在元朝建立之后的短短90年间，由于元世祖孛儿只斤忽必烈信仰佛教中的喇嘛教，曾拜西藏的喇嘛为帝师，除在京城内外有较多的喇嘛寺外，其他汉民族居住地的佛教并没有太大的发展。
而九华山的佛教则依旧是庆云生处梵王宫，蹑蹬攀萝一径通。金殿忽开青嶂里，天人疑在白云中，基本上保持了宋代时的状况。同时还新建了一批寺庙，如西峰堂、成德堂等。当时比较有名的僧人有智津、如理等。
至元代末时，有真观和尚以临济禅师的身份来九华山，曾住持化城寺，人称无象禅师。
【旁注】
门阀大族大地主中长期发展起来的一个具有特殊地位的阶层。当政的外戚、宦官都要同他们联结、周旋。门阀大族在本州、本郡的势力更具有垄断性，实际上统治了这些州郡。
费冠卿字子军，池州人，唐宪宗元和中前后在世。屡试不第，久留京师，作感怀诗，有家书十年绝之句。后隐居在池州九华山。823年，殿院李行修举其孝，召拜右拾遗，不赴。冠卿着有诗集一卷，《全唐诗》传于世。
城池又称为城郭，城指城墙，是古代的一种军事防御建筑，城池依等级的不同，可分为府级、县级、厅级等。一般来说，层级越高，规模也越大，配置的官方建筑也不同。
诏书皇帝布告天下臣民的文书。在周代，君臣上下都可以用诏字。秦王政统一六国，建立君主制的国家后，自以为德兼三皇，功高五帝，号称皇帝，自称朕。并改命为制，令为诏，从此诏书便成为皇帝布告臣民的专用文书。汉承秦制，唐、宋废止不用，元代又恢复使用。明代用诏书宣布重大政令或训诫臣工。
独角兽古代神话传说中一种头顶正中长有一只单角的动物，是只在履行重要使命时才出现的吉祥之物，大概有6种形态，比较着名的有麒麟。在传说里，独角兽的角有解毒功能。
禅宗汉传佛教宗派之一，始于菩提达摩，盛于六祖惠能，中晚唐之后成为汉传佛教的主流，也是汉传佛教最主要的象征之一。最早由菩提达摩传入我国，称达摩宗或佛心宗，下传慧可、僧璨、道信，至五祖弘忍下分为南宗惠能，北宗神秀，时称南能北秀。
浮图西晋初年，洛阳一带造立寺塔者不少，达官显贵多有舍宅为寺者。译经三藏竺法护亦于长安青门外营建寺院，精勤行道，教化远近道俗。又有将佛教建筑概称为浮图，后渐转为专指高塔而言。
李白（701年～762年），唐朝浪漫主义诗人，有诗仙之称。创造了古代积极浪漫主义文学高峰，为唐诗的繁荣与发展打开了新局面，批判并继承了前人的传统并形成独特的风格，歌行体和七绝达到后人难及的高度，开创了我国古典诗歌的黄金时代。
居士原意是指古印度吠舍种姓中从事工商业的富人，因为其中信奉佛教的人比较多，所以在佛教中也被称为受过三归、五戒的人。后来，在我国古代种称有德才而隐居不仕或者是根本不愿意出仕的人。
摩崖石刻指人们在天然的石壁上摩刻的所有内容，包括上面提及的各类文字石刻、石刻造像，岩画也可归入摩崖石刻。摩崖石刻有着丰富的历史内涵和史料价值，而且许多摩崖石刻为政治或文化名人所题，书法精美，具有珍贵的艺术价值。
常侍中常侍或散骑常侍的简称。秦与西汉的中常侍，东汉以宦官充之。魏、晋以下的散骑常侍，均由士人充当。唐诗人高适，人称高常侍，所任即散骑常侍。东汉之中常侍由宦官充当。
善男信女佛教术语，泛指信奉佛教，皈依道门，遵守斋戒律条，潜心道义教理的善男子、善女人。善，指善信，信，指崇信。后泛指信奉佛教的良家男女。
度牒僧道出家，由官府发给凭证，称之为度牒。唐宋时，官府可出售度牒，以充军政费用，也称为祠部牒，是绫素锦素钿轴，就是品官所用的纶诰。僧尼持此度牒，不但有了明确的身份，可以得到政府的保障，同时还可以免除地税徭役。
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据说诸葛节拿出自己的家产为金地藏建造寺庙的时候，特意从南海请来了一个木匠和一个画师。画师是木匠的女儿，长得异常妩媚，手艺也极精。
后来有个财主看上了她，多次派人来说媒，并说：造好了寺庙，愿意嫁去更好，不愿意去也得去。
寺庙造好了，父女俩知道这财主会来抢人，就用木头雕了一个和女儿一样的木头人，手脚都会动。女儿绘上色彩，将木头人和自己打扮得一模一样。他们将这个木头人立在住房中的窗户边，第二天天不亮，就动身回南海去了。
这天中午，财主领着一帮人来到寺前，从窗外一看，见画师立在窗前，立即进房去请，不料被木头人戏耍了一番，又羞又气，只好灰溜溜地溜回去了。
明清两代佛教的鼎盛发展
明代之后，鉴于元代崇奉喇嘛教的弊端，朝廷开始转而支持汉地佛教，使其得到恢复和发展。因而喇嘛教在汉族地区渐衰，而禅、净、律、天台、贤首诸宗都得到了恢复和发展。
从16世纪至17世纪，明皇室对九华山的佛教进行了多方为位的扶持。1391年，明朝廷特赐金重修化城寺，并建立丛林制度，使得九华山的主刹化城寺逐渐发展为拥有东西两序72座寮房的大丛林。
1422年，明成祖朱棣封妙峰寺妙广和尚为护国瑜伽上师，并赐金斓表，敕封净居寺住持圆慧为大度禅师。
1427年和1583又屡次赐金修葺主刹化城寺和肉身宝殿，并先后颁赐了两部《藏经》，同时还赐予了量远和尚紫衣，优宠备至。
1457年，化城寺的主持道泰和尚殁于寺内，因道泰和尚生前曾奉旨进京，在紫禁城外的万寿寺任戒坛宗师，所以景宗朱祁钰特派遣使者持他的谕文专程上山致祭，可谓哀荣已极。
明王朝的重视，促使九华山的影响越来越大，常住山上的僧众也日益增多，朝拜九华的佛教徒岁无虚日，香火越加兴盛。
至此，九华山已同山西的五台山、四川的峨眉山、浙江的普陀山并称为我国佛教的四大名山，其香火之旺，甲于天下。
只园寺位于九华山东崖西麓的迎仙桥东，是九华山四大丛林之首。只园寺始建于明代嘉靖年间，原名为祗树庵。
清代嘉庆年间只园寺缺少住持，一度出现了衰颓的迹象，于是诸山的长老们议定迎请禅居伏虎洞20多年的隆山和尚来山住持。
隆山率弟子大根等人在只园寺聚众说法，开坛受戒，大兴土木，重建殿宇，其规模为全山寺院之冠，将一座萧条古寺变成了十方丛林，于是改名为只园寺。
同治年间住持僧大根重建，增设戒棚，安单接众。后来，又在住持僧宽扬的带领下募建了大雄宝殿，成为当时九华山的四大丛林之首。
只园寺由灵官殿、弥勒殿、大雄宝殿、客堂、齐殿、库院、退居寮、方丈寮和光明讲堂等9座单体建筑组成，建筑面积5175平方米，除弥勒殿和大雄宝殿属宫殿式建筑外，其他殿堂都是民居式建筑。
只园寺全寺殿宇层层叠叠，回旋曲折，结构精巧，气势磅礴。其中最有特色者是灵官宫殿，它是我国佛道融合一个文化象征，从寺院构造上就已表现出来。
只园寺第一进殿堂不是天王殿，而是灵官殿。龛内站立灵官，周身金黄铠甲，赤面红须，圆睁怒目，大张嘴巴，额头上还有一又小眼睛，据说是三眼能观天下事。
灵官右手高举钢鞭，左手攥拳，作械门姿势，形象十分威猛。神龛左右为哼哈二将，均是怒目圆睁的赳赳武夫，如临大敌。
王灵官本是道教护法神，为何又成佛教护法？
相传宋朝末年，一位新科状元不信地藏菩萨灵验，当他在肉身殿看到地藏肉身时，手拿铁锥锥菩萨的腿，心想是真的就淌血，不出血就是假的。一锥下来，血水直淌，状元慌得转身就跑。
护法神韦驮巡山回来，一看菩萨腿上流血，忙问怎么回事。当他得知新科状元铁锥验真假的事后，怒气重重下山捉拿来。菩萨不允，但韦驮执意要去。
菩萨心想状元已过五溪桥，便说：如果状元过了五溪桥就算了。
韦驮化作一阵清风追赶状元，可状元早过五溪桥了，韦驮难解心头之气，还是追了上去，手举杵落，打死了状元。韦驮回到殿内，地藏菩萨见韦驮不遵法旨，杀生伤命，于是辞退韦驮，改聘王灵官来护法。
当然，这只是一个神话传说，灵官塑像出现在佛士殿堂，大约是金元以后的事。
金元时，全真的创立者王重阳主张儒释道三教合一。他说：儒门释户道相近，三教从来一祖风。又说：释道从来是一家，两般形貌理无差。
道教的神给佛教看门，原因即在于此。
只园寺有一条浮雕莲花甬道，由100多块长方形石条铺砌而成。每块石条均有等距相同的浮雕图案3个，左右金钱古币滚圆，纵看似两串金钱。中间一路方形图案，像一条斗方画图，三步一朵盛开的荷花。
其他画面，有菡萏出水，有蜻蜓戏莲叶，有青蛙伏于莲茎下，生动有趣。
佛寺建筑以莲花雕饰甚多，盖因僧人对七宝莲池琉璃世界的憧憬。古钱铺路，为一般寺院少见。这种特例出典于佛经的一段故事。
相传当年释迦在摩揭陀国说法时，舍衙城给孤独长者皈依佛门，长者准备请释迦到家乡说法，于是选园林建造精舍。
当时唯有波斯匿王家的祗陀太子园林最佳，但要以黄金铺地为优，给孤独不惜重金买下。后来祗陀皈依佛，自动将园林献出，请释迦到此说法。
于是这座园林的名字便冠有他两人名氏，合称祗陀树给孤独园。只园寺甬道刻满金钱，是为了象征释迦圣迹。
只园寺寺门门楼宽5间，高3间。门头三层廊檐，覆盖金黄色琉璃瓦，飞檐高挑，檐角龙头伸头吐舌，有行云之势。梁栋雕饰彩绘，精致异常，有玄奘取经、水漫金山、渭水垂钓等神话故事。门额墙壁上，镶嵌着白底青花图案组成的只园禅寺寺名瓷匾。
只园寺寺院全部建筑分布在四层台基上。
第一层台基高五米，坐落着灵官殿、弥勒殿、客堂、齐堂和退居寮。其中的弥勒殿，中间靠龛内端坐笑口常开，大肚包容弥勒佛，一钵千家饭，孤身万里游，是他的两句偈语，两侧是四大天王塑像。
第二层台基高两米，筑大雄宝殿。大雄宝殿高35米，阔25米，进深19米。檐间有大雄宝殿4个大字，下层檐下也悬挂大雄宝殿金字。
在大雄宝殿的金黄琉璃瓦顶上的正脊、水线上都饰有堆花彩瓷的天王、罗汉像，或动，或静，或坐，或行，形态各异。狮、獬豸等厌胜物列于其间，殿脊、水线两端均饰以青花细瓷的鱼龙正吻，飞檐四角悬有八双镂空花篮，檐下有17处雕花斗拱，交相辉映，富丽堂皇。
大雄宝殿内，正面有高约12米的三世佛，分别是释迦、阿弥陀和药师佛，背后有状如火焰的佛光，脑后置明镜，闪闪发亮，座下是碧绿莲花座，下有须弥座，雕刻精细。
台下有青花古瓷一对，锡质、镶金烛台高达近3米。供桌四柱为龙抓珠，正面中间有两根立柱，雕着力士扛顶，正面横刻唐僧取经故事的大面浮雕，外嵌玻璃罩护。
边缘有凤凰来仪、金色九龙盘珠。上有香炉、五供，金黄铜磬，重约200千克，铿锵有声。大钟和皮鼓悬在大殿两角。正中悬挂着镂空八角的龙凤琉璃灯，又叫少灯、长明灯、灯光长明，地面铺陈一米见方青砖。
佛像前为主持法会的和尚礼佛跪拜处，以铁我岩石雕制，长一米多，宽近一米，周围刻汉文花边，内刻两朵莲花、三茎莲叶、三节藕，下有水波起伏，刻制十分讲究。佛像的头饰并非僧帽，而是发髻。额头有一块光滑红色装饰，谓之肉髻。
大殿后墙两侧向左右延伸，依次排列着文殊、普贤和十八罗汉的金身坐像，文殊、普贤居释迦左右。文殊坐骑青狮，示狮子威猛。
头结五髻为五智。手持宝剑，为智慧利剑，谓之智慧威猛。普贤骑白象，手持如意、荷花，是义理圆通的象征。
顺序列坐的十八罗汉，也称十八尊者。十八罗汉有怒目做法、降龙伏虎的，有温良典雅、捧读经卷的，有凝眸沉思或托腮假寐的等，各具神态，栩栩如生。
三世佛像背后，有一组群像，高30米，宽7米，塑的是起伏的山峦和波涌的大海，称为海岛"，上有各种人物及动物塑像。赤脚立在鳌鱼头上的观音像居中，玉女侍立于左，金童合掌参拜于右。
旁有小船，龙宫上方有持金刚杵的韦驮，握在刀的伽蓝，托宝塔的李靖，最高处正中间有一个瘦骨嶙峋、抱膝蹲坐的人，那是释迦在雪山苦修六年时的形象。
其他高不盈尺的上百个小像，主要由佛教五十三参故事中的人物组成。
故事说有一善财童子往南方求道，参拜了53位师父，最后被观音收为弟子。这些塑像有老僧，有穿红着绿的儿童，有身裹兽皮、赤发绿面的人，有泰然自若的，有张皇四顾的，有盘膝打坐的，也有做奔走状的，神情各异。
第三层台基高6米，有方丈寮和库院。
第四层台基高3米，上筑敞门两层楼的光明讲堂。整座建筑依山就势，鳞次栉比，布局紧凑，层次分明，寺院周围有山崖、松林、溪流，环境优美，引人入胜。
东崖禅寺位于九华山东峰顶，坐落于巨岩之上。在此可眺望长江，俯视九华镇，仰观天台顶，环顾九华群景。佛国风光，一览无余。
明代正德年间，有僧人周经在化城寺旁结茅，并建晏坐堂，以祀金地藏。
心学大师王守仁曾两次来这里与周经谈经论道，相契甚深，并互有题赠。万历年间释普通因石崖位于化城寺之东，所以把晏坐堂改名为东崖精舍。明代末期，扩建了大雄宝殿和天籁轩。
清代，住持定慧重修了大雄宝殿，并建造了万佛楼、地藏殿和禅堂。后来，释心舟主持修建了僧寮，名为走马通楼，高达5层，可容数百人，安单接众，遂成十方丛林。
清末，月霞禅师应聘任东崖禅寺方丈。
