元朝完成了统一全国的大业。元代是金戈铁马的蒙古贵族的统治时期，但他们不仅仅是只识弯弓射大雕的英雄，他们对儒家文化有着应有的尊重，非常重视中国士人的文化教育，也积极组织书院，多方扶持倡导，蒙古人、色目人和汉人一起加入到书院建设者的行列，创造了“书院之设，莫盛于元”的历史记录。
在中国书院的发展史上，元代的最大贡献是，弥补了辽金时代的缺憾，将书院和理学一起推广到北方地区，缩短了新形势下形成的南北文化差距，并推动了与理学一体化的书院的官学化，这就成了元代书院最显著的特征。另外，由于部分较有民族尊严的汉人知识分子不愿与异族统治者合作，亦多留居家乡兴办书院，使书院有了一定程度的发展。但是由于元统治者本身对汉文化并无深刻理解，他们仅仅提倡了以科举为形式、以儒家经书为内容的人才选拔制度，从而导致元代士人的读书范围十分狭窄，书院藏书并不多。相关的藏书制度也多学习前代，没有什么发展创新。
在宋理宗为朱熹平反，颁行白鹿洞书院学规于天下，扶植程朱理学为官方哲学的时候，元朝统治者也于窝阔台十一二年间（1239年—1240年），在燕京（今北京）创办太极书院，建周敦颐祠，以程颢、程颐、张载、杨时、游酢、朱熹六人配祀，选刻周氏遗书，礼聘江南大儒赵复在那里讲学。据史记载，北方是从赵复讲学开始才了解程朱理学的。元朝统一全国的前后，忽必烈曾多次颁布法令保护书院和庙学，后来又将书院等视为官学，书院山长也定为学官。民族文化没有在金戈铁马的元代断线，理学能够传播到北方，主要的功劳应当归于书院。
元朝的中央官学有国子学、蒙古国子学和回回国子学。国子学就是元代以汉文进行教学的儒学教育机构。以少数民族文字进行教学的教育机构——蒙古国子学与回回国子学是与国子学并立的中央官学。
前者学习蒙古文 ，后者学习亦思替非文字（即突厥语系的波斯文）。明清时期的国子监就是沿袭了元代的教育模式。
元代创立了一种基层教育学校，就是社学。每50家左右编为一社，每社立一学，选择通晓经书者为学师，农闲时学习文化知识，但社学更主要的任务还是进行伦理道德的教化和配合政策法令的宣传，实际上是基层政教合一的一种组织形式。元代著名的书院就是紫金山书院，并且白鹿洞书院在同一时期复兴。
1、紫金山书院
紫金山位于邢州西南，在紫金山小寨处的北部山腰，山顶上还有“紫金山书院”石碑一块。因春夏有紫气蓊郁，岩间有紫石英而得名。这里山清水秀、松青柏翠，是一处息静读书、穷理养性之圣地。紫金山书院始建于元代。
紫金山书院，人才济济，以邢州五杰为代表，在全国极富盛名。
紫金山书院是我国数学、天文 、历法的重要发祥地之一，元朝名臣刘秉忠（河北邢州，即今邢台人）、元朝名臣张文谦（邢台沙河人）、元朝数学家、历史学家王恂（河北唐县人）、我国历史上著名的天文学家、历学家、数学家、水利专家郭守敬（河北邢台人）、元朝名士张易（太原临州人）等先后在紫金山书院读书、研讨。他们形成了一个科研群体，史称紫金山五杰，其中以郭守敬成就最高。郭守敬是中国古代八大科学家之一，他在数学、天文 、历法、水利诸多方面都有很高造诣，科技成果有十多项遥遥领先世界水平。郭守敬，字若思，出生于1231年。他自幼勤奋好学，在十七八岁时，从师于刘秉忠。他在数学、天文 、历法、水利诸多方面都有很高造诣。郭守敬还编成《授时历》，一年周期与现行公历相同，但比现行公历早确立300年。郭守敬非常注重实地测绘与观察，一生制作测绘仪器近20件，并主持进行了史无前例的“四海测绘”活动，在各地创建了27个天文观察点，紫金观象台为其中之一，积累了大量天文数据。
除《授时历》外，郭守敬还完成了关于数学、天文 、历法等14部 著作，计105卷 。郭守敬已成为国际公认的科学家，1981年国际天文学会在北京召开，隆重纪念郭守敬诞辰750周年，国际天文组织将美国在月球上发现的一座环形山命名为“郭守敬山”，把太阳系国际编号为1012的小行星命名为“郭守敬星”，以纪念他所作出的贡献。
登封观星台是中国现存最古老的天文观测建筑之一，是元代科学家郭守敬于元朝初年（1279年）前后亲自设计建造的。它是中国现存最古老的天文测量建筑，1961年3月4日被国务院公布为第一批全国重点文物保护单位。
2、龙山书院
龙山书院创建于元至元三十年（1293年），位于山势峻拔的龙山之阳。龙山书院自创建以来，因为历史上有许多著名学者在此主讲而颇负盛名。元代世称“三王”的文学家王构、王旭和王磐，都曾经担任过龙山书院的主讲；元代农学家王桢也曾在龙山书院主讲其农业科学名著《农书》。另外，龙山书院历经元、明、清三代，可谓桃李满天下，有很多成名学者在龙山书院读书，对当地的文化教育发展产生了重大的影响。据传，元代时期被人称为“小汉卿”的高文秀，在青年时代就曾在龙山书院读书、习曲。据记载，明朝大学士解缙被罢官后曾游学来到龙山书院，还在龙山书院的一块悬石上读书。后人在那块悬石上刻打油诗纪念解缙：“学士被罢官，游学至龙山。钻过药王洞，住过太子殿；曾饮圣井水，悬石为书案；成祖永乐初，又任翰林院。”
3、白鹿洞书院
关于白鹿洞书院“元代尤盛”的直接记载由于元末的兵火而基本上化为乌有。但是可以肯定的是白鹿洞书院在“只识弯弓射大雕”的蒙古族统治下涌现出不少青史留名的老师、学生。然而令人意外的是，白鹿洞书院在明朝沉寂近百年之久。
（五）明代
明代是中国封建社会发展的成熟阶段，经济上出现了资本主义生产关系的萌芽。明代书院作为与民间特别是知识阶层有着血肉联系的文化教育机构，对此有最敏锐的反映。明代书院在错综复杂的政治思想、文化教育的激烈斗争中，获得新的发展。明初，因为汉族统治恢复，提倡科举，重视官学，士人也都热衷于正统学业，书院受到冷落。
明中叶后，因为科举越发僵化，官学有名无实，一些理学家为救治时弊，多立书院，授徒讲学，于是，书院兴盛起来。当时书院讲学最为著名的是理学大师湛若水和王阳明。
他们提倡心学，在理学中别树一帜。他们在驻足之处，必建成书院，聚徒讲学。他们的弟子后学继续建立书院，聚徒讲学，于是，书院讲学之风盛行一时。
