一宗庙制度的建立
汉朝建立以后，宗庙祭祀大约还是遵照过去的传统。刘邦父亲死，命令刘氏诸侯都要立庙祭祀：
夏五月，太上皇后崩。秋七月癸卯，太上皇崩。葬万年……八月，令诸侯王皆立太上皇庙于国都。（《汉书·高帝纪》）
刘邦死，不仅刘氏诸侯要立庙，郡、诸侯国都要立庙祭祀：“令郡、诸侯王立高庙”（《汉书·惠帝纪》）。汉文帝死，也照此办理，并且作为行孝的表现：
丞相臣嘉等奏曰： 陛下永思孝道。立昭德之舞以明孝文皇帝之盛德，皆臣嘉等愚所不及。臣谨议： 世功莫大于高皇帝，德莫盛于孝文皇帝。高皇帝庙宜为帝者太祖之庙，孝文皇帝庙宜为帝者太宗之庙。天子宜世世献祖宗之庙，郡国诸侯宜各为孝文皇帝立太宗之庙。诸侯王列侯使者侍祠天子所献祖宗之庙。请宣布天下。
制曰： 可。（《汉书·景帝纪》）
汉景帝死后，未见郡国诸侯立庙事。汉宣帝时，“由武帝正统兴，故立三年，尊孝武庙为世宗，行所巡狩郡、国皆立庙”（《汉书·郊祀志》）。汉宣帝颂扬武帝的功德道：
朕以眇身奉承祖宗，夙夜惟念孝武皇帝躬履仁义，选明将，讨不服，匈奴远遁。平氐、羌、昆明、南越，百蛮向风，款塞来享。建太学，修郊祀，定正朔，协音律。封泰山，塞宣房，符瑞应，宝鼎出，白麟获。功德茂盛，不能尽宣。（《汉书·宣帝纪》）
但这样的功德，没有得到应有的报答。宣帝让臣子们讨论。臣子们认为，应该给武帝加上尊号。于是尊武帝为“世宗”。天子要世世献祭，武帝所视察过的郡和诸侯国，都要立庙祭祀。
到汉元帝时，祖宗庙已经成为国家不堪负载的沉重负担：
初，高祖时，令诸侯王都皆立太上皇庙。至惠帝尊高祖庙为太祖庙，景帝尊孝文庙太宗庙，行所尝幸郡、国各立太祖、太宗庙。至宣帝本始二年，复尊孝武庙为世宗庙，行所巡狩亦立焉。凡祖宗庙在郡国六十八，合百六十七所。而京师自高祖下至宣帝，与太上皇、悼皇考各自居陵旁立庙，并为百七十六。
又园中各有寝、便殿。日祭于寝，月祭于庙，时祭于便殿。寝，日四上食。庙，岁二十五祠。便殿，岁四祠。又月一游衣冠。
而昭灵后、武哀王、昭哀后、孝文太后、孝昭太后、卫思后、戾太子、戾后，各有寝园，与诸帝合，凡三十所。
一岁祠，上食二万四千四百五十五，用卫士四万五千一百二十九人，祝宰乐人万二千一百四十七人。养牺牲卒不在数中。（《汉书·韦玄成传》）
据甲骨学者的研究，商代有所谓“周祭”制度。即商王对祖宗实行周而复始的祭祀，每天一位。这在学术界，认为商代“几乎是每天必祭，每旬必祭，每年必祭”，因而“商人的祭祀是非常繁多，非常复杂的”常玉芝： 《商代周祭制度》，中国社会科学出版社，1987年，第307页。。
然而汉代的情形呢？
《汉书·韦玄成传》所说“上食二万四千四百五十五”，当是人数。与卫士、祝宰乐人等合计，祖宗庙的神职人员共有： 24455+45129+12147=81731（人）。而每年祭祀的次数，若依“日祭于寝，月祭于庙，时祭于便殿”的制度，则200余所庙寝，每天至少有200余次祭祀。至于建筑的豪华、礼器的精美、祭品的复杂，更是商代所难以比拟的。刘昭注《续汉书·祭祀志》，引《汉旧仪》，描述三年宗庙合祭的情形道：
宗庙三年大祫祭，子孙诸帝以昭穆坐于高庙，诸隳庙神皆合食，设左右坐。
高祖南面，幄绣帐，望堂上西北隅。帐中坐长一丈，广六尺，繍絪厚一尺，著之以絮四百斤。曲几，黄金釦器。高后右坐，亦幄帐，却六寸。白银釦器。
每牢中分之，左辨上帝，右辨上后。俎余委肉积于前数千斤，名曰堆俎。
子为昭，孙为穆。昭西面，曲屏风，穆东面，皆曲几，如高祖。馔陈其右，各配其左。坐如祖妣之法。
平时的祭祀自然没有三年大祭的奢华。但若总计起来，较之商代，其祭祀的规模和频繁程度，至少是有过之而无不及的。
《汉书·韦玄成传》列举当时祖庙的众多，不是为了显示汉家祖宗的荣耀，而是要说明，这么做不符合礼制，因而必须加以改革。改革的建议始于汉元帝时三公之一的贡禹。
贡禹，字少翁，山东琅邪人。“以明经挈行著闻，征为博士，凉州刺史。病去官。复举贤良为河南令。”这是一个纯正的儒者。他建议的主要内容有两项： 一、“罢郡国庙”；二、“定汉宗庙迭毁之礼”。（《汉书·贡禹传》）其理由是：
古者天子七庙，今孝惠、孝景庙皆亲尽，宜毁。及郡国庙不应古者，宜正定。（《汉书·韦玄成传》）
天子七庙说见于《礼记·王制篇》：“天子七庙，三昭三穆，与太祖之庙而七。诸侯五庙，二昭二穆，与太祖之庙而五。大夫三庙，一昭一穆，与太祖之庙而三。士一庙，庶人祭于寝。”《礼记·礼器篇》、《春秋谷梁传》也有“天子七庙”说，似均出于《王制篇》。
据卢植说，《王制篇》是“汉文帝令博士诸生作此篇。”郑玄认为：“《王制》之作，盖在秦汉之际。”其宗旨是“以其记先王班爵、授禄、祭祀养老之法度”。（孔颖达《礼记正义·王制篇》）然而这样的制度，不见于其他文献。究竟起于何时，成于何代，今天已经不得而知。但汉代儒者们相信，这是先王的制度，因而应该遵守，并被贡禹用做改革宗庙制度的根据。
贡禹的建议被汉元帝采纳，还未及实行，贡禹就病死了。贡禹死后，汉元帝下诏，废除郡和诸侯国所立的祖宗庙，得到丞相卫玄成等人的拥护。
然而在讨论京城庙制的时候，臣子们发生了分歧。依韦玄成说，则天子应是五庙：
玄成等四十四人奏议曰： 礼，王者始受命，诸侯始封之君，皆为太祖。以下，五庙而迭毁。（《汉书·韦玄成传》）
所谓“五庙迭毁”，就是说，在太祖之下，还有四座亲庙：
祭义曰：“王者禘其祖自出，以其祖配之，而立四庙。”言始受命而王，祭天以其祖配，而不为立庙，亲尽也。立亲庙四，亲亲也。亲尽而迭毁，亲疏之杀，示有终也。（《汉书·韦玄成传》）
五庙的根据，是《礼记·丧服小记》：“王者禘其祖之所自出，以其祖配之，而立四庙。庶子王亦如之。”所谓“天子七庙”，乃是一种特殊情况：
周之所以七庙者，以后稷始封，文王、武王受命而王，是以三庙不毁，与亲庙四而七。（《汉书·韦玄成传》）
韦玄成的意见不知何据，不过这个意见成为后儒的根据。郑玄《礼记注·王制篇》就采纳韦的意见，并且认为夏代就是只有五庙。孔颖达又为郑注作疏，认为尧舜时就是五庙，夏代只有四庙，商代又是五庙。不过，孔补充说，郑的意见，是来自《礼纬·稽命徵》和《钩命诀》。
实际上，无论是五庙还是七庙，都难以得到其他文献的佐证，也难以得到出土文物的佐证。我们现在只能认定，这是汉代儒者的创造。汉元帝同意了韦玄成等人的意见，尊刘邦为太祖，汉文帝为太宗，以下依昭穆次序排列。废除对太上皇、孝惠帝的祭祀。
然而这次改革不久就流产了，原因是汉元帝得了病。他梦见祖宗谴责自己废除各郡和诸侯国的宗庙，据说他的小弟弟也梦见了，于是汉元帝准备恢复被废的宗庙。这时，韦玄成已经去世，丞相匡衡“深言不可”（《汉书·韦玄成传》）。然而皇上的病总是不好，匡衡也害怕了，他到刘邦、孝文和武帝庙中祈祷。祷文说： 祭祖是大事，皇帝应该亲祭，不可让郡守之类的卑贱官员执行此事。况且“祭祀之义以民为本，间者岁数不登，百姓困乏，郡国庙无以修立”（《汉书·韦玄成传》）。况且礼仪有规定，说凶年可以不进行祭祀，因为祖宗不认可这么做。假如废除不合规定的宗庙违背祖宗的心，那么，责任全在他匡衡，请让他“大被其疾，坠在沟渎之中”，但请保佑皇上身体健康。匡衡又到被废除的庙中祭祀祈祷说，王者的制度，“取象于天地”。“天序五行，人亲五属。”天子要听从天的号令，所以按制度行事。假如不按制度行事，就会遭受天地鬼神的惩罚：
臣衡中朝臣咸复以为，天子之祀，义有所断，礼有所承。违背统制，不可以奉先祖。皇天不佑，鬼神不飨。六艺所载，皆言不当。（《汉书·韦玄成传》）
也就是说，六经的记载，都说不可不按制度行事。匡衡重申，假如诸位祖宗不高兴，他愿承受一切灾难，但要让皇帝健康如初。
由于汉元帝的病一直不好，于是又下令恢复京城被废除的宗庙，并且恢复汉宣帝时的制度，尊武帝为世祖。但没有恢复郡国被废的宗庙。
汉元帝还是死了，恢复被废的宗庙也没有挽救汉元帝，于是匡衡又上书，京城被废的宗庙又再次被废。汉成帝时，因为没有皇子，又恢复京城被废的宗庙，并且恢复吕后当政时的法令： 敢于议论宗庙制度的，处死。
汉哀帝时，丞相孔光等又上书，要求执行五庙制。认为应该废除的宗庙中，也包括汉武帝的世宗庙，但遭到刘歆等人的反对。刘歆等列举汉武帝的种种功德，认为应该保留世宗庙。并认为所谓七庙，只是个常数：“七者，其正法数，可常数者也。”（同上）但“宗”不在其数，宗的意思是变，没有数量限制，所以殷代就有三宗。况且宗庙的数量，“经传无明文”。因此，贡禹建议的迭毁制度，也是错误的。最后，汉哀帝采纳了刘歆的意见。
班固在评论西汉宗庙制度改革时说，这都是因为“礼文缺微，古今异制，各为一家”（《汉书·韦玄成传》）。因此，在庙制问题上，与其说是西汉儒者在改革，不如说他们是在创造。然而直到西汉终了，宗庙制度仍然没有确定下来。
东汉建立之初，刘秀尊汉宣帝为中宗。太庙中，平常祭祀的共有五位： 汉高祖刘邦、汉文帝（太宗）、汉武帝（世宗）、汉宣帝（中宗）、汉元帝。刘秀自己的父亲，另外立庙。这样，东汉一开始就把庙制奠定在五庙制的基础之上。
刘秀被认为是拨乱中兴，所以被尊为“世祖”。汉明帝死，遗嘱丧事从俭，只将神主放在世祖庙的更衣室中。汉章帝死，也遗嘱将神主放在世祖庙中别殿。以后沿袭成制，每位皇帝死，也都不再另外立庙，而将神主放在世祖庙中。汉献帝时，采纳蔡邕的建议，清理世祖庙中神主，只留七位，以合天子七庙之制。
这样，东汉皇帝实际上又创造了一种新的宗教制度： 同庙异室制。以前所说天子七庙，那就是要建七座庙。东汉以后所谓七庙，只是一庙七室。这个制度，为后世儒教沿袭，直到清末。
二郊祀制度的建立
司马迁写《史记》时，还认为“天好阴，祠之必于高山之下，小山之上”（《史记·封禅书》）。但现实的状况，使郊祭不得不进行改革。因为当时所祭的五帝，包括汉武帝所立的太一，其祭坛距离京城都非常遥远。而这些祭坛又不在一起，给祭祀又增添了一层困难。继贡禹、韦玄成建议改革庙制之后，翼奉、匡衡也提出了郊祀改革的意见。
翼奉认为，“天道有常，王道亡常，亡常者所以应在常也”。也就是说，无常的王道，应该随时改革，以适应有常的天道。在他看来，“汉家郊兆寝庙祭祀之礼，多不合古”，并且耗费巨大：“皆烦费”（《汉书·翼奉传》），所以必须修订。
但是翼奉只是个治《齐诗》的学者，不能把建议付诸实施。他的同学匡衡当了丞相以后，把翼奉的建议付诸实践。匡衡建议说：
帝王之事莫大乎承天之序，承天之序莫重于郊祀，故圣王尽心极虑以建其制。
这讲的是郊祀对于帝王的重要，也就是宗教对于古代国家的重要。然而，如此重要的礼仪，却不能合乎古制：
天之于天子也，因其所都而各飨焉。往者，孝武皇帝居甘泉宫，即于云阳立泰畤，祭于宫南。今行常幸长安，郊见皇天反北至泰阴。祠后土反东之少阳，事与古制殊。
所谓“天之于天子，因其所都而飨”，不见于经传，乃是匡衡的创造。援引汉武帝时，也没有意义，因为汉武帝就没有把郊坛迁到长安。至于“泰阴”、“少阳”之说，其实是阴阳家的意见。这一切，都不是古制。但是郊祀一定要改革，原因就是距离太远，祭祀起来不方便。匡衡继续说：
又至云阳，行谿谷中，阨陕且百里。汾阴则渡大川，有风波舟楫之危，皆非圣主所宜数乘。
郡县治道供张，吏民困苦，百官烦费。劳所保之民，行危险之地，难以奉神灵而祈福佑。殆未合于承天子民之意。
这才是改革郊祀制度的真正原因。为了改革成功，匡衡又援引周制，说周代文王、武王就是在京城实行郊祭。可见“天随王者所居而飨之”。所以，郊坛应该迁到长安。
匡衡的建议遭到大司马许嘉等八人的反对，得到了右将军王商、博士师丹等五十人的支持。师丹等援引《礼记·郊特牲》“兆于南郊”，认为这就是“定天位”。匡衡要求皇帝听从多数的意见，于是匡衡的意见被采纳，在南郊建立上帝祭坛。一切不合礼制的祭坛，全被废除。据匡衡奏章，京城长安683处神祠，合乎礼制的只有208所。雍地203所神祠中，只有15所合乎礼制。这次废除的祠神场所共600余处。
汉武帝在甘泉宫所建的太一祭坛，极其华丽。上面有“文章采镂黼黻之饰，及玉、女乐、石坛、仙人祠、瘞鸾路、骍驹、寓龙马，不能得其象于古”。匡衡认为，古代祭祀，“贵诚尚质”，那些装饰都是“伪饰”；祭祀上帝，“唯至诚为可”，所以这些都应废除。
