第二个继位人是代善。褚英在汗位角逐中倒下之后，代善就成为诸子中年龄最长的一个。他不但骁勇善战，统率正红、镶红两旗，拥有八旗中四分之一的实力，在众兄弟中力量最强，而且性情宽厚。努尔哈赤选择代善执掌国政，甚至把自己心爱的大妃乌拉那拉氏和其他几位幼子都托付给他。努尔哈赤说：“等我百年之后，我的诸幼子和大福晋交给大阿哥收养。”这是明确的政治暗示，说明他十分信任再次选择的继位人。事实也是如此，凡他出征或其他原因不在朝中，一些重大军机要事都要先报告代善。作为将来的继位人，代善经受着名副其实的锻炼。但是，很快出了一桩于他极为不利的事。
万历四十八年（公元1620年，天命五年），努尔哈赤的小福晋（小妾）德因泽跑去向努尔哈赤打小报告：“大福晋（乌拉那拉氏）两次备佳肴送给代善，代善受而食之。一次备佳肴送给皇太极，皇太极受而未食。大福晋一天多次派人去代善家，大约商议要事。大福晋有二三次在深夜出宫院。”努尔哈赤非常恼怒：我还好端端地活着，大福晋就不顾母后之尊，悄悄地去向作为继位人的儿子代善和政治前途看好的四贝勒皇太极讨好，这岂能容忍？他立即令扈尔汉等四位大臣暗中调查。结果查明确有此事，而且还有人揭发说，各位贝勒、大臣在大汗家集会时，发现披金戴银、打扮得花里胡哨的大福晋向大贝勒代善暗送秋波。代善被大福晋媚眼勾引、吃了她送的“马屁饭”不禀报，这已足令努尔哈赤难以忍受，更何况大福晋深夜出宫还干了一些说不清道不明的暧昧之事！努尔哈赤勃然大怒，本欲发作一番，但碍于家丑不可外扬，只好将这桩政治丑闻淡化处理：借口大福晋私自偷藏金帛，抄了她的家；本想将她处死，但考虑到她子女还小，姑且饶她一命，将她离弃；为遮掩丑闻，对大贝勒代善也不予公开治罪。小妾德因泽打小报告有功，赏她一个陪同努尔哈赤同桌吃饭的待遇。四贝勒皇太极对大福晋送来的“马屁饭”受而不食，处理得法，在父汗那里大大得分；而代善在政治上则大大丢分。从此，努尔哈赤眼里就没有代善其人了。
德因泽告汗事件绝不是一个简单、孤立后妃的争宠事件，而是具有复杂的政治背景的，德因泽背后有高人指使，此人就是皇太极。皇太极此计可谓一箭双雕：既使大贝勒代善声名狼藉，又使大福晋遭到惩处。但大福晋不是寻常的女人，在这次事件中她只受了点“伤”，并没有“死”，不久又得到努尔哈赤的宠爱，并被复立为大福晋。
根据努尔哈赤生前指定，代善、阿敏、莽古尔泰、皇太极为四大贝勒（又称四大王），阿济格、多尔衮、多铎、济尔哈朗为四小贝勒（又称四小王）。论实力，八旗中除汗王努尔哈赤掌有正黄、镶黄两旗外，四大贝勒分别拥有一旗：代善统领正红旗、阿敏统领镶蓝旗、莽古尔泰统领正蓝旗，皇太极统领正白旗。满语中的主旗贝勒称为“和硕贝勒”。“和硕”为四方之方、四隅之隅之意，是一个方面的女真之主，实际上就是一旗之王。在这些主旗贝勒中，阿敏是努尔哈赤之弟舒尔哈齐的儿子，属旁支，论政治资本，大为逊色；莽古尔泰有勇无谋，生性鲁莽，他的生母富察氏曾因过失获罪，莽古尔泰竟亲手杀死母亲，因此名声很差，可做统兵大将，但不能做一国之君，更没有资格争夺汗位。四位不主旗的小贝勒中，济尔哈朗系舒尔哈齐之子、阿敏之弟，继汗位的可能性也很小。
从多种角度看，最有希望当汗位继承人的是代善、皇太极两位主旗贝勒与阿济格、多尔衮、多铎三兄弟。代善实力最强，他是努尔哈赤元配妻子佟佳氏之子，居四大贝勒之首，并与儿子拥有正红、镶红两旗。论实力皇太极次之，但他拥有其兄所不及的其他优势。他系努尔哈赤第三位大妃叶赫那拉氏所生，虽生母早逝，但自幼深得父汗厚爱，而且在萨尔浒之战中攻克辽阳、沈阳，征服叶赫部，在支援科尔沁等一系列战役中，军功卓着，出类拔萃，显示了非凡的军事才能。阿济格、多尔衮、多铎虽属不主旗的小王，但他们是努尔哈赤晚年最宠爱的女人——第四位大妃乌拉那拉氏所生，而且乌拉那拉氏是努尔哈赤一生所娶四位大妃中惟一健在的，因为她的存在，阿济格、多尔衮、多铎三兄弟的地位也就非同一般。
在这场汗位争夺战中，美丽、机智、能干的乌拉那拉氏无疑是一枚独特的政治筹码。要夺取汗位就得把乌拉那拉氏搞掉，这一点，阿济格三弟兄的政敌们看得很透。于是，乌拉那拉氏在湍急的政治漩涡中，除了死，别无选择。在乌拉那拉氏绝望的啼哭声中，代善、皇太极等觊觎汗位的贝勒们各怀鬼胎，联手出击，在努尔哈赤死后，将努尔哈赤的“遗言”掷到她面前，强迫她殉葬。无奈之下，乌拉那拉氏自缢而死（一说被用弓弦勒死）。她的三个亲生儿子尚没有力量保护母亲：阿济格在当时的政治生活中虽已崭露头角，但他只是个不主旗贝勒，没有什么军事实力；多尔衮和多铎不仅没有军事实力，而且尚未成年，前者不满14周岁，后者不满12周岁，他们只能眼睁睁地看着生母成为汗位之争的牺牲品。乌拉那拉氏一死，阿济格、多尔衮、多铎兄弟就失去了政治靠山，遂被逐出争夺汗位继承人的角斗场。
努尔哈赤吸取选择褚英、代善当继位人的教训，早在天启二年（公元1622年，天命七年）三月初三就留下继位嘱托，确立了八个和硕贝勒共理国政的制度。这个继位嘱托以《汗谕》形式公诸于众。这个汗谕旨在确立贵族共治的政体。对于选择继位人而言，它立下了两条至关重要的规矩：一是继位人不能由先汗一个人指定，也不能由谁自封，必须由八位和硕贝勒共同推选。二是如果八位和硕贝勒认为新上台的大汗不民主，不能听从劝谏，所作所为不善，便可将他换掉，重新择优拥立一位新汗。推选继位人的标准则是“能受谏而有德”，也就是既要民主，又要贤德。
按照这个继位嘱托，并再三掂量自己和对手的实力，各位贝勒将择立新汗的目光集中在代善、皇太极身上。代善虽拥有雄厚实力，但自知才能、魄力都远不如其弟皇太极，而且又是六年前那桩丑闻的当事人，并因此被削夺一旗给儿子，此时颇有自知之明，有意退让。在此情况下，他的长子岳托和三子萨哈廉提议推举四贝勒皇太极继位，说：“四贝勒（皇太极）才德冠世，深契先帝圣心，众皆悦服，当速继大位。”代善说：“这是我的夙愿！你们所说，天人允协，谁不赞同。”不仅如此，代善还找二贝勒阿敏、三贝勒莽古尔泰商议，取得一致意见。至此，代表女真贵族势力的三大贝勒在继位人问题上形成一致意见，其他贝勒大臣再有什么异议也就微不足道了。
在代善的推动下，阿敏、莽古尔泰、阿巴泰、德格类、济尔哈朗、多尔衮、多铎、杜度、硕托、豪格等贝勒大臣经过集议，共同上书，公推皇太极继承汗位。早就觊觎汗位的皇太极，此时反倒谦逊起来，再三推辞，直到以代善为首的诸贝勒从卯时至申时请求了十多个小时，才同意承天命继汗位。
不管上书诸公是否真心实意，也不管皇太极的那番谦让是否真心实意，天启六年（公元1626年，天命十一年）九月初一，天刚蒙蒙亮，皇太极在群臣簇拥下，焚香拜天，登上汗位。从第二年，即天命十二年起，改元天聪，后金政权迈入了一个新的历史时期。
改革旧制恢复经济
努尔哈赤戎马倥偬，为满族的统一做出了不可磨灭的贡献，但他留给皇太极的那份遗产，并不是一席可以坐享其成的盛筵，或一条荡荡坦途，而是一个充满着矛盾和动乱不安的社会。
连年的对外战争、繁重的兵役负担，使得国内的下层民众人心厌战、怨言四起。后金上层统治集团内部也不稳定，充满勾心斗角的矛盾斗争。尤其严重的是，后金国内的满、汉民族矛盾相当尖锐。在向辽沈地区推进的过程中，努尔哈赤坚持“诛戮汉人、抚养满洲”的政策，大肆屠杀和奴役汉族百姓。他对敢于抗拒的汉人一律格杀勿论，对于俘获的大量汉人则分给满族官兵做阿哈——奴隶。奴隶们被强迫在主人的庄园和家庭中从事各种繁重的劳动，连年苦累不堪。虽然后来努尔哈赤在建国后实行了“计丁授田”、“编庄授田”等封建化措施，缓和了一些民族矛盾，但仍不彻底。悲惨的生活迫使辽东地区的汉族人民奋起反抗，他们举行暴动，暗杀女真人，使得女真统治者恐慌不安，岁无宁日。因此努尔哈赤甚至下令，女真人出门不得单人行走，必须10人以上结伴同行，否则要罚银。由此可见当时民族关系的紧张程度。
在错综复杂的形势下，皇太极继位后大胆地冲破祖宗法度和传统习惯的约束，在政治、经济、军事等各个领域中实行全面改革和调整。
皇太极首先着手解决尖锐的民族矛盾问题。皇太极深知，治国的根本是安定百姓，安定百姓的良策是云行雨施，让百姓安居乐业，这样国家才会安宁，政局才会稳定。他一登基就强调，要治理好国家，必须先安抚民众，并且有针对性地把安民的重点放在安抚汉人上。他提出“治国之要，莫先安民”，强调满洲、蒙古、汉人之间的关系“譬诸五味，调剂贵得其宜”。他上台不久就改女真族为满洲族，以改变历史上女真人与汉族的对立仇恨。接着又颁布法令宣布“满汉之人均属一体”，对满人、汉人一律公平对待，两者享有同样的政治、经济权利。
在努尔哈赤统治时期，辽沈地区存在着为数众多的奴隶制庄园——拖克索。身处卑贱地位的汉人农奴们经常受到主人的欺凌侵扰，备受煎熬。皇太极对庄园中农奴的人数进行了裁减，规定每个庄园只能拥有八个农奴，其余的汉人则从庄园移居出去，编为民户。这一措施就使大批汉人农奴获得了人身自由。崇德三年（公元1638年），他又下令解放农奴，使他们成为独立生产的个体农民，这对后金的农业生产大有好处。
天聪五年（公元1631年），皇太极又正式颁布了《离主条例》，规定贵族的奴婢可以通过告发主人的罪行获得自由。以往，因不堪忍受民族歧视和压迫，汉人纷纷逃亡的现象是普遍存在的，努尔哈赤曾对逃跑的汉人实行了严厉的惩治措施，不管是逃跑被逮还是谋划逃跑而被逮的，一律都要处死。皇太极不同于努尔哈赤的策略，他规定：以前有私逃的，或是与明朝暗中来往的，一概不予追究。今后只将在逃而被捕获的人处死；虽然想逃，但未采取行动的，即便被人揭发出来也不论罪。皇太极的新规定受到了汉人的极大拥护。后来，皇太极又进一步放宽了“逃人法”，允许汉人逃走，即使抓住也不治罪，但逃到明朝统治地区便不许再返回来。
皇太极的另一项重要改革是逐步建立以满洲贵族为核心，与蒙汉王公贵族地主联盟的政治体制。努尔哈赤时期，后金还是单一的满族政权，汉人、蒙古人被排斥在中央政权之外。皇太极则不然，他制定了优礼汉官的政策，招引明朝将吏和地主知识分子投向后金并量才录用。皇太极又扩大同蒙古的特殊关系，发展双方的联姻结亲，从血缘上巩固他们的联盟。
与新的政权体制相适应，皇太极大幅度地改革国家政权机构，沿仿明制，设置国家政权机构。1629年（天聪三年），他首先设文馆，翻译汉文典籍，记录本朝政事，旨在借鉴汉族统治经验，总结执政得失。七年后，改文馆为内三院，即内国史院、内秘书院、内弘文院。三院官员直接参与决策。内三院实际上已取代了原先单一的满族八旗旗主“共议国政”的含有原始军事民主制残余的体制。
天聪五年（公元1631年），继文馆设立之后，皇太极按中国历代包括明朝的封建官僚制度，设吏、户、礼、兵、刑、工六部，再设都察院，行使监察各部的职权，皇太极授予该院很大的权力，上自皇帝、诸王贝勒，下至各部臣，都可以劝谏、弹劾、纠察。这些机构的官员都分派满、蒙、汉人充任。像范文程、张存仁、李国翰、祖可法、孔有德、耿仲明、尚可喜等汉官数百人都被安排参与国家军政大计。
皇太极优礼汉官，以此作为笼络汉族上层人物的一项重要政策。对归降的汉官给予田地，分配马匹，进行赏赐，委任官职。皇太极重用汉官，范文程是一个例子。“太宗即位，召直左右”，参与军政大计。每逢议事，总问：“范章京知道吗？”遇有奏事不当之处，总是说：“为什么不和范章京商量呢？”大家说：“范章京也这么说。”皇太极就认可。有一次皇太极留范文程在皇宫里进食，范文程看着满桌佳肴美味，想起了老父亲，停箸不食。皇太极明白他的心思，立即派人把这桌酒席快马送到范文程家里。后来，范文程做到内秘院大学士，这是清朝汉人任相之始。
