1520年2月6日，船队继续航行，为了找到海峡，麦哲伦命令船只尽量靠岸行驶，于是造成了2月13日“维多利亚”号触礁的事件。在摆脱礁石阻碍后，船队便离岸稍远的海面上继续南行了。
2月14日，船队驶进了圣马提阿斯湾。这里曾经是航海家列什波亚到达的所谓海峡和海岬，但经过实地探查证明，它只不过是一个普通的海湾罢了。麦哲伦的海峡之梦又一次破灭了。船队没有在这里停留，而继续向前行进着。这圣马提阿斯湾以南的海域，是过去航海家没有到过的地方，未知数太多了。这时南美已经临近冬季，凛凛的南风（我们住在北半球、寒冷的风从北极吹来，而南半球，寒冷的风则是来自南极），从头顶上吹来，并夹带着蒙蒙的雨雪，吹得天昏地暗，风大浪高，给航行带来了很大的困难。船队必须找一个避风处，停下来避避风浪了。3月31日，船队终于驶进了胡利安港停泊。
南半球的冬天，天空阴霾，阳光也黯然失色，低沉的乌云遮蔽了蓝色的苍穹。面对这冰冷的世界，麦哲伦和船员们常常想往和眷恋那热带的树林、从远处海岸上吹来的浓郁馨香，巴西美丽如景色，结满沉甸甸果实的高大树木，枝叶繁茂的椰子树，稀奇古怪的动物以及殷勤好客的土著居民……然而大家都明白，这只是一种美好的想往，而现实却是严酷的。
在恶劣的气候条件下，船队从拉普拉塔湾至圣胡立安海湾行驶了两个月，船员们几乎每天都在同飓风搏斗。风暴一起，桅杆被吹断，船帆被撕毁，船只严重颠簸。然而，眼下最凶恶的头等敌人却是严寒。天空总是乌云密布，随时都可能下雪。寒风吹到脸上，火辣辣的疼痛，船员们的破衣烂衫，早已抵挡不住寒气的侵袭。船员只要抓住缆绳，双手立刻就会冻僵。海岸上没有野兽出没，没有植物生长，只有一望无际的沙滩，以及沙滩上的海豹和贝壳，这是荒凉而又无人烟的不毛之地啊！
几个月的寒冷生活，以及无聊的等待，使得船员们心烦意乱，满腹牢骚。麦哲伦劝告大家说：
“这点儿冷有什么可怕！为这点事也值得垂头丧气？冰岛和挪威海岸的纬度比这里还高，春天在这些水域航行并不比在西班牙困难。只要再坚持几天就行了。万不得已，我们可以停下来过冬，等天气较好再继续航行。”
可是，船员们对这些空话，已经听不进去了。他们聚集在底舱私下抱怨、这个该死的葡萄牙人，在玩什么把戏哩？他是不是打算再为葡萄牙国王效劳呢？存心要毁掉这5艘好端端的西班牙船和全体船员呢？有的人还说：国王不可能要他航行到这个冰天雪地的海上来，这是个没有基督教徒到过的地方，连多神教和吃人生番也不在这里居住，我们来到这里干什么？还有一条东印度航路，可以直达“香料群岛”，为什么要选择这条拐弯抹角的路线呢？
西班牙的船长们，看到船员的愤怒情绪，不禁心中暗喜，船员和水手们的怨声载道，正好表露了他们的不满情绪。船长们知道，麦哲伦被错误的地图“新闻报道”引入了歧途，现在已是积重难返了。他们相信麦哲伦确实不知道海峡在什么地方。因为，麦哲伦每到一个海湾都详细地观察和四处巡视，又在拉普拉塔湾白白地浪费了整整两周的时间。或者是他欺骗国王，或者是他欺骗自己。船长们看到麦哲伦毫无出路的窘况，个个幸灾乐祸。让他把船队带到常年积水、无人知道的地方去，就好夺他的指挥权，然后把他置于死地而后快。
此时此刻，麦哲伦的心情已坏到了极点，因为第一次想在拉普拉塔河口找到海峡位置，结果未成。第二次，在圣马提阿斯湾旁，找海峡位置又不成。在这两次希望破灭之后，他已不得不承认，对贝格依姆的秘密地图以及以讹传讹的“新闻报道”深感疑惑了。即使海峡存在，如果它的位置紧靠南极的话，今年也不可能通过。舰队已经航行18个月了，可是马鲁古群岛（即香料群岛）也没有见到。目前，这残酷的寒冷，猛烈的风暴还时刻侵袭着破旧的船只，摧残着破衣烂衫的船员，振荡着所有人的心。这一切使麦哲伦一筹莫展，他已陷入深深的沉思之中了。
1520年3月31日，舰队来到圣胡利安湾。麦哲伦一见这个海湾，心中就涌现出最后的一线希望。它直通大洋吗？是朝思暮想的海峡吗？但一望便知，这又是一个封闭的海湾。麦哲伦仍然下令：驶入海湾，抛锚停泊。
当船长和水手们，得知上将决定在这荒无人烟的圣胡利安湾抛锚过冬时，都感到十分惊讶和恐惧。因为这个海湾位于南纬49°，任何航海者从未来过这里，是地球上最阴森，最荒凉的地方。
天气寒冷，粮食又不够吃，再加上探查海峡的失败，海员们大都灰心丧气，失望的情绪一天天增加，牢骚几乎快变成对抗了。
